BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G20770.1
Length=2325
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg890115 jgi|Araly1|890115|Al_scaffold_0007_2101 3169 0.0
> Ahg890115 jgi|Araly1|890115|Al_scaffold_0007_2101
Length=2283
Score = 3169 bits (1716), Expect = 0.0
Identities = 2062/2232 (92%), Gaps = 12/2232 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 100 AGGATGGGAATGAAGAGTGATACTTATCTATGTAATCGTTTACTTGATTTGTATATTGAG 159
|||| |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 58 AGGACGGGATTAAACAGTGATACTTATCTATGTAATCGTTTACTGGATTTGTATATTGAG 117
Query 160 TGTGGTGATGGGGATTATGCACGGAAGGTGTTTGATGAAATGTCTGTAAGAGATGTTTAT 219
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 118 TGTGGTGATGGAGATTATGCACGGAAGGTGTTTGACGAAATGTCTCTGAGAGATGTTTAT 177
Query 220 TCTTGGAATGCTTTTTTGACGTTTAGATGTAAAGTTGGGGATTTGGGGGAAGCGTGTGAG 279
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 178 TCTTGGAATGCTTTTTTGACGTTTAGATGTAAAGTTGGGGATTTAGGGGAAGCGTGTGAG 237
Query 280 GTGTTTGATGGAATGCCTGAGAGAGATGTTGTGTCGTGGAATAATATGATTAGTGTTTTG 339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 238 GTGTTTGATGGAATGCCTGAGAGAGATGTTGTGTCGTGGAATAATATGATTAGTGTATTG 297
Query 340 GTGAGGAAAGGGTTTGAAGAGAAGGCTTTGGTTGTCTATAAGAGGATGGTTTGTGATGGG 399
|||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 298 GTGAGGAAGGGGTTTGAGGAGAAGGCTTTGGATGTTTATGGGAGGATGGTTGGTGATGGG 357
Query 400 TTTTTGCCTTCTCGGTTCACGTTAGCTAGTGTTTTAAGTGCGTGTAGCAAGGTTTTGGAT 459
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||
Sbjct 358 TTTTTGCCTTCTCGGTTCACGTTAGCTAGTGTTTTGAGCGCGTGTAGCAAGGTTCAGGAT 417
Query 460 GGTGTTTTTGGTATGAGGTGTCATGGGGTTGCTGTTAAAACGGGTCTTGATAAGAATATT 519
|||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 418 GGTGTTATCGGTATGAGATGTCACGGGGTTGCTGTTAAAATGGGTCTTGATAAGAATATT 477
Query 520 TTTGTTGGGAATGCGTTGTTGTCTATGTATGCAAAGTGTGGGTTTATTGTTGATTATGGT 579
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 478 TTTGTTGGCAATGCGTTGTTGTCTATGTATGCAAAGTGCGGGTTTATGGTTGATTATGGT 537
Query 580 GTTCGAGTCTTTGAATCTCTCTCTCAGCCTAATGAAGTCTCTTATACAGCGGTGATTGGC 639
|||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||| || ||
Sbjct 538 GTTCGAGTGTTTGAATCTCTCTCTGAACCTAATGAAGTCTCTTTTACAACGGTAATCAGC 597
Query 640 GGGTTAGCTCGGGAAAATAAAGTGTTGGAGGCAGTTCAGATGTTCAGATTGATGTGCGAG 699
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 598 GGGTTAGCTCGGGAAAATAAAGTGTTGGAGGCAGTTCACATGTTCAGATTGATGTGTGAG 657
Query 700 AAAGGCGTGCAGGTGGATTCTGTTTGCTTATCTAATATTCTTAGCATCTCTGCTCCAAGA 759
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 658 AAAGGTGTGCAGGTGGATTGTGTTTGCTTATCTAATATTCTCAGCATCTCTGTTCCAAGA 717
Query 760 GAAGGATGTGATAGCCTGAGTGAAATCTATGGCAATGAGCTTGGGAAACAGATTCATTGT 819
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||
Sbjct 718 GAAGGATGTGATAGCCTGAGTGTAATCTATGGCAATGTGCTCGGGAAACAGATCCATAGT 777
