BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G20940.1
Length=3176
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg329505 jgi|Araly1|329505|fgenesh1_pm.C_scaffold_7001732 4793 0.0
> Ahg329505 jgi|Araly1|329505|fgenesh1_pm.C_scaffold_7001732
Length=2934
Score = 4793 bits (2595), Expect = 0.0
Identities = 2823/2936 (96%), Gaps = 4/2936 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGGCAACTTCCATCACAGGACATCATGGCATTGCTTGAATTCAAGAAAGGCATCAAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGGGCAACTTCCATCACAGGACATCATGGCATTGCTTGAATTCAAGAAAGGGATCAAA 60
Query 61 CATGACCCTACAGGGTTTGTCCTTAATTCATGGAACGATGAGTCTATTGACTTCAATGGT 120
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CATGACCCTACAGGGTTTGTTCTTAATTCATGGAACGATGAGTCTATTGACTTCAATGGT 120
Query 121 TGTCCTTCTTCATGGAATGGTATTGTCTGCAATGGCGGTAATGTGGCTGGTGTTGTTTTG 180
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGTCCTTCTTCTTGGAATGGTATTGTCTGCAATGGTGGTAATGTGGCTGGTGTTGTTTTG 180
Query 181 GATAATTTGGGTTTGACTGCTGATGCTGATTTCAGTCTGTTCTCCAACTTGACAAAGCTT 240
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 181 GATAATTTGGGCTTGACTGCTGATGCTGATTTCAGTCTGTTTTCCAACTTGACTAAGCTT 240
Query 241 GTCAAGCTATCTATGTCAAACAATTCCCTTTCTGGTGTGTTGCCAAATGATTTAGGCAGT 300
||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 241 GTCAAACTATCTATGGCCAACAATTCCATTTCTGGTGTGTTGCCAAATAACTTAGGCAGT 300
Query 301 TTCAAAAGCCTCCAGTTCCTGGATTTATCAGATAATCTGTTCTCTTCTTCATTGCCTAAA 360
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTCAAAAGCCTCCAGTTCCTGGATTTATCTGATAATCTGTTCTCTTCTTCATTGCCTAAA 360
Query 361 GAGATTGGTAGATCAGTAAGCTTGAGGAATCTTTCTTTATCTGGTAACAACTTTTCTGGT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGATTGGTAGATCAGTAAGCTTGAGGAATCTTTCTTTAGCTGGTAACAACTTTTCTGGT 420
Query 421 GAGATTCCAGAGTCTATGGGTGGTTTGATTTCACTTCAGTCGTTGGATATGAGTAGCAAC 480
|||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 421 GAGATTCCGGAGTCTATGGGTGGGTTGACTTCGCTTCAGTCGTTGGATATGAGTCTCAAC 480
Query 481 TCCTTATCTGGACCTTTGCCAAAGTCCTTGACAAGGCTGAACGATCTGCTGTACTTGAAT 540
|| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCTTTATCTGGACCTTTGCCAAAGTCCTTGACAACGCTGAACGATCTGCTGTACTTGAAT 540
Query 541 CTGTCTTCTAATGGATTCACGGGGAAAATGCCAAGGGGCTTTGAGTTGATTTCAAGTCTT 600
|||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGTCTTCTAATGGATTCTTGGGGAAAATCCCGAGGGGCTTCGAGTTGATTTCAAGTCTT 600
Query 601 GAAGTGCTTGATTTGCATGGTAATTCAATTGATGGTAATCTTGATGGGGAGTTTTTCCTT 660
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GAAGTACTTGATTTGCATGGTAATTCAATTGATGGTAATCTTGATGGGGAGTTTTTCCTT 660
Query 661 TTAACGAATGCGAGCTATGTCGATATCAGTGGAAACAGATTGGTGACGACGTCTGGGAAA 720
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 661 TTAACGAATGCGAGCTATGTCGATTTCAGTGGAAACAGATTGGTGACAACGTCTGGGAAA 720
Query 721 CTGTTACCTGGTGTTTCTGAGAGTATCAAGCACTTGAATCTCAGCCATAATCAGCTTGAA 780
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTGTTACCTGGTGTTTCTGAGAGCATCAAGCACTTAAATCTCAGCCATAATCAGCTTGAA 780
Query 781 GGTTCATTGACTAGTGGGTTTCAGTTGTTTCAGAACTTAAAAGTCTTGGATCTTAGCTAC 840
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GGTTCATTGACTAGTGGGCTTCAGTTGTTTCAGAACTTAAAAGTCTTGGATCTTAGCTAC 840
Query 841 AA-CATGTTATCTGGAGAATTACCAGGTTTCAATTATGTCTATGATCTTGAAGTTCTCAA 899
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AACCA-GTTATCTGGAGAATTACCAGGTTTCAATTATGTCTATGATCTTGAAGTTCTCAA 899
