BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24430.1
Length=2041
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg354330 jgi|Araly1|354330|fgenesh1_pg.C_scaffold_7001503 3081 0.0
> Ahg354330 jgi|Araly1|354330|fgenesh1_pg.C_scaffold_7001503
Length=1932
Score = 3081 bits (1668), Expect = 0.0
Identities = 1851/1940 (95%), Gaps = 9/1940 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCGAACCAAGATTCTGTTCAGTTGGATGTCCAAGAAAGCCATGTGGTCATGGGAAAT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1 ATGTCGAACCAAGATTCTGTTCAGTTGGATGTCCAAGAAAGCCATGTAGTGATGGGAAAT 60
Query 61 GGTAAAGTGAAAGTGACCATATCAAAACCAGATGGTTTTGTTACCGGAATCTCTTACCAG 120
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 61 GGTATAGTGAAAGTGACCATATCAAAACCAGATGGTTTTGTCACCGAAATCTCTTACCAG 120
Query 121 GGCGTCGACAATCTACTAGAAACTCACAACGAAGATTTCAATCGAGGGTACTGGGACCTT 180
|| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 GGGGTTGACAATCTACTAGAAACTCACAATGAAGATTTCAATCGAGGGTATTGGGACCTT 180
Query 181 GTTTGGAGCGATGAAGGGACGCCTGGAACCACAGGGAAATCCGAGCGGATCAAAGGCACA 240
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTTGGAGCGATGAAGGGGCGCCTGGAACCACAGGGAAATCTGAGCGGATCAAAGGCACA 240
Query 241 AGTTTTGAAGTAGTAGTGGAAAATGAAGAGCTGGTAGAAATTTCCTTCTCAAGGAAATGG 300
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 241 AGTTTTGAAGTAGTAGTGGAAAATGAAGAACTGGTAGAGATTTCCTTCTCCAGGAAATGG 300
Query 301 GATTCTTCTCTCCAAGACAGTATTGCTCCTATTAATGTTGACAAGAGGTTCATAATGCGT 360
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GATTCTTCTCTCCAAGACAGTATTGCTCCCATTAATGTTGACAAGAGGTTCATAATGCGT 360
Query 361 AAAGATGTAACTGGATTCTACTCATATGCGATATTTGAGCATCTAGCGGAATGGCCAGCT 420
||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 AAAAATGTAAGTGGATTCTACTCATATGCGATATTCGAGCATCTAGCGGAATGGCCTGCT 420
Query 421 TTTAACTTGCCTCAGACAAGGATTGTCTACAAGCTTCGTAAAGACAAGTTTAAATATATG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 421 TTTAACTTGCCTCAGACAAGGATTGTCTACAAGCTTCGTAAAGACAAGTTTCAATATATG 480
Query 481 GCGATTGCTGATAACAGGCAGAGGAAAATGCCACTTCCAGAGGATAGATTGGGGAAAAGA 540
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 481 GCGATTGCTGATAACAGACAGAGGAAAATGCCACTTCCAGAAGATAGATTGGGTAAAAGA 540
Query 541 GGAAGACCTTTGGCTTATCCTGAAGCTGTTCTTCTTGTTCATCCTGTTGAAGACGAGTTT 600
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 GGAAGACCCTTGGCTTATCCTGAAGCTGTTCTTCTTGTTCATCCTGTTGAAGAAGAGTTT 600
Query 601 AAAGGAGAGGTTGATGACAAGTATGAGTATTCAAGTGAGAACAAAGATCTGAAAGTGCAT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 601 AAAGGAGAGGTTGATGACAAGTATGAGTATTCATGCGAGAACAAAGACCTCAAAGTGCAT 660
Query 661 GGATGGATCTCACATAACTTGGATTTGGGTTGCTGGCAAATCATTCCTAGCAATGAGTTC 720
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GGATGGATCTCACATAACCTGGATTTGGGTTGCTGGCAAATCATTCCTAGCAATGAGTTC 720
Query 721 AGATCAGGTGGCTTGTCCAAACAGAACCTTACTTCTCATGTTGGTCCCATCAGTCTTGCT 780
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 721 AGATCAGGTGGCTTGTCGAAACAGAACCTTACCTCTCATGTTGGTCCCATCAGTCTCGCC 780
Query 781 ATGTTTTTGAGTGCTCACTACGCGGGTGAGGATATGGTGATGAAGGTGAAAGCAGGGGAC 840
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATGTTTTTGAGTGCTCACTACGCGGGTGAGGACATGGTGATGAAGGTGAAAGCAGGGGAG 840
Query 841 TCATGGAAGAAAGTGTTTGGTCCTGTCTTTACTTACCTCAATTGCTTGCCTGACAAAACC 900
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCATGGAAGAAAGTGTTTGGTCCTGTTTTTACTTACCTCAATTGCTTGCCTGACAAAACC 900
Query 901 TCTGACCCTCTTTCGCTATGGCAAGACGCTAAAAACCAGATGTTAACTGAAGTCCAAAGC 960
||||| ||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCTGATCCTCTTTTGCTGTGGGAAGACGCGAAAAACCAGATGTTAACTGAAGTCCAAAGC 960
