BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G21390.1
Length=2762
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946051 jgi|Araly1|946051|scaffold_702280.1 4034 0.0
> Ahg946051 jgi|Araly1|946051|scaffold_702280.1
Length=2592
Score = 4034 bits (2184), Expect = 0.0
Identities = 2462/2598 (95%), Gaps = 12/2598 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 89 CCAACACTAAACCCCAAGAAAATGAGATTCTTCCGCAAAACCTCACTTTATCTTTCTCTC 148
||||||| ||| ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1 CCAACACCAAAACCCAAGAAAATGAAAATCTTTCGCAAAACCTCACTTTCTCTTCCTCTG 60
Query 149 TTCT-TATACTTCTTTCTTTATGAATCTTCCATGGCTGCAAATACAATCAGAAGAGGCGA 207
|| | | | |||||| || |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||
Sbjct 61 TT-TATCTTCTTCTTCCTCTATGAATCTTCCATAGCTGCAGATACACTCAGAAGAGGTGA 119
Query 208 ATCTTTAAGAGACGGAATCAATCACAAACCTTTAGTCTCTCCACAAAAGACATTCGAGCT 267
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 120 ATCTTTAAGAGACGGTCTAAATCACAAACCTTTAGTCTCTCCAAAAAAGACATTCGAACT 179
Query 268 AGGTTTCTTCAGTCCTGGAAGCTCTACGCATCGTTTCCTAGGGATTTGGTATGGGAA-CA 326
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 180 CGGTTTCTTTAGTCCTGGAAGCTCCACGCATCGTTTCCTAGGGATTTGGTAT-GGAAGCA 238
Query 327 TCGAGGATAAAGCTGTGGTATGGGTAGCAAACAGAGCAACTCCAATTTCAGACCAATCTG 386
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 239 TTGAAGATAAAGCTGTGGTATGGGTAGCAAACAGAGCAAAGCCGATTTCAGACCAATCTG 298
Query 387 GAGTTCTCATGATAAGCAACGATG-GTAATCTCGTGTTATTAGACGGGAAGAACATCACT 445
||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GAGTTCTCACGATAAGCAACGATGAG-AATCTCGTGTTATTAGACGGGAAGAACATCACA 357
Query 446 GTCTGGTCTTCAAACATCGAGTCAAGCACTACCAACAACAACAACAGAGTCGTTTCTATA 505
|||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 GTCTGGTCTTCAAACATCGAATCAAGCACTAACAACAACAACAACAGAGTCGTTTCTATA 417
Query 506 CATGACACTGGGAACTTTGTTTTGTCTGAAACCGACACAGATAGACCTATTTGGGAGAGT 565
|||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 418 CATGACACCGGAAACTTTGTTTTGTCTGAGACCGACACAGATAGAGTTATTTGGGAGAGT 477
Query 566 TTCAATCACCCAACAGATACCTTCTTACCGCAGATGAGAGTTCGTGTGAATCCACAAACC 625
|||||||||||||| ||||| || || || ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TTCAATCACCCAACGGATACGTTTTTGCCTCAGATGAAAGTTCGTGTGAATCCACAAACC 537
Query 626 GGAGACAATCACGCTTTTGTCTCATGGAGATCTGAGACTGATCCTTCCCCTGGTAATTAC 685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 538 GGAGACAATCACGCTTTTGTCTCATGGAGATCTGAGACTGATCCTTCTCCTGGTAATTAC 597
Query 686 TCATTAGGGGTTGATCCCTCTGGAGCACCAGAGATTGTGCTTTGGGA-AGGGAACAAGAC 744
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||
Sbjct 598 TCATTAGGGGTTGATCCTTCTGGAGCACCAGAGATTGTGCTTT-GGAGAGGAAACAAGAC 656
Query 745 GAGGAAATGGAGAAGCGGGCAATGGAACTCTGCGATTTTTACCGGGATTCCGAATATGTC 804
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GAGGAAATGGCGAAGCGGGCAATGGAACTCCGCGATTTTTACCGGGATTCCGAATATGTC 716
Query 805 TCTGTTGACGAATTATCTTTACGGATTCAAGCTTTCATCTCCTCCAGATGAAACAGGTAG 864
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 TCTGTTGACGAATTATCTTTACGGGTTCAAGCTTTCGTCTCCTCCAGATGAAACAGGTAG 776
Query 865 CGTGTACTTCACGTATGTTCCTTCAGATCCATCAG-TGTTACTTAGGTTTAAGGTTCTTT 923