Query 900 GCTTAGCAACAACAGATTCTCAGGTTCCCTTCCCAATAATTTGTTAAAAGGTGACTCTTT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 900 GCTTAGCAACAACAGATTCTCAGGTTCCCTTCCCAATAATTTGTTAAAAGGTGACTCCTT 959
Query 960 GCTTTTAACAACGCTGGATTTAAGTGGCAACAATCTCTCAGGGCCAGTAAGTTCTATCAT 1019
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCTTTTAAAAACGCTGGATTTAAGTGGCAACAATCTCTCAGGGCCAGTAAGTTCTATCAT 1019
Query 1020 GTCAACTACTCTTCACACCCTTGATCTTTCTTCAAATTCACTGACCGGGGAGCTTCCTCT 1079
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GTCAACAACTCTTCACACCCTTGATCTTTCTTCAAATTCACTGACCGGGGAGCTTCCTCT 1079
Query 1080 CTTGACTGGGGGATGTGTTTTACTCGATCTCTCAAACAACCAGTTTGAAGGAAATCTGAC 1139
|||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1080 CTTGACTGGGGGCTGTGTTTTACTTGACCTCTCAAACAACCAGTTTGAAGGAAATCTTAC 1139
Query 1140 AAGATGGTCAAAATGGGAGAATATAGAGTACCTTGATCTAAGCCAGAACCATTTCACTGG 1199
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AAGATGGTCAAAATGGGAGAATATCGAGTACCTTGATCTCAGCCAGAACCATTTCACTGG 1199
Query 1200 GTCGTTCCCAGACGCAACTCCCCAGCTTCTGCGAGCAAATCATCTTAATCTTTCCTACAA 1259
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GTCGTTCCCAGACGTAACTCCCCAGCTTCTGCGAGCAAATCATCTTAATCTTTCCTACAA 1259
Query 1260 TAAGCTCACAGGCTCACTTCCAGAACGGATTCCAACTCACTATCCGAAGCTTCGGGTACT 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1260 TAAGCTCACAGGCTCACTTCCAGAACGGATTCCAACTCATTATCCGAAACTTCGGGTACT 1319
Query 1320 TGATATAAGTTCTAACAGCTTAGAAGGGCCAATTCCAGGTGCGTTACTATCCATGCCCAC 1379
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGATATAAGTACTAACAGCTTAGAAGGGCCAATCCCAGGTGCATTACTATCCATGCCCAC 1379
Query 1380 TTTGGAGGAAATCCACCTTCAAAACAATGGCATGACAGGTAACATCGGACCCCTGCCTTC 1439
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1380 TTTGGAGGAGATCCACCTTCAAAACAATGGCATGACAGGTAACATTGGGCCCCTGCCTTC 1439
Query 1440 TTCTGGTTCCAGAATCCGTCTTCTTGATCTTTCTCACAACCGGTTTGACGGGGATCTTCC 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1440 TTCTGGTTCCAGAATCCGTCTTCTTGATCTTTCTCACAACCGGTTTGACGGCGATCTTCC 1499
Query 1500 TGGTGTATTCGGGTCTTTAACCAATCTTCAAGTGCTGAATCTCGCAGCAAATAATTTGTC 1559
||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TGGTGCATTAGGATCTTTAACCAATCTTCAAGTGCTGAATCTCGCAGCAAATAATTTGTC 1559
Query 1560 TGGCTCTTTGCCTAGCTCCATGAATGACATTGTCTCTCTAAGCTCATTAGACGTATCCCA 1619
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TGGCTCTTTGCCTAGCTCCATGAATGACATGGTCTCTCTAAGCTCATTAGACGTATCCCA 1619
Query 1620 GAATCATTTCACTGGACCACTCCCAAGCAACTTATCTAGCAACATTATGGCCTTCAACGT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||
Sbjct 1620 GAATCATTTCACTGGACCACTCCCAAGCAACTTATCTAGCAGCCTTATGGCCTTTAACGT 1679
Query 1680 GTCATATAATGATCTATCAGGGACTGTGCCAGAGAATCTGAAGAACTTCCCTCCGCCTTC 1739
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GTCATACAATGATCTATCAGGGACTGTACCAGAGAATCTGAAGAACTTCCCTCCGCCTTC 1739
Query 1740 CTTTTATCCTGGAAACAGCAAGCTCGT-CTTGCCTGCTGGGTCCCCTGGATCAAGTGCAT 1798
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1740 ATTTTATCCTGGAAACAGCAAGCTC-TCCTTGCCTGCTGGATCCCCTGGTTCAAGTGCAT 1798
Query 1799 CAGAAGCTTCCAAGAATAAATCCACGAACAAACTTGTTAAGGTTGTCATAATAGTTTCTT 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1799 CAGAAGCTTCCAAGAATAAATCCACGAACAAACTTGTTAAGGTTGTCATAATAGTTTCGT 1858
Query 1859 GCGCTGTTGCTCTAATTATTCTCATCCTTGTGGCTATCCTCCTTTTCTGCATCTGCAAAT 1918
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1859 GCGCCGTTGCTCTAATTATTCTCATCCTTGTGGCTATCCTCCTTTTCTGTATCTGCAAAT 1918
Query 1919 CAAGAAGGCGCGAAGAACGTAGTATTACTGGTAAAGAAACTAATAGGCGGGCTCAAACTA 1978