Query 820 CTTGCTTTGAGACTTGGGTTTGGAGGAGATCTTCATCTGAACAATTCGTTGCTTGAAATA 879
||||| || |||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 778 CTTGCGTTAAGACGTGGGTTCGTAGGAGAACTTCATCTGAACAATTCGTTGCTCGAAATA 837
Query 880 TATGCAAAGAATAAAGACATGAATGGTGCAGAGCTAATTTTTGCTGAGATGCCTGAAGTG 939
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 838 TATGCAAAGAATAAAGACATGAATGGCGCAGAGCTGATTTTTACTGAGATGCCTGAAGTG 897
Query 940 AATGTTGTCTCTTGGAACATAATGATAGTTGGGTTTGGTCAGGAGTATCGAAGTGACAAA 999
|||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 898 AATGTTGTCTCTTGGAACATTATGATAGCTGGGTTTGGCCAGGAATATCGAAGTGACAAA 957
Query 1000 TCTGTTGAAT-TCCTAACGAGAATGAGAGATTCTGGTTTTCAACCAAATGAAGTTACTTG 1058
|| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 958 TCCATTGAAAATC-TAAAGAGAATGAGAGATTCTGGTTTTGAACCAAACGAAGTTACTTG 1016
Query 1059 CATTAGTGTTCTTGGAGCGTGCTTTCGTTCAGGGGATGTCGAAACCGGAAGGAGAATATT 1118
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1017 CATTAGTATTCTTGGAGCGTGCTTTCGTTCAGGAGATGTTGAAACCGGTAGGAGAATATT 1076
Query 1119 CAGTAGCATTCCCCAGCCAAGTGTTAGCGCTTGGAATGCTATGCTTTCTGGTTATTCCAA 1178
|| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1077 CAATACCATTCCCCAGCCAAGTGTTAGCGCATGGAATGCTATGCTTTCTGGTTATTCTAA 1136
Query 1179 CTATGAACACTATGAGGAAGCAATAAGCAATTTCAGACAAATGCAGTTTCAGAACCTGAA 1238
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CTATGAGCACTATGAGGAAGCAATAAACAATTTCAGACAAATGCAGTTTCAGAACCTGAA 1196
Query 1239 ACCTGATAAAACCACTTTGAGTGTGATATTAAGTTCGTGTGCGAGATTGAGATTTCTGGA 1298
|||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 ACCTGACAGAACCACTTTGAGTGTGATACTAAGTTCGTGTGCGAGATTGAGATTTCTGGA 1256
Query 1299 AGGAGGGAAGCAGATCCATGGGGTAGTGATAAGGACCGAGATTTC-GAAGAACAGTCACA 1357
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || || ||||||||
Sbjct 1257 AGGAGGGAAACAGATCCATGGGGTAGCGATAAGGACCGAGACTTCTGAGGA-CAGTCACA 1315
Query 1358 TAGTTAGTGGTCTTATTGCAGTGTACTCCGAATGCGAGAAGATGGAGATATCTGAATGTA 1417
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||
Sbjct 1316 TAGTTAGTGGTCTTATTGCAGTGTACTCGGAATGCGAGAAAATGGAGATCTGTGAATGTA 1375
Query 1418 TCTTTGATGATTGTATAAACGAATTGGATATCGCTTGTTGGAACTCGATGATCTCAGGTT 1477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TCTTTGATGATTGTATAAACGAATTGGATATCGCTTGTTGGAACTCGATGATCTCAGGTC 1435
Query 1478 TTAGACACAACATGCTGGACACAAAAGCTCTAATACTCTTTAGAAGGATGCATCAGACT- 1536
|||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1436 TTAGACGCAACACACTGGACACAAAAGCTCTAATGCTCTTCAGAAGAATGCATCAGACTA 1495
Query 1537 GCCGTGTTGTGT-CCTAATGAAACTTCAT-TCGCTACTGTACTAAGTAGCTGTTCAAGGT 1594
| ||||||| | |||||||||||| ||| | |||| |||| || |||||||||||||||
Sbjct 1496 GT-GTGTTGT-TACCTAATGAAACTACATAT-GCTATTGTATTAGGTAGCTGTTCAAGGT 1552
Query 1595 TATGTAGTTTGCTCCATGGAAGACAGTTTCATGGACTGGTAGTGAAGAGTGGATATGTAA 1654
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1553 TATGTAGTTTGGTCCATGGAAGACAGTTTCATGGACAGGTAGTGAAGAGCGGATATGTAA 1612
