BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G21300.1
Length=2574
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492753 jgi|Araly1|492753|fgenesh2_kg.7__2186__AT4G21300.1 4078 0.0
> Ahg492753 jgi|Araly1|492753|fgenesh2_kg.7__2186__AT4G21300.1
Length=2562
Score = 4078 bits (2208), Expect = 0.0
Identities = 2462/2582 (95%), Gaps = 28/2582 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGTATCTCCTCAGTCGCTAAGCGCTTCGCGCCAGCAATCGCTCCGTACAAAAAATCC 60
||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGTATCTCCTCAGTCGCTAAGCGCTT-----C-G---T---TCCGTACAAAAAATCC 48
Query 61 CTTCCATTGAGAAATTCGTCTCGATTTCTCGAAGAAACTATCCCTCGTCGACTTAGTTTA 120
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 49 CTTCCACTGAGAAATTCGTATCGATTTCTCGAAGAAACTCTCCCTCGTCGACTTAGTTTA 108
Query 121 CTTCTACAAGCTTGCTCTAACCCAAATCTTCTTCGACAAGGTAAGCAAGTTCACGCCTTT 180
||| |||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 109 CTTTTACAAGATTGCTCTAACCTAACTCTGCTTCGACAAGGTAAGCAAGTTCACGCCTTT 168
Query 181 CTAATCGTAAACAGCATTTCCGGTGATAGCTATACCGATGAGAGGATCTTGGGGATGTAT 240
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 169 CTAATCGTAAACAGAATCTCCGGTGATAGCTATACCGATGAGAGGATCTTGGGGATGTAT 228
Query 241 GCAATGTGTGGTAGCTTTTCAG-ATTGTGGTAAAATGTTTTACAGACTAGATTTAAGGCG 299
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| | | |
Sbjct 229 GCAATGTGTGGTAGCTTTTC-GAATTGTGGTAAAATGTTTTACAGACTTGATTCACGACT 287
Query 300 TAGTAGCATCAGGCCATGGAATTCGATTATCAGCAGTTTTGTTCGAAAT-GGTTTGTTGA 358
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||
Sbjct 288 TAGTAGCATCAGGCCATGGAATTCAATTATCAGCAGTTTTGTTCG-AATGGGTTTATTGA 346
Query 359 ATCAAGCTTTGGCATTTTACTTCAAGATGCTCTGTTTTGGAGTTAGTCCTGATGTATCTA 418
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 347 ATCAAGCTTTGGCGTTTTACTTCAAGATGCTCTGTTTTGGAGTTAGTCCTGATGTATCTA 406
Query 419 CGTTTCCTTGTCTCGTTAAAGCTTGTGTTGCTTTGAAGAATTTTAAAGGGATTGACTTTC 478
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 407 CGTTTCCTTGTCTCGTCAAGGCTTGTGTTGCTTTGAAGAATTTCAAAGGGATTGAGTTTC 466
Query 479 TTTCTGATACGGTTTCTTCTCTTGGGATGGATTGTAATGAGTTTGTGGCGAGTTCTTTGA 538
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 467 TTTCTGATACGGTTTCTTCTCTTGGGATGGATTGTAATGAGTTTGTTGCGAGTTCTTTGA 526
Query 539 TCAAAGCTTATCTTGAGTATGGAAAGATCGATGTGCCGAGTAAATTGTTTGATAGAGTTC 598
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||
Sbjct 527 TCAAAGCTTATCTTGAGTATGGAAAGATTGATGTGGCGGGTAAGTTGTTTGATAGAGTTC 586
Query 599 TTCAGAAAGATTGTGTTATATGGAATGTAATGCTTAATGGGTATGCAAAGTGTGGAGCTT 658
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 TTCAGAAAGATTGTGTTATATGGAATGTGATGCTTAATGGGTATGCAAAGTGTGGAGCTT 646
Query 659 TGGATAGTGTTATAAAAGGGTTTAGTGTAATGAGGATGGATCAGATTAGTCCTAATGCTG 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 CGGATAGTGTTATAAAAGGGTTTAGTGTAATGAGGATGGATCAGATTAGTCCTAATGCTG 706
Query 719 TCACCTTTGATTGCGTTTTATCGGTGTGTGCATCTAAGTTGTTGATTGATCTCGGAGTTC 778
| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 707 TTACGTTTGATTGTGTTTTATCTGTGTGTGCATCTAAGTTGTTGATTGATCTCGGAGTTC 766
Query 779 AGCTTCATGGTCTAGTGGTTGTTTCTGGGGTT-GATTTTGAAGGCTCTATCAAAAACTCA 837
