BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24800.1
Length=2658
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg329184 jgi|Araly1|329184|fgenesh1_pm.C_scaffold_7001411 3369 0.0
> Ahg329184 jgi|Araly1|329184|fgenesh1_pm.C_scaffold_7001411
Length=2829
Score = 3369 bits (1824), Expect = 0.0
Identities = 1981/2059 (96%), Gaps = 2/2059 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 255 ATGGAGGGTTTCCTAACGGATCAGCAGAGAGAGATGATGAAAGTTGCAACTCAGACTGCA 314
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1 ATGGAGGGTTTCCTAACGGATGAGCAGAGAGAGATGATGAAAGTTGCTACACAGACTGCA 60
Query 315 GATGATCTTCCACCCTCACAAAAACCTCACTCGGTTTTACTTGAGCATCTGCCTAAACCA 374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |
Sbjct 61 GATGATCTTCCACCCTCACAAAAACCTCACTCGGTTTTGCTTGAGCATCTCCCTAAAGTA 120
Query 375 TCTGGTGGTGGGAAAGCTTCTGGTGCGTCAAATGCTGTGAAGCACAGAAGGTCTCATGCG 434
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTGCTGGTGGTAAAGCTTCTGGTGCGTCAAATGCTGTGAAGCACAGAAGGTCTCATGCG 180
Query 435 GGAAGGTCTATTCGCTCTAAGAAGGATGGAGGTGGTGGGAAAGGAAATTGGGGAAAACTT 494
|| |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGGAGGTCTATCCGATCTAAGAAGGATGGGGGTGCTGGGAAAGGAAATTGGGGAAAACTT 240
Query 495 ATTGACACTGATGGAGACTATCACATTGACCCGAATGATCCTAATTATGACAGTGGAGAG 554
||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATTGACACTGACGGAGACTATCACATTGACCGGAATGATCCAAATTATGACAGTGGAGAG 300
Query 555 GAACCATTCGAGCTTGTTGGTGCAACTCTGTCAGACCCATTAGATGATTACAAGAAAGCT 614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAACCATTCGAGCTTGTTGGTGCAACTCTGTCAGACCCATTAGATGATTACAAGAAAGCT 360
Query 615 GCAGCTTCCATCATTAACGAATACTTCAGCACCGGTGATGTTGATGTGGCAGCAGCTGAC 674
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCAGCTTCCATCATTAACGAATACTTCAGCACTGGTGATGTCGATGTGGCAGCAGCTGAC 420
Query 675 CTCATTGAACTTGGTTCAAGTGAATATCATCCCTACTTCATCAAGCGGCTTGTCTCGGTA 734
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 CTCATTGAACTTGGTTCAAGTGAATATCATCCCTACTTCATCAAGCGGCTTGTCTCAGTA 480
Query 735 GCGATGGACAGGCATGACAAAGAGAAGGAAATGGCCTCGGTTTTGCTTTCCGCATTGTAT 794
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 481 GCCATGGACAGGCATGACAAAGAGAAGGAAATGGCCTCAGTGTTGCTTTCCGCATTGTAT 540
Query 795 GCTGATGTCATTAACCCGAACCAGATAAGAGATGGATTTGTCCTGCTGCTCGAGTCAGCC 854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 541 GCTGATGTCATTAACCCGAACCAGATAAGAGATGGATTTGTCCTGCTGCTGGAATCAGCT 600
Query 855 GATGACTTTGTGGTGGATATACCTGATGCTGTCAATGTTCTTGCTTTGTTCCTTGCACGT 914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GATGACTTTGTGGTGGATATACCTGATGCTGTCAATGTCCTTGCTTTGTTCCTTGCACGT 660
Query 915 GCTGTCGTGGATGACATACTTCCTCCAGCTTTTCTTCCTAGGGCTGCCAAGGCACTTCCA 974
|| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 661 GCGGTTGTGGATGACATCCTTCCTCCAGCTTTTCTTCCCAGGGCGGCCAAGGCACTTCCA 720
Query 975 ATAACTTCTAAAGGTTACCAGGTTGTCCAAACTGCAGAGAAAAGCTATCTATCAGCTGCA 1034
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTAACTTCCAAAGGTTACCAGGTTGTCCAAACTGCAGAGAAAAGCTATCTATCAGCTGCA 780
Query 1035 CACCATGCTGAGCTAGTAGAAAGAAGGTGGGGTGGACAGACTCGAACCACTGTTGAGGAA 1094
|||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 781 CACCATGCCGAGCTCGTAGAAAGAAGATGGGGTGGACAGACTCGAACGACTGTTGAGGAA 840
Query 1095 GTCAAGAAGAAGATTGCTGACATTTTGAATGAATATGTGGAGACTGGAGAGACTTATGAG 1154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GTCAAGAAGAAGATTGCTGACATTTTGAATGAATATGTGGAGACTGGAGAGACTTATGAG 900
Query 1155 GCATGTCGTTGCGTAAGAGAGTTGGGTGTTTCTTTCTTTCACCATGAGGTTGTGAAGAGG 1214
|||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 901 GCATGTCGCTGCGTTAGAGAGTTGGGTGTGTCTTTTTTTCATCATGAGGTTGTGAAGAGG 960
Query 1215 GCCTTAGTTACTGCCTTGGAAAACCACGCAGCAGAAGCACCT-GTATTGAAACTGCTAAA 1273
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||
