BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24790.1
Length=3357
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg889682 jgi|Araly1|889682|Al_scaffold_0007_1668 3930 0.0
> Ahg889682 jgi|Araly1|889682|Al_scaffold_0007_1668
Length=2457
Score = 3930 bits (2128), Expect = 0.0
Identities = 2348/2455 (96%), Gaps = 11/2455 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 441 ATGGGGGAGACTAGGAGGCACTCTGTTGATGTTCCCATCACAAGAACACTTGTTGCTCTT 500
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGGGGAGACTAGGAGGCATTCTGTTGATGTTCCCATCACAAGAACCCTTGTGGCTCTT 60
Query 501 AGAAGGGTTCGGTCACTGAGAGATCCATGTACTACTTCAATGAGCAAGTTTGCTTCTTTG 560
||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGAAGGGTTAGGTCACTGAGAGATCCATGTACCACTTCTATGAGCAAGTTTGCTTCTTTG 120
Query 561 CTTGACAATGTCAAATGGGAAACTGGTTCCAACAATGGGATCTCACTTCAGTTTGTGGAA 620
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCGACAATGTCAAATGGGAAACTGGTTCCAACAATGGGATCTCACTTCAGTTTGTGGAT 180
Query 621 CATGCTGATGATGCTTGTAA-G--GCTGCTGCTGATGCTCCTGTGGGTTTGATTCCTTTT 677
|||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CATGGTGATGATGCTTGTAAGGCTGCTGCTGCTGATGCTACTGTGGGTTTGATTCCTTTT 240
Query 678 GGTTCATACTCTATAATGGAGGAGCTTGAGAGTGGTTGTGATCTTCACAAGTTGAGTAGC 737
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGTTCATACTCTATAATGGAGGAGCTAGAGAGTGGTTGTGATCTTCACAAGTTGAGTAGC 300
Query 738 AAGGTGATAAATGTTGAAGGAGACGCCTGCTCTAGGAGTAGTGAAAGATCTTG-CA--GT 794
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||
Sbjct 301 AAGGTGCTAAATGTTGAAGGAGACGCCTGCTCAAGGAGTAGTCAAAGATCTTGTAATGGT 360
Query 795 GATTTATCGGTTAAAGGTAGGGACTTAGCATGTAATGCGCCTTCAATCAGTCATGTTGAG 854
||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 361 GATTTATCGGTGAAAGGTAGGGAGTTAGCTTGTAATGTGCCTTCAATTAGTCATGTTGAG 420
Query 855 GAGGCTGG-TTCAGGGGGAAGATATAG-A--ACTCATTATTCCACTAAGTTAGCTAGCTC 910
||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAGGC-GGCTTCAGGGGGAAGATATAGAACTACTCATTATTCCACTAAGTTAGCTAGCTC 479
Query 911 GGTTGGTGAATATGGAAGCCGTTTAGGTAGTCCGATGAACTCAACAAATCATAGTTATTA 970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AGTTGGTGAATATGGAAGCCGTTTAGGTAGTCCGATGACCTCAACAAATCATAGTTATTA 539
Query 971 TGGAGATGAAGATGTTGATTTTGATAGTCAATCTAACCGTGGTTGCGGGATAACGTATTG 1030
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 540 TGGAGATGAAGATTTTGATTTTGATAGTCAATCTAACCGTGGTTGCGGTATAACTTATTG 599
Query 1031 CTGGTCAAGAACGCCGAGGTACAGAGGATCAAACCAATCCTCAGATGTAGAAGAGTATCC 1090
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CTGGTCAAGAACGCCTAGGTACAGAGGATCAAACCAATCCTCAGATGTAGAAGAGTATCC 659
Query 1091 TTTACTACCTGGAAATGGAAATGGTGAGAGTGATGTGGTGACACCGAGTCATGAAGTGTT 1150
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 660 TTTATTGCCTGGAAATGGAAATGGTGAGAGTGATGTGGTGACACCGAGTCACGAAGTGTT 719
Query 1151 GTCGAGGAGTTTGAGTCAGAAATTCAGGCCAAAATCTTTTGATGAGCTAGTTGGACAAGA 1210
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 720 GTCGAGGAGTCTGAGTCAGAAATTCAGGCCGAAATCTTTCGATGAGTTAGTTGGACAAGA 779
