BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G22130.1
Length=2674
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg945926 jgi|Araly1|945926|scaffold_702155.1 3581 0.0
> Ahg945926 jgi|Araly1|945926|scaffold_702155.1
Length=2152
Score = 3581 bits (1939), Expect = 0.0
Identities = 2079/2147 (97%), Gaps = 7/2147 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 209 ACCGACACGCTAATGGCTATTGGAGATAGAGCTATGTTTACTGTTTTGCTTCTATTCATT 268
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 9 ACCGACACGCTAATGGCTATTGGAGATAGAGCTATGTTCACTGTTTTGCTTATATTCATT 68
Query 269 GCTTCGATCTCTGGATTCTCTGTTGTTCGTTGTGTTACTGATCCATCTGATGTTCAAGCC 328
|||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 69 GCTTTGATCTCTGGATTCTCTATTGTTAGTTGTGTTACTGATCCATCTGATGTTCAAGCC 128
Query 329 CTTCAAGTTTTGTATACTTCACTAAATAGTCCTTCACAGCTAACCAATTGGAAAAATGGT 388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 129 CTTCAAGTTTTGTATACTTCACTAAATAGTCCTTCACAGTTAACCAATTGGAAAAATGGT 188
Query 389 GGTGGTGATCCATGTGGAGAGTCATGGAAAGGGATTACTTGTGAGGGCTCTGCAGTTGTC 448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 189 GGTGGTGATCCATGTGGAGAGTCATGGAAAGGGATTACTTGTGAGGGCTCTGCAGTTGTC 248
Query 449 ACTATAGATATATCGGATTTAGGAGTCTCTGGCACTCTTGGATACTTGCTCTCAGACCTT 508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 249 TCTATAGATATATCGGATTTAGGAGTCTCTGGCACTCTTGGATACTTGCTCTCAGA-CTT 307
Query 509 AA-GTCACTCAGAAAATTGGATGTTAGTGGTAACAGCATCCATGATACACTTCCATATCA 567
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 AATGTCACTCAGAAAATTGGATGTTAGTGGTAACAGCATCCATGATACACTTCCATATCA 367
Query 568 GTTGCCACCGAATCTCACAAGCCTAAATCTTGCGAGAAACAACCTAAGTGGTAACCTTCC 627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 368 GTTGCCACCGAATCTCACAAGCCTAAATCTTGCGAGAAACAACCTAAGTGGTAACCTTCC 427
Query 628 ATACTCCATATCCGCCATGGGTTCTCTTTCGTATATGAATGTAAGTGGTAATTCACTTAC 687
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 428 ATACTCCATATCCGCCATGGGTTCTCTTTCGTATTTGAATGTAAGTGGTAATTCACTTAC 487
Query 688 AATGTCAATAGGAGATATCTTTGCTGATCATAAGTCACTGGCAACCTTGGACCTTTCTCA 747
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 488 TATGTCGATAGGAGATATCTTTGCTGATCACAAGTCACTGTCAACCTTGGACCTTTCTCA 547
Query 748 TAACAACTTCAGTGGCGATCTTCCTAGTTCCTTAAGCACAGTGTCCACACTTTCCGTTCT 807
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 548 TAACAACTTCAGTGGCGATCTTCCGAGTTCCTTAAGCACAGTGTCCGCACTTTCCGTTCT 607
Query 808 TTATGTTCAGAACAATCAATTGACAGGTTCCATCGATGTTCTCTCGGGGTTGCCTTTGAA 867
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 608 TTATGTTCAGAACAATCAGTTGACAGGTTCTATCGATGTTCTCTCGGGTTTGCCTTTGAC 667
Query 868 AACTTTAAATGTTGCAAACAATCATTTCAATGGATCCATACCTAAGGAGCTTAGTTCTAT 927
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 668 AACGTTAAATGTTGCAAACAATCATTTCAATGGATCCATACCTAAGGAGCTTAGCTCTAT 727
Query 928 TCAGACCTTAATATATGATGGTAATTCCTTTGATAACGTCCCTGCCT-CTCCTCAGCCAG 986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 728 TCAGACCTTAATATATGATGGTAATTCCTTTGATAACGTCCCTGC-TACTCCTCAGCCAG 786
Query 987 AAAGACCTGGCAAAAAAG-AGACACCTTCTGGTTCTAAGAAACCCAAAATTGGTTCTGAA 1045
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 AAAGACCTGGCAAAAAAGGAGAG-CCTTCTGGTTCTAAGAAACCCAAAATTGGTTCTGAA 845
Query 1046 GAGAAATCTTCAGACTCTGGCAAGGGTTTGTCTGGTGGAGTAGTCACTGGTATAGTGTTC 1105
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 846 AAGAAATCTTCAGACTCTGGCAAGGGTTTGTCTGGTGGAGTAGTCACTGGTATAGTGTTC 905
Query 1106 GGTTCTCTATTTGTTGCTGGTATTATAGCACTTGTTCTTTACTTGTGCCTTCACAAGAAA 1165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 GGTTCTCTATTTGTTGCTGGTATTATAGCACTTGTTCTTTACTTGTGCCTTCACAAGAAA 965
Query 1166 AAACGGAAAGTTAGAGGAAGTACAAGAGCTTCCCAAAGAAGTCTTCCGCTTAGTGGAACA 1225
||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 966 AAAAGGAAGGTTGGAGGAAGTACAAGAGCTTCCCAAAGAAGTCTTCCACTTAGTGGAACA 1025
Query 1226 CCTGAGGTGCAGGAGCAGAGGGTAAAAAGTGTAGCATCCGTTGCAGACTTGAAGTCTTCA 1285
