BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24280.1
Length=2456
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492423 jgi|Araly1|492423|fgenesh2_kg.7__1856__AT4G24280.1 3742 0.0
Ahg495046 jgi|Araly1|495046|fgenesh2_kg.8__862__AT5G49910.1 2218 0.0
> Ahg492423 jgi|Araly1|492423|fgenesh2_kg.7__1856__AT4G24280.1
Length=2340
Score = 3742 bits (2026), Expect = 0.0
Identities = 2251/2358 (95%), Gaps = 21/2358 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 102 GAAAAATGGCATCTTCAGCCGCCCAAATCCACGTTCTCGGCGGAATTGGATTCGCTTCTT 161
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAAAAATGGCATCTTCCGCCGCCCAAATTCACGTCCTTGGCGGAATTGGATTCGCTTCTT 60
Query 162 CTTCTTCTTCCAAGAGAAATCTCAATGGTAAAGGCGGTACCTTTATGCCGAGAAGTGCCT 221
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTTCTTCTTCCAAGAGAAATCTTAATGGTAAAGGCGGTACCTTTATGCCGAGAAGTGCCT 120
Query 222 TCTTCGGTACAAGAACCGGTCCTTTCTCCACACCCACTTCTGCTTTTCTCAGAATGGGCA 281
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTTCGGTACAAGAACCGGTCCTTTCTCAACACCCACTTCTGCTTTTCTCAGAATGGGCA 180
Query 282 CCAGAAATGGCGGCGGCGCTTCTAGATACGCGGTTGGTCCGGTTCGTGTGGTTAACGAGA 341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCAGAAATGGCGGCGGCGCTTCTAGATACGCGGTTGGTCCGGTTCGTGTGGTTAACGAGA 240
Query 342 AGGTTGTTGGAATTGATTTGGGTACGACTAACTCTGCAGTAGCTGCTATGGAAGGAGGTA 401
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGGTTGTTGGAATTGATTTGGGTACGACTAACTCCGCCGTTGCTGCTATGGAAGGAGGTA 300
Query 402 AGCCTACGATTGTGACTAACGCTGAAGGTCAGAGGACAACGCCTTCTGTTGTGGCTTACA 461
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 301 AGCCTACGATTGTTACTAACGCTGAAGGTCAGAGGACGACGCCGTCTGTGGTGGCTTACA 360
Query 462 CGAAGAGTGGTGATAGGCTTGTTGGGCAGATTGCGAAGAGGCAAGCTGTTGTTAATCCCG 521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGAAGAGTGGTGATAGGCTTGTTGGGCAGATTGCGAAGAGGCAAGCTGTTGTTAATCCCG 420
Query 522 AGAATACTTTCTTCTCAGTGAAGAGGTTTATTGGTAGGAAGATGAACGAGGTTGATGAAG 581
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |
Sbjct 421 AGAATACTTTCTTCTCCGTGAAGAGGTTTATTGGTAGGAAGATGAATGAGGTTGCTGAGG 480
Query 582 AGTCTAAGCAGGTTTCTTACAGAGTTGTTAGAGATGAGAACAATAATGTTAAGCTTGAGT 641
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 481 AGTCTAAGCAGGTTTCTTATAGAGTTGTTAGAGATGAGAACGGGAATGTTAAGTTTGAGT 540
Query 642 GTCCTGCCATTAACAAACAATTTGCTGCTGAGGAGATTTCAGCTCAGGTTCTAAGGAAAC 701
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 541 GTCCTGCCATTAACAAACAATTTGCTGCTGAGGAGATTTCAGCTCAGGTTTTGAGGAAAC 600
Query 702 TTGTGGATGATGCATCAAGATTCTTGAACGACAAAGTAACCAAGGCTGTCATCACTGTGC 761
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 601 TTGTGGATGATGCCTCAAGATTCTTGAACGACAAAGTAACCAAGGCTGTCATTACTGTGC 660
Query 762 CTGCTTACTTCAACGATTCACAGAGGACAGCTACAAAAGATGCTGGTCGAATTGCTGGGT 821
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CTGCTTACTTCAACGACTCACAGAGGACAGCTACAAAAGATGCTGGTCGAATTGCTGGGT 720
Query 822 TGGAAGTTCTTCGTATTATCAATGAGCCCACAGCTGCTTCATTGGCTTATGGGTTTGACA 881
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 721 TGGAAGTTCTTCGTATTATTAATGAGCCCACAGCTGCTTCGTTGGCTTATGGGTTTGACA 780
Query 882 G-AAAAGCCAATGAAACAATCCTAGTCTTCGATCTTGGTGGTGGTACCTTTGATGTCTCA 940
| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAAAAAG-CAATGAAACAATCCTAGTCTTTGATCTTGGTGGCGGTACCTTTGATGTCTCA 839
Query 941 GTGCTTGAGGTTGGTGATGGTGTGTTTGAAGTGCTTTCCACTTCTGGCGACACACACTTG 1000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 840 GTGCTTGAGGTTGGTGATGGTGTGTTTGAAGTGCTTTCCACTTCTGGGGACACACATTTG 899
Query 1001 GGTGGTGATGACTTTGACAAGAGAGTTGTTGATTGGCTTGCTGCAGAATTCAAGAAAGAC 1060
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGTGGTGATGACTTCGACAAGAGAGTGGTTGATTGGCTTGCTGCAGAATTCAAGAAAGAT 959
Query 1061 GAAGGGATAGATCTTCTGAAAGACAAGCAAGCTCTTCAGAGGTTAACAGAGGCAGCAGAA 1120
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAAGGGATAGATCTTCTGAAAGACAAGCAAGCACTTCAGAGGTTAACAGAGGCAGCAGAA 1019
Query 1121 AAAGCTAAAATTGAGCTTTCTTCACTGACTCAGACAAATATGAGCTTACCTTTTATCACG 1180
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1020 AAAGCTAAAATTGAGCTTTCCTCGCTGACTCAGACAAATATGAGCTTGCCATTTATCACC 1079
Query 1181 GCCACAGCTGATGGACCTAAACACATAGAAACCACCCTCACACGTGCCAAGTTCGAAGAA 1240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GCCACAGCCGATGGACCTAAACACATAGAAACCACCCTCACACGTGCCAAGTTCGAAGAA 1139
Query 1241 TTGTGTTCAGATTTACTTGACAGGGTCAGGACTCCTGTCGAGAATTCCCTGCGGGATGCA 1300
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1140 TTGTGTTCAGATTTACTTGACAGGGTCAAGACTCCCGTCGAAAATTCCCTGAGGGATGCA 1199
Query 1301 AAGCTCAGCTTCAAAGATATTGATGAAGTCATCCTTGTCGGTGGATCCACACGTATTCCT 1360
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AAGCTCAGCTTCAAAGATATTGATGAAGTTATCCTTGTTGGTGGATCCACACGTATTCCT 1259
Query 1361 GCTGTTCAGGAACTCGTGAGGAAGGTGACTGGGAAAGAACCTAATGTTACAGTAAATCCT 1420
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1260 GCTGTTCAAGAACTCGTGAGGAAGGTGACTGGGAAAGAACCGAATGTCACAGTAAATCCT 1319
Query 1421 GACGAGGTTGTAGCGTTAGGTGCTGCAGTCCAGGCTGGTGTTCTTGCTGGAGATGTGAGT 1480
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1320 GATGAGGTTGTAGCTTTAGGTGCTGCAGTCCAGGCTGGTGTGCTTGCCGGAGATGTGAGT 1379
Query 1481 GACATTGTGCTTCTTGATGTGACACCGCTTTCGATTGGTTTGGAGACCCTAGGTGGTGTT 1540
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1380 GACATTGTGCTTCTCGATGTGACACCGCTTTCCATTGGTTTGGAGACCCTTGGTGGTGTT 1439
Query 1541 ATGACTAAGATTATTCCAAGGAACACCACACTGCCTACTTCTAAATCAGAAGTCTTTTCA 1600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ATGACTAAGATTATTCCAAGGAACACCACACTGCCTACTTCTAAATCAGAAGTCTTTTCA 1499
Query 1601 ACTGCTGCTGATGGACAGACAAGTGTTGAGATTAATGTGTTGCAGGGTGAGAGGGAGTTT 1660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 ACTGCTGCTGATGGACAGACAAGTGTTGAGATTAATGTGTTGCAGGGTGAGAGGGAGTTT 1559
Query 1661 GTTAGGGATAACAAGTCTCTTGGTAGCTTCCGTCTAGATGGTATCCCCCCTGCACCACGT 1720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 1560 GTTAGGGATAACAAGTCTCTTGGTAGCTTCCGTCTAGATGGTATTCCACCGGCACCACGT 1619
Query 1721 GGAGTTCCACAAATCGAAGTCAAATTTGACATTGATGCCAATGGAATTCTATCTGTCAGT 1780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1620 GGAGTTCCACAAATCGAAGTCAAATTTGACATTGATGCCAATGGAATTTTATCTGTCAGT 1679
Query 1781 GCTGTTGACAAGGGCACAGGAAAGAAGCAAGACATCACCATTACTGGCGCAAGTACATTG 1840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1680 GCTGTTGACAAGGGCACAGGAAAGAAGCAAGACATCACCATTACTGGCGCGAGTACATTG 1739
Query 1841 CCCAAGGATGAGGTAGACCAAATGGTCCAGGAGGCAGAAAGATTTGCAAAAGATGACAAA 1900
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1740 CCCAAGGATGAGGTAGACCAAATGGTCCAGGAAGCAGAAAGATTTGCAAAGGATGACAAG 1799
Query 1901 GAGAAGAGAGACGCAATCGACACGAAA-AACCAAGCAGATTCAGTGGTGTACCAGACAGA 1959
||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1800 GAGAAGAGAGATGCAATCGACAC-AAAGAACCAGGCAGACTCAGTGGTGTATCAGACAGA 1858
Query 1960 GAAGCAACTGAAAGAACTAGGAGAGAAAATTCCAGGTGAAGTGAAAGAGAAGGTGGAGGC 2019
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GAAGCAACTGAAAGAACTTGGAGAGAAAATTCCAGGTGAAGTGAAAGAGAAGGTGGAGGC 1918
Query 2020 TAAGCTACAAGAGCTGAAAGACAAGATAGGAAGTGGATCAACCCAAGAAATCAAAGACGC 2079
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1919 TAAGCTACAAGAGCTGAAAGACAAGATAGGAAGCGAATCAACTCAGGAAATCAAAGACGC 1978
Query 2080 CATGGCTGCTCTTAACCAAGAAGTGATGCAGATTGGTCAGTCTCTATACAACCAGCCTGG 2139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CATGGCTGCTCTTAACCAAGAAGTGATGCAGATTGGTCAGTCTCTATACAACCAGCCTGG 2038
Query 2140 AGCTGGAGGTCCAGGTGCAGGTCCTTCCCCGGGAGGCGAAGGTGCTTCATCAGGAGATTC 2199
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 2039 AGCTGGAGCACCAGGTGCAGGTCCTTCCCCGGGAGGTGAAGGTGCTTCTTCAGCAGATTC 2098
Query 2200 ATCTTCAAGTAAAGGAGGAGATGGTGATGATGTGATCGATGCTGACTTCACAGACAGCCA 2259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2099 ATCTTCAAGTAAAGGAGGAGATGGTGATGATGTGATCGATGCTGACTTCACAGACAGCAA 2158
Query 2260 ATGAGAAAACAAACTAGGAAGGCTTTGGAATTCATACATGGGATGCGATGGGAGAGACAA 2319
|||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| || |
Sbjct 2159 ATGAGAAAGCAAACTAGGACGGCTTTGAAATTTATACATGGGATG---TG--A------- 2206
Query 2320 ATGATTTTGTAGGTTGGATTTGAGAACACAAATGAATTTAAGCAATGCTTGTGGACAACA 2379
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 -T--TTT-GTAGGTTGGATTTGAGAACACAAATGAATTTAAGCAATGCTTGTGGACAACA 2262
Query 2380 TTTATTTGTCGTTAGAAGGAAGCAGTGTGGTTACA-GAGGATGATGTTTAATACATAATA 2438
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 TTTATTTGTCGTTAGAAGGAAGCAGTGTGGTTACAAGAGGATGATGTTTAATACATAATA 2322
Query 2439 ATATGCAAGCCTTCTCTT 2456
||||||||||||||||||
Sbjct 2323 ATATGCAAGCCTTCTCTT 2340
> Ahg495046 jgi|Araly1|495046|fgenesh2_kg.8__862__AT5G49910.1
Length=2339
Score = 2218 bits (1201), Expect = 0.0
Identities = 1789/2071 (86%), Gaps = 47/2071 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 213 GAAGTGCCTTCTTCGG-TACAAGAACCGGTCCTTTCTCCACACCCACTTCTGCTTTTC-T 270
|||| | ||||||||| || ||||| |||||||||| || || || || || || | |
Sbjct 122 GAAGCGTCTTCTTCGGCAAC-AGAACAAGTCCTTTCTCTACTCCAACCTCCGCCTTCCTT 180
Query 271 CAGAATGGGCAC-CAGAAATGGCGGCGGCGCTTCTAGATACGCGGTTGGTCCGGTTCGTG 329
| | ||||| || ||||| | | |||||| | ||| | |||||||| || ||||
Sbjct 181 C-GTATGGG-ACGAAGAAA---CAACAACGCTTCCCGTTACACCGTTGGTCCAGTCCGTG 235
Query 330 TGGTTAACGAGAAGGTTGTTGGAATTGATTTGGGTACGACTAACTCTGCAGTAGCTGCTA 389
| ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||
Sbjct 236 TTGTTAACGAGAAAGTCGTCGGAATCGATTTAGGTACGACGAACTCAGCCGTAGCTGCTA 295
Query 390 TGGAAGGAGGTAAGCCTACGATTGTGACTAACGCTGAAGGTCAGAGGACAACGCCTTCTG 449
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||
Sbjct 296 TGGAAGGAGGTAAACCAACGATTGTGACTAACGCTGAAGGTCAAAGAACTACGCCTTCTG 355
Query 450 TTGTGGCTTACACGAAGAGTGGTGATAGGCTTGTTGGGCAGATTGCGAAGA-GGCAAGCT 508
|||| ||||| || |||||| ||||| |||||||| ||||||||||| | | ||||||
Sbjct 356 TTGTTGCTTATACTAAGAGTAAAGATAGACTTGTTGGTCAGATTGCGAA-ACGTCAAGCT 414
Query 509 GTTGTTAATCCCGAGAATACTTTCTTCTCAGTGAAGAGGTTTATTGGTAGGAAG-ATGAA 567
||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 415 GTTGTTAATCCGGAGAATACTTTCTTCTCTGTTAAGAGGTTTATTGGTAGG-AGAATGAA 473
Query 568 CGAGGTTGATGAAGAGTCTAAGCAGGTTTCTTACAGAGTTGTTAGAGATGAGAACAATAA 627
|| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| |||
Sbjct 474 TGAAGTTGCTGAAGAGTCGAAGCAGGTTTCTTATAGAGTTATTAAAGATGAGAATGGTAA 533
Query 628 TGTTAAGCTTGAGTGTCCTGCCATTAACAAACAATTTGCTGCTGAGGAGATTTCAGCTCA 687
|||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 534 TGTTAAGCTTGATTGTCCTGCTATTGGTAAACAATTTGCTGCTGAGGAGATTTCTGCTCA 593
Query 688 GGTTCTAAGGAAACTTGTGGATGATGCATCAAGATTCTTGAACGACAAAGTAACCAAGGC 747
|||| | ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 594 GGTTTTGAGGAAGCTTGTGGATGATGCTTCGAGATTCTTGAATGATAAAGTAACCAAAGC 653
Query 748 TGTCATCACTGTGCCTGCTTACTTCAACGATTCACAGAGGACAGCTACAAAAGATGCTGG 807
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 654 TGTTATCACTGTGCCTGCTTACTTCAATGATTCACAGAGGACAGCTACTAAAGATGCTGG 713
Query 808 TCGAATTGCTGGGTTGGAAGTTCTTCGTATTATCAATGAGCCCACAGCTGCTTCATTGGC 867
||| |||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 714 TCGTATTGCTGGATTGGAAGTTCTTAGGATTATTAATGAGCCTACTGCTGCTTCTTTGGC 773
Query 868 TTATGGGTTTGACA-GAAAAGCCAATGAAACAATCCTAGTCTTCGATCTTGGTGGTGGTA 926
|||||||||||| | |||||| ||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 774 TTATGGGTTTGAGAGGAAAAG-CAATGAAACTATTCTTGTCTTTGATCTTGGTGGTGGTA 832
Query 927 CCTTTGATGTCTCAGTGCTTGAGGTTGGTGATGGTGTGTTTGAAGTGCTTTCCACTTCTG 986
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 833 CCTTCGATGTCTCAGTCCTTGAGGTTGGTGATGGTGTTTTTGAAGTGCTTTCTACATCTG 892
Query 987 GCGACACACACTTGGGTGGTGATGACTTTGACAAGAGAGTTGTTGATTGGCTTGCTGCAG 1046
| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 893 GTGATACACATTTGGGAGGTGATGACTTTGACAAGAGAGTTGTTGATTGGCTTGCTTCA- 951
Query 1047 AATT-CAAGAAAGACGAAGGGATAGATCTTCTGAAAGACAAGCAAGCTCTTCAGAGGTTA 1105
| || ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 952 ACTTTCAAGAAAGATGAAGGTATAGATCTTCTCAAAGACAAGCAAGCGCTTCAGAGGTTA 1011
Query 1106 ACAGAGGCAGCAGAAAAAGCTAAAATTGAGCTTTCTTCACTGACTCAGACAAATATGAGC 1165
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1012 ACTGAGGCAGCTGAAAAAGCTAAAATTGAGCTTTCCTCACTGACTCAGACAAACATGAGT 1071
Query 1166 TTACCTTTTATCACGGCCACAGCTGATGGACCTAAACACATAGAAACCACCCTCACACGT 1225
|| ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| ||
Sbjct 1072 TTGCCTTTTATCACTGCAACGGCTGATGGGCCTAAGCACATTGAAACTACTCTCACCCGG 1131
Query 1226 GCCAAGTTCGAAGAATTGTGTTCAGATTTACTTGACAGGGTCAGGACTCCTGTCGAGAAT 1285
|||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1132 GCCAAGTTTGAAGAATTGTGCTCTGACTTACTCGACAGGGTCAGGACACCTGTGGAGAAT 1191
Query 1286 TCCCTGCGGGATGCAAAGCTCAGCTTCAAAGATATTGATGAAGTCATCCTTGTCGGTGGA 1345
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||
Sbjct 1192 TCCCTGAGGGATGCAAAACTCAGCTTCAAAGATATTGATGAGGTGATCCTTGTTGGTGGA 1251
Query 1346 TCCACACGTATTCCTGCTGTTCAGGAACTCGTGAGGAAGGTGACTGGGAAAGAACCTAAT 1405
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||| |||
Sbjct 1252 TCCACACGTATTCCTGCTGTTCAGGAACTTGTAAGGAAGCTGACAGGGAAAGAACCCAAT 1311
Query 1406 GT-TACAGTAAATCCTGACGAGGTTGTAGCGTTAGGTGCTGCAGTCCAGGCTGGTGTTCT 1464
|| | |||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1312 GTCT-CAGTCAATCCTGATGAAGTTGTAGCTTTAGGTGCTGCAGTTCAGGCTGGTGTTCT 1370
Query 1465 -TGCTGGAGATGTGAGTGACATTGTGCTTCTTGATGTGACACCGCTT-TCGATTGGTTTG 1522
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||| ||||||||
Sbjct 1371 AT-CTGGAGATGTGAGTGACATTGTTCTTCTTGATGTGACGCCG-TTATCGCTTGGTTTG 1428
Query 1523 GAGACCCTAGGTGGTGTTATGACTAAGATTATTCCAAGGAACACCACACTGCCTACTTCT 1582
|| || || |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 1429 GAAACTCTTGGTGGTGTCATGACCAAGATTATACCAAGAAACACCACACTTCCAACTTCT 1488
Query 1583 AAATCAGAAGTCTTTTCAACTGCTGCTGATGGACAGACAAGTGTTGAGATTAATGTGTTG 1642
|| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1489 AAGTCAGAAGTCTTCTCAACCGCTGCAGATGGACAGACAAGCGTTGAGATTAATGTGTTA 1548
Query 1643 CAGGGTGAGAGGGAGTTTGTTAGGGATAACAAGTCTCTTGGTAGCTTCCGTCTAGATGGT 1702
||||||||||| ||||| || || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1549 CAGGGTGAGAGAGAGTTCGTAAGAGATAACAAGTCTATTGGTAGCTTCCGTCTTGATGGT 1608
Query 1703 ATCCCCCCTGCACCACGTGGAGTTCCACAAATCGAAGTCAAATTTGACATTGATGCCAAT 1762
|| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1609 ATTCCGCCTGCACCACGTGGAGTTCCACAAATCGAGGTCAAATTCGACATTGATGCCAAT 1668
Query 1763 GGAATTCTATCTGTCAGTGCTGTTG-ACAAGGGCACAGGAAAGAAGCAAGACATCACCAT 1821
||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1669 GGAATTCTATCTGTCAGTGCT-TCGGACAAAGGCACAGGAAAGAAGCAGGACATCACCAT 1727
Query 1822 TACTGGCGCAAGTACATTGCCCAAGGATGAGGTAGAC-CAAATGGTCCAGGAGGCAGAAA 1880
|||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||| || || ||||| |
Sbjct 1728 TACTGGTGCTAGTACCTTGCCTAAGGATGAGGTAGACACAA-TGGTGCAAGAAGCAGAGA 1786
Query 1881 GATTTGCAAAAGATGACAAAGAGAAGAGAGACGCAATCGACACGAAA-AACCAAGCAGAT 1939
| |||||||| || |||||||| |||||||| | || ||||| ||| ||||| || |||
Sbjct 1787 GGTTTGCAAAGGAAGACAAAGAAAAGAGAGATGTGATTGACAC-AAAGAACCAGGCTGAT 1845
Query 1940 TCAGTGGTGTACCAGACAGAGAAGCAACTGAAAGAACTAGGAGAGAAAATTCCAGGTGAA 1999
|| || || |||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1846 TCCGTAGTTTACCAGACGGAGAAGCAGCTTAAAGAACTTGGAGAGAAAATTCCAGGTCCA 1905
Query 2000 GTGAAAGAGAAGGTGGAGGCTAAGCTACAAGAGCTGAAAGACAAGATAGGAAGTGGATCA 2059
|||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||
Sbjct 1906 GTGAAAGAAAAGGTTGAGGCTAAGCTCCAAGAGCTGAAGGAAAAGATAGGAAGCGGATCA 1965
Query 2060 ACCCAAGAAATCAAAGACGCCATGGCTGCTCTTAACCAAGAAGTGATGCAGATTGGTCAG 2119
|| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1966 ACTCAAGAAATCAAAGACACCATGGCAGCTCTTAACCAAGAAGTGATGCAGATTGGCCAG 2025
Query 2120 TCTCTATACAACCAGCCTGGAGCTGGAGGTCCAGGTGCAGGTCCTTCC-CCGGGAGGCGA 2178
||||| |||||||| || | | |||| ||||| ||| || || || ||||| ||
Sbjct 2026 TCTCTGTACAACCAACCCCAACC---AGGT---GGTGCTGGTTCT-CCTCCTGGAGGTGA 2078
Query 2179 AGGTGCTTCATCAGGA-GA-T--TCATCTTCAAGT-AAAGGAGGAGAT---GGTGATGAT 2230
|| | | || || | || | ||||||||| | ||||| ||||| |||| ||||
Sbjct 2079 AGCTTCCTCGTC-GTCTGACTCATCATCTTCA-GCCAAAGGTGGAGACAACGGTGGTGAT 2136
Query 2231 GTGATCGATGCTGACTTCACAGACAGCCAAT 2261
||||| || |||||||||||||||||| |||
Sbjct 2137 GTGATTGACGCTGACTTCACAGACAGCAAAT 2167
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92559295350
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5