Query 1211 AGTTGTGGTGAAATGTCTCTTGAGCACCATATTAAGAGGAAGGATTACTTCTGTATACCT 1270
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 780 AGTCGTGGTGAAATGTCTTTTGAGCACCATATTAAGAGGAAGGATTACTTCTGTGTACCT 839
Query 1271 TTTTCATGGTCCTCGTGGGACTGGTAAAACATCAACGTCTAAGATATTTGCTGCTGCTTT 1330
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TTTTCACGGTCCTCGTGGGACTGGTAAAACATCAACGTCTAAGATATTTGCTGCTGCTTT 899
Query 1331 AAACTGCCTTTCACAGGCTGCACATAGTAGACCATGTGGCTTGTGTAGTGAATGCAAATC 1390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AAACTGCCTTTCACAGGCTGCACATAGTAGACCATGTGGCTTGTGTAGTGAATGCAAATC 959
Query 1391 ATACTTCTCAGGAAGAGGCAGGGACGTAATGGAAACCGATTCGGGTAAACTAAACCGACC 1450
||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 960 ATACTTCTCGGGAAGAGGCAGGGACATAATGGAAACGGATTCGGGTAAACTAAACCGGCC 1019
Query 1451 TAGCTACCTAAGATCTCTCATCAAGAGTGCATCTCTTCCTCCTGTTTCATCAAGATTTAA 1510
||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||
Sbjct 1020 TAGCTACCTCAGATCTCTCATCAAGAATGCCTCTCTTCCTCCGGTTGCATCTAGATTTAA 1079
Query 1511 GGTTTTTATAATCGATGAGTGTCAGTTATTATGTCAAGAAACTTGGGGTACTCTTTTGAA 1570
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1080 GGTTTTTATTATCGATGAGTGTCAGTTATTATGTCAAGAAACTTGGGGTACTCTCTTGAA 1139
Query 1571 CAGTTTGGACAATTTCTCTCAGCATTCGGTTTTTATACTGGTTACATCAGAGCTAGAGAA 1630
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CAGTTTGGACAACTTCTCTCAGCATTCGGTTTTTATACTAGTTACATCAGAGCTAGAGAA 1199
Query 1631 GTTACCGCGTAACGTTCTCTCACGGTCTCAGAAATATCATTTCTCTAAAGTATGTGATGC 1690
| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1200 GCTACCGCGTAACGTGCTCTCACGTTCTCAGAAATATCATTTCTCTAAAGTATGCGATGC 1259
Query 1691 GGATATATCAACTAAGCTGGCTAAGATTTGTATTGAAGAAGGCATTGATTTTGATCAAGG 1750
||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1260 GGATATATCAACTAAGCTGGCAAAGATTTGTGTTGAAGAAGGTATTGATTTTGATCAAGG 1319
Query 1751 GGCAGTTGATTTCATTGCTTCTAAATCTGATGGTTCACTTCGGGATGCTGAGATAATGCT 1810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGCAGTTGATTTCATTGCTTCTAAATCTGATGGTTCACTTCGGGATGCTGAGATAATGCT 1379
Query 1811 TGATCAGTTAAGTTTGCTCGGTAAAAGAATAACAACATCTTTGGCCTACAAGCTTATTGG 1870
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TGATCAGTTAAGTTTGCTCGGTAAAAGAATAACGACATCTTTGGCCTACAAGCTTATTGG 1439
Query 1871 GGTTGTTTCTGATGATGAATTGCTTGATCTGCTTGATCTTGCCATGTCTTCTGATACTTC 1930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1440 GGTTGTTTCTGATGATGAATTGCTTGATCTGCTTGATCTTGCCCTGTCTTCTGATACTTC 1499
Query 1931 AAACACGGTTATAAGGGCGAGGGAACTTATGAGATCCAAAATAGATCCAATGCAGCTTAT 1990
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AAACACGGTTATAAGAGCGAGGGAACTTATGAGATCCAAAATAGATCCAATGCAGCTTAT 1559
Query 1991 TTCACAGCTAGCTAATGTCATTATGGACATCATTGCTGGAAACTCTCAAGAAAGTAGTTC 2050
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TTCCCAGCTAGCTAATGTCATTATGGACATCATTGCTGGAAACTCTCAAGAAAGTAGTTC 1619
Query 2051 AGCAACCAGACTTCGGTTTCTTACAAGGCATACATCTGAAGAAGAAATGCAGAAATTGAG 2110