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 767 AGCTTCATGGTCTAGTGGTTGTTTCT-GGGTTGGATTTTGAAGGCTCTATCAAGAACTCA 825
Query 838 CTTTTATCTATGTATTCAAAATGTGGTCGTTTTGATGATGCG-TCTAAGTTGTTTCGGAT 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 826 CTTTTATCTATGTATTCAAAATGTGGTCGTTTTGATGATGCGAT-TAAGTTGTTTCGGAT 884
Query 897 GATGTCTCGTGCTGATACTGTGACGTGGAATTGCATGATATCTGGATATGTTCAGAGTGG 956
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 GATGTCTCGTGCTGATACTGTGACCTGGAATTGCATGATATCTGGATATGTTCAGAGTGG 944
Query 957 ATTAATGGAAGAAAGCTTAACCTTTTTCTATGAGATGATTTCTTCAGGTGTCTTGCCTGA 1016
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 945 ATTAATGGAAGAAAGCTTAATCTTTTTCTATGAGATGATATCTTCAGGTGTCTTACCTGA 1004
Query 1017 TGCTATCACATTTTCTAGTTTGCTTCCATCAGTTTCTAAGTTTGAAAACCTTGAGTATTG 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1005 TGCTATCACATTTTCTAGTTTGCTTCCATCAGTTTCTAAGTTTGAGAACCTTGAGTATTG 1064
Query 1077 TAAGCAAATTCATTGCTATATTATGAGACATAGCATATCGTTGGATATCTTCTTAACTAG 1136
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1065 TAGGCAAATTCATTGCTATATTATGAGACATAGCATATCGCTGGATATCTTCTTAACGAG 1124
Query 1137 TGCTCTTATTGATGCCTATTTTAAGTGTAGGGGTGTTTCTATGGCACAAAATATTTTCAG 1196
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1125 TGCTCTTATTGATGCCTATTTTAAGTGCAGGGGTGTTTCTATGGCACAAAAGATTTTCAG 1184
Query 1197 TCAGTGTAACTCAGTTGATGTTGTAGTGTTCACGGCGATGATCTCTGGTTATTTGCATAA 1256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1185 TCAGTGTAACTCAGTTGATGTTGTAGTGTTCACGGCGATGATCTCTGGGTATTTGCATAA 1244
Query 1257 TGGCTTATACATTGATTCTCTGGAGATGTTTAGGTGGCTTGTTAAGGTAAAAATCAGTCC 1316
|||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1245 CGGCTTAAATATCGATGCTCTAGAGATGTTTAGGTGGCTTGTTAAGGTAAAAATAAGTCC 1304
Query 1317 AAATGAGATAACTCTGGTGTCTATTTTACCTGTAATTGGTA-TTTTGTTGGCATTGAAAC 1375
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1305 AAATGAGATAACTCTGGTGTCTATTTTACCGGTAATTGG-AGGTTTGTTGGCATTGAAAC 1363
Query 1376 TCGGGAGGGAACTTCATGGTTTCATCATCAAGAAAGGTTTCGATAATAGGTGCAATATTG 1435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1364 TCGGGAGGGAACTTCATGGTTTCATCATCAAGAAAGGTTTCGATAACAGCTGCAATATTG 1423
Query 1436 GATGTGCTGTTATCGACATGTATGCTAAGTGTGGGAGAATGAATCTTGCTTATGAGATTT 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1424 GATGTGCTGTTATCGACATGTATGCTAAGTGTGGGAGAATGAATCTTGCTTATGAAATTT 1483
Query 1496 TTGAGAGACTCTCCAAGAGGGATATTGTTTCGTGGAATTCAATGATCACACGTTGTGCCC 1555
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 TTGGGAGACTCTCTAAGAGGGATATTGTTTCGTGGAATTCAATGATCACACGTTGTGCCC 1543
Query 1556 AGAGCGATAATCCTAGTGCGGCTATTGATATTTTCCGTCAAATGGGAGTTTCAGGAATCT 1615
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 AGAGCGATAATCCAAGTGCGGCTATTGATATTTTCCGTCAAATGGGAGTTTCAGGAATCT 1603
Query 1616 GTTATGATTGTGTTAGTATTTCAGCTGCTCTCTCTGCTTGTGCAAACTTACCTTCAGAAA 1675
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 GTTTTGATTGTGTGAGTATTTCAGCTGCTCTCTCTGCTTGTGCAAACTTACCTTCAGAAA 1663
Query 1676 GTTTTGGCAAAGCTATTCACGGTTTCATGATAAAGCATTCACTTGCTTCGGATGTATATA 1735