Query 1655 GTGATTCCTTTGTTGAAACCGCTCTTACCGACATGTACTGCAAGTGTGGGGAAATAGATT 1714
| ||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||| || || |||||||| |
Sbjct 1613 GCGATTCCTTTGTTGAAACAGCTGTTACTGATATGTATTGCAAATGCGGTGAAATAGAAT 1672
Query 1715 CAGCTCGACAGTTCTTCGATGCTGTTTTGAGGAAAAACACGGTTATTTGGAATGAGATGA 1774
|||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 CAGCTCGACAGTTCTTTGATACTGTTTCGAGGAAAAACACGGTTATTTGGAATGAGATGA 1732
Query 1775 TACATGGGTATGGTCATAATGGACGAGGTGATGAAGCTGTTGGTCTCTACAGAAAGATGA 1834
|||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||
Sbjct 1733 TACATGGGTATGCTCATAATGGGCGAGGCGATGAAGCTGTTGATCTATACAGAGAGATGA 1792
Query 1835 TTTCATCAGGAGAGAAGCCTGATGGGATAACCTTCGTTTCTGTCTTGACTGCTTGTAGCC 1894
| ||| | |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1793 TATCAGCGGGAGAGAAACCCGACGGGATAACCTTTGTCTCTGTCTTGACTGCTTGCAGCC 1852
Query 1895 ACTCAGGACTGGTGGAAACCGGGCTTGAGATACTTAGTTCGATGCAGAGA-ATTCATGGA 1953
|||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||
Sbjct 1853 ACTCAGGACTGGTGGATACAGGGCTTGAGATACTCAGTTCAATGCAGAGAGAT-CATGGA 1911
Query 1954 ATTGAGCCGGAGCTGGATCATTACATCTGTATAGTTGATTGTCTTGGAAGAGCTGGCCGG 2013
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1912 ATTGAACCGGAGCTGGATCATTACATCTGTACAGTTGATTGTCTTGGAAGAGCTGGTCGT 1971
Query 2014 CTTGAAGATGCAGAGAAGCTTGCAGAAGCTACACCATACAAAAGTAGCTCTGTTCTATGG 2073
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1972 CTTGAAGATGCAGAGACGCTTGCAGAAGCTACACCATACAAAAGCAGCTCTGTTCTATGG 2031
Query 2074 GAGATTCTACTAAGTTCATGTAGAGTCCATGGAGATGTGAGCTTGGCTAGACGAGTTGCA 2133
||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 GAGATTCTACTTAGTTCATGTAGAGTCTATGGCGATGTGAGCTTGGCTAGACGAGTTGCA 2091
Query 2134 GAAAAACTAATGCGTCTGGATCCTCAGAGCTCAGCAGCATATGTGCTGCTAAGCAACACA 2193
|| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 GAGAAACTAATGCATCTGGATCCTCAGAACTCAGCAGCATATGTGCTGCTAAGCAACACA 2151
Query 2194 TATAGTTCTTTGAGACAGTGGGATGATTCTGCAGCTCTTCAAGGATTAATGAACAAGAAC 2253
|||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2152 TATAGTTCAGTCAGACAGTGGGATGACGCTGCAGCTCTTCAAGAATTAATGAACAAGAAC 2211
Query 2254 AGAGTTCATAAAACTCCAGGTCAAAGCTGGACCACATATGGCAATGATTTGGACTCAGGG 2313
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 AGAGTTCATAAAACTCCAGGTCATAGCTGGATCACATATGGCAATGATTTGGACTCAGGA 2271
Query 2314 TTTCGAAAATAG 2325
||||||||||||
Sbjct 2272 TTTCGAAAATAG 2283
Score = 95.3 bits (51), Expect = 2e-18
Identities = 57/60 (95%), Gaps = 0/60 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGTAGCGGAGGGAATAAGTATTTAGCGAGTCTCTTGCGTTGTTATAGAGATGAAAGG 60
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGCGTAGTGGAGGCAATAAGTATTTAGCGAGTCTCTTGCGTTGTTACAGAGATGAAAGG 60
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87569473255
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5