|||||||||||||||||||||||| ||| | || | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 CGTGTACTTCACGTATGTTCCTTCGGATTCGTC-GATGTTACTTAGGTTTAAGGTTCTTT 835
Query 924 ATAATGGAACCGAAGAGGAATTGAGATGGAATGAGACTTTGAAGAAGTGGACTAAGTTTC 983
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 ATAATGGTACTGAAGAGGAATTGAGATGGAATGAGACTTTGAAGAAGTGGACTAAGTTTC 895
Query 984 AGTCTGAGCCAGATAGTGAGTGTGATCAGTATAATCGTTGTGGCAAGTTTGGTATTTGTG 1043
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 AGTCTGAGCCAGATAGTGAATGTGATCAGTATAATCGTTGTGGCAAGTTTGGTATTTGTG 955
Query 1044 ATATGAAGGGCTCTAATGGAATCTGTAGCTGTATTCATGGTTATGAGCAAGTTTCTGTTG 1103
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 956 ATATGAAAGGCTCTAATGGAATCTGTAGCTGTATTCATGGTTATGAGCAAGTTTCTGTAG 1015
Query 1104 GGAATTGGAGTAGAGGTTGTAGAAGAAGAACACCGTTGAAGTGTGAAAGGAACATTAGTG 1163
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
Sbjct 1016 GGAATTGGAGTAGAGGTTGTAGAAGAAGAACACCGTTGAAATGTGAGAGGAACATTAGCG 1075
Query 1164 TTGGAGAGGATGAGTTCTTGACTTTGAAATCTGTGAAGTTGCCTGATTTTGAAATTCCTG 1223
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1076 TTGGAGAGGATGAGTTCTTGACTCTGAAATCTGTGAAGTTGCCTGATTTTGAGATTCCTG 1135
Query 1224 AACATAATCTTGTTGATCCTGAGGATTGCAGAGAGAGGTGTCTGAGGAATTGTTCTTGCA 1283
|||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 CACATGATCTTGTTGATCCTGCGGATTGCAGAGAGAGGTGTCTGAGGAATTGTTCTTGCA 1195
Query 1284 ATGCTTATTCTCTTGTTGGTGGTATTGGATGCATGATTTGGAACCAAGATTTAGTGGATT 1343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1196 ATGCTTATTCTCTTGTTGGTGGTATTGGATGCATGATTTGGAACCAAGATTTAGTCGATT 1255
Query 1344 TACAACAGTTTGAAGCTGGTGGTTCTTCGCTTCATATCCGTCTTGCTGATTCCGAAGTAG 1403
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1256 TACAACAGTTTGAAGCTGGTGGCTCTTCGCTTCATATCCGTCTAGCTGATTCCGAAGTAG 1315
Query 1404 GGGAGAACAGGAAAACAAAGATTGCAGTGATTGTCGCGGTTCTTGTTGGTGTGAT-CTTG 1462
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |
Sbjct 1316 GGGAGAACAAGAAAACCAAGATTGCAGTGATTGTCGCGGTTCTTGTTGGTGTGGTTCTGG 1375
Query 1463 ATAGGAATCTTTGCTCTGCTTCTATGGAGATTCAAGAGAAAGAAAGATGTTTCAGGAGCA 1522
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 -TAGGAATCCTAGCTCTGCTTCTATGGAGATTCAAGAAAAAGAAAGATGTTTCAGGAGCA 1434
Query 1523 TATTGTGGTAAGAACACCGATACATCGGTTGTTGTTGCTGATCTGACCAAGAGCAAAGAA 1582
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1435 TATTGTGGTAAGAACACTGATACATCGGTTGTTGTTGCTGATATGACCAAGAACAAAGAA 1494
Query 1583 ACTACTTCAGCGTTTTCAGGATCAGTAGACATAATGATTGAAGGGAAAGCTGTTAACACA 1642
|| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1495 ACCACTTCGGCGTTTTCAGGATCAGTGGACATAATGATTGAAGGAAAAGCTGTTAACACA 1554
Query 1643 TCCGAGTTACCTGTCTTTTCTCTGAATGCTATAGCCATAGCTACTAATGATTTCTGCAAA 1702
|| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TCTGAGCTACCTGTCTTTTGTCTCAATGCTATAGCCATAGCTACTAATGATTTCTGCAAA 1614
Query 1703 GAAAATGAGCTTGGAAGAGGTGGATTCGGACCAGTCTACAAGGGTGTTCTCGAAGATGGA 1762
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1615 GAAAATGAGCTCGGAAGAGGCGGATTCGGACCAGTCTACAAGGGTGTTCTTGAAGATGGA 1674
Query 1763 CGTGAGATAGCTGTGAAGAGATTGTCTGGTAAATCAGGACAAGGAGTTGATGAATTCAAG 1822
