BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24580.1
Length=2802
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg889700 jgi|Araly1|889700|Al_scaffold_0007_1686 2255 0.0
> Ahg889700 jgi|Araly1|889700|Al_scaffold_0007_1686
Length=2778
Score = 2255 bits (1221), Expect = 0.0
Identities = 1446/1549 (93%), Gaps = 38/1549 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1279 GAAGGTTCCTTGTCACCCGGCCTGTACTCTGACTCAGAAGAGAGTGGTAGTGGGACAGAG 1338
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 GAAGGTTCCTTGTCACCCGGCTTATACTCTGACTCAGAAGAGAGTGGTAGTGGGACAGAG 1302
Query 1339 GAGGGATCTGATGATGAAGAGTATGATGATGAC---GATGATGGCTCACAGGGATCTGAG 1395
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1303 GAGGGATCTGATGATGAAGAGTATGATGATGACGAAGATGATGGCACACAGGGATCTGAT 1362
Query 1396 GACTACACGGATGAGGAAGAGGACCTTGAAAATGAATCTAATGGATCCTACAGTGAGAGT 1455
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1363 GACTACACAGATGAGGAAGAGGACCTTGAAAATGAATCTAATGGATCATACAGTGAGAGT 1422
Query 1456 GCCGCCTCAGAAGATAAATATGCAGACAGCATTGATCCTGATGATCATAAGATAAATGAT 1515
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |
Sbjct 1423 GCCGCCTCAGAAGACAAATATGCAGACAGCATTGATCCTGACGACCATAAG------G-- 1474
Query 1516 AATTTAAGCACTGAATCAAAATCCCCAAAAAGAAGTAAGGAGCCTAAGAAGCTTTTATCT 1575
| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475 ----CACGCCCTGAACCAAAATCCCCAAAAGGAAGTAAGGAGCCTAAGAAGCTTTTATCT 1530
Query 1576 GGCTCCAGACGATCTTCACTACCCCGACATGATGACGGCAAAAAGGATGAGGATATCGTG 1635
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1531 GGCTCCAGACGATCTTCTCTACCACGACATGATGACGGTAAAAAGGATGAGGATATTGTG 1590
Query 1636 GTTAAGGGAGTTAATAATACAGAGGTAAAGGCTGTTGTAGAGGTCTCGACAAGTGAGGAT 1695
|||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1591 GTTAAGGGAGCTGATAATACAGAGGTAAAGGATGTTGTAGAGGTCTCGACAACTGAGGAT 1650
Query 1696 -AAGAATTCATCAACGTCAGATGTGGCATCTGACACTCAGAAACCGTCTAAGTTATCCGA 1754
||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1651 AAAG-ATTCGTCAACATCAGATGTGGCATCTGACACTCAGAAACCGTCAAAGTTATCCGA 1709
Query 1755 TGCACCGGGAGGAAGTAAAAGGCACTGGGGCCGTACCCCTGGGAAGAAAAACTTGTCAAT 1814
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1710 TGCACCGGGAGGAAGTAAAAGGCACTGGGGCCGTACCCCTGGGAAGAAAAACCTGTCAAT 1769
Query 1815 GGAATCTATTGATTTCTCAGTGGAAGTGGACGAGGACAATGCTGACATTGAGAGACTTGA 1874
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1770 GGAATCTATTGATTTCTCAGCGGAAGTGGACGAGGACAATGCTGACATTGAGCGACTTGA 1829
Query 1875 GTCAACCAAATTAGAGCTGCAAAGCAGAATTACAGAAGAGGTAAAAAGCAATGCAGTTCT 1934
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1830 ATCAACCAAATTAGAGCTGCAAAACAGAATTACAGAAGAGGTTAAAAGCAATGCAGTTCT 1889
Query 1935 ACAGGCTAGTTTGGAGCGACGGAAGAAGGCTTTGTACGGGCGGCGCCAAGCACTAGAGCA 1994
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1890 ACAGGCTAGTTTGGAGCGACGGAAGAAGGCTTTGTACGGGCGGCGCCAGGCTCTAGAGCA 1949
Query 1995 AGATGTGGGAAGACTACAAGAACAGTTGCAGCAAGAGAGAGACAGGAAATTAGCTCTGGA 2054
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1950 AGATGTGGGAAGACTACAAGAACAGTTGCAGCAAGAGAGAGATAGGAAATTAGCTCTGGA 2009
Query 2055 AACAGGACTGAACATGTCAAAAGGGAATCAACCTATTCCAGAAACAATCGATGAAAATTT 2114
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2010 AACAGGACTGAACATGTCAAAAGGGAATCAACCTATTCCAGAAACAATCGATGAAAATCT 2069
Query 2115 GAAGAAAGATCTGCAAGAGGTAGCTCAAGCGGAGGCTGATATTGCCAAGTTGGAACATAA 2174
