BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24670.1
Length=1480
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492374 jgi|Araly1|492374|fgenesh2_kg.7__1807__AT4G24670.2 2159 0.0
> Ahg492374 jgi|Araly1|492374|fgenesh2_kg.7__1807__AT4G24670.2
Length=1649
Score = 2159 bits (1169), Expect = 0.0
Identities = 1342/1426 (94%), Gaps = 10/1426 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 41 TTTGAGAGAAAATGGGACAGATTCCGAGGTTTCTTTCTTGGAGGAATATGTTGGTCCTCT 100
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 TTTGAGAGAAAATGGGACAGATTCCGAGGGTTCTGTCTTGGAGGAATATGTTGGTCCTCT 284
Query 101 CGTTGGCCATCAACTTCAGCTTGATTCTAAAGATTTTGAAGGGTGATAGAGAACGAGGAG 160
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 285 CATTGGCCATCAACTTCAGCTTGATTCTAAAGATTTTGAAGGGTGACAGAGAACGAGGAG 344
Query 161 ATTCATGGGACAGAACAGCGTATGTTAGCATATGGCCCGTGGTATCCACCACGGCTTCAG 220
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 345 ATTCATGGGACAGAACGGCGTATGTTAGCATATGGCCCGTGGTATCGACCACGGCTTCAG 404
Query 221 AATCTTCTTCGTTGTCTTCAGCATCTTGCAACTATAGCAAGATTGAAGAAGACGATGATA 280
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 405 GTTCCTCGTCGTTGTCTTCAGCATCTTGCAACTATAGCAAGATCGAAGAAGACGATGATA 464
Query 281 GAATTATCAATCTCAAATTTGGTGATCCAACGGTGTATGAGAGATATTGGCAGGAAAATG 340
|||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 465 GAATTATCAACCTCAAATTTGGCGATCCAATGGTGTATGAGAGATATTGGCAGGAAAATG 524
Query 341 GAGAGGTGACAACAATGGTGATACCTGGATGGCAATCTCTTAGCTATTTTTCAGATGAAA 400
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 525 GAGAGGTTACAACAATGGTGATACCTGGATGGCAATCTCTTAGCTATTTTTCAGATGAAA 584
Query 401 ACAACCTCTGTTGGTTTCTTGAGCCAGAGCTTGCCAAAGAGATTGTGAGGGTGCATAAGG 460
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 ACAACCTTTGTTGGTTTCTTGAGCCAGAGCTTGGCAAAGAGATTGTGAGGGTGCATAAGG 644
Query 461 TTGTTGGGAATGCTGTAACGCAAGACCGCTTCATTGTTGTTGGCACTGGCTCAACACAAT 520
||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 645 TTGTTGGAAATGCTGTAACCCAAGACCGCTTCATCGTTGTTGGCACTGGCTCAACACAGT 704
Query 521 TGTATCAGGCTGCTCTCTATGCTCTCTCCCCACATGATGACTCCGGTCCCATTAATGTCG 580
||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 705 TGTATCAGGCTGCCCTATATGCTCTCTCCCCACATGAAGACTCTGGTCCTATTAATGTCG 764
Query 581 TGTCAGCCACACCCTATTATAGTACATACCCGTTGATTACAGACTGCCTCAAATCAGGTT 640
| ||| | |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 765 TCTCAACTGCACCTTATTATAGTTCATACCCCTTGATTACAGACTGCCTCAAATCGGGTT 824
Query 641 TATATCGATGGGGTGGAGATGCAAAGACGTACAAAGAAGATGGTCCATACATTGAACTTG 700
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 TATATCGATGGGGCGGAGATGCAAAGACATACAAAGAAGATGGTCCATACATTGAACTTG 884
Query 701 TTACATCTCCAAACAACCCTGATGGGTTCTTGAGAGAATCAGTAGTGAACAGTACTGAAG 760
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 885 TTACATCTCCAAACAACCCTGATGGGTTCTTGAGAGAATCAGTAGTGAACAGTAGTAAAG 944
Query 761 GTATATTGATCCATGATTTGGCTTACTATTGGCCACAGTATACACCGATAACATCACCAG 820
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 945 GTATATTGATCCATGATTTAGCTTACTACTGGCCACAGTATACACCGATAACATCAGCAG 1004
Query 821 CTGATCACGATGTTATGCTCTTCACTGCTTCAAAGAGCACTGGCCATGCAGGGATACGGA 880
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 1005 CTGATCACGATGTCATGCTCTTCACTGCTTCAAAGAGCACCGGCCATGCAGGGATGCGCA 1064
Query 881 TTGGATGGGCTTTGGTGAAAGACAGAGAGACGGCTAGGAAAATGATAGAGTACATTGAAC 940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1065 TTGGATGGGCTTTGGTGAAAGACAGAGAGACGGCTAGGAAAATGATAAAATACATTGAAC 1124
Query 941 TCAACACGATTGGGGTTTCAAAGGACTCACAGCTTAGAGTAGCCAAGGTTCTTAAGGTTG 1000
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1125 TCAACACGATTGGGGTTTCAAAGGACTCGCAGCTTAGAGTAGCCAAGGTTCTAAAGGTTG 1184
Query 1001 TGTCAGACAGTTGTGGGAATGTAACGGGCAAATCTTTCTTTGACCATAGTTATGATGCTA 1060
||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1185 TGTCAGACAGTTGTGGGAATGAAACGGCCAAATCCTTCTTTGACCACAGTTATGATGCTA 1244
Query 1061 TGTATGAGAGGTGGAAACTATTGAAACAAGCAGCAAAGGATACTAAACGTTTCAGTGTTC 1120
|||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1245 TGTATGAGAGGTGGAAGCTATTGAAACAAGCGGCGAAGGATACTAAACGTTTCAGCGTTC 1304
Query 1121 CTGATTTCGTCTCTCAACGTTGCAATTTCTTTGGCAGGGTCTTTGAGCCACAACCAGCAT 1180
||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1305 CTGATTTTGCCTCTCAACGCTGCAATTTCTTCGGCAGGGTCTTTGAGCCACAACCAGCTT 1364
Query 1181 TTGCATGGTTTAAGTGTGAAGAAGGGATAGTGGATTGTGAGAAGTTTCTTAGAGAGGAGA 1240
|||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 TTGCATGGTTTAAGTGTGGAGAAGAGATTGTGGATTGTGAGAAGTTTCTTAGAGAGGAGA 1424
Query 1241 AGAAGATTCTAACTAAAAGTGGAAAGTACTTCGGAGATGAGCTAAGTAATGTGAGGATAA 1300
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1425 AGAAGATTCTAACTAAAAGTGGAAAGCACTTTGGAGATGAGCTAAGTTATGTGAGGATAA 1484
Query 1301 GCATGTTGGATAGAGATACTAACTTTAATATTTTCCTTCACAGGATTACATCTTCCTTTA 1360
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1485 GCATGTTGGATAGAGATACTAACTTTCATATTTTCCTTCACAGGATTTCATCTTCCTCTA 1544
Query 1361 ATTCAACTTTGTAAGTGCATATGCATGTGATTA-T---GATCGATTGTCATAACT--T-- 1412
|||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |
Sbjct 1545 ATTCAACTTTGTAAGTGCATGTGCATGTGATTAATTATGATCGATTGTCATAACTAATAT 1604
Query 1413 -GCAACAAGTGTTTTGCTCCATAAATATTATTGGAAATTTGAATAA 1457
|||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1605 TGCAACAAGTGTTTT-CTCCATATATATTATCGGAAATTTGAATAA 1649
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 55383216230
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5