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 CCTGAGATGCAAGAGCAGAGGGTAAAAAGTGTAGCATCCGTTGCAGACTTGAAGTCTTCA 1085
Query 1286 CCTGCAGAAAAAGTAACGGTTGATCGCGTTATGAAGAACGGCTCTATAAGTAGAATAAGA 1345
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1086 CCTGCAGAAAAAGTAACTGTTGATCGGGTTATGAAGAACGGGTCTATAAGTAGAATAAGA 1145
Query 1346 TCTCCTATCACTGCTTCACAATACACTGTTTCCTCTCTGCAAGTTGCAACAAACAGCTTT 1405
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146 TCTCCAATCACTGCTTCACAATACACTGTTTCCTCTCTGCAAGTTGCAACAAACAGCTTT 1205
Query 1406 AGTCAAGAAAACATCATTGGTGAAGGTTCTCTAGGCCGTGTCTATAGAGCAGAGTTCCCC 1465
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 AGTCAAGAAAACATCATCGGTGAAGGTTCTCTAGGCCGTGTCTATAGAGCAGAGTTCCCC 1265
Query 1466 AATGGAAAGATAATGGCGATTAAGAAGATTGATAATGCAGCACTTTCATTACAAGAAGAA 1525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 AATGGAAAGATAATGGCGATTAAGAAGATTGATAATGCAGCACTTTCATTACAAGAAGAA 1325
Query 1526 GATAATTTCTTAGAAGCCGTTTCAAATATGTCGCGGTTGAGGCATCCAAACATTGTTCCC 1585
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326 GATAATTTCTTAGAAGCCGTTTCAAACATGTCGCGCTTGAGGCATCCAAACATTGTTCCC 1385
Query 1586 TTGGCTGGATACTGCACCGAGCATGGTCAACGTCTTCTAGTGTATGAATATGTAGGAAAT 1645
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1386 TTGGCTGGATACTGCACTGAGCATGGTCAACGTCTTTTAGTGTATGAATATGTGGGAAAT 1445
Query 1646 GGGAATCTAGATGATACGCTTCACACGAATGATGATAGAAGCATGAATCTGACTTGGAAT 1705
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1446 GGGAATCTAGATGATATGCTTCACACGAATGATGATAGGAGCATGAATCTTACTTGGAAT 1505
Query 1706 GCGCGTGTTAAAGTGGCTCTTGGAACTGCCAAGGCTTTAGAGTACTTGCACGAAGTTTGC 1765
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506 GCGCGTGTTAAAGTGGCACTTGGAACCGCCAAGGCTTTAGAGTACTTGCACGAAGTTTGC 1565
Query 1766 TTGCCTTCAATTGTCCATAGAAACTTCAAATCAGCGAATATATTGCTAGACGAAGAACTT 1825
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1566 TTGCCTTCAATTGTACATAGAAACTTCAAATCGGCGAATATATTGCTCGATGAAGAACTT 1625
Query 1826 AATCCTCACCTATCAGACAGTGGTTTAGCTGCTTTGACACCTAACACTGAGAGACAGGTT 1885
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 AATCCTCACTTATCAGACAGTGGTTTAGCTGCTTTGACACCTAACACTGAGAGACAGGTT 1685
Query 1886 TCAACTCAAGTGGTAGGTTCATTTGGATACAGCGCTCCAGAGTTTGCACTGTCGGGAATT 1945
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1686 TCAACTCAAGTGGTAGGTTCATTTGGATACAGCGCTCCAGAGTTTGCATTGTCGGGAATT 1745
Query 1946 TACACAGTGAAAAGTGATGTATACACTTTTGGAGTAGTCATGCTTGAGCTCTTAACTGGT 2005
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 TATACTGTGAAAAGTGATGTATACACTTTTGGAGTAGTCATGCTTGAGCTCTTAACTGGT 1805
Query 2006 CGGAAGCCTCTTGACAGCTCGAGGACGAGAGCAGAGCAATCACTAGTGAGATGGGCAACA 2065
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1806 CGGAAGCCTCTTGACAGCTCGAGGACGAGAGCAGAGCAATCACTAGTGAGATGGGCTACA 1865
Query 2066 CCGCAGCTTCACGATATAGATGCTTTGTCTAAAATGGTTGATCCTTCTCTTAATGGCATG 2125
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 CCACAGCTTCACGATATAGATGCTTTGTCTAAAATGGTTGATCCTTCTCTTAATGGCATG 1925
Query 2126 TATCCAGCTAAGTCACTGTCTCGTTTTGCGGACATCATTGCTCTCTGTATTCAGCCGGAA 2185
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 TATCCAGCTAAGTCTCTGTCTCGTTTTGCGGATATCATTGCTCTCTGTATTCAGCCGGAA 1985
Query 2186 CCAGAGTTCAGGCCTCCAATGTCAGAGGTGGTGCAACAGCTAGTAAGATTAGTTCAAAGG 2245
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1986 CCAGAGTTCAGGCCTCCAATGTCAGAGGTGGTGCAACAGCTAGTGAGATTAGTTCAAAGG 2045
Query 2246 GCAAGTGTTGTCAAACGAAGATCAAGTGATGACACTGGATTTTCATACAGGACACCTGAA 2305
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2046 GCAAGTGTTGTCAAACGACGATCTAGTGATGACACTGGATTTTCTTACAGGACACCTGAA 2105
Query 2306 CACGAGCACGTCGATATCTCATTCTGAGTAA-TGATCCAAAACTACT 2351
||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2106 CACGAGCACATCGATATCTCATACTGAGTAAATGATCCAAAACTACT 2152
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100862968760
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5