BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24710.1
Length=1633
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492371 jgi|Araly1|492371|fgenesh2_kg.7__1804__AT4G24710.1 2449 0.0
> Ahg492371 jgi|Araly1|492371|fgenesh2_kg.7__1804__AT4G24710.1
Length=1536
Score = 2449 bits (1326), Expect = 0.0
Identities = 1469/1538 (96%), Gaps = 10/1538 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGATTGCCGAGCAAAAACCTATGGTGGAGG--AC----CCGATTCCTCTTCCAAAC 54
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGGAGATTGCCGAGCAAAACCCTATGGTGGAGGACACGATTCCGATTCCTCTTCCCAAT 60
Query 55 GCTTCCATGGAGGTCTCTTACCAAAACCCCATTGAAGCAGCGACTATTCCAGTGCAAATA 114
|||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||| || | ||||||
Sbjct 61 GCTTCCATGGAGGTCTCTCACCAGAATCCCATTGAAGCAACGACTATCCCCGAGCAAATT 120
Query 115 GCCGTCGCTGAGCCAGTCGCTACACCCAATCCTCCTCCTTGCCTCCACGAGAACAAATTC 174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCCGTCGCTGAGCCAGTCGCTACACCCAATCCTCCTCCTTGCCTCCACGAGAACAAATTC 180
Query 175 CTCGTATCTGTGGAGGTCTGCTTAAAGCCTTCAAGCACGGCTCGTCTAGAGGATGTCCAG 234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTCGTATCTGTGGAGGTCTGCTTAAAGCCTTCAAGCACGGCTCGTCTAGAGGATGTCCAG 240
Query 235 AGAGCTGTAGAACGGATGCTGGAAAATAGGAGCATGAGCTATGCAGATGGACTGGTTTTG 294
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 241 AGAGCTGTAGAACGGATGCTGGAAACTAGGAGCATGAGCTATGCAGATGGACTGGTACTG 300
Query 295 ATTCCTGCAGACGACTTGTTCCTAGTTGATAATGTGCAAAGGATATGCATTTGTGATACA 354
|| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 301 ATACCTGCAGATGACTTGTTTCTTGTTGATAATGTGCAGAGAATTTGCATTTGTGATACA 360
Query 355 GAGGAATGGGTGAAAAATAATGATGTTCTCTTGTTCTGGCAAGTGAAGCCAGTTGTGCAC 414
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 GAGGAATGGGTGAAAAATAATGATGTTCTCTTGTTCTGGCAAGTGAAGCCAGTTGTCCAC 420
Query 415 ACCTTTCAGCTCATTGAAGAAGGACCATGTGAGGACTTGTGTGCAGATGGACAACCTGCT 474
|||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 421 GCCTTCCAGCTCTTTGAAGAAGGACCATGTGAGGACTTGTGCGCAGATGGACAACCTGCT 480
Query 475 AGCTTTAACGAATGGATTCTACCCGCAAAGGAGTTTGATGGCTTATGGGAAAGCCTAATA 534
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGCTTTAATGAATGGATTCTACCCGCTAAGGAGTTTGATGGCTTATGGGAAAGCCTAATA 540
Query 535 TATGAATCTGGACTTAAGCAAAGGTTACTACGTTATGCTGCGAGTGCATTGCTGTTCACC 594
|||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| |||||||||||
Sbjct 541 TATGAATCTGGACTTAAGCAAAGGTTACTACGGTACGCCGCAAGTGCGTTGCTGTTCACA 600
Query 595 CAGAAGGGTGTTAACCCAAATCTCGTTTCATGGAACAGGATTATTCTTTTGCACGGACCA 654
||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAGAAGGGTGTAAATCCAAATCTCGTTTCATGGAATAGGATTATTCTTTTGCACGGACCA 660
Query 655 CCAGGGACTGGCAAAACATCCCTTTGCAAAGCGTTGGCTCAAAAGCTTTCAATCCGGTGC 714
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 661 CCAGGGACTGGCAAAACATCTCTTTGCAAAGCTTTGGCTCAAAAGCTTTCAATTCGGTGC 720
Query 715 AACTCCAGATATCCACATTGCCAATTGATTGAAGTCAATGCTCACTCTCTATTTAGTAAA 774
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AACTCCAGATATCCACATTGCCAGTTGATTGAAGTCAATGCTCACTCTCTATTTAGTAAA 780
Query 775 TGGTTCTCTGAAAGTGGCAAGCTGGTTGCCAAGCTTTTCCAAAAAATCCAAGAGATGGTG 834
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TGGTTCTCCGAAAGTGGCAAGCTGGTTGCCAAGCTTTTCCAAAAAATCCAAGAGATGGTG 840
Query 835 GAGGAAGATGGAAATCTGGTATTTGTTTTGATCGATGAAGTAGAAAGTCTTGCTGCTGCT 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 841 GAGGAAGATGGAAATCTGGTATTTGTTTTGATCGATGAAGTTGAAAGTCTTGCTGCTGCT 900
Query 895 CGAAAAGCTGCATTGTCTGGCTCAGAACCGTCAGATTCTATCCGGGTTGTGAATGCACTA 954
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CGAAAAGCTGCATTGTCTGGCTCAGAACCTTCAGATTCTATCCGGGTTGTGAATGCACTA 960
Query 955 CTCACCCAAATGGACAAATTGAAATCAGCACCGAATGTGATAATCCTTACAACATCAAAC 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CTCACCCAAATGGACAAATTGAAATCAGCACCGAATGTGATAATCCTTACAACATCAAAC 1020
Query 1015 ATAACTACTGCTATTGATGTTGCTTTCGTGGATCGAGCTGACATAAAAGCTTATGTTGGC 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATAACTACTGCTATTGATGTTGCTTTCGTGGATCGAGCTGACATAAAAGCTTATGTTGGG 1080
Query 1075 CCTCCAACTCTTCATGTTCGTTATGAAATATTAAGGTCTTGTGTTGAGGAATTAATAAGT 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CCTCCAACTCTTCATGTTCGTTATGAAATATTAAGGTCTTGTGTTGAGGAATTAATAAGT 1140
Query 1135 AAAGGGATCATATCAAGTTTCCAGGGCTGTGATGGACTCTCTATTCCAAGCTTTTCAAGT 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAAGGGATCATATCAAGTTTCCAGGGCTGTGATGGACTCTCAATTCCAAGCTTTTCAAGT 1200
Query 1195 TTGAAAGAAAA-GTTAAGTGAAAGTGAGGTTCATGATACAAATACAGTTCCTTGGTTCTG 1253
||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1201 TTGAAAGAAAAAGCAAA-TGAAAGTGAGGTTCATGATACAAATACAGTTCCCTGGTTCTG 1259
Query 1254 CAAACAGTTGATAGAAGCTGCAAAAGGGTGCGAGGGTTTAAGTGGGAGATCATTGAGGAA 1313
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TAAACAGTTGATAGAGGCTGCAAAAGGGTGCGAGGGTTTAAGTGGGAGATCATTGAGGAA 1319
Query 1314 GCTTCCGTTTTTAGCGCACGCAGCACTTGCAGATCCATATAGCCATGATCCAAGTAATTT 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GCTTCCGTTTTTAGCGCACGCAGCACTTGCAGATCCATATAGCCATGATCCAAGTAATTT 1379
Query 1374 CTTGTGTACAATGATAGAAACAGCTAAGAGAGAGAAGTCTGAACAACCTGAATGACCATT 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1380 CTTGTGTACAATGATAGAAACAGCTAAGAGAGAGAAGTCTGAACAGCCTGAATGACCCTT 1439
Query 1434 TTTGTGAGGTCATAAACAAATAACAATGAA-GTTGTGTTGTTCAGAAAAATGTTATGCTA 1492
|||||||||||||||||||||||||||| | || || || |||||||||||||||| |||
Sbjct 1440 TTTGTGAGGTCATAAACAAATAACAATGGATGTGGT-TTATTCAGAAAAATGTTATACTA 1498
Query 1493 ATTGTTGATTAAACATCACTTCATCATCTACAGCTATG 1530
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1499 ATTGTTGATTAAACATCTCTTCATCATCTCCAGCTATG 1536
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61211023715
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5