||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1919 CAAGAAGACGCGAAGAGCGTAGTATTACAGGTAAAGAAATTAATAGGCGGGCTCAAACAA 1978
Query 1979 TCCCCTCAGGCAGCGGAGGTGGTATGGTTGTCTCTGCTGAGGATCTGGTTGCTTCAAGAA 2038
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1979 TACCCTCAGGCAGTGGAGGTGGTATGGTTGTCTCTGCTGAAGATCTCGTTGCTTCAAGAA 2038
Query 2039 AAGGCTCATCATCCGAAATCCTCAGTCCAGATGAAAAACTAGCTGTTGCAACCGGCTTCT 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 AAGGCTCATCATCCGAAATCCTCAGTCCAGATGAAAAACTAGCTGTTGCAACCGGCTTCT 2098
Query 2099 CTCCTTCTAAGACCAGCAATTTGTCTTGGTCACCTGGCTCAGGAGATTCATTCCCAGCTG 2158
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 CTCCTTCCAAGACCAGCAATTTATCTTGGTCACCTGGCTCAGGAGATTCATTCCCAGCTG 2158
Query 2159 ATCAGCAACTAGCACGGCTTGATGTGAGGTCACCAGATAGACTTGTGGGAGAGCTGCATT 2218
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 ATCAGCAACTAGCACGGCTTGATGTTAGGTCACCGGATAGACTTGTGGGAGAGCTGCATT 2218
Query 2219 TTCTGGATGATTCAATTAAGTTGACTCCAGAGGAATTATCAAGGGCACCAGCTGAAGTTC 2278
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2219 TTCTGGATGATTCAATCAAGTTGACTCCAGAGGAATTATCGAGGGCGCCAGCTGAAGTTC 2278
Query 2279 TGGGAAGAAGTAGCCACGGCACTTCTTACAGGGCAACGCTGGATAATGGAGTGTTTCTAA 2338
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 2279 TGGGAAGAAGTAGCCACGGGACTTCTTATAGGGCAACACTGGATAATGGAGTGTTTTTAA 2338
Query 2339 CAGTGAAATGGCTAAGAGAAGGAGTGGCAAAGCAGAGAAAGGAGTTTGCTAAAGAGGTGA 2398
| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 CCGTAAAATGGCTAAGAGAAGGCGTGGCAAAGCAGAGAAAGGAGTTTGCTAAAGAGGTGA 2398
Query 2399 AGAAATTTTCTAACATTAGACATCCTAATGTTGTGACTCTCCGAGGAGCTGTTCCACACG 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 AGAAATTTTCTAACATTAGACATCCTAATGTTGTGACTCTCCGAGGAGCTGTTCCACACG 2458
Query 2459 GTAACCTCAAGGCAACAAACATTCTCTTAGATGGAGCAGAGCTAAACGCGCGTGTGGCAG 2518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||
Sbjct 2459 GTAACCTCAAGGCAACAAACATTCTCTTAGATGGAGCAGAGCTTAATGCACGTGTAGCAG 2518
Query 2519 ATTACTGCCTCCACCGTCTCATGACACAAGCAGGCACAGTCGAACAGATTCTAGACGCAG 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 ATTACTGCCTCCACCGTCTCATGACACAAGCAGGCACAGTCGAACAGATTCTAGACGCAG 2578
Query 2579 GAATCCTCGGTTACCGAGCTCCCGAGCTAGCAGCTTCAAGAAAACCATTACCTTCTTTCA 2638
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2579 GAATCCTCGGTTACCGAGCTCCCGAGCTAGCAGCTTCAAGAAAACCGTTACCTTCTTTCA 2638
Query 2639 AATCAGATGTATATGCGTTTGGTGTGATACTTCTTGAGATCCTAACCGGAAGATGTGCAG 2698
|||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2639 AATCAGATGTCTATGCATTCGGTGTGATACTTCTTGAGATCCTAACGGGAAGATGTGCAG 2698
Query 2699 GAGATGTAATCACAGGTGAGCAAGAAGGTGTTGATCTAACCGATTGGGTTAGGTTACGTG 2758
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 GAGATGTGATCACAGGTGAACAAGAAGGTGTTGATCTAACCGATTGGGTTAGGTTACGTG 2758
Query 2759 TTGCAGAAGGGCGTGGTGCAGAATGCTTTGATTCGGTATTGACTCAGGAGATGGGAAGTG 2818
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TTGCAGAAGGGCGCGGTGCAGAATGCTTTGATTCTGTATTGACTCAGGAGATGGGAAGTG 2818
Query 2819 ATCCGGTAACAGAAAAAGGCATGAAAGAAGTTCTTGGGATTGCTTTGAGGTGTATAAGAT 2878
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 ATCCGGTTACAGAGAAAGGCATGAAAGAAGTTCTTGGGATTGCTTTGAGGTGTATAAGAT 2878
Query 2879 CAGTTTCTGAGAGACCTGGTATTAAGACCATTTACGAAGATCTTTCTTCTATTTAG 2934
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2879 CGGTTTCTGAGAGACCTGGTATTAAGACCATTTATGAAGATCTTTCTTCAATTTAG 2934
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119984271750
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5