BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G21800.1
Length=1393
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492695 jgi|Araly1|492695|fgenesh2_kg.7__2128__AT4G21800.1 2139 0.0
> Ahg492695 jgi|Araly1|492695|fgenesh2_kg.7__2128__AT4G21800.1
Length=1381
Score = 2139 bits (1158), Expect = 0.0
Identities = 1306/1373 (95%), Gaps = 28/1373 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 TGTTTT-CTTCGACGACTGAGATAAAAGATTCATACAAG---A-AAAAA-GCAAATTTCG 78
|||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||||| || ||||| |
Sbjct 13 TGTTTTCCTT-GACGACTGAGATAAAATCTTCATACAAGAAAAGAAAAAGGC-AATTTTG 70
Query 79 CCACTGATGGATCCTATGGAGTCGTCTAGTGAACAGGACATTGTTGAAGAGAGTCAAAAG 138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 71 CCACTGATGGATCCTATGGAGTCGTCTAGTGAACAGGACATTGTTGAAGAGAGTCAAAAG 130
Query 139 CTGGTTGACTCATTGGACAAGCTTCGTGTTAGTGCTGCGAGTTCATCTTCTAATTTCAAG 198
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 131 CTGGTTGACTCATTGGACAACCTTCGTGTTAGTGCTGCCAGTTCATCTTCTAATTTCAAG 190
Query 199 AAGAAGCCTATCATTATTATCGTTGTTGGAATGGCAGGTAGTGGAAAAACTAGCTTTCTT 258
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 191 AAGAAGCCTATCATTATTATTGTTGTTGGAATGGCAGGTAGCGGAAAAACTAGCTTCCTT 250
Query 259 CATCGCTTGGTCTGTCATACTTTTGATTCAAAGAGCCATGGTTATGTGGTGAACCTTGAC 318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 251 CATCGCTTGGTCTGTCATACTTTTGATTCAAAGAGCCGTGGGTATGTGGTGAACCTTGAC 310
Query 319 CCTGCTGTTATGTCTCTACCATTTGGTGCCAACATCGATATAAGAGACACTGTCAAGTAC 378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 311 CCTGCTGTTATGTCTCTACCATTTGGTGCCAACATCGATATAAGAGACACTGTTAAGTAC 370
Query 379 AAGGAAGTTATGAAGCAGTATAATCTGGGTCCTAATGGTGGAATTCTCACTTCACTCAAC 438
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 371 AAGGAAGTTATGAAGCAGTACAATCTGGGGCCTAATGGTGGAATTCTCACGTCACTCAAC 430
Query 439 TTGTTTGCTACTAAATTCGACGAGGTTGTCTCTGTGATTGAGAAACGTGCAGACCAGCTT 498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 431 TTGTTTGCTACTAAATTCGACGAGGTTGTCTCTGTGATTGAGAAACGTGCAGACCAGCTT 490
Query 499 GATTATGTTCTTGTGGACACTCCTGGTCAGATTGAGATCTTTACATGGTCTGCTTCTGGG 558
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 491 GATTATGTCCTTGTGGACACTCCTGGTCAGATTGAAATCTTTACATGGTCTGCTTCTGGG 550
Query 559 GCTATAATCACTGAAGCTTTCGCTTCAACCTTCCCCACTGTTGTCACCTATGTGGTTGAT 618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 551 GCTATAATCACTGAAGCTTTCGCTTCAACCTTCCCCACTGTTGTCACCTATGTGGTTGAT 610
Query 619 ACTCCC-CGTTCCTCAAGCCCAATCACTTTTATGAGCAACATGCTTTACGCTTGTAGTAT 677
|| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 611 AC-CCCACGTTCCTCGAGCCCAATCACTTTTATGAGCAACATGCTCTACGCTTGTAGTAT 669
Query 678 TCTCTACAAGACTCGGTTGCCTCTTGTCTTGGCTTTCAACAAAACTGATGTCGCAGATCA 737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 670 TCTCTACAAGACTCGGTTGCCTCTTGTCTTGGCTTTCAACAAAACCGATGTGGCTGATCA 729
Query 738 CAAGTTTGCTTTAGAGTGGATGGAAGATTTCGAGGTCTTTCAAGCAGCGATTCAGTCTGA 797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 730 CAAGTTTGCTTTAGAGTGGATGGAAGATTTCGAGGTCTTTCAAGCAGCGATACAGACTGA 789
Query 798 TAACTCGTACACGGCGACCTTAGCTAACAGTCTCTCCCTTTCACTCTACGAGTTCTACCG 857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 TAACTCGTACACGGCGACCTTAGCTAACAGTCTCTCCCTTTCACTCTACGAGTTCTACCG 849
Query 858 TAACATAAGATCCGTTGGTGTTTCTGCAATCTCTGGTGCTGGAATGGATGGCTTCTTTAA 917
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 850 GAATATAAGATCTGTTGGTGTTTCTGCAATCTCTGGTGCTGGAATGGATGGCTTCTTCAA 909
Query 918 AGCCATTGAAGCAAGTGCTGAGGAATACATGGAAACTTACAAGGCTGATCTTGACATGAG 977
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 910 AGCCATTGAAGCAAGTGCTGAGGAATACATGGAAACTTACAAGGCTGATCTTGATATGAG 969
Query 978 AAAGGCGGACAAGGAGCGGTTGgaagaagaaagaaagaaacatgaaatggaaaaactaag 1037
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 970 AAAGGCGGACAAGGAGCGGTTGGAAGAAGAACGAAAGAAACATGAAATGGAGAAACTAAG 1029
Query 1038 aaagGATATGGAGAGTTCTCAGGGAGGCACTGTGGTTTTAAACACTGGTTTGAAAGACAG 1097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 AAAGGATATGGAGAGTTCTCAGGGAGGCACTGTGGTTTTAAACACTGGTTTGAAAGACAG 1089
Query 1098 AGATGCAACAGAGAAGATGATGCTAGAGGAGGATGATGAGGACTTTCAGGTTGAAGATGA 1157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 AGATGCAACAGAGAAGATGATGCTAGAGGAGGATGATGAGGACTTTCAGGTTGAAGATGA 1149
Query 1158 AGAAGACAGTGATGATGCCATAGATGAGGATGATGAAGACGACGAGACGAAGCATTACTA 1217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1150 AGAAGACAGTGATGATGCCATAGATGAGGATGATGAAGATGACGAGATGAAACATTACTA 1209
Query 1218 CCTATGAATTAAACTCAAAGACCA----G----G-CTTATCAAGACGCTTGTACTGGTTT 1268
|||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1210 CCTATGAATTAAACTCGAAGACCAAATCGTTCAGACTTATCAAGATGCTTTTACTGGTTT 1269
Query 1269 TGTTTGCGTCCTTCCCTTGTTGTCCCAGTTGTGTAGTTAAAAC--A-----TAAGAATTG 1321
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1270 TGTTTGCGTCTTTCCCTTGTTGTCCCAGTTGTGTAGTTAAAACTTAAAACATAAGAATTG 1329
Query 1322 ATTCTCTTTGTGAGACATTGTCTAATGATCTAATGAC-GAAACTATAAACTAG 1373
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1330 AATCTCTTTGTGAGACATTGTCAAATGATCTAATGACTGAA-CTATAAACTAG 1381
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 52069364915
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5