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 AGCAACCAGATTTCGGTTTCTTACAAGGCATACATCCGAAGAAGAAATGCAGAAATTGAG 1679
Query 2111 AAATGCATTGAAGATACTATCTGATGCTGAGAAACACTTGAGAGCATCGAAAAACCAGAC 2170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1680 AAATGCATTGAAGATACTATCTGATGCTGAGAAACACTTGAGGGCATCGAAAAACCAGAC 1739
Query 2171 AACTTGGCTCACTGTGGCACTTTTGCAACTTAGTAACACCGACTCATCATCTTTTGCAAC 2230
||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1740 AACCTGGCTCACTGTGGCACTTTTGCAACTTAGCAATACCGACTCATCTTCTTTTGCAAC 1799
Query 2231 AGATGAAAATGGAAGAAACCAAATAAACAAAGACGTTGAGCTCTCCAGCACATCATCAGG 2290
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AGATGAAAATGGAAGAAACCAAATAAGCAAAGACGTTGAGCTCTCCAGCACATCATCAGA 1859
Query 2291 TTGTCCTGGTGATGTTATTAAATCAGATGCCGAGAAGGGTCAAGAGAGAAACTGTAATGA 2350
||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||| ||
Sbjct 1860 TTGTCCTGGTGATGTTATTAAATCAGAAACCGAGGAGCGTCAAAAGAAAAACTGTAAAGA 1919
Query 2351 AACAGTTGAATCTGTGTGGAAAACGGTTACAGATTTGTGTTGTTCTGATTCACTAAAGAG 2410
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 AACAGTTGAAACTGTGTGGAAAACGGTTACAGATTTGTGTTGTTCTGATTCACTAAAGAG 1979
Query 2411 ATTTCTGTGGAAACGAGGAAGGTTGACTTCACTTACTGTTGACAAAGGTGTGGCAATAGC 2470
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1980 ATTTCTGTGGAAACGAGGAAGGTTGACTTCACTTACTGTTGACAAAGGTGTGGCAAGAGC 2039
Query 2471 TGAGTTAGAATTCTACACACCTCAACATGTAGCAAGAGCCGAGAAATCATGGAAATTGAT 2530
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TGAATTGGAATTCTACACACCTCAACATGTAGCAAGAGCCGAGAAATCATGGAAATTGAT 2099
Query 2531 TGCAGACTCGTTCCAATCTGTGTTAGGATGCAACGTTGAGATCCAAATGAATCTTGTTAT 2590
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2100 TGCTGACTCGTTCCAATCGGTGTTAGGATGCAACGTTGAGATCCGAATGAATCTTGTTAT 2159
Query 2591 CTCTGCGTGTTCTCCACCAAAGAGTGCTAAAGCAGCAGCAAGTCTTTTCTTTGGACTTTT 2650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CTCTGCGTGTTCTCCACCAAAGAGTGCTAAAGCAGCAGCAAGTCTTTTCTTTGGACTTTT 2219
Query 2651 CAGTTGTTCTCGTAGAATGCTTCACAAGTCGTATTTGACTACAAGAACCGACTCTGACTG 2710
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||
Sbjct 2220 CAGCTGTTCTCGTAGAATGCTTCACAAGTCGTATTTGACTTCAAGAACAGACTCTGATTG 2279
Query 2711 CGCATCTGAAAAGCCTGCAGTTACAAATTCTCTGAGAAGTTGCCAAGGAAATGTCTTGAG 2770
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 CACATCTGAAAAGCCTGCAGTTACAAATTCTCTGAGAAGTTGCCAAGGAAATGTCTTGAG 2339
Query 2771 GGCTCGAAGTGTTCGTTCTTCAGCCAATGCATCATCGCGTATGAGCTGTTCCAGTGATCA 2830
|||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 GGCTAGAAGTGTTCGTTCTTCAGCCAATGCATCGTCACGAATGAGCTGTTCCAGTGATCA 2399
Query 2831 AGGCGATGCAACTTCTGCTATGTGTACTCCACACATTCCTCCGGGTGAAAAAAGG 2885
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2400 AGGCGATGCAAATTCTGCTATGTGTACTCCACACATGCCTCCGGGTGAAAAAAGG 2454
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126731718090
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5