BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24620.1
Length=2277
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492381 jgi|Araly1|492381|fgenesh2_kg.7__1814__AT4G24620.1 3770 0.0
> Ahg492381 jgi|Araly1|492381|fgenesh2_kg.7__1814__AT4G24620.1
Length=2267
Score = 3770 bits (2041), Expect = 0.0
Identities = 2196/2272 (97%), Gaps = 6/2272 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 CCTACCTAATCTAAGCAGGGCCGCTCGCTCCCACCAAAGGACAAATCTCTCTCCCGCACT 61
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCTACCTAATCTAAGCAGGGCCGTTCGCTCCCACCAAAGGACAAATCTCTCTCCCGCACT 60
Query 62 CATCTCTGTTCATTGGTTCCTCCCAAAAAATATCAATCAAATCGGAATAAACTATACGAA 121
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 61 CATCTCTGTTCATTGGTTCCTCCCAAAAAATATCAATCAAATCGGAATAAACTAAACGAA 120
Query 122 TCCTCCAATATAAAGCTCCACCCTTtctctttctatctctctctctcCATTGTTGACTGT 181
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCCTCGAATATAAAGCTCCACCCTTTCTCTTTCTA--TCTCTCTCTCCATTGTTGACTGA 178
Query 182 CTCTCTTCCCTCGTAAACATCGCTGTCTCTAAAGATGGCCTCTCTCTCAGGCCTATACTC 241
|||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 179 CTCTCTTCCCTCGTAAACATCGCTGTCTCT-ACGATGGCCTCTCTCTCAGGCCTCTACTC 237
Query 242 TTCTTCTCCATCTCTCAAACCTGCCAAAAACCATTCCTTTAAAGCATTGCCGGCGCAATC 301
|||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 238 TTCTTCTCCATCTCTCAAACCTTCCAAAAACCTTTCCTTTAAAGCATTGCCGGCGCTATC 297
Query 302 TCGAGATTCCTTCTCTTTCCCACATACCTCCAAACCCACCAATCTACCGTTGACTCTCTC 361
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 CCGCGATTCCTTCTCTTTCCCACATACCTCCAAACCCACCAATCTACCGTTGACTCTCTC 357
Query 362 CTCGGCTCGTTCTGTGGCACGCGACATTTCTCATGCGGATTCGAAGAAAGAGCTTCTTAA 421
||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 358 CTCGGCTCGCTCCGTGGCGCGCGACATTTCTCATGCGGATTCGAAGAAAGAGCTTCTCAA 417
Query 422 GGATCCGGATGCGTTGTGGAAGCGATACCTCGATTGGTTTTATCAGCAGAAAGAGCTTGG 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 418 GGATCCGGATGCGTTGTGGAAGCGATACCTCGATTGGTTCTATCAGCAAAAAGAGCTCGG 477
Query 482 GTTGTATCTGGATATTAGTCGGGTCGGATTTACCGATGAGTTTGTGGCTGAAATGGAGCC 541
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 478 GTTGTATCTGGATATTAGTCGGGTCGGATTCACCGATGAGTTTGTGGCCGAAATGGAGCC 537
Query 542 AAGGTTTCAAGCTGCGTTTAAGGCTATGGAGGATCTTGAAAAAGGGTCTATAGCGAATCC 601
||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CCGGTTTCAGGCAGCCTTTAAGGCTATGGAGGATCTTGAAAAAGGGTCTATAGCGAATCC 597
Query 602 TGATGAAGGAAGAATGGTTGGACATTACTGGCTTAGGAACTCTAAGCTCGCACCTAAGCC 661
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 598 GGATGAAGGAAGAATGGTCGGACATTACTGGCTTAGGAACTCCAAGCTCGCACCTAAGCC 657
Query 662 TACTTTAAAGACCTTGATCGAGAACACACTTGATTCTATTTGCGCTTTCTCCGACGACAT 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TACTTTAAAGACCTTGATCGAGAACACACTTGATTCTATCTGCGCTTTCTCCGACGACAT 717
Query 722 AATCTCTGGAAAGATAAAGCCACCATCTTCTCCTGAGGGTCGTTTTACTCAGATACTTTC 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 AATCTCTGGAAAGATAAAGCCACCATCTTCTCCTGAGGGTCGTTTTACTCAGATACTTTC 777
Query 782 TGTTGGCATTGGAGGCTCGGCTCTTGGACCTCAATTTGTCGCTGAGGCCTTGGCTCCTGA 841
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TGTTGGCATTGGTGGGTCGGCTCTTGGACCTCAATTTGTCGCTGAGGCCTTGGCTCCTGA 837
Query 842 TAATCCTCCATTGAAGATAAGATTCATTGACAACACCGACCCTGCTGGAATTGATCATCA 901
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 838 TAATCCTCCCTTGAAGATAAGATTCATTGACAACACCGACCCTGCTGGAATCGATCATCA 897
Query 902 GATTGCACAACTTGGGCCAGAGCTGGCCTCGACTTTAGTAGTTGTCATCTCAAAGAGTGG 961
||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 898 GATCGCACAACTTGGGCCAGAGCTTGCATCAACTTTAGTAATTGTCATCTCAAAGAGTGG 957
Query 962 AGGTACTCCTGAAACTAGAAATGGACTACTGGAAGTGCAGAAAGCATTCCGTGAAGCTGG 1021
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AGGTACTCCTGAAACTAGAAATGGACTATTGGAAGTGCAGAAAGCATTCCGTGAAGCTGG 1017
Query 1022 TCTGAATTTCGCAAAACAGGGTGTTGCAATAACCCAAGAGAACTCATTACTGGATAATAC 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1018 TCTGAATTTCGCAAAACAGGGTGTTGCAATAACCCAAGAAAACTCATTGCTGGATAATAC 1077
Query 1082 GGCAAGAATTGAAGGTTGGCTAGCTAGATTTCCTATGTACGACTGGGTGGGTGGAAGAAC 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGCAAGAATTGAAGGTTGGCTAGCTAGATTTCCTATGTACGACTGGGTGGGTGGAAGAAC 1137
Query 1142 ATCAATAATGTCTGCAGTTGGTCTGCTTCCAGCAGCACTACAGGGGATTAATGTTAGGGA 1201
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1138 ATCAATAATGTCTGCAGTTGGTCTGCTTCCAGCAGCACTACAGGGGATCAATGTTAGGGA 1197
Query 1202 GATGCTTACTGGTGCTGCTTTAATGGATGAGGCTACTAGGACAACTTCGATCAAGAATAA 1261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GATGCTTACTGGTGCTGCTTTAATGGATGAGGCTACTAGGACAACTTCGATCAAGAATAA 1257
Query 1262 CCCTGCAGCGCTCTTAGCTATGTGTTGGTACTGGGCTTCCAATGGCGTTGGTTCCAAGGA 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1258 CCCTGCAGCGCTCTTAGCTATGTGTTGGTACTGGGCTTCCAATGGCGTTGGCTCCAAGGA 1317
Query 1322 TATGGTTGTCCTTCCTTACAAGGATAGCTTATTGCTATTTAGTCGGTATCTGCAGCAGCT 1381
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TATGGTTGTCCTTCCTTACAAGGATAGCTTATTACTATTTAGTCGGTATCTGCAGCAGCT 1377
Query 1382 GGTCATGGAATCACTAGGAAAGGAGTTTGATCTTGACGGTAACACTGTTAATCAAGGGTT 1441
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GGTAATGGAATCACTAGGAAAGGAGTTTGATCTTGACGGTAACACTGTTAATCAAGGGTT 1437
Query 1442 AACTGTGTATGGAAATAAGGGAAGCACAGATCAGCACGCCTACATTCAACAGCTGAGAGA 1501
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 AACTGTGTATGGAAATAAGGGGAGCACAGATCAGCACGCCTACATTCAACAGCTGAGAGA 1497
Query 1502 TGGTGTGCACAATTTCTTTGCAACCTTCATAGAAGTGTTACGGGACAGACCCCCTGGTCA 1561
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1498 TGGTGTGCACAATTTCTTTGCAACCTTCATAGAAGTGTTACGGGACAGACCCCCAGGTCA 1557
Query 1562 CGATTGGGAGCTTGAGCCAGGTGTCACTTGTGGAGACTATCTCTTTGGGATGCTACAGGG 1621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CGATTGGGAGCTTGAGCCAGGTGTCACTTGTGGAGACTACCTCTTTGGGATGCTACAGGG 1617
Query 1622 AACTAGATCTGCTTTATATGCAAACGGTAGAGAATCCATCAGTGTTACAATCCAGGAAGT 1681
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1618 AACAAGATCTGCTTTATATGCAAACGGTAGAGAATCCATCAGTGTTACTATCGAGGAAGT 1677
Query 1682 GACACCAACATCTGTTGGGGCTATTATAGCTCTTTATGAAAGAGCTGTTGGTTTATATGC 1741
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1678 GACACCAAGATCTGTTGGGGCTCTTATAGCTCTTTATGAAAGAGCGGTTGGATTATATGC 1737
Query 1742 CTCAATTGTGAACATAAATGCTTACCACCAACCCGGTGTGGAAGCTGGGAAAAAGGCAGC 1801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1738 CTCAATTGTGAACATAAATGCTTACCACCAACCCGGTGTGGAAGCCGGGAAAAAGGCAGC 1797
Query 1802 AGCAGAAGTTCTCGCCCTGCAAAAGCGGGTATTGTCAGTTCTTAATGAAGCCACTTGTAA 1861
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AGCAGAAGTTCTGGCCCTGCAAAAGCGGGTATTGTCAGTTCTTAATGAAGCCACTTGTAA 1857
Query 1862 AGATCCGGTAGAGCCATTGACACTGGAAGAGATAGCTGATCGTTGTCATGCTCCTGAGGA 1921
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1858 AGATCCGGTAGAACCATTGACACTGGAAGAGATAGCTGATCGTTGCCATGCTCCTGAGGA 1917
Query 1922 AATAGAAATGATATACAAGATCATAGCGCACATGTCTGCAAACGACAGAGTTCTGATAGC 1981
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1918 AATAGAAATGATATACAAGATCATAGCGCACATGTCTGCAAATGACAGAGTTCTGATAGC 1977
Query 1982 AGAAGGAAACTGTGGATCGCCACGAAGTATCAAAGTGTATTTGGGCGAGTGCAATGTGGA 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TGAAGGAAACTGTGGATCGCCACGAAGTATCAAAGTGTATCTGGGCGAGTGCAATGTGGA 2037
Query 2042 TGACCTGTACGCATAACAAAACCCAACACTTTCTCAAA-CTCCAAACTCTCATTCTCTCC 2100
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 2038 TGACCTGTACGCATAAGAAA-CCCAACACTTTCTCAAAACTCCAAACACTCATTCTCTCC 2096
Query 2101 ATTCCTTATTTCTTTCTGCCATGTCTATGATTTTGAAAAAGAAAAAGATTGCAATAAGAG 2160
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 ATTCCTTATTTATTTCTGCCATGTCTATGATTTTGAAAAAGAAAAAGATTGCAATAAGAG 2156
Query 2161 CCAGGAAACACTTGTGTACTTGTTTTGAAATAAAGATAATTTCAGAATGTTACAAATGTT 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2157 CCAGGAAACACTTGTGTACTTGTTTTGAAATAAAGATAATTTCAGAATGTTGCAAATGTT 2216
Query 2221 GATTGTAATGATAACATTGGAGATAGATTCATCAATCAAGCAGGCTCATGTG 2272
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2217 GATTGTAATGATAACATTGGTGAG-GATTCATCAATCAATCAGGCTCATGTG 2267
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85741141495
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5