BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G25230.1
Length=2609
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492309 jgi|Araly1|492309|fgenesh2_kg.7__1742__AT4G25230.2 3770 0.0
Ahg916765 jgi|Araly1|916765|Al_scaffold_0008_1516 1764 0.0
> Ahg492309 jgi|Araly1|492309|fgenesh2_kg.7__1742__AT4G25230.2
Length=2322
Score = 3770 bits (2041), Expect = 0.0
Identities = 2206/2285 (97%), Gaps = 14/2285 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 312 CAGATGGCGTCATGCTAATATGACTAAATGAGATTCTGGGGATTAAGTTTAAGTGGGAAG 371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 42 CAGATGGCGTCATGCTAATATGACTAAATGAGATTCTGGGGATTAAGTTTAAGTGGGAAG 101
Query 372 GCTGTAATAGTTCCTAATGGGGATAAAGTACTTGCCCG-TCTCCGTAGCATCAACAGCTC 430
||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 102 GCTGTTATTGTTCCTAATGGGGATAAAGTACTTG-CCGCTCTCCGTAGCATCAACAGCTC 160
Query 431 TCAGCTTTGTTGGACTTCAAGTCTGGACAGAGTTGTCTCTCGATAGACTTCGAGCAGATG 490
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 161 TCAGCTTTGTTGGACTTCAAGTCTGGACAGAGTTTTCTCTCGATAGACTTCGAGCTGATG 220
Query 491 GGCTGATTGCCAAGAACATTTCTTTAGGAGACTCTGAGCATGCGCTTGAGCTGCTTCTGG 550
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 221 GGCTGATTGCCAAGAACGTTTCTTTAGGAGACTCCGAGCATGCGCTTGAGCTGCTTCTCG 280
Query 551 GCTCTTATTTCACTATTGCGCTGCTTACAAATTTTGTGCTCAATGTGTATATTCTTCTGG 610
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 281 GCTCTTATTTCACTATTGCGCTGCTCACAAATTTTGTGCTCAATGTGTATATTCTTCTGC 340
Query 611 TACTTTCTCTCAAGACTCTATTTTTTGGAGATTTATATGATGTTGAAACCAAAAAGTTGG 670
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 341 TACTTTCTCTCAAGACTCTATTTTTTGGAGATTTATATGACGTTGAAACTAAAAAGTTGG 400
Query 671 TGGAGCGACTTGCCAATTATATCATATACAAGGGTACGTTTCTACCACTGGTGATTCCCC 730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 401 TGGAGCGACTTGCCAATTATATCATATACAAGGGTACGTTTCTACCACTGGTGATTCCCC 460
Query 731 CAACAATATTTCAGGGTGTACTGTGGACAGTTTGGTTGACTGTTCTATGTACTTTAAAGA 790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 461 CAACAATATTTCAGGGTGTACTGTGGACAGTTTGGTTGACTGTTCTATGTACTTTAAAGA 520
Query 791 TGTTTCAAGCTTTGGCTAGAGACCGGCTTGAACGATTGAATGCATCTCCTTCTTCTACAC 850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 TGTTTCAAGCTTTGGCTAGAGACCGGCTTGAACGATTGAATGCATCTCCTTCTTCTACAC 580
Query 851 CTTGGACATACTTTCGTGTGTATTCAGTGCTATTCTTGGTCCTCTCTGTTGATATGTTCT 910
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 CTTGGACATACTTTCGTGTGTATTCAGTGCTGTTCTTGGTCCTCTCTGTTGATATGTTCT 640
Query 911 GGATAAAACTTTCCCTTATGACATACAATACAATTGGTTCCGCTGTGTATCTGTTGTTAC 970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 641 GGATAAAACTTTCCCTTATGACATACAATACAATTGGTTCCTCTGTGTATCTGTTGTTAC 700
Query 971 TTTTTGAGCCATGCAGTATAGCTTTTGAGACCTTGCAGGCGCTGTTAATTCATGGGTTTC 1030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 701 TTTTTGAGCCATGCAGTATAGCTTTTGAGACCTTGCAGGCGCTGTTAATTCATGGGTTTC 760
Query 1031 AGCTGCTAGATATGTGGATTAACCACTTAGCAGTTAAGAACTCAGACTGCCAAAGATCTA 1090
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 761 AGCTGCTAGATATGTGGATTAACCACTTAGCAGTTCAGAACTCAGACTGCCAAAGATCTA 820
Query 1091 AGTTTATTGATTCTATGACAGCAGGCTCACTGTTGGAATGGAAAGGCCTCCTCAACCGTA 1150
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 821 AGTTTATCGATTCCATGACAGCAGGCTCACTGTTGGAATGGAAGGGCCTCCTCAACCGTA 880
Query 1151 ACCTTGGTTTCTTCCTGGACATGGCTACTTTGGTAATGGCACTAGGTCATTATTTGCACA 1210
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 881 ATCTTGGTTTCTTCCTGGACATGGCTACTTTGGTAATGGCACTAGGTCATTATTTGCACA 940
Query 1211 TTTGGTGGCTGCATGGCATTGCCTTTCATCTGGTGGATGCAGTTTTGTTTCTCAACATAC 1270
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 941 TTTGGTGGCTGCACGGCATTGCCTTTCATCTGGTGGATGCAGTTTTGTTTCTCAACATAC 1000
Query 1271 GTGCATTGCTAAGTGCAATTTTGAAACGAATAAAAGGATACATTAAACTAAGAATAGCTC 1330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1001 GTGCATTGCTAAGTGCAATTTTGAAACGAATAAAAGGATACATTAAACTAAGAATAGCTC 1060
Query 1331 TGGGTGCTCTCCATGCAGCCCTCCCTGATGCAACTTCTGAAGAGTTAAGGGCATATGATG 1390
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1061 TGGGTGCTCTCCATGCAGCCCTCCCCGATGCAACTTCTGAAGAGTTAAGGGCATATGATG 1120
Query 1391 ATGAATGTGCTATATGTCGGGAACCTATGGCTAAGGCTAAAAGGCTTCACTGCAACCACC 1450
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 ATGAATGTGCTATATGTCGGGAACCTATGGCCAAGGCTAAAAGGCTTCACTGCAACCACC 1180
Query 1451 TTTTCCATCTTGGATGCCTGCGATCCTGGTTGGATCAAGGTCTAAATGAGGTTTATTCTT 1510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1181 TTTTCCATCTTGGATGCCTGCGATCCTGGTTGGATCAAGGTTTAAATGAGGTTTATTCTT 1240
Query 1511 GTCCTACATGTCGTAAGCCTCTTTTCGTTGGTAGAACTGAAAATGAGGTGAACCCTCGCA 1570
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1241 GTCCTACATGTCGTAAGCCTCTTTTTGTTGGTAGAACTGAAAGTGAGGTGAACCCTCACA 1300
Query 1571 CAGTGGAAGTCTCAAGTGATGAGCAGTTAGCCCGTCAGCTTGAAAGACAAAACAATCCTG 1630
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1301 CAGTGGAAGTCTCAAGCGATGAGCAGTTAGCCCGTCAGCTTGAAAGACAAAACAATCCTG 1360
Query 1631 TACATGCACTAGCCACTGGATTATTTCCTGCTGAGGTGCCAGATTCTGTCGAAAATGATA 1690
||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1361 TACATGCACTAGCAACTGGTTTATTTCCTGCAGAGGTGCCAAATTCCGTCGAAAATGATA 1420
Query 1691 CTTCGAGGAATTTAGGATTGGATCCAAGTTGGCTGCAGACATGGTCAAGTCAGGGTTCTG 1750
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1421 CTTCGAGGAATTTAGGATTGGATCCAAGCTGGCTGCAGACATGGTCAGGTCAGGGTTCTG 1480
Query 1751 ATGTCGCTGGTCCTTCTACCACTTCCAGGACAGTTGGACTTGGGCGGGTTCAGATGATGA 1810
||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1481 ATGTCGCTGGTCCCTCTACCGCTTCCAGGTCAGTTGGACTGGGGCGGGTTCAGATGATGA 1540
Query 1811 TGAGGCATCTTGCATCTGTTGGCGAAAGCTATGCTCAAACTGCACTTGACGATGCTGCTT 1870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1541 TGAGGCATCTTGCATCTGTTGGCGAAAGCTATGCTCAAACTGCACTTGACGATGCTGCTT 1600
Query 1871 GGAGTCTATGGCCGATGAACCCTTCACAAGCATCCACTTCTTCTACAACTGTACCTCCTG 1930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 GGAGTCTATGGCCGATGAACCCTTCACAAGCATCCACTTCTTCTACAACTGTACCTCCTG 1660
Query 1931 GTAATGGTGGAAGGACAGGTGGTCTGCATCTGAGAACTGTATCAAACACGACAAATGAAA 1990
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 1661 GTACTGGTGGAAGGACAGGTGGTCTGCATCTGAGAACTGTATCAAGCACGACAGATGAAA 1720
Query 1991 GCTTAACAAATATACTAGCTATGGCCGAGACAGTGAGGGAAGTCATGCCACACGTGCCCG 2050
|||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1721 GCTTGGCAAATATACTAGCTATGGCCGAGACTGTGAGGGAAGTCATGCCACACGTGCCCG 1780
Query 2051 ATGAAATTATTTTCCAGGACCTGCAGAGAACAAACTCTGTTGCTGTTACCGTGAACAATC 2110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1781 ATGAAATTATTTTCCAGGACCTGCAGAGAACAAACTCTGTTGCTGTTACAGTGAACAATC 1840
Query 2111 TTCTCCAGATGTGATGATAGTTTGTGTAAAATATACTAAGCACTTCCATTTCAACCTTAG 2170
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1841 TTCTCCAGATGTGATGATAGTTTGTGTAATATATACTAAGCACTTGCATTTCAACCTTAG 1900
Query 2171 GTATAGATTAATGATTGGGGACATATCCTTATCCGTAAGT-TTTACACACCACCCAACAT 2229
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1901 GTATAGATTAATGATTGGGGACATATCCTTGTCCTTAAGTCTTTACACACCACCCAACAT 1960
Query 2230 TCCAAGCTTCACCCGCTGTAGATATAAGGCACTGTGTATCACTTTTTGCTATAGAGAAGA 2289
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1961 TCCAAGCTTCACCCGCTGTAAATATAAGGCAATGTGCATCACTTTTTGCTATAGAGAAGA 2020
Query 2290 AGAGGCTCTAGTGTATAGCTTCTGTTCATTGCTCTCTTGCGAAAA-TAAGTTCGGATATT 2348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2021 AGAGGCTCTAGTGTATAGCTTCTGTTCATTGCTCTCTTGCGAAAAATAAGTTCGGATATT 2080
Query 2349 TACAT-AAGGTGATGATGC--CCT-GGTGGTCTGGAGATATCTT-GTTGCAGTCTGACCT 2403
||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2081 TAC-TCAAGGTGATGATGATGCCTTGGTGGTCTGGAGATATCTTTGTCGCAGTCTGACCT 2139
Query 2404 TGGCTCCAATCTCGAGGGAGAGTAACCACTCTTTGCAGCTGCTCTTTTGGCTGCTGCCAC 2463
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2140 CGGCTCCAGTCTCGAGGGAGAGTAACCACTCTTTGCAGCTGCTCTTTTGGCTGCTGCTAT 2199
Query 2464 CTCTCCTGTATAAGAATGTGTAATTTACAATAAAGAAAAAAGAAGTAAATGAAAGAGTCT 2523
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||| |||
Sbjct 2200 CTCTCCTGTATAAGAATGTGTAATTTACAATAAA-ATGAA-GAAGTAAATTAAAGAATCT 2257
Query 2524 ACTGTTATTGATCCAATAGCCTGTAATGTAGTAT--CATCAAATGTGTGAACTCAAtttt 2581
||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||
Sbjct 2258 ACTGTTATTGATCAAATAGCCTGTACTGTAGTATATCACCAAATGTGTAAACTCAATTTT 2317
Query 2582 ttttt 2586
|||||
Sbjct 2318 TTTTT 2322
> Ahg916765 jgi|Araly1|916765|Al_scaffold_0008_1516
Length=1734
Score = 1764 bits (955), Expect = 0.0
Identities = 1477/1727 (86%), Gaps = 43/1727 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 418 GCATCAACAGCTCTCAGCTTTGTTGGACTT-CAAGTCTGGACAGAGTTGTCTCTCGATAG 476
||| |||||||| | ||| ||| ||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 31 GCAACAACAGCTTTGAGCATTG-TGGGTTTACAAGTCTGGACGGAGTTGTCTCTTGATAG 89
Query 477 ACTTCGAGCAGATGGGCTGATTGCCAAGAACATTTCTTTAGGAGACTCTGAGCATGCGCT 536
|||| |||| |||||| | || |||||||| ||||||||||||| |||||| || | ||
Sbjct 90 ACTTAGAGCTGATGGGATTATCACCAAGAACGTTTCTTTAGGAