BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24190.1
Length=2715
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492441 jgi|Araly1|492441|fgenesh2_kg.7__1874__AT4G24190.1 4481 0.0
> Ahg492441 jgi|Araly1|492441|fgenesh2_kg.7__1874__AT4G24190.1
Length=2712
Score = 4481 bits (2426), Expect = 0.0
Identities = 2621/2715 (97%), Gaps = 13/2715 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CATCATCACTGAGTAACCCGAAAGC-AAAGACTGAGAGA--ACCAAGGCTCCGATCTAAC 57
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||
Sbjct 1 CATCATCACTGAGTAACCCGAAAGCAAAAGACTGAGAGAGTACCAA-G---CGATCTAAC 56
Query 58 AATGAGGAAGAGGACGCTCGTGTCCGTTTTGTTCCTTTTCTCGCTTCTGTTTCTTCTTCC 117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 57 AATGAGGAAGAGGACGCTCGTGTCCGTTTTGTTCCTTTTCTCGCTTCTGTTTCTTCTTCC 116
Query 118 AGATCAAGGAAGAAAGTTACACGCGAATGCAGAAGAGAGTTCCGATGATGTTACAGATCC 177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 117 AGATCAAGGAAGAAAGTTACACGCGAATGCAGAAGATAGTTCCGATGACCTTACAGATCC 176
Query 178 ACCAAAAGTTGAGGAGAAAATTGGTGGTCACGGTGGTTTATCGACGGATTCCGATGTAGT 237
|||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 ACCAAAGGTTGAGGAAAAAATTGGTGGTCACGGCGGTTTATCGACGGATTCCGATGTAGT 236
Query 238 TCATAGAGAGTCTGAGTCGATGTCAAAGAAGACGCTTCGCAGTAACGCGGAGAAGTTTGA 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 TCATAGAGAGTCTGAGTCGATGTCAAAGAAGACGCTTCGCAGTAACGCGGAGAAGTTTGA 296
Query 298 GTTCCAAGCTGAGGTTTCTCGGCTTATGGACATTATTATCAACTCTCTATACAGTAACAA 357
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GTTTCAGGCTGAGGTTTCTCGGCTTATGGACATTATTATCAACTCTCTATACAGTAACAA 356
Query 358 GGACATTTTCTTAAGAGAGTTGATCTCCAATGCTTCTGATGCCTTGGACAAAATTAGGTT 417
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 GGATATTTTCTTAAGAGAGTTGATCTCCAATGCTTCTGATGCCTTGGACAAAATTAGGTT 416
Query 418 CCTTGCACTCACTGACAAAGACGTTTTGGGTGAAGGTGACACTGCTAAGCTTGAGATCCA 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 CCTTGCACTCACTGACAAAGACGTTTTGGGTGAAGGTGACACTGCTAAGCTTGAGATCCA 476
Query 478 GATTAAGCTAGACAAAGCCAAGAAGATTCTTTCTATTCGAGACCGGGGAATTGGTATGAC 537
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 477 GATTAAGCTTGACAAAGCCAAGAAGATTCTTTCTATTCGGGATAGGGGAATTGGTATGAC 536
Query 538 TAAGGAAGACTTAATCAAGAACCTTGGTACCATAGCAAAATCTGGAACGTCAGCTTTTGT 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 TAAGGAAGACTTAATCAAGAACCTTGGTACCATAGCAAAATCTGGAACGTCAGCTTTTGT 596
Query 598 TGAGAAAATGCAATCAAGTGGGGATTTGAACCTTATTGGACAATTTGGAGTTGGATTCTA 657
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TGAGAAGATGCAATCAAGCGGGGATTTGAACCTTATTGGACAATTTGGAGTTGGATTCTA 656
Query 658 CTCTGCCTATCTTGTTGCTGACTACATTGAAGTCATTAGCAAGCACAATGATGACAGCCA 717
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 TTCTGCCTATCTTGTTGCTGACTACATTGAAGTCATTAGCAAGCACAATGATGACAGCCA 716
Query 718 GTATGTATGGGAATCAAAGGCTAACGGTAAATTTGCTGTTTCCGAGGATACATGGAATGA 777
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GTATGTATGGGAATCAAAGGCTGATGGTAAATTTGCTGTTTCCGAGGATACATGGAATGA 776
Query 778 GCCTCTTGGACGTGGAACCGAGATTAGATTACATCTTAGGGATGAAGCTGGCGAGTACCT 837
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 GCCTCTTGGACGTGGAACCGAAATTAGATTACATCTTAGGGATGAAGCTGGCGAGTACCT 836
Query 838 AGAAGAAAGTAAACTTAAGGAATTGGTGAAGAGATATTCTGAATTCATTAACTTCCCTAT 897
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 AGAAGAAAGTAAGCTTAAGGATTTGGTGAAGAGATATTCTGAATTCATTAACTTCCCTAT 896
Query 898 CTCCCTCTGGGCTAGCAAAGAGGTTGAAACCGAGGTCCCAGTTGAGGAAGATGAATCAGC 957
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 897 CTCTCTCTGGGCTAGCAAAGAGGTTGAAACCGAGGTCCCAGTTGAGGAAGATGAATCAAC 956
Query 958 TGATGAGGAAACTGAAACCACCTCTACCgaggaagaaaaggaagaagatgctgaggagga 1017
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TGATGAGGAAACTGAAACCCCCTCTACCGAGGAAGAAAAGGAAGAAGATGCTGAGGAGGA 1016
Query 1018 agatggtgagaaaaagcagaaaaccaagaaggTGAAAGAAACAGTTTATGAATGGGAGCT 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 AGATGGTGAGAAAAAGCAGAAAACCAAGAAGGTGAAAGAAACAGTTTATGAATGGGAGCT 1076
Query 1078 TCTGAATGATGTTAAGGCTATATGGCTGAGAAGTCCAAAGGAGGTGACAGAGGAAGAGTA 1137
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1077 TCTGAATGATGTTAAGGCTATATGGCTGAGAAGTCCAAAGGAGGTGACGGAGGAAGAATA 1136
Query 1138 CACTAAATTCTACCACTCTCTCTCAAAGGATTTTACCGACGAGAAGCCAATGGCTTGGAG 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CACTAAATTCTACCACTCTCTCTCAAAGGATTTTACCGAAGAGAAGCCAATGGCTTGGAG 1196
Query 1198 TCACTTTAATGCTGAAGGTGATGTTGAATTCAAGGCTGTGTTGTATGTTCCTCCGAAAGC 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TCACTTTAATGCTGAAGGTGATGTTGAATTCAAGGCTGTGTTGTATGTTCCTCCGAAAGC 1256
Query 1258 TCCCCATGATCTATACGAGAGCTATTACAACAGCAACAAGGCGAACTTGAAGCTATATGT 1317
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TCCCCATGATCTATACGAGAGCTACTACAACAGCAACAAGGCGAACTTGAAGCTATATGT 1316
Query 1318 CAGGAGGGTGTTCATCTCAGATGAATTTGATGAGCTTCTGCCTAAGTATTTGAGTTTCTT 1377
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CAGGAGGGTATTCATCTCAGATGAATTTGATGAGCTTCTGCCTAAGTATTTGAGTTTCTT 1376
Query 1378 GAAGGGTCTTGTTGACTCTGACACATTGCCTCTAAATGTATCAAGAGAAATGCTTCAACA 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1377 GAAGGGTCTTGTTGACTCTGACACATTGCCTCTAAATGTATCACGAGAAATGCTTCAACA 1436
Query 1438 ACACAGCAGCTTAAAGACAATTAAGAAGAAGCTTATCCGAAAGGCGCTTGATATGATCCG 1497
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1437 ACATAGCAGCTTAAAGACAATTAAGAAGAAGCTTATCCGAAAGGCACTTGATATGATCCG 1496
Query 1498 CAAGCTTGCTGAAGAAGATCCTGATGAAATCCATGATGATGAGAAAAAAGATGTGGAGAA 1557
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1497 CAAGCTTGCTGAAGAAGATCCTGATGAGATCCATGATGATGACAAAAAAGATGTGGAGAA 1556
Query 1558 GTCTGGTGAGAACGATGAGAAGAAGGGTCAATACACAAAATTCTGGAACGAGTTTGGCAA 1617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1557 GTCTGGTGAGAACGATGAGAAGAAGGGTCAATACACAAAATTCTGGAATGAGTTTGGCAA 1616
Query 1618 GTCTGTCAAACTAGGTATCATTGAGGATGCTGCTAACAGGAACCGCTTGGCAAAACTTCT 1677
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GTCGGTCAAACTAGGCATCATTGAGGATGCTGCTAACAGGAACCGCTTGGCAAAACTTCT 1676
Query 1678 TCGTTTTGAGACAACAAAGTCCGATGGAAAATTGACTTCCCTGGATCAGTACATTAAGAG 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TCGTTTTGAGACAACAAAGTCCGATGGAAAATTGACTTCCCTGGATCAGTACATTAAGAG 1736
Query 1738 AATGAAAAAGAGCCAAAAGGACATATTTTACATCACAGGAAGCAGCAAGGAACAGCTAGA 1797
|||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1737 AATGAAAAAGGGGCAAAAGGACGTATTTTACATCACAGGAAGCAGCAAGGAACAACTGGA 1796
Query 1798 GAAATCTCCATTCCTGGAGAGGCTCATCAAGAAGGGCTATGAGGTCATCTTCTTCACAGA 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1797 GAAATCTCCATTCCTGGAGAGGCTCATCAAGAAGGGCTATGAGGTTATCTTCTTCACAGA 1856
Query 1858 CCCAGTTGATGAATACTTGATGCAATACCTGATGGATTACGAAGACAAAAAGTTCCAGAA 1917
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CCCTGTTGATGAATACTTGATGCAATACCTGATGGATTACGAAGACAAAAAGTTCCAGAA 1916
Query 1918 TGTGTCCAAGGAAGGACTGAAGGTTGGGAAAGATTCAAAAGACAAGGAGCTGAAGGAAGC 1977
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1917 TGTGTCAAAGGAAGGACTGAAGGTTGGGAAAGATTCAAAAGACAAGGAGCTGAAGGAGGC 1976
Query 1978 ATTCAAGGAGCTAACAAAGTGGTGGAAAGGAAATCTCGCTAGCGAAAACGTAGACGATGT 2037
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1977 ATTCAAGGAGCTAACCAAGTGGTGGAAAGGGAATCTCGCTAGCGAGAACGTGGACGATGT 2036
Query 2038 CAAAATCAGCAACCGTTTGGCTGACACTCCATGTGTAGTCGTAACATCCAAGTTTGGATG 2097
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2037 CAAAATCAGCAACCGTTTGGCTGACACTCCCTGTGTAGTCGTAACGTCCAAGTTTGGATG 2096
Query 2098 GAGTGCTAATATGGAGAGGATCATGCAGTCCCAAACTCTCTCGGATGCTAATAAGCAAGC 2157
|||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2097 GAGTGCAAACATGGAGAGGATCATGCAGTCTCAAACTCTCTCTGATGCTAATAAGCAAGC 2156
Query 2158 TTACATGCGCGGAAAGAGAGTCCTCGAGATCAACCCACGACACCCTATCATCAAAGAACT 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2157 TTACATGCGCGGAAAGAGAGTCCTCGAGATCAATCCACGACATCCTATCATCAAAGAACT 2216
Query 2218 CAAGGATAGAATTGCAAGTGACCCAGAGGATGAGAGTGTGAAGGAAACAGCACAGCTCAT 2277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2217 CAAGGATAGAATTGCAAGTGACCCAGAGGATGAGAGTGTGAAAGAAACAGCACAGCTCAT 2276
Query 2278 GTACCAGACAGCTTTGATCGAGAGTGGATTCATACTCACCGACCCAAAAGACTTTGCTGC 2337
||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 2277 GTACCAGACGGCTTTGATCGAGAGTGGATTCTTACTCAACGACCCAAAAGACTTTGCAGC 2336
Query 2338 CCGTATTTATAACTCAGTCAAGAGCGGTCTGAACATCAGCCCTGATGCAGTAGCCGACGA 2397
|||||| || ||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2337 CCGTATCTACAACTCCGTCAAGAGCAGCCTGAAAATCAGCCCTGATGCAGTAGTTGACGA 2396
Query 2398 GGAAATCGAGGCAGCAGAGGAACCAGAGACCAGTGAGGCAACTGAGACGAAATCAGATGA 2457
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 GGAAGTCGAGGCAGCAGAGGAACCAGAGACCAGTGAGGCAACTGAGACGAAATCAGATGA 2456
Query 2458 CTTGGCTGGTGGTCTAAACATTGAAGCCGAACCCGTTGAGCAACAAGAAGAGAACACCAA 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 CTTGGCTGGTGGTCTAAACATTGAAGCCGAACCCGTTGAGCAACAAGAAGAGAACACCAA 2516
Query 2518 GGACGAACTGTAGATTTCACTTCTGATGTTTCTCCTTTGTGTTTACC-T--CTTT---AG 2571
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||
Sbjct 2517 GGACGAACTGTAGATTTTACTTCTGATGGTTCTCCTTTGTGTTTACTATGGCTTTTTTAG 2576
Query 2572 TTTAAAGCAGAACATCGTTTTACTCGAATATCAAGATTAGTTTAATTAAGCAGTTTTTGA 2631
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2577 TTTAAAGCAGAACATCGTTTTACTCGAATCTCAAGATTAGTTAAATTAAGCAGTTTTTGA 2636
Query 2632 TGGATTATGTAAACGCACTACTTGCATTCTAGAGATCAAGGAACCTAAACTTCTTCTTTT 2691
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2637 TGGATTATGTAAACGCACTACTTGGATTCTAGAGATCAACGAACCCAAACTTCTTCTTTT 2696
Query 2692 CAATGTATGAGTTTT 2706
|||| ||||||||||
Sbjct 2697 CAATATATGAGTTTT 2711
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102424668805
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5