Sbjct 961 GCCTTAGTTACTGCCATGGAAAACCACGCAGCAGAAGGA-CTCGTATTGAAACTGCTGAA 1019
Query 1274 TGAAGCAGCTTCAGAAAACCTGATAAGCTCTAGTCAAATGGTGAAGGGATTTTCAAGATT 1333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1020 GGAAGCAGCTTCAGAAAACCTGATAAGCTCTAGTCAAATGGTGAAGGGGTTTTCAAGGTT 1079
Query 1334 AAGAGAAAGCCTTGATGATCTTGCTCTTGACATTCCTTCAGCTAGAACCAAATTTGGTTT 1393
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1080 AAGAGAAAGCCTTGATGATCTTGCTCTTGACATTCCTTCAGCTAGAACCAAATTTGATTT 1139
Query 1394 GATTGTGCCAAAAGCTGTCTCAGGTGGTTGGCTTGATGCTTCGTTTGGTTATCCCTCTGG 1453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GATTGTGCCAAAAGCTGTCTCAGGTGGTTGGCTTGATGCTTCGTTTGGTTATCCCTCTGG 1199
Query 1454 TGAATGTGGACGACAACAGAACGAGGATGAGAAACTAAAGCGGTTCAAGGAAGACATTGT 1513
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1200 TGAATGTGGACGACAGCAGATCGAGGATGAGAAACTAAAGCGGTTTAAGGAAGACATTGT 1259
Query 1514 GACCATCATTCATGAGTATTTCAACTCTGATGACATACCAGAACTCATACGCAGTCTTGA 1573
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GACCATCATTCATGAGTATTTCAATTCCGATGACATACCAGAACTCATACGCAGTCTTGA 1319
Query 1574 GGATTTAGGAGCACCCGAGTACAACCCAATTTTTCTAAAGAAGCTGATAACACTTGCTTT 1633
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1320 GGATTTAGGAGCACCCGAGTACAACCCAATTTTTCTAAAGAAGCTGATAACACTTGCTCT 1379
Query 1634 GGACAGGAAGAATCACGAGAAAGAAATGGCATCTGTTCTTCTCTCATCTCTTCACATCGA 1693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGACAGGAAGAATCACGAGAAAGAAATGGCATCTGTTCTCCTCTCATCTCTTCACATCGA 1439
Query 1694 GATGTTCACCACAGAAGATGTTGCAGATGGTTTCGTCATGCTCCTGGAGTCTGCAGAAGA 1753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GATGTTCACCACAGAAGATGTTGCAGATGGTTTCGTCATGCTCCTGGAGTCTGCAGAAGA 1499
Query 1754 TACAGCTCTTGACATTCTGGATGCGTCCAACGAACTTGCTCTGTTCTTAGCTAGAGCTGT 1813
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TACAGCTCTTGACATTCTGGATGCTTCCAACGAACTTGCTCTGTTCTTAGCTAGAGCTGT 1559
Query 1814 GATCGATGATGTTTTAGCACCTTTTAACCTGGAAGAGATCAGTAGCAAACTACGCCCTAA 1873
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1560 GATCGACGATGTTTTAGCACCTTTTAACCTTGAAGAGATCAGTAGCAAACTGCGACCTAA 1619
Query 1874 CTCAAGCGGAACTGAAACCGTGAAGATGGCTAGGTCACTCATCTTTGCTCGACATGCAGG 1933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CTCAAGCGGAACTGAAACCGTGAAGATGGCTAGGTCACTTATCTTTGCTCGACATGCAGG 1679
Query 1934 AGAGAGGCTTCTAAGATGCTGGGGAGGTGGGAGCGGTTGGGCAGTGGAAGATGCAAAGGA 1993
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1680 AGAGAGGCTTTTACGATGCTGGGGAGGTGGGAGCGGTTGGGCAGTGGAAGATGCAAAAGA 1739
Query 1994 CAAGATATCAAATCTCCTGGAGGAATACGAAAGCTCAGGGCTGGTATCAGAAGCATGCAA 2053
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1740 CAAGATATCGAATCTCCTGGAGGAATACGAAAGCTCAGGGCTGGTATCAGAAGCGTGCAA 1799
Query 2054 ATGCATCCATGAGCTAGGCATGCCTTTCTTCAACCATGAGGTGGTGAAGAAAGCACTGGT 2113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 ATGCATCCATGAGCTAGGCATGCCTTTCTTCAACCATGAGGTGGTGAAGAAAGCACTGGT 1859
Query 2114 GATGGGTATGGAGAAGAAGAAGGACAAGATGATGCTGGATCTTCTGCAGGAGAGTTTCAG 2173
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1860 GATGGGTATGGAGAAGAAGAAGGACAAGATGATGCTGGATCTTCTGCAGGAGAGTTTCGG 1919
Query 2174 TGAAGGACTCATAACCACAAACCAGATGACCAAAGGGTTCACAAGAGTCAAAGACGGACT 2233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1920 AGAAGGACTCATAACCACAAACCAGATGACCAAAGGGTTCACAAGAGTTAAAGACGGGCT 1979
Query 2234 TGAAGATCTTGCTTTAGACATCCCAAACGCAAAGGAGAAATTCAACGACTACGTGGAGTA 2293
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |
Sbjct 1980 CGAAGATCTTGCTTTAGACATCCCAAACGCAAAGGAGAAATTCAAGGACTATGTGGAGCA 2039
Query 2294 TGGGAAGAAGAATGGTTGG 2312
|||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TGGGAAGAAGAATGGTTGG 2058
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100253524840
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5