BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G23940.1
Length=2968
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492469 jgi|Araly1|492469|fgenesh2_kg.7__1902__AT4G23940.1 4599 0.0
> Ahg492469 jgi|Araly1|492469|fgenesh2_kg.7__1902__AT4G23940.1
Length=2920
Score = 4599 bits (2490), Expect = 0.0
Identities = 2733/2850 (96%), Gaps = 17/2850 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 114 AACTCGATGGAGAGCTCCAATTCTGCGTCGGTCGTTTACAGTTTTGTGCGAATTGAAAAC 173
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 84 AACTCGATATAGAGCTCCAATTCTGCGTCGTTCGTTTACAGTGCTGTGCGAATTG-AAA- 141
Query 174 TGGGTCATCTAGCTCCGGCGAGACGAACAATTCCCC-TGCTGCTGACGATTTCGTAACTA 232
|| || | ||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 142 ----TC-TC--GTTCCAACGAGACGAACAA-ACCCCAAGCTGCTGATGATTTCGTAACTA 193
Query 233 GGGTTTTGAAGGAGAATCCTAGCCAAGTGGAACCTCGTTACCGAGTTGGTGATAAGCTGT 292
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 194 GGGTTTTGAAGGAGAATCCTAGCCAATTGGAACCTCGTTATCGAGTTGGAGATAAGCTGT 253
Query 293 ATAATCTGAAGGAGAGAGAAGATTTAAGCAAAGGCACCAATGCGGCGACGGGTGCGTTTG 352
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 254 ATAATCTCAAGGAGAGAGAGGATTTAAGCAAAGGCGCCAATGCTGCGACGGGTGCGTTTG 313
Query 353 AATTTATCAAAAGGAAGTTTGATTCGAAGAAGAAAACAGAGACAGACAAAAGCGAAGAGT 412
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 314 AATTTATCAAAAGGAAGTTTGATTCGAAGACGAAAACGGAGACAGAGAAAAGCGAAGAGT 373
Query 413 CTGTTTATTTGAGTGATATTTTGAGGGAGTACAAAGGAAAGCTTTATGTTCCGGAGCAAG 472
||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 374 CTGTTTACTTGAGTGATATTTTGAGGGAATACAAGGGAAAGCTTTATGTTCCCGAGCAAG 433
Query 473 TTTTTGGGCCAGAGTTATCTGAAGAAGAGGAGTTTGAGAAAAATGTGAAAGATTTACCAA 532
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 434 TTTTTGGGCCAGAGTTATCTGAAGAAGAGGAGTTTGAGAAAACTGTGAAAGATTTACCAA 493
Query 533 AGATGAGTTTGGAAGATTTTAGAAAAGCTATGGAGAATGATAAAGTTAAGCTGCTTACAT 592
| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 494 ATTTAAGCTTGGAAGATTTTAGAAAAGCTATGGAGAATGATAAAGTTAAGCTGCTGACTT 553
Query 593 CGAAGGAAGTTTCTGGTGTTTCTTATACGAGTGGCTATAGAGGTTTTATTGTTGATCTTA 652
| |||||||||||||||||| |||| || || |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 554 CCAAGGAAGTTTCTGGTGTTCCTTACACTAGCGGCTATAGAGATTTTATTGTTGATCTTA 613
Query 653 AGGAGATTCCTGGAGTCAAGAGCTTACAGAGAACCAAATGGTCAATGAAGCTTGAAGTTG 712
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 614 AGGAGATTCCTGGAGTCAAGAGCTTACAGAGAACCAAATGGTCAATGAAGCTTGAACTTG 673
Query 713 GAGAAGCTCAAGCTCTTCTGAAAGAATACACGGGTCCGCAGTACGAAATTGAAAGGCACA 772
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 674 GAGAAGCTCAAGCTCTTCTGAAAGAATACACCGGTCCGCAGTACGAAATAGAAAGGCACA 733
Query 773 TGACGTCTTGGGTTGGAAAAGTGGCGGACTTCCCAAACCCTGTTGCGTCTTCTATTTCAA 832
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 734 TGACGTCTTGGGTTGGAAAAGTGACGGACTTCCCGAACCCAGTCGCGTCTTCTATATCAA 793
Query 833 GTAGAGTGATGGTTGAGCTGGGAATGGTGACAGCAGTTATTGCTGCAGCCGCAGTTGTTG 892
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 794 GTAGAGTGATGGTTGAGCTAGGAATGGTGACAGCAGTTATTGCTGCAGCGGCAGTTGTTG 853
Query 893 TTGGAGGATTCTTAGCCTCAGCTGTTTTTGCAGTCACTAGTTTCGCCTTTGTCACTACAG 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 TTGGAGGATTCTTAGCCTCAGCTGTTTTTGCAGTCACTAGTTTCGCCTTTGTCACTACAG 913
Query 953 TATATGTTGTTTGGCCTATAGCAAAGCCATTCCTCAAACTTTTTGTTGGCGTCTTCCTT- 1011
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 914 TTTATGTTATTTGGCCTATAGCAAAGCCATTCCTCAAACTTTTTGTTGGCATCTT-CTTC 972
Query 1012 GGTGTTCTTGAAAAATCATGGGATTACATTGTTGATGTTCTCGCCGATGGGGGCATCTTC 1071
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 973 GGTGTTCTTGAAAAATCATGGGATTACCTTGTTGATTTTCTCGGCGATGGGGGGATCTTC 1032
Query 1072 TCAAGGATTTCTGATTTCTATACATTTGGTGGTGTAGCATCAAGTCTGGAGATGCTCAAA 1131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1033 TCAAGGATTTCTGATTTCTATACATTTGGTGGTGTATCATCAAGCCTGGAGATGCTCAAA 1092
Query 1132 CCAATCCTACTTGTTGTCATGACTATGGTTCTTCTTGTTCGTTTCACACTGTCACGGAGA 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1093 CCAATCCTACTTGTTGTCATGACTATGGTTCTTCTTGTTCGTTTCACACTGTCTCGGAGA 1152
Query 1192 CCAAAGAACTTTAGGAAATGGGATTTATGGCAAGGGATTGCTTTTTCTCAGTCTAAAGCA 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 CCAAAGAACTTTAGGAAATGGGATTTATGGCAAGGGATTGCTTTTTCTCAGTCTAAAGCA 1212
Query 1252 GAAGCTCGTGTTGATGGTTCAACCGGTGTTAAATTCGCTGATGTTGCAGGGATTGATGAA 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 GAAGCTCGTGTTGATGGTTCAACCGGTGTTAAATTCGCTGATGTTGCAGGGATTGATGAA 1272
Query 1312 GCAGTTGATGAACTTCAAGAGCTTGTAAAGTACTTGAAGAATCCCGACCTGTTTGATAAA 1371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1273 GCAGTTGATGAACTTCAAGAGCTTGTAAAGTACTTGAAGAATCCCGACCTGTTTGATAAA 1332
Query 1372 ATGGGAATTAAACCTCCCCATGGAGTTCTTCTGGAGGGTCCCCCTGGTTGTGGCAAGACA 1431
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1333 ATGGGAATTAAGCCTCCTCATGGAGTTCTTCTGGAGGGTCCCCCGGGTTGTGGCAAGACA 1392
Query 1432 CTCGTTGCAAAAGCCATTGCGGGGGAAGCTGGTGTACCGTTCTACCAAATGGCAGGATCT 1491
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 CTCGTTGCAAAAGCCATTGCGGGGGAAGCTGGTGTGCCGTTCTACCAAATGGCAGGATCT 1452
Query 1492 GAATTCGTCGAAGTTCTTGTTGGAGTTGGGTCAGCTCGTATCAGAGATCTGTTTAAAAGA 1551
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1453 GAATTCGTTGAAGTTCTTGTTGGAGTTGGTTCAGCACGTATCAGAGATCTGTTTAAAAGA 1512
Query 1552 GCTAAGGTAAACAAGCCATCCGTTATTTTCATCGATGAAATTGATGCCTTAGCAACTCGA 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1513 GCTAAGGTAAACAAGCCATCCGTTATTTTCATCGATGAAATCGATGCCTTAGCAACTCGA 1572
Query 1612 CGTCAAGGGATTTTCAAGGAAAACTCAGACCAGTTGTACAATGCGGCCACACAAGAAAGA 1671
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1573 CGTCAAGGGATTTTCAAGGAAAACTCAGACCAGCTGTACAATGCAGCCACTCAAGAAAGA 1632
Query 1672 GAAACCACATTGAACCAGCTACTCATCGAGCTTGATGGTTTTGACACAGGCAAAGGTGTG 1731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1633 GAAACCACATTGAACCAGCTACTCATCGAGCTTGATGGTTTTGACACCGGCAAAGGTGTG 1692
Query 1732 ATTTTCTTGGGTGCCACCAATCGCAGAGATTTGTTAGACCCTGCTCTTCTACGTCCAGGT 1791
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1693 ATTTTCTTGGGTGCCACCAATCGCAGAGATTTGTTAGACCCTGCTCTTCTACGTCCTGGT 1752
Query 1792 CGATTTGATCGAAAGATAAGAGTCCGTCCCCCTAATGCGAAAGGGAGATTGGATATTCTG 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1753 CGATTTGATCGAAAGATAAGAGTCCGTCCCCCTAATGCGAAAGGGAGATTGGATATTCTG 1812
Query 1852 AAGATTCATGCCAGCAAAGTCAAGATGTCGGATTCTGTTGACTTATCATCTTATGCAAGT 1911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1813 AAGATTCATGCCAGCAAAGTCAAGATGTCGGATTCTGTGGACTTATCATCTTATGCAAGC 1872
Query 1912 AACTTACCAGGATGGTCCGGAGCAAAACTGGCACAGTTGGTTCAAGAGGCTGCTCTTGTA 1971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1873 AACTTACCAGGATGGTCCGGAGCAAAACTGGCACAGTTGGTTCAAGAGGCTGCTCTTGTA 1932
Query 1972 GCTGTCAGGAAAACGCATAACTCGATTCTTCAATCAGACATGGACGACGCTGTGGACCGA 2031
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1933 GCTGTCAGGAAAACGCATAGCTCGATTCTTCAATCAGACATGGACGACGCTGTGGACCGA 1992
Query 2032 CTCACTGTTGGTCCGACACGTATTGGTTTAGAATTGGGACATCAAGGTCAGTGTCGTAGA 2091
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1993 CTCACTGTTGGTCCGACACGGATTGGTTTAGAATTGGGACATCAAGGTCAGTGTCGTAGA 2052
Query 2092 GCCACAACTGAAGTCGGAGTGGCAATCACTTCACATCTTTTATTGCGGTATGAGAATGCA 2151
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2053 GCCACAACTGAAGTCGGGGTGGCAATCACTTCACATCTTTTATTGCGGTATGAGAATGCA 2112
Query 2152 AAGATTGAGCGGTGCGATCGCGTTTCTATCATTCCTCGTGGTCAGACACTGTCTCAAGTT 2211
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2113 AAGATTGAGCGGTGCGATCGCGTTTCTATCATCCCTCGTGGTCAGACACTGTCTCAAGTT 2172
Query 2212 GTGTTTCATCGGCTTGATGATGAGTCCTACATGTTTGGTCGTCTTCCACAACTGCTTCAT 2271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2173 GTGTTTCATCGGCTTGATGATGAGTCCTACATGTTTGGTCGTCTTCCACAACTGCTTCAT 2232
Query 2272 CGTCTTCAGGTCTTGCTCGGAGGAAGAGCTGCAGAAGAAGTGATCTACGGTTCAGATACT 2331
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2233 CGTCTTCAGGTCTTTCTCGGAGGAAGAGCTGCAGAAGAAGTGATCTACGGTTCAGATACT 2292
Query 2332 TCAAAGGCATCAGTCGATTATCTCTCTGACGCCTCATGGCTAGCTCGTAAAATCTTAACC 2391
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2293 TCAAAGGCATCAGTCGATTATCTCTCTGATGCCTCATGGCTAGCTCGTAAAATCTTAACC 2352
Query 2392 ATATGGAACCTGGAGAACCCAATGGTGATACATGGCGAACCACCACCATGGAGAAAGAGA 2451
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2353 ATATGGAACCTGGAGAACCCAATGGTGATACATGGCGAACCACCACCATGGAGAAAGAGG 2412
Query 2452 CCTCAGTTCGTGGGACCACGCTTAGACTTTGAAGGATCTCTCTATGACGACTATGACCTC 2511
||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2413 GCTCAGTTTGTTGGACCACGCCTAGACTTTGAAGGATCTCTCTATGACGACTATGACCTT 2472
Query 2512 GTCGAGCCGCC-AGTTAACTTCAACATGGATGATGAAGTCGCACATAGAAGCGAAGAACT 2570
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2473 GTCGAGCCGCCGA-TTAACTTCAACATGGATGATGAAGTCGCACAAAGAAGCGAAGAACT 2531
Query 2571 CATTAGCCAGATGTATAACAAAACAGTTTCTCTCCTCAGGCAAAACCAAACCGCTCTCCT 2630
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2532 CATTAGCCAGATGTATAACAAAACAGTTTCTCTCCTCACGCAAAACCAAACTGCTCTCCT 2591
Query 2631 CAAAACCGTTAAGGTTCTATTGAACCAGAAAGAGATAAGTGGAGAAGCAATAGACTTCAT 2690
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2592 CAAAACCGTTAAGGTTCTATTGAACCAGAAAGAGATAAGTGGAGAAGCAATAGATTTCAT 2651
Query 2691 ACTTGACCATTACCCTCCTCAGACTCCGTTAAATTCTCTCTTACAAGAGCAAAATCCGGG 2750
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2652 ACTTGACCATTACCCACCTCAGACTCCGTTAAATTCTCTCTTGCAAGAGCAAAATCCGGG 2711
Query 2751 AAGTCTTCCTTTTGTCCCTGAACATCTCCGGCGTGAATCCGGCGACTTTGTCCTTGTTAA 2810
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2712 AAGTCTTCCTTTTGTCCCTGAACACCTCCGGCGTGAATCCGGCGACTTTGTCCTTGTTAA 2771
Query 2811 TCACTCTACCGACGTCAATGCTCAAGTATGATTCCGGCGTCCCAGAGACATCAAATCACT 2870
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 TCACTCTACCGACGCCAATGCTCAAGCATGATTCCGGCGTCCCAGAGACATCAAATCACT 2831
Query 2871 AAGCTTAGGTTTATTCATTGTCCGTCATTGTAACTTCGACTCAATCTCTGAAGTTTCGGA 2930
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2832 AAGCTTAGGTTTATTCTTTGTCCGGCATTGTAACTTTAACTCAATCTCTGAAGTTTCGGA 2891
Query 2931 CAGTTAAATTT-ACAGAAATAAAGaaaaaa 2959
| ||| | ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2892 CTGTTTA-TTTGACAGAAATAAAGAAAAAA 2920
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112061500790
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5