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1664 GTTTTGGGAAAGCTATTCACGGTTTCATGATAAAGCATTCACTTGCTTTGGATGTATATA 1723
Query 1736 GTGAAAGCACATTGATAGACATGTATGCTAAGTGTGGAAACCTGAAAGCTGCCATGAATG 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 GTGAAAGCACATTGATAGACATGTATGCTAAGTGTGGAAACCTGAAAGCTGCCATGAATG 1783
Query 1796 TGTTTAAGACGATGAAAGAAAAGAACATTGTTTCATGGAATAGCATCATTGCTGCATGTG 1855
||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1784 TGTTTGATACGATGAAAGAAAAGAACATTGTTTCGTGGAATAGTATCATTGCTGCATATG 1843
Query 1856 GAAACCACGGGAAGCTAAAAGATTCCCTCTGTTTATTTCATGAAATGGTTGAAAAAAGCG 1915
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 GAAACCATGGGAAGCTAAAAGATTCCCTCTGTTTATTTCATGAAATGGTTGAAAAAAGCG 1903
Query 1916 GAA-TCCGGCCTGATCAAATCACATTTCTTGAGATAATATCTTCT-TGTTGTCATGTTGG 1973
||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1904 GAAATC-GTCCTGATCAAATCACATTTCTTGAGATAATATCTT-TGTGTTGTCATGTTGG 1961
Query 1974 AGATGTTGATGAAGGAGTCCGCTTCTTCAGATCCATGACTGAGGATTATGGAATCCAACC 2033
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1962 AGATGTTGATGAAGGAGTCCGCTTCTTCAGATCCATGACTCAGGATTATGGAATCCAACC 2021
Query 2034 GCAGCAGGAGCATTACGCTTGCGTTGTGGATCTGTTTGGACGAGCTGGTCGGTTAACG-G 2092
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2022 GCAGCAGGAGCATTACGCGTGCGTTGTGGATCTGTTTGGACGAGCTGGTCGGTTAA-GTG 2080
Query 2093 AAGCTTATGAAACTGTTAAGAGCATGCCGTTTCCTCCAGATGCAGGAGTTTGGGGAACAT 2152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2081 AAGCTTATGAAACTGTTAAGAGCATGCCGTTTCCTCCAGATGCAGGAGTTTGGGGAACGT 2140
Query 2153 TACTTGGAGCCTGTCGGCTTCACAAGAATGTCGAACTTGCTGAAGTTGCTTCAAGCAAGT 2212
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 2141 TACTTGGAGCCTCTCGGCTTCACAAGAATGTCGAACTTGCTAAAGTTGCTTCAAGCAGGT 2200
Query 2213 TAATGGATTTGGATCCCTCGAATTCTGGTTACTATGTGTTGATTTCGAATGCGCATGCTA 2272
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2201 TAATGGATTTGGATCCCTGGAATTCTGGTTACTATGTGTTGATTTCGAATGCGCATGCTA 2260
Query 2273 ATGCCAGGGAATGGGAAAGTGTGACGAAAGTACGGAGTTTAATGAAAGAGAGAGAAGTTC 2332
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2261 ATGCGGGGGAATGGGAAAGTGTGACAAAAGTACGGAGTTTAATGAAAGAGAGAGAAGTTC 2320
Query 2333 AGAAAATTCCTGGTTATAGTTGGATAGAAATCAACAAAAGAACTCATTTGTTTGTTTCTG 2392
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2321 AGAAAATTCCTGGTTATAGTTGGATCGAAATCAACAAAATAACGCATTTGTTTGTTTCTG 2380
Query 2393 GCGATGTAAATCATCCCGAGTCTTCACATATCTATTCTTTGCTAAATTCGCTTCTCGGAG 2452
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2381 GCGATGTAAATCATCCCGAGTCTTCTCATATCTATTCTTTGCTAAATTCGCTTCTCGAAG 2440
Query 2453 AGCTGAGGCTAGAAGGATATATTCCACAGCCTTACCTTCCATTGCACCCAGAGTCATCGA 2512
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2441 AGCTGAGGCTAGAAGGATATATTCCACAGCCTTATCTTCCATTGCACCCAGAGTCATCAA 2500
Query 2513 GAAAAGTATATCCGGTTTCAAGATTCATTGAGAAAGAAATGAGAGATCCAGACAAAGTAT 2572
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2501 GAAAAGTAAATCCAGTTTCAAGATTCATTGAGAAAGGAATGAGAGATCCAGACAAAGTGT 2560
Query 2573 AG 2574
||
Sbjct 2561 AG 2562
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97053944260
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5