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 CGTGAGATAGCTGTGAAGAGATTGTCTGGTAAATCTGGACAAGGAGTTGATGAATTCAAG 1734
Query 1823 AATGAGATTATTCTCATAGCGAAGCTTCAACATCGGAATCTTGTGAGATTACTTGGATGT 1882
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 AATGAGATCATTCTCATAGCGAAGCTTCAACATCGGAATCTTGTGAGATTACTTGGATGT 1794
Query 1883 TGCTTCGAGGGAGAAGAGAAAATGCTTGTTTATGAGTATATGCCTAACAAGAGCTTGGAT 1942
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1795 TGCTTCGAGGGCGAAGAGAAAATGCTTGTTTATGAGTATATGCCTAACAAGAGCTTAGAT 1854
Query 1943 TTCTTCCTCTTTGATGAAACGAAACAAGCGTTGATAGACTGGAAACTGCGGTTTTCGATA 2002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TTCTTCCTCTTTGATGAAACGAAACAAGCGTTGATAGACTGGAAACTGCGGTTTTCGATA 1914
Query 2003 ATTGAAGGGATTGCGAGAGGATTGCTTTATCTTCATAGAGATTCAAGATTGAGAATCATT 2062
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 ATTGAAGGGATTGCAAGAGGATTGCTTTATCTTCACAGAGATTCAAGATTGAGAATCATT 1974
Query 2063 CATAGAGACTTGAAGGTTAGCAATGTGTTGTTAGATGCAGAGATGAATCCAAAGATCTCA 2122
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1975 CATAGAGATTTGAAGGTTAGCAATGTGTTGTTAGATGCAGAGATGAATCCGAAGATCTCA 2034
Query 2123 GATTTTGGTATGGCAAGGATCTTTGGTGGTAACCAAAATGAAGCTAACACGGTTCGCGTT 2182
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 GATTTTGGTATGGCAAGGATCTTTGGTGGAAACCAAAATGAAGCTAACACGGTTCGCGTC 2094
Query 2183 GTTGGAACTTACGGATACATGTCTCCTGAATACGCGATGGAAGGACTTTTCTCGGTGAAA 2242
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2095 GTTGGAACTTACGGATACATGTCTCCTGAATACGCGATGGAAGGACTTTTCTCGGTAAAA 2154
Query 2243 TCCGATGTTTACAGCTTCGGTGTCTTGTTGCTAGAGATTGTAAGTGGGAAGAGGAACACA 2302
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 TCCGATGTTTACAGCTTCGGTGTATTGTTGCTTGAGATTGTAAGTGGGAAGAGGAACACA 2214
Query 2303 AGTCTTCGATCTTCTGAACATGGAAGTCTCATTGGTTATGCTTGGTATTTGTATACTCAT 2362
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 AGTCTTCGATCTTCTGAACATGGTAGCCTCATTGGTTATGCTTGGTATTTGTATACTCAT 2274
Query 2363 GGGAGATCAGAGGAGCTTGTGGATCCTAAGATCAGGGTCACATGCAGTAAGCGAGAGGCC 2422
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||
Sbjct 2275 GGGAGATCAGAGGAGCTTGTGGATCCAAAGATCAGGGTCACGTGCAATAAGCGTGAGGCA 2334
Query 2423 TTGAGATGCATACACGTAGCGATGCTATGTGTTCAAGATTCGGCTGCGGAGAGACCCAAC 2482
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2335 TTGAGGTGCATACACGTAGCGATGCTGTGTGTTCAAGATTCGGCTGCGGAGAGACCGAAC 2394
Query 2483 ATGGCTTCAGTTTTGCTTATGTTAGAGAGTGACACAGCGACGCTCGCTGCGCCTAGACAA 2542
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 2395 ATGGCTGCAGTTTTGCTCATGTTAGAGAGTGACACAGCGACGCTAGCTGCGCCTAGAGAG 2454
Query 2543 CCAACGTTTACTTCCACCAGAAGAAACTCCATTGATGTCAACTTTGCTCTTGATTCGAGC 2602
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 CCAACGTTTACTTCCAACAGAAGAAACTCTATTGATGTCAACTTTGCTCTTGATTCGAGC 2514
Query 2603 CAACAATACATCGTTTCTTCTAATGAGATCACTTCAACGGTTGTTCTTGGACGATAAGAT 2662
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 CAACAATACATTGTTTCTTCTAATGAGATCACTTCTACGGTTGTTCTTGGACGATAAGAT 2574
Query 2663 TCTTTTGTTTGTTCTTTT 2680
|||||||||||||||||
Sbjct 2575 ACTTTTGTTTGTTCTTTT 2592
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104214910320
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5