BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G24580.1 Length=2802 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg889700 jgi|Araly1|889700|Al_scaffold_0007_1686 2255 0.0 > Ahg889700 jgi|Araly1|889700|Al_scaffold_0007_1686 Length=2778 Score = 2255 bits (1221), Expect = 0.0 Identities = 1446/1549 (93%), Gaps = 38/1549 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1279 GAAGGTTCCTTGTCACCCGGCCTGTACTCTGACTCAGAAGAGAGTGGTAGTGGGACAGAG 1338 ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1243 GAAGGTTCCTTGTCACCCGGCTTATACTCTGACTCAGAAGAGAGTGGTAGTGGGACAGAG 1302 Query 1339 GAGGGATCTGATGATGAAGAGTATGATGATGAC---GATGATGGCTCACAGGGATCTGAG 1395 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1303 GAGGGATCTGATGATGAAGAGTATGATGATGACGAAGATGATGGCACACAGGGATCTGAT 1362 Query 1396 GACTACACGGATGAGGAAGAGGACCTTGAAAATGAATCTAATGGATCCTACAGTGAGAGT 1455 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1363 GACTACACAGATGAGGAAGAGGACCTTGAAAATGAATCTAATGGATCATACAGTGAGAGT 1422 Query 1456 GCCGCCTCAGAAGATAAATATGCAGACAGCATTGATCCTGATGATCATAAGATAAATGAT 1515 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| | Sbjct 1423 GCCGCCTCAGAAGACAAATATGCAGACAGCATTGATCCTGACGACCATAAG------G-- 1474 Query 1516 AATTTAAGCACTGAATCAAAATCCCCAAAAAGAAGTAAGGAGCCTAAGAAGCTTTTATCT 1575 | || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1475 ----CACGCCCTGAACCAAAATCCCCAAAAGGAAGTAAGGAGCCTAAGAAGCTTTTATCT 1530 Query 1576 GGCTCCAGACGATCTTCACTACCCCGACATGATGACGGCAAAAAGGATGAGGATATCGTG 1635 ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 1531 GGCTCCAGACGATCTTCTCTACCACGACATGATGACGGTAAAAAGGATGAGGATATTGTG 1590 Query 1636 GTTAAGGGAGTTAATAATACAGAGGTAAAGGCTGTTGTAGAGGTCTCGACAAGTGAGGAT 1695 |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1591 GTTAAGGGAGCTGATAATACAGAGGTAAAGGATGTTGTAGAGGTCTCGACAACTGAGGAT 1650 Query 1696 -AAGAATTCATCAACGTCAGATGTGGCATCTGACACTCAGAAACCGTCTAAGTTATCCGA 1754 ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1651 AAAG-ATTCGTCAACATCAGATGTGGCATCTGACACTCAGAAACCGTCAAAGTTATCCGA 1709 Query 1755 TGCACCGGGAGGAAGTAAAAGGCACTGGGGCCGTACCCCTGGGAAGAAAAACTTGTCAAT 1814 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1710 TGCACCGGGAGGAAGTAAAAGGCACTGGGGCCGTACCCCTGGGAAGAAAAACCTGTCAAT 1769 Query 1815 GGAATCTATTGATTTCTCAGTGGAAGTGGACGAGGACAATGCTGACATTGAGAGACTTGA 1874 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1770 GGAATCTATTGATTTCTCAGCGGAAGTGGACGAGGACAATGCTGACATTGAGCGACTTGA 1829 Query 1875 GTCAACCAAATTAGAGCTGCAAAGCAGAATTACAGAAGAGGTAAAAAGCAATGCAGTTCT 1934 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1830 ATCAACCAAATTAGAGCTGCAAAACAGAATTACAGAAGAGGTTAAAAGCAATGCAGTTCT 1889 Query 1935 ACAGGCTAGTTTGGAGCGACGGAAGAAGGCTTTGTACGGGCGGCGCCAAGCACTAGAGCA 1994 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 1890 ACAGGCTAGTTTGGAGCGACGGAAGAAGGCTTTGTACGGGCGGCGCCAGGCTCTAGAGCA 1949 Query 1995 AGATGTGGGAAGACTACAAGAACAGTTGCAGCAAGAGAGAGACAGGAAATTAGCTCTGGA 2054 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1950 AGATGTGGGAAGACTACAAGAACAGTTGCAGCAAGAGAGAGATAGGAAATTAGCTCTGGA 2009 Query 2055 AACAGGACTGAACATGTCAAAAGGGAATCAACCTATTCCAGAAACAATCGATGAAAATTT 2114 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2010 AACAGGACTGAACATGTCAAAAGGGAATCAACCTATTCCAGAAACAATCGATGAAAATCT 2069 Query 2115 GAAGAAAGATCTGCAAGAGGTAGCTCAAGCGGAGGCTGATATTGCCAAGTTGGAACATAA 2174 |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 2070 