Query 961 TGGCCTTACGATTTCCCTGCTTCAGAAGACTTTCCAGTGTCCGATAAGCGCGGTTGCATC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TGGCCTTACGATTTCCCTGCTTCAGAAGACTTTGCAGTGTCCGATAAGCGCGGTTGCATC 1020
Query 1021 AGCGGTAGATTACTAGTATGCGACAAATTTCTTAGTGATGATTTTTTACCAGCAAATGGT 1080
|||||||||||||||||||||||||| | | ||| | |||| ||| || ||||||
Sbjct 1021 AGCGGTAGATTACTAGTATGCGACAA-TG----A-TGA--ACTTTT-ACCGGCCAATGGT 1071
Query 1081 GCTTTCGTAGGGTTGGCTCCACCAGGAGAGGTTGGATCCTGGCAATTAGAATCTAAGGGA 1140
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 GCTTTCGTAGGTTTGGCTCCACCAGGAGAGGTTGGATCCTGGCAATTAGAATCTAAGGGC 1131
Query 1141 TATCAATTCTGGACAGAAGCAGATTCTGATGGTTATTTCGCGATAAATGATATCCGAGAA 1200
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1132 TATCAATTCTGGACAGAAGCAGATGCTGATGGTTATTTCGCCATAAATGATATCCGAGAA 1191
Query 1201 GGCGAGTATAATCTCAATGGTTATGTGACAGGATGGATAGGAGACTATCAATACGAACAA 1260
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 GGCGAATATAATCTCAATGCTTATGTGACAGGATGGATTGGAGACTATCAATACGAACAA 1251
Query 1261 TTGATTAACATTACTGCAGGCTGCGACATTGACGTTGGCAATATCGTGTATGAACCGCCC 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1252 TTGATTAACATTACTGCAGGCTGCGACATTGACGTTGGCAATATCGCGTATGAACCGCCC 1311
Query 1321 CGAGATGGGCCAACAGTGTGGGAAATAGGGATACCTGACCGGTCTGCAGCTGAGTTCTTT 1380
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 CGAGATGGGCCAACGGTGTGGGAAATAGGGATACCTGACCGGTCTGCAGCTGAGTTCTTT 1371
Query 1381 GTTCCAGACCCAAATCCCAAATACATCAACAAACTATATATTGGTCATCCTGATAGGTTT 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GTTCCAGACCCAAATCCCAAATACATCAACAAACTATACATTGGTCATCCTGATAGGTTT 1431
Query 1441 AGGCAATACGGGCTATGGGAAAGATACACAGAACTATATCCTAAGGAAGATTTGGTGTTC 1500
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 AGGCAATACGGGCTTTGGGAAAGATACACAGAACTATATCCTAAGGAAGATTTGGTGTTC 1491
Query 1501 ACCATTGGCGTCAGTGATTACAAAAAAGATTGGTTCTTTGCACACGTTACCAGGAAAATG 1560
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1492 ACCATAGGCGTCAGTGATTACAAAAAAGATTGGTTCTTTGCACACGTTACCAGGAAATTG 1551
Query 1561 GGAGATGATACATATCAGAAAACAACATGGCAAATCAAGTTCAAGCTAGAGAATGTACAG 1620
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1552 GGAGATGACACATATCAAAAAACGACATGGCAAATCACGTTCAAGCTAGAGAATGTGCAG 1611
Query 1621 AAAAGTTGCACATACAAAATCCGGATCGCGCTAGCAACTGCAAATGTAGCAGAATTACAG 1680
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 AAAAACAGCACATACAAAATCCGGATCGCACTAGCAACAGCAAATGTAGCAGAATTACAG 1671
Query 1681 GTGAGGATGAATGATGATGACACAGAAAAGACTACTCCTATATTCACAACGGGTGTAATC 1740
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1672 GTGAGGATGAATGATGATGACACTGAAAAGAGTACTCCTCTGTTCACAACGGGTGTAATC 1731
Query 1741 GGGCACGATAACGCGATTGCAAGACATGGGATACATGGAATCTATAGGCTTTATAATGTG 1800
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 GGGCACGATAACGCGATTGCAAGACATGGAATACATGGAATCTATAGGCTTTATAATGTG 1791
Query 1801 GATGTACCAAGTGAGAAGCTTGTGGAAGGAGACAACACTTTGTTCTTGACACAAACCATG 1860
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 GATGTACCAAGTGAGAAGCTTGTAGAAGGAGAAAACACTTTGTTCTTGACACAAACCATG 1851
Query 1861 ACCACCACTGGAGCCTTTAATGGTCTCATGTATGACTATATCCGCCTCGAAGGACCTCCT 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1852 ACCACCACTGGAGCCTTTAATGGTCTCATGTACGACTATATCCGCCTTGAAGGACCTCCT 1911
Query 1921 TTAGATTCATACTCTCACTA 1940
||||||||| ||||||||||
Sbjct 1912 TTAGATTCAAACTCTCACTA 1931
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76751843675
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5