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2070 GAAGAAAGATCTGCAAGACGTAGCTCAGGCGGAGGCTGATATTGCCAATTTAGAACATAA 2129
Query 2175 GGTTGATGATCTTGAAAATAGGCTTGGTCACCATGACGGAAAAGCCTCTGGTTCTACGCA 2234
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2130 GGTTGATGATCTTGAAAATAGGCTTGGTCAACATGACGGAAAAGCCTCTGGTTCCACGCA 2189
Query 2235 TAGTGCCAGCAAAGAATCTCGGAAATTGCCAGAGCACAATGCGAAGATGAAGGAGAAACA 2294
| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2190 TGGTGCCAGCAAAGACTCTCGGAAAATGCCAGAGCACAGTGCAAAGATGAAGGAGAAACA 2249
Query 2295 AAAAGATACTGAAGCAGCCTCTACTCACATTTCTGAAAGATCAACGTCCAAG--G---A- 2348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |
Sbjct 2250 AAAAGATACTGAAGCAGCCTCTACTCACATTTCTGAAAGGTCAACGTCCAAGACGGGTAA 2309
Query 2349 --T---G--GG-----CAAGGGGCTGCAAGAGAAAATGAGACAGAGAAGCAACAGGATTC 2396
| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2310 CATATTGCAGGATGGGCAAGGGGCTGCAAGAGAAAATGAGACAGAGAAGCAACATGATTC 2369
Query 2397 ACGGAGCAAAAGCTCGCAACAAGAAACATCACGTGGCAGCTCAAAACTGGTGGGCTTGTC 2456
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2370 ACGGAGCAAAAGCTCGCAGCACGAAACATCACGTGGCAGCTCAAAACTGGTGGGCATGTC 2429
Query 2457 AAAGAGGTCTGGCACAAAGGGAGAGGGAAGCACAACAACAACTTCTGCACTTTCCAAATT 2516
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2430 GAAGAGGTCTGGCACAAAGGGAGAGGGAAGCACGACAACAACTTCTGCGCTTTCCAAATT 2489
Query 2517 GACAATGAGACTCAACTTCCTCAAGGAGAGACGTAGTCAGATCGCGAACGAGCTCCAAAA 2576
||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2490 GACAATGCGACTCAACTTCCTAAAGGAGAGACGAAGTCAGATCGCGAACGAGCTCCAAAA 2549
Query 2577 CATGGACAAAGGAAAAACCCTAGGGCAACCCAGTCCAACCTCGGGACAAAACCGTGTATC 2636
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2550 CATGGACAAAGGAAAAACATTAGGGCAATCCAGTCCATCCTCGGGGCAAAACCGTGTATC 2609
Query 2637 AGAGGAAACTGAAAAAGGATCAGGGTCGAACCAGGATCCAGACAGCAGCAAACTACAGAG 2696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2610 AGAGGAAACTGAAAAAGGATCAGGGTCGAACCAGGATTCAGACAGCAGCAAACTACAGAG 2669
Query 2697 CCCTCACATTCTTGACAGAGGAAGATCCGAGAACGGAGGAG-A--CAGAGGCAGAGGATC 2753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2670 CCCTCACATTCTTGACAGAGGAAGATCCGAGAACGGAGGAGGAGACAGAGGCAGAGGATC 2729
Query 2754 ATCTGGAGGAAACCATCCCAACACTACACCAAGGACCTTCTCCAGATGA 2802
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2730 ATCTGGAGGAAGCCATCCCAACACTACACCAAGGACCTTCTCGAGATGA 2778
Score = 2069 bits (1120), Expect = 0.0
Identities = 1208/1248 (97%), Gaps = 15/1248 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTAACAAAAACGCAGAATCATCTTCACAG---------CCTCCTCCTCATGTGCAG 51
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGCTAACAAAAACGCAGAATCATCTTCACAGCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAGGTGCAG 60
Query 52 CCAAACCAACAACAGCAGCAGCAGCCACCGATTGCCAATGAACAAGAGCAGGAGCCTCAT 111
|||||||||| | | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCAAACCAAC-A-A-CAGCAGCA---ACCGATTGCTAATGAACAAGAGCAGGAGCCTCAT 114
Query 112 GGTGACACCTGCAGTATTCCTCCTGCGCAGTCTGGAAACACAGACTCGCGTTCCCGTGGT 171
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 115 GGTGACACCTGTAGCATTCCTCCTGCGCAGTCTGGAAACACAGACTCGCGTTCCCGTGCT 174
Query 172 GGCAACACGGTTTTCAAGAGTGGACCGCTATCTATATCTTCAAAAGGGATTGGCTGGACA 231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 175 GGCAACACGGTTTTCAAGAGTGGACCGCTATCTATATCTTCAAAAGGGATTGGGTGGACA 234
Query 232 TCATGGAAGAAAAGATGGTTTATTTTGACGCGTACTTCACTAGTTTTCTTTCGAAGTGAC 291
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 235 TCATGGAAGAAAAGATGGTTTATTTTGACTCGTACTTCACTGGTTTTCTTTCGAAGTGAC 294
Query 292 CCGAGTGCAGTCCAACAGAAGGGCAGTGAGGTCAATCTGACCCTTGGGGGAATTGATCTC 351
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 CCGAGTGCAGTCCAACAGAAGGGTAGTGAGGTCAATTTGACCCTTGGGGGAATTGATCTT 354
Query 352 AACAATTCAGGCAGTGTGGTTGTTAAGGCGGACAAGAAGCTGTTGACTGTTCTCTTTCCC 411
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 355 AACAATTCAGGCAGTGTGGTTGTTAAGGCAGACAAGAAGCTGTTGACTGTTCTCTTCCCC 414
Query 412 GATGGTCGTGATGGACGGGCCTTTACACTTAAGGCTGACACTATGGAGGATCTACACGAG 471
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 GATGGTCGTGATGGACGGGCCTTTACACTCAAGGCTGACACTATGGAGGATCTACACGAG 474
Query 472 TGGAAAGCTGCTCTGGAAAACGCTCTGACACAAGCACCTAGTGCTTCCCATGTTATGGGT 531
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 TGGAAAGCTGCTCTGGAAAACGCTCTAACACAAGCACCTAGTGCTTCCCATGTTATGGGT 534
Query 532 CAAAATGGTATTTTCAGGAATGATCATGCAGATCCTGCTGTTGGTGTTGATGAAAAGAAA 591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 CAAAATGGTATTTTCAGGAATGATCATGCAGATCCTGCTGTTGGTGTTGATGAAAAGAAA 594
Query 592 GATGAGACACCAACAAAATCAACTGTCCTTGGAAGACCAGTATTACTTGCTCTAGAAGAT 651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GATGAGACACCAACAAAATCAACTGTCCTTGGAAGACCAGTATTACTTGCTCTAGAAGAT 654
Query 652 GTTGATGGAGCTCCATCTTTCTTGGAAAAGGCCCTTAGATTTGTTGAAAATCATGGAGTC 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 GTTGATGGAGCTCCATCTTTCTTGGAAAAGGCCCTTAGATTTGTTGAAAATCATGGAGTC 714
Query 712 AGGATAGAAGGAATCTTGAGACAAGCTGCTGATGTTGATGATGTTGAACACCGAATTCGC 771
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 715 AGGATAGAAGGAATTTTGAGACAAGCTGCTGATGTTGATGATGTTGAACACCGGATTCGC 774
Query 772 GAATATGAGAAAGGAAAAAATGAGTTCAGTCCCGAGGAGGATGCTCATATTATTGCTGAT 831
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 775 GAATATGAGAAAGGAAAAAATGAGTTCAGTCCTGAGGAGGATGCGCATGTTATTGCTGAT 834
Query 832 TGCCTTAAGTATTTTCTCAGAGAGTTGCCTTCCTCTCCAGTGCCTGCATCTTGTTGCAAC 891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 TGCCTTAAGTATTTTCTCAGAGAGTTGCCTTCCTCTCCAGTGCCTGCATCTTGTTGCAAC 894
Query 892 GCCCTTCTGGAAGCTTGCCGTACTGACCGTGGCAATAGGGTAAATGCTATGCGGGCAGCA 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 895 GCCCTTCTGGAAGCTTGCCGTACTGACCGTGGCAATAGGGTCAATGCTATGCGGGCAGCA 954
Query 952 ATCTGTGAATCATTCCCTGAACCAAATCGTCGCCTATTGCAAAGAATCCTGATGATGATG 1011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 ATCTGTGAATCATTCCCTGAACCAAATCGTCGCCTATTGCAAAGAATCCTGATGATGATG 1014
Query 1012 CAAACTGTAGCCTCTAACAAAACTGTGAACCGGATGAACACAAACGCCGTTGCAGCTTGT 1071
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 CAGACTGTAGCCTCTAACAAAACAGTGAACCGGATGAACACAAACGCCGTTGCAGCTTGT 1074
Query 1072 ATGGCACCTTTACTTCTTCGACCCCTTCTGGCTGGTGACTGTGAAATTGAAAATGATTTT 1131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 ATGGCACCTTTACTTCTTCGACCCCTTCTGGCTGGTGACTGTGAAATTGAAAATGATTTT 1134
Query 1132 GATGTCGGCGGTGATGGTTCTATGCAACTTCTGCAAGCAGCTGCTGCAGCGAACCATGCT 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1135 GATGTCGGCGGTGATGGTTCTATGCAACTTCTGCAAGCAGCTGCTGCAGCGAATCATGCC 1194
Query 1192 CAGGCTATAGTGATAACATTATTAGAAGAATATGAAAGTATATTTGGA 1239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 CAGGCTATAGTGATAACATTATTAGAAGAATATGAAAGTATATTTGGA 1242
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105738520120
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5