GAAGAAAGATCTGCAAGACGTAGCTCAGGCGGAGGCTGATATTGCCAATTTAGAACATAA 2129 Query 2175 GGTTGATGATCTTGAAAATAGGCTTGGTCACCATGACGGAAAAGCCTCTGGTTCTACGCA 2234 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2130 GGTTGATGATCTTGAAAATAGGCTTGGTCAACATGACGGAAAAGCCTCTGGTTCCACGCA 2189 Query 2235 TAGTGCCAGCAAAGAATCTCGGAAATTGCCAGAGCACAATGCGAAGATGAAGGAGAAACA 2294 | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| Sbjct 2190 TGGTGCCAGCAAAGACTCTCGGAAAATGCCAGAGCACAGTGCAAAGATGAAGGAGAAACA 2249 Query 2295 AAAAGATACTGAAGCAGCCTCTACTCACATTTCTGAAAGATCAACGTCCAAG--G---A- 2348 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | Sbjct 2250 AAAAGATACTGAAGCAGCCTCTACTCACATTTCTGAAAGGTCAACGTCCAAGACGGGTAA 2309 Query 2349 --T---G--GG-----CAAGGGGCTGCAAGAGAAAATGAGACAGAGAAGCAACAGGATTC 2396 | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2310 CATATTGCAGGATGGGCAAGGGGCTGCAAGAGAAAATGAGACAGAGAAGCAACATGATTC 2369 Query 2397 ACGGAGCAAAAGCTCGCAACAAGAAACATCACGTGGCAGCTCAAAACTGGTGGGCTTGTC 2456 |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2370 ACGGAGCAAAAGCTCGCAGCACGAAACATCACGTGGCAGCTCAAAACTGGTGGGCATGTC 2429 Query 2457 AAAGAGGTCTGGCACAAAGGGAGAGGGAAGCACAACAACAACTTCTGCACTTTCCAAATT 2516 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2430 GAAGAGGTCTGGCACAAAGGGAGAGGGAAGCACGACAACAACTTCTGCGCTTTCCAAATT 2489 Query 2517 GACAATGAGACTCAACTTCCTCAAGGAGAGACGTAGTCAGATCGCGAACGAGCTCCAAAA 2576 ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2490 GACAATGCGACTCAACTTCCTAAAGGAGAGACGAAGTCAGATCGCGAACGAGCTCCAAAA 2549 Query 2577 CATGGACAAAGGAAAAACCCTAGGGCAACCCAGTCCAACCTCGGGACAAAACCGTGTATC 2636 |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| Sbjct 2550 CATGGACAAAGGAAAAACATTAGGGCAATCCAGTCCATCCTCGGGGCAAAACCGTGTATC 2609 Query 2637 AGAGGAAACTGAAAAAGGATCAGGGTCGAACCAGGATCCAGACAGCAGCAAACTACAGAG 2696 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2610 AGAGGAAACTGAAAAAGGATCAGGGTCGAACCAGGATTCAGACAGCAGCAAACTACAGAG 2669 Query 2697 CCCTCACATTCTTGACAGAGGAAGATCCGAGAACGGAGGAG-A--CAGAGGCAGAGGATC 2753 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 2670 CCCTCACATTCTTGACAGAGGAAGATCCGAGAACGGAGGAGGAGACAGAGGCAGAGGATC 2729 Query 2754 ATCTGGAGGAAACCATCCCAACACTACACCAAGGACCTTCTCCAGATGA 2802 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2730 ATCTGGAGGAAGCCATCCCAACACTACACCAAGGACCTTCTCGAGATGA 2778 Score = 2069 bits (1120), Expect = 0.0 Identities = 1208/1248 (97%), Gaps = 15/1248 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCTAACAAAAACGCAGAATCATCTTCACAG---------CCTCCTCCTCATGTGCAG 51 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 1 ATGGCTAACAAAAACGCAGAATCATCTTCACAGCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAGGTGCAG 60 Query 52 CCAAACCAACAACAGCAGCAGCAGCCACCGATTGCCAATGAACAAGAGCAGGAGCCTCAT 111 |||||||||| | | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CCAAACCAAC-A-A-CAGCAGCA---ACCGATTGCTAATGAACAAGAGCAGGAGCCTCAT 114 Query 112 GGTGACACCTGCAGTATTCCTCCTGCGCAGTCTGGAAACACAGACTCGCGTTCCCGTGGT 171 ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 115 GGTGACACCTGTAGCATTCCTCCTGCGCAGTCTGGAAACACAGACTCGCGTTCCCGTGCT 174 Query 172 GGCAACACGGTTTTCAAGAGTGGACCGCTATCTATATCTTCAAAAGGGATTGGCTGGACA 231 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 175 GGCAACACGGTTTTCAAGAGTGGACCGCTATCTATATCTTCAAAAGGGATTGGGTGGACA 234 Query 232 TCATGGAAGAAAAGATGGTTTATTTTGACGCGTACTTCACTAGTTTTCTTTCGAAGTGAC 291 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 235 TCATGGAAGAAAAGATGGTTTATTTTGACTCGTACTTCACTGGTTTTCTTTCGAAGTGAC 294 Query 292 CCGAGTGCAGTCCAACAGAAGGGCAGTGAGGTCAATCTGACCCTTGGGGGAATTGATCTC 351 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 295 CCGAGTGCAGTCCAACAGAAGGGTAGTGAGGTCAATTTGACCCTTGGGGGAATTGATCTT 354 Query 352 AACAATTCAGGCAGTGTGGTTGTTAAGGCGGACAAGAAGCTGTTGACTGTTCTCTTTCCC 411 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 355 AACAATTCAGGCAGTGTGGTTGTTAAGGCAGACAAGAAGCTGTTGACTGTTCTCTTCCCC 414 Query 412 GATGGTCGTGATGGACGGGCCTTTACACTTAAGGCTGACACTATGGAGGATCTACACGAG 471 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 415 GATGGTCGTGATGGACGGGCCTTTACACTCAAGGCTGACACTATGGAGGATCTACACGAG 474 Query 472 TGGAAAGCTGCTCTGGAAAACGCTCTGACACAAGCACCTAGTGCTTCCCATGTTATGGGT 531 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 475 TGGAAAGCTGCTCTGGAAAACGCTCTAACACAAGCACCTAGTGCTTCCCATGTTATGGGT 534 Query 532 CAAAATGGTATTTTCAGGAATGATCATGCAGATCCTGCTGTTGGTGTTGATGAAAAGAAA 591 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 535 CAAAATGGTATTTTCAGGAATGATCATGCAGATCCTGCTGTTGGTGTTGATGAAAAGAAA 594 Query 592 GATGAGACACCAACAAAATCAACTGTCCTTGGAAGACCAGTATTACTTGCTCTAGAAGAT 651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 595 GATGAGACACCAACAAAATCAACTGTCCTTGGAAGACCAGTATTACTTGCTCTAGAAGAT 654 Query 652 GTTGATGGAGCTCCATCTTTCTTGGAAAAGGCCCTTAGATTTGTTGAAAATCATGGAGTC 711 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 655 GTTGATGGAGCTCCATCTTTCTTGGAAAAGGCCCTTAGATTTGTTGAAAATCATGGAGTC 714 Query 712 AGGATAGAAGGAATCTTGAGACAAGCTGCTGATGTTGATGATGTTGAACACCGAATTCGC 771 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 715 AGGATAGAAGGAATTTTGAGACAAGCTGCTGATGTTGATGATGTTGAACACCGGATTCGC 774 Query 772 GAATATGAGAAAGGAAAAAATGAGTTCAGTCCCGAGGAGGATGCTCATATTATTGCTGAT 831 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| Sbjct 775 GAATATGAGAAAGGAAAAAATGAGTTCAGTCCTGAGGAGGATGCGCATGTTATTGCTGAT 834 Query 832 TGCCTTAAGTATTTTCTCAGAGAGTTGCCTTCCTCTCCAGTGCCTGCATCTTGTTGCAAC 891 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 835 TGCCTTAAGTATTTTCTCAGAGAGTTGCCTTCCTCTCCAGTGCCTGCATCTTGTTGCAAC 894 Query 892 GCCCTTCTGGAAGCTTGCCGTACTGACCGTGGCAATAGGGTAAATGCTATGCGGGCAGCA 951 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 895 GCCCTTCTGGAAGCTTGCCGTACTGACCGTGGCAATAGGGTCAATGCTATGCGGGCAGCA 954 Query 952 ATCTGTGAATCATTCCCTGAACCAAATCGTCGCCTATTGCAAAGAATCCTGATGATGATG 1011 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 955 ATCTGTGAATCATTCCCTGAACCAAATCGTCGCCTATTGCAAAGAATCCTGATGATGATG 1014 Query 1012 CAAACTGTAGCCTCTAACAAAACTGTGAACCGGATGAACACAAACGCCGTTGCAGCTTGT 1071 || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1015 CAGACTGTAGCCTCTAACAAAACAGTGAACCGGATGAACACAAACGCCGTTGCAGCTTGT 1074 Query 1072 ATGGCACCTTTACTTCTTCGACCCCTTCTGGCTGGTGACTGTGAAATTGAAAATGATTTT 1131 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1075 ATGGCACCTTTACTTCTTCGACCCCTTCTGGCTGGTGACTGTGAAATTGAAAATGATTTT 1134 Query 1132 GATGTCGGCGGTGATGGTTCTATGCAACTTCTGCAAGCAGCTGCTGCAGCGAACCATGCT 1191 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1135 GATGTCGGCGGTGATGGTTCTATGCAACTTCTGCAAGCAGCTGCTGCAGCGAATCATGCC 1194 Query 1192 CAGGCTATAGTGATAACATTATTAGAAGAATATGAAAGTATATTTGGA 1239 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1195 CAGGCTATAGTGATAACATTATTAGAAGAATATGAAAGTATATTTGGA 1242 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 105738520120 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5