BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24270.2
Length=2709
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492425 jgi|Araly1|492425|fgenesh2_kg.7__1858__AT4G24270.2 3930 0.0
> Ahg492425 jgi|Araly1|492425|fgenesh2_kg.7__1858__AT4G24270.2
Length=2548
Score = 3930 bits (2128), Expect = 0.0
Identities = 2417/2555 (95%), Gaps = 26/2555 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 49 AAAACCCTAAACCCAGAAATCCCCAACTCTTAAACTTGAGAAGATGATGGCTGATGACAC 108
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1 AAAACCCTAAACCCAAAAATCCCCAACTCGGAAACTTGAGAAAATGATGGATGATGACAC 60
Query 109 TGAACTCGTC---AGTAACA-CTGACCAGAAGATGGA--A-GACGCTTC-AGCCGAAAAC 160
|||||||||| |||| || | |||||||||||||| | |||||||| | || |||||
Sbjct 61 TGAACTCGTCGTGAGTAGCAGC-GACCAGAAGATGGACGACGACGCTTCTA-CCCAAAAC 118
Query 161 CCT---G---CCCGAGCTGATCCCCCCTCATCGGATGATTCCGGCGATTCTGATTCCGAC 214
||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 119 CCTGCCGCTCCCCGACCTGATCCCCCCTGGTCGGATGATTCCGGCGAGTCTGATTCCGAC 178
Query 215 TCAGAAGATGAAGCCGAGTCGAATCAGCAGATTGTAACCTTGGAGTCGGAGCTCTCCGCT 274
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||
Sbjct 179 TCAGAGGATGAAGCCGAGTCGAATCAGCAGATTCAAACCCTAGAGTCGGACCTCTCCGCC 238
Query 275 AATCCTTACAACTACGATGCTTATGTCCAATACATTAAGCTTCTCAGGAAAACAGCCAAC 334
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 239 AATCCTTACAACTACGATGCTTATGTCCAATACATAAAGCTTCTGAGGAAGACAGCCAAC 298
Query 335 CTTGAAAAGCTAAGACAAGCAAGGGAAGCTATGAGTGCCATATTTCCGTTGAGTCCTTCC 394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 299 CTTGAAAAGCTAAGACAAGCAAGGGAAGCTATGAGTGCCATATTTCCATTGAGTCCTTCC 358
Query 395 TTGTGGCTTGAATGGGCAAGGGATGAAGCGTCTTTAGCCGCTAGTGAGAATGTGCCTGAA 454
|||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 359 TTGTGGCTAGAATGGGCAAGGGATGAAGCATCTCTAGCCTCTAGTGAGAATGTGCCTCAA 418
Query 455 ATTGTGATGCTTTATGAACGGGGACTTTCTGATTATCAGTCTGTATCTCTTTGGTGTGAC 514
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 GTTGTGATGCTTTATGAACGGGGACTTTCTGATTATCAGTCTGTATCTCTTTGGTGTGAC 478
Query 515 TACCTGAGCTTTATGCTAGAATTTGATCCATCAGTGCGTGGATACCCATCTGAAGGTATT 574
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TACCTGAGCTTTATGCTAGAATTTGATCCATCAGTACGTGGATACCCATCTGAAGGTATT 538
Query 575 TCCAAAATGCGGAGTCTTTTTGAACGTGCTATTCCGGCTGCGGGCTTCCATGTTACTGAA 634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 539 TCCAAAATGCGGAGTCTTTTTGAACGTGCTATTCCGGCTGCAGGCTTCCATGTTACTGAA 598
Query 635 GGCAATAGAATATGGGAAGGATATAGAGAATTTGAGCAAGGTGTCTTAGCCACTATCGAC 694
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 599 GGCAATAGAATATGGGAAGGTTATAGAGAATTTGAGCAAGGCGTCTTAGCCACTATCGAC 658
Query 695 GAGGCTGACATTGAGGAGAGAAATAAGCAGATACAAAGGATCAGAAGCATATTCCACCGT 754
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GAGGCTGACCTTGAGGAGAGAAATAAGCAGATACAAAGGATCAGAAGCATATTCCACCGT 718
Query 755 CACCTGTCTGTTCCTCTAGAAAACTTGAGCTCCACCCTTATTGCTTACAAGACTTGGGAG 814
||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 719 CACTTGTCTGTTCCACTGGAAAACTTGAGCTCCACCCTTATTGCTTATAAGGCTTGGGAG 778
Query 815 TTGGAACAGGGCATTGACCTTGATATTGGATCTGATGATTTGAGTAAGGTTTCTCATCAG 874
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TTGGAGCAAGGCATTGACCTTGATATTGGATCTGATGATTTGAGTAAGGTTTCTCATCAA 838
Query 875 GTTGCTGTTGCAAACAAGAAGGCACAGCAGATGTATAGTGAACGTGCCCATCTTGAAGAA 934
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 839 GTTGCTGCTGCAAACAAGAAGGCACAGCAGATGTATAGTGAGCGTGCCCATCTTGAAGAA 898
Query 935 AACATATCTAAGC-AAGATTTATCTGACACGGAAAAGTTTCAGGAATTCATGAATTATAT 993
|||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 899 CACATATCTAA-CAAAGATCTATCTGACACGGAAAAGTTTCAAGAATTCATGAATTATAT 957
Query 994 AAAGTTTGAGAAGACTTCTGGAGATCCTACCCGAGTTCAAGCTATATATGAACGTGCTGT 1053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AAAGTTTGAGAAGACTTCTGGAGATCCTACCCGAGTTCAAGCTATATATGAACGTGCTGT 1017
Query 1054 GGCTGAATACCCGGTTTCAAGTGACTTGTGGATAGACTACACCGTGTATCTTGATAAAAC 1113
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1018 GGCTGAATATCCGGTTTCAAGTGACTTGTGGATAGACTACACCATGTATCTTGATAAAAC 1077
Query 1114 TTTGAAGGTTGGAAAAGCTATAACGCATGCCTATTCTAGGGCGACTAGAAGTTGTCCATG 1173
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1078 TTTGAAGGTTGGAAAAGCTATAACGCATGCCTATTCTAGGGCGACTAGAAGTTGCCCATG 1137
Query 1174 GACTGGAGATCTTTGGGCACGTTATTTACTTGCTTTAGAGCGTGGTTCTGCATCCGAGAA 1233
|| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1138 GATTGGAGATCTTTGGGCACGTTATTTGCTTGCTTTAGAGCGTGGTTCTGCATCTGAGAA 1197
Query 1234 AGAGATTTATGATGTCTTTGAGAAGTCATTGCAGTGCACATTTTCCTCCTTTGAAGAGTA 1293
||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AGAGATTTATGCTATCTTTGAGAAGTCATTGCAGTGTACATTTTCCTCCTTTGAAGAGTA 1257
Query 1294 CCTGGATTTATACCTCACTCGAGTAGATGGCCTGAGAAGGAGAATGTTATCAACTAGGAT 1353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 CCTGGATTTATACCTCACTCGAGTAGATGGCCTGAGAAGGAGAATGTTATCAACTAGGAT 1317
Query 1354 GCTAGAGGCTTTGGACTATTCTCTGATAAGAGAAACTTTTCAGCAAGCATCAGATTACCT 1413
| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GGTAGAGGCTCTGGATTATTCTCTGATAAAAGAAACTTTTCAGCAAGCATCAGATTACCT 1377
Query 1414 AACGCCTCACATGCAAAATACAGACAGTTTGCTACATTTGCATACTTATTGGGCTAACTT 1473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||
Sbjct 1378 AACGCCTCACATGCAAAATACAGACAGTTTGCTACATTTGCATGCTTATTGGGCTCATTT 1437
Query 1474 GGAACTTAATATTGGAAAAGATCTAGCTGGCGCACGAGGTGTTTGGGATAGCTTTCTGAA 1533
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1438 GGAACTTAATATTGGAAAAGATCTAGCTGGAGCACGAGGTGTTTGGGATAGCTTTTTGAA 1497
Query 1534 GAAGAGTGGTGGGATGCTAGCAGCCTGGCATGCATACATTGATATGGAAGTGCATTTGGG 1593
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GAAAAGTGGTGGGATGCTAGCAGCCTGGCATGCATACATTGATATGGAAGTGCATTTGGG 1557
Query 1594 GCATATAAAGGAAGCTAGGTCTATTTACCGGAGGTGCTATACAAGAAAGTTTGATGGAAC 1653
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GCATATAAAGGAAGCTAGGTCTATTTTCCGGAGGTGCTATACAAGAAAGTTTGATGGAAC 1617
Query 1654 TGGCTCAGAAGACATATGCAAAGGATGGTTGCGCTTTGAGAGGGAGCATGGGGATTTGGA 1713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TGGCTCAGAAGACATATGCAAAGGATGGTTGCGCTTTGAAAGGGAGCATGGGGATTTGGA 1677
Query 1714 ACATTTTGACCTAGCAGTTCAAAAGGTTATGCCACGCTTGGAAGAGCTACAATTGATGAG 1773
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1678 AGGTTTTGACCTAGCAGTTCAAAAGGTTATGCCACGCTTGGAAGAGCTACAATTGATCAG 1737
Query 1774 GTTACAACAAGAGTCTACACCAGTCAAACCGTCAGCTGGTCTGAAAGAGCATAGCTCACA 1833
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1738 GTTACAACAGGAGTCTACACCAGTCAAACCGTCAGCTGGTCTGAAAGAGCATAACTCACA 1797
Query 1834 AAAGAGAAAAGCAGAACAGAATGTAGAAGAAGAGTCTTTGGCTAAGCGGCAGAAGAGGAA 1893
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AAAGAGAAAAGCAGAACCGAATGTAGAAGAAGAGTCTTTGGCTAAGCGGCAGAAGAGGAA 1857
Query 1894 AAGTCAAAAAGAAGTGGACCTAGGTGGTCAGAGTGCAACTGTACC-AGCAACAAAAAACG 1952
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |
Sbjct 1858 GGGTCAAAAAGAAATGGACGTAGGTGGTCAGAGTGCAACTGTACCAAAC-ACAAAAAATG 1916
Query 1953 TTAAAGCAGAGAATGGAAAAACAGCTGATTCAGATAAAGAAGAGACAGAAGATGCCAAAC 2012
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1917 TTAAAGCAGAGAATGGAAAAACAGCTGATTCAAATAAAGAAGAGACGGAAGATGCCAAAC 1976
Query 2013 CACTGAAGCCGAAAGTTTATAGAGACGAGTGTACAGCTTTTATTTCGAATCTCAGTGTCA 2072
| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1977 CGCTGAAGCCGAAAATTTATACAGACGAGTGTACAGCTTTTATTTCAAATCTAAGTGTCA 2036
Query 2073 AGGCACAAGAGGAAGATATACGTAAATTCTTTGGTGATGATGGTGGGGTTGATTCCATTC 2132
||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2037 AGGCACAAGAGGAAGATATACGTAAGTTTTTTGGCGATGATGGTGGGGTGGATTCCATTC 2096
Query 2133 GCATTCTCCATCACAAAGACACTGGAAAACCAAGGGGACTGGCATATGCTGATTTTGTGG 2192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 GCATTCTCCATCACAAAGACACTGGAAAACCAAGGGGACTGGCATATGCTGATTTTGTGG 2156
Query 2193 ATGATGAACACCTTGCAGCAGCTATAGCAAAGAACAGAAAGATGTTTTTTGGTAAGAAGA 2252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2157 ATGATGAACACCTTGCAGCAGCTATAGCAAAGAACAGAAAGATATTCTTTGGTAAGAAGA 2216
Query 2253 TCAGCATAGCACGGTCAAATCCAAAGAAGGGTAAAAAAGAATTCACTCGGCGTGGAAATG 2312
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2217 TCAGTATAGCACGGTCAAATCCAAAGAAGGGTAAAAAGGAATTCACTAGGCGTGGAAATG 2276
Query 2313 TAGATGGTTCTGGGAATTCAAAGGA-CCCTTCCCTGATTTCTGAGAAGGCGAAAGCACCA 2371
|||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 TAGATGGTTCAGGGAATTCAAAGGAACCCT-CCCTGATTTCTGAGAAGGCGAAAGCACCT 2335
Query 2372 CTTGGTGGAGAAACTG-AGGGTGAAAGGAAAGGAAATGAAGTGGAAGTGAGGGGTAAGAA 2430
||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2336 CTTGGTGGAGAAA-TGGAGGATGAAAGGCAAGGAAATGAAGTCGAGGTGAGGGGTAAGAA 2394
Query 2431 CACGTTTGCTGTCCCAAGA-AATGTTAAACCACTCGGCTACACGACACCTAAACCCAGCG 2489
|||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2395 CACGTTCACTGTCCCAAGACAA-GTTAAACCACTCGGCTACACTACACCCAAACCCAGCG 2453
Query 2490 CAGATGAGACACCAAAATCAAATGATGAGTTCAGGAATATGTTCCTTAAAAAGTGAGACT 2549
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||
Sbjct 2454 CAGATGAGACGCCAAAATCAAATGATGAGTTCAGGAATATGTTCCTTAAGAAGTAAGCCT 2513
Query 2550 TTTGCTTGGTCCCTATCTTCCTTCCCTTAGATACT 2584
|||||||||||| ||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2514 TTTGCTTGGTCCTTATCTTCCTTCCCCTGGATACT 2548
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102196127335
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5