BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24740.1
Length=1604
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg945626 jgi|Araly1|945626|scaffold_701855.1 2222 0.0
> Ahg945626 jgi|Araly1|945626|scaffold_701855.1
Length=1327
Score = 2222 bits (1203), Expect = 0.0
Identities = 1286/1327 (97%), Gaps = 2/1327 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 101 TTTTCTCT-G-ATTCTGAGATTATGGAGATGGAGCGTGTGCATGAATTCCCTCATACTCA 158
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1 TTTTCTCTGGAATTCTGAGATTATGGAGATGGAGCGTGTGCATGAATTTCCTCATACTAA 60
Query 159 CATGGATCGTCGTCCCAGAAAGAGAGCGCGTCTCGGTTGGGATGTGTTGCCTCAGGCAAC 218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CATGGATCGTCGTCCCAGAAAGAGAGCGCGTCTCGGTTGGGATGTGTTGCCTCAGGCAAC 120
Query 219 CAAGGCTCAGGTAGGAATGTTTTGTGGGCAAGAGATTGGAAATATATCAAGCTTTGCATC 278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 CAAGGCTCAGGTAGGAATGTTTTGTGGGCAAGAGATTGGAAATTTATCAAGCTTTGCATC 180
Query 279 TTCCGGAGCTCCTTCAGACAATAGTAGCTCTCTTTGTGTTAAGGGTGTGGCTCGAAATGG 338
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTCTGGAGCTCCTTCAGACAATAGTAGCTCTCTTTGTGTTAAGGGTGTGGCTCGAAATGG 240
Query 339 TTCTCCCCCATGGCGAGAAGATGATAAGGATGGACATTACATATTTGAACTGGGAGATGA 398
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 241 TTCGCCCCCATGGCGAGAAGATGATAAGGATGGACATTACATGTTTGAACTGGGAGATGA 300
Query 399 CTTAACTCCACGCTATAAAATTTATAGCAAAATGGGGGAAGGTACTTTTGGTCAAGTGCT 458
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTTAACTCCACGCTATAAAATCTATAGCAAAATGGGCGAGGGTACTTTTGGTCAAGTGCT 360
Query 459 AGAATGTTGGGATAGGGAGAGGAAGGAAATGGTGGCAGTAAAAATTGTCCGTGGTGTGAA 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGAATGTTGGGATAGGGAGAGGAAGGAAATGGTGGCAGTAAAAATTGTCCGTGGTGTGAA 420
Query 519 GAAATACCGTGAGGCTGCTATGATTGAAATTGAAATGCTGCAACAGCTTGGTAAACATGA 578
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 421 GAAATACCGCGAGGCCGCTATGATTGAAATTGAAATGCTGCAACAACTTGGTAAACATGA 480
Query 579 CAAAGGTGGCAATCGTTGTGTACAAATTCGGAACTGGTTTGACTATCGTAACCATATCTG 638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CAAAGGTGGCAATCGTTGTGTACAAATTCGGAACTGGTTTGACTATCGTAACCATATCTG 540
Query 639 TATTGTATTTGAGAAGCTTGGATCGAGTTTATACGATTTTCTTCGGAAAAACAATTATCG 698
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TATTGTCTTTGAGAAGCTTGGATCAAGTTTATACGATTTTCTTCGGAAAAACAATTATCG 600
Query 699 CTCCTTTCCCATTGATCTTGTCCGTGAGATTGGCTGGCAACTCTTGGAATGTGTAGCATT 758
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTCCTTTCCCATTGATCTTGTTCGTGAGATTGGCTGGCAACTCTTGGAATGTGTAGCATT 660
Query 759 TATGCATGACTTGCGCATGATTCATACGGACCTTAAACCAGAAAATATTCTGTTAGTCTC 818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TATGCATGACTTGCGCATGATTCATACGGACCTTAAACCAGAAAATATTCTGTTAGTCTC 720
Query 819 CTCAGACTATGTGAAGATTCCCGAGTACAAGGGGTCCCGATTACAAAGGGATGTATGCTA 878
||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 721 CTCGGACTATGTGAAGATTCCTGAGTACAAGGGCTCCCGATTACAAAGGGATGTTTGCTA 780
Query 879 TAAAAGAGTGCCTAAATCAAGTGCAATAAAGGTGATTGATTTTGGTAGCACAACTTATGA 938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TAAAAGAGTGCCTAAATCAAGTGCAATAAAGGTGATTGATTTTGGTAGCACAACTTATGA 840
Query 939 GCGCCAGGACCAAACCTACATTGTATCAACCAGACATTATAGGGCACCAGAAGTCATTTT 998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 841 GCGCCAGGACCAAACCTACATTGTATCAACCAGACATTATAGGGCTCCAGAAGTCATTTT 900
Query 999 AGGTCTTGGCTGGAGTTATCCGTGTGATGTTTGGAGCGTTGGATGTATCATAGTGGAGTT 1058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 901 AGGTCTTGGCTGGAGTTATCCGTGTGATGTTTGGAGCATTGGATGTATCATAGTGGAGCT 960
Query 1059 GTGCACGGGTGAAGCATTGTTCCAAACACATGAAAACCTGGAGCATCTAGCGATGATGGA 1118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GTGCACGGGTGAAGCATTGTTCCAAACACATGAAAACCTGGAGCATCTAGCGATGATGGA 1020
Query 1119 GCGTGTTCTTGGGCCGTTTCCTCAACAAATGCTGAAGAAAGTGGACCGGCACTCAGAGAA 1178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1021 GCGTGTTCTTGGGCCGTTTCCTCAACAAATGCTGAAGAAAGTGGACCGGCACGCAGAGAA 1080
Query 1179 ATATGTGAGAAGAGGTCGTTTGGATTGGCCAGATGGGGCAACCTCAAGAGATAGCCTGAA 1238
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATATGTGAGAAGAGGTCGTTTGGATTGGCCGGATGGGGCAACCTCAAGAGATAGCCTGAA 1140
Query 1239 GGCAGTATTGAAGCTTCCTCGGCTTCAGAATTTAATAATGCAACATGTGGACCACTCAGC 1298
|||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1141 AGCAGTATTGAAGCTCCCTAGGCTTCAGAATCTAATAATGCAACATGTGGACCACTCGGC 1200
Query 1299 CGGGGAGTTAATAAATATGGTGCAAGGACTTCTGCGATTTGATCCGTCAGAGAGAATAAC 1358
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1201 GGGGGAGTTAATAAATATGTTGCAAGGACTTCTGCGGTTTGATCCGTCAGAGAGACTAAC 1260
Query 1359 CGCTCGTGAAGCTCTGAGGCATCCGTTTTTCGCAAGGAGAAGATAGCGGGACTTGAATTT 1418
||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1261 CGCTCGTGAAGCTTTGAGGCATCCTTTTTTCGCCAGGAGAAGATAGCGGGAGTTCAATTT 1320
Query 1419 GACGAGT 1425
|||||||
Sbjct 1321 GACGAGT 1327
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60106406610
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5