BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G22200.1
Length=3169
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492645 jgi|Araly1|492645|fgenesh2_kg.7__2078__AT4G22200.1 4434 0.0
> Ahg492645 jgi|Araly1|492645|fgenesh2_kg.7__2078__AT4G22200.1
Length=3038
Score = 4434 bits (2401), Expect = 0.0
Identities = 2738/2895 (95%), Gaps = 45/2895 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 218 TTCTCAATAGAGTTTAAATTTGTTAATGGAGAG-ATATATTGGGACCCTCAAGGCTTCTA 276
|||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||| |||
Sbjct 170 TTCTCAATAGAGTTTAAAGTTGTTAATGGAGAGTTTACATTGGGACCCTTAAGGCTACTA 229
Query 277 ATTATACCACGTTTGGCATA-A-TTCTCTATCGTTTGGGGCCACATCTTTCACACTTCAT 334
| | | |||||||||||||| | |||||| | || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 230 A-T-TGCCACGTTTGGCATATACTTCTCT-T-ATTGGGGGCCACATCTTTCACACTTCAT 285
Query 335 TACCTTATCACCAAAACATAAAATCAATCAACtttt-ttttGCCTTATTGATTGTGTTGG 393
||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 286 TACCTTATCGCCAAAACAT-AAATCAATCAA-TTTTCTTTTTCCTTATTGATTGTGTTGG 343
Query 394 ATCCCTCCAAAATTAAAACTTGTGTTCCCCACAAAAGCTTACCCAATTTCACTTCAATCT 453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 344 ATCCCTCCAAAATTAAAACTTGTGTTCCCCACAAAAGCTTACCCAATTTCACTTCAATCT 403
Query 454 TAACAAATAGGACCACCACTACCACGTACGGTTTGCATCATACAAACCACAAACTCCTTC 513
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 404 TAACAAATAGGACCACCACCACCACGTACGGTTTGCATCATACAAACCACAAACTCCTTC 463
Query 514 TTCATTACAATTATTATATCATCTACTAAAACCTCTTTCTCCCTCTCTCTTTCTTGTTCT 573
|||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||
Sbjct 464 TTCATTGCAATTATTATATCATCTACTAAAA---C---CT--CTCTCTCTTTCTTGTTCT 515
Query 574 TAGTGCTAAATTTTCTTTGTTCAGGAGAAATATAATGGACCTCAAGTATTCAGCATCTCA 633
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 516 TAGTGCTAACTTTTCTTTGTTCAGGAGAAATATAATGGAGCTCAAGTATGCAGCATCTCA 575
Query 634 TTGCAACTTATCCTCAGACATGAAGCTCAGGCGTTTTCATCAGCATCGAGGAAAAGGAAG 693
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 576 CTGCAACTTATCCTCAGACATGAAGCTCCGGCGTCTTCATCAGCATCGAGGAAAAGGGAG 635
Query 694 AGAAGAAGAGTATGATGCTTCTTCTCTCAGCTTGAACAATCTGTCAAAACTTATTCTTCC 753
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 AGAAGAAGAGTACGATGCTTCTTCTCTCAGCTTGAACAATCTGTCAAAACTTATTCTTCC 695
Query 754 TCCACTTGGTGTTGCTAGCTATAACCAGAATCACATCAGGTCTAGTGGATGGATCATCTC 813
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 696 TCCACTTGGTGTTGCAAGCTATAACCAGAATCACATCAGGTCTAGTGGATGGATCATCTC 755
Query 814 ACCTATGGACTCAAGATACAGGTGCTGGGAATTTTATATGGTGCTTTTAGTGGCATACTC 873
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 756 ACCCATGGACTCAAGATACAGGTGCTGGGAATTTTATATGGTGCTTTTAGTAGCATACTC 815
Query 874 TGCGTGGGTTTA-CCCTTTTGAAGTTGCATTTCTGAATTCATCACCAAAGAGAAACCTTT 932
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 816 TGCGTGGGTTTATCCC-TTTGAAGTTGCATTTCTGAATTCATCACCAAAGAGGAATCTTT 874
Query 933 GTATCGCGGACAACATCGTAGACTTGTTCTTCGCGGTTGACATTGTCTTGACGTTTTTCG 992
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 875 GTATCGCGGACAACATCGTAGACTTGTTCTTTGCGGTTGACATTTTCTTGACGTTTTTCG 934
Query 993 TTGCTTACATAGACGAAAGAACACAGCTTCTTGTCCGTGAACCTAAACAGATTGCAGTGA 1052
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 935 TTGCTTACATAGACCAAAGAACACAGCTTCTTGTCCGTGAACCTAAACAGATTGCAGTGA 994
Query 1053 GGTACCTATCAACATGGTTCTTGATGGATGTTGCATCAACTATACCATTTGACGCTATTG 1112
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 995 GGTACCTTTCAACATGGTTCTTGATGGATGTTGCATCAACTATACCATTTGACGCAATTG 1054
Query 1113 GATACTTAATCACTGGCACATCCACGTTAAATATCACTTGTAATCTCTTGGGATTACTTA 1172
|||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1055 GATACTTAATCACTGGCACATCCAAGTTGAATCTCACTTGTAATCTCTTGGGATTGCTTA 1114
Query 1173 GATTTTGGCGACTTCGAAGAGTTAAACACCTCTTCACTAGGCTCGAGAAGGACATAAGAT 1232
||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1115 GATTTTGGCGACTTCGACGCGTCAAACACCTCTTCACTAGACTCGAGAAGGACATAAGAT 1174
Query 1233 ATAGCTATTTCTGGATTCGCTGCTTTCGACTTCTATCAGTGACATTGTTTCTAGTGCACT 1292
| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1175 ACAGCTACTTCTGGATTCGCTGCCTTCGACTTCTATCCGTGACATTGTTTCTAGTGCATT 1234
Query 1293 GTGCTGGATGCAGTTATTACCTAATAGCAGACAGATATCCACACCAAGGAAAGACATGGA 1352
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1235 GTGCTGGATGCAGCTATTACCTAATAGCAGACAGATATCCACACGAAGGAAAGACATGGA 1294
Query 1353 CTGATGCGATCCCTAATTTCACAGAGACAAGTCTTTCCATCAGATACATTGCAGCTATAT 1412
|||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1295 CTGACGCGATCCCGAATTTCACTGAGACAAGTCTTTCCATCAGATACATTGCAGCTATAT 1354
Query 1413 ATTGGTCTATCACTACAATGACCACAGTGGGATATGGAGATCTTCATGCAAGCAACACTA 1472
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1355 ATTGGTCTATCACAACAATGACCACTGTGGGATATGGAGATCTCCATGCAAGCAACACTA 1414
Query 1473 TTGAAATGGTATTCATAACAGTCTACATGTTATTCAATCTTGGCCTCACTGCTTACCTTA 1532
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1415 TTGAAATGGTATTCATTACAGTCTACATGTTATTCAATCTTGGCCTCACCGCTTACCTTA 1474
Query 1533 TTGGTAACATGACTAATTTGGTCGTGGAAGGGACTCGTCGTACCATGGAATTTAGGAATA 1592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475 TTGGTAACATGACTAATTTGGTCGTGGAAGGGACTCGTCGTACCATGGAATTTAGGAATA 1534
Query 1593 GCATTGAAGCAGCGTCAAACTTTGTTAACAGAAACAGATTGCCTCCTAGATTAAAAGACC 1652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1535 GCATTGAAGCAGCGTCAAACTTTGTTAACAGAAACAGATTGCCTCCTAGATTAAAAGACC 1594
Query 1653 AGATATTAGCTTACATGTGTTTAAGGTTTAAAGCAGAGAGCTTAAATCAGCAACATCTTA 1712
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1595 AGATATTGGCTTACATGTGTTTAAGGTTTAAAGCAGAGAGCTTAAATCAGCAACATCTTA 1654
Query 1713 TTGACCAGCTCCCAAAATCTATCTACAAAAGCATTTGTCAACATCTTTTTCTTCCATCTG 1772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1655 TTGACCAGCTCCCAAAATCTATCTACAAAAGCATTTGTCAACATCTTTTTCTTCCATCTG 1714
Query 1773 TTGAAAAAGTTTACCTCTTCAAAGGCGTCTCAAGAGAAATACTTCTTCTTCTGGTTTCAA 1832
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1715 TGGAAAAAGTTTACCTCTTCAGAGGCGTCTCAAGAGAAATACTTCTTCTTCTGGTTTCAA 1774
Query 1833 AAATGAAGGCTGAGTATATACCACCAAGAGAGGATGTCATTATGCAGAACGAAGCGCCGG 1892
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1775 AAATGAAGGCTGAGTATATACCACCAAGAGAGGATGTCATTATGCAGAACGAAGCGCCCG 1834
Query 1893 ATGATGTTTACATAATTGTGTCAGGAGAAGTTGAGATCATTGATTCAGAGATGGAGAGAG 1952
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835 ATGATGTTTACATAATTGTATCAGGAGAAGTTGAGATCATTGATTCAGAGATGGAGAGAG 1894
Query 1953 AGTCTGTTTTAGGCACTCTACGTTGTGGAGACATATTTGGAGAAGTTGGAGCACTTTGTT 2012
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1895 AGTCTGTTTTAGGCACTCTACGTTGTGGAGACATATTTGGAGAAGTTGGAGCACTTTGTT 1954
Query 2013 GCAGACCACAAAGCTACACTTTTCAAACTAAGTCTTTATCACAGCTTCTCCGACTCAAAA 2072
||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1955 GCAGACCTCAGAGCTACACTTTTCAAACTAAGTCTCTGTCACAGCTTCTCCGACTCAAAA 2014
Query 2073 CATCTTTCCTTATTGAGACAATGCAGATTAAACAACAAGACAATGCCACAATGCTCAAGA 2132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2015 CATCTTTCCTTATTGAGACAATGCAGATTAAACAACAAGACAATGCCACAATGCTCAAGA 2074
Query 2133 ACTTCTTGCAGCATCACAAAAAGCTGAGTAATTTAGACATTGGTGATCTAAAGG-CACAA 2191
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2075 ACTTCTTGCAGCATCACAAAAAGCTGAGTGATTTAGACATTGGTGATCTAA-GGACACAA 2133
Query 2192 CAAAATGGCGAAAACACCGATGTTGTTCCTCCTAACATTGCCTCAAATCTCATCGCTGTG 2251
|||||||||||||||| || | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134 CAAAATGGCGAAAACAACGGTTTTGTTCCCCCGAACATTGCCTCAAATCTCATCGCTGTT 2193
Query 2252 GTGACTACAGGCAATGCAGCTCTTCTTGATGAGCTACTTAAGGCTAAGTTAAGCCCTGAC 2311
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2194 GTGACCACAGGCAATGCAGCTCTTCTTGATGAGCTCCTTAAGGCAAAGTTAAGCCCTGAC 2253
Query 2312 ATTACAGATTCCAAAGGAAAAACTCCATTGCATGTAGCAGCTTCTAGAGGATATGAAGAT 2371
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 2254 ATTACAGATTCTAAAGGAAAAACTCCATTGCATATAGCAGCCTCAAGAGGGTATGAAGAT 2313
Query 2372 TGTGTTTTAGTACTCTTAAAGCACGGTTGCAACATCCACATAAGAGATGTGAATGGTAAT 2431
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2314 TGTGTTTTAGTACTCTTAAAGCACGGATGCAACATCCACATAAGAGATGTGAATGGTAAC 2373
Query 2432 AGTGCTCTATGGGAAGCAATAAT-ATCGAAGCATTACGAGATATTCAGAATCCTTTATCA 2490
| |||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2374 ACTGCTCTATGGGAAGCAATC-TCATCAAAGCATTACGCGATATTCAGAATCCTTTATCA 2432
Query 2491 TTTCGCAGCCATATCGGATCCACACATAGCTGGAGATCTTCTATGTGAAGCAGCGAAACA 2550
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2433 TTTCGCTGCTATATCGGATCCACACATAGCTGGAGATCTTCTATGTGAAGCAGTGAAACA 2492
Query 2551 GAACAATGTAGAAGTCATGAAGGCTCTTTTAAAACAGGGGCTTAACGTCGACACAGAGGA 2610
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2493 GAACAATGTAGAAGTAATGAAGGCTCTTTTAAAACAGGGGCTTAACGTCGACACAGAGGA 2552
Query 2611 TCACCATGGCGTCACAGCTTTACAGGTCGCTATGGCGGAGGATCAGATGGACATGGTGAA 2670
||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2553 CCACCAGGGCGTCACCGCGTTGCAGGTCGCTATGGCACAGGATCAAATGGACATGGTGAA 2612
Query 2671 TCTCCTGGCGACGAACGGTGCAGATGTAGTTTGTGTGAATACACATAATGAATTCACACC 2730
||| ||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2613 TCTGCTGGCGATGAACGGTGCAGATGTAGTTGGTATGAATACACATGATGAGTTCACACC 2672
Query 2731 ATTGGAGAAGTTAAGAGTTGTGgaagaagaagaagaagaagaaCGAGGAAGAGTGAGTAT 2790
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2673 ATTGGAGAAGCTAAGAGTTGTGGAAGAAGAAGAAGAA------CGAGGAAGAGTGAGTAT 2726
Query 2791 TTACAGAGGACATCCATTGGAGAGGAGAGAAAGAAGTTGCAATGAAGCTGGGAAGCTTAT 2850
|||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2727 ATACAGAGGTCATCCATTGGAGAGGAGAGAAAGAGGTTGCAATGAAGCTGGGAAGCTTAT 2786
Query 2851 TCTTCTTCCTCCTTCACTTGATGACCTCAAGAAAATTGCAGGAGAGAAGTTTGGGTTTGA 2910
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2787 TCTTCTTCCTCCTTCACTTGATGATCTCAAGAAAATTGCAGGAGAGAAGTTTGGGTTTGA 2846
Query 2911 TGGAAGTGA-GA--CGATGGTGACGAATGAAGATGGAGCTGAGATTGACAGTATTGAAGT 2967
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2847 TGGAAGTGATGAGACGATGGTGACGAATGAAGATGGAGCTGAGATTGACAGTATTGAAGT 2906
Query 2968 GATTAGAGATAATGACAAACTCTACTTTGTCGTA-AAC-AAGATAATTTAGAAGTTGAAA 3025
||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| || ||||||||||| ||||||
Sbjct 2907 GATTAGAGATAATGACAAACTATACTTTGTCG-AGAACGAA-ATAATTTAGAACTTGAAA 2964
Query 3026 AATTATAA---CGAAATGAAGTTTGAGATAAGAGA-GAGCGTGACa-aaaaaatgaaaaa 3080
|||||| |||||| ||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2965 CTTTATAATAACGAAATAAAGTTTGAGATAAGA-ACGAGCGTGACATAAAAAATGAAAAA 3023
Query 3081 CAAA--TTGTAATAT 3093
||| |||||||||
Sbjct 3024 AAAAAATTGTAATAT 3038
Score = 220 bits (119), Expect = 4e-56
Identities = 151/165 (92%), Gaps = 7/165 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTAGATGAATACTATACCGACGATGACTACACACACAAGGAAATATATATATCAG-CTT 59
||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| || |||| | || | |||
Sbjct 1 TCTAGATGAATACTATACCGAAGATGACTACACGTATAAGG-AA-ATAT-T-TC-GCCTT 55
Query 60 TCTTTTCACCTA-AAAGTGGTCCCGGTTTAGAATCTAATTCCTTTATCTCTCATTTTCTT 118
||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 56 TCTTTTCGCCTATAAAATGGTCCCGGTTTAGAATCTAATTCCTTTATCTCTCATTTTCTT 115
Query 119 CTGCTTCACATTCCCGCTAGTCAAATGTTAATAAGTGCACACAAC 163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 116 CTGCTTCACATTCCCGCTAGTCAAATGTTAATAAGTGTACACAAC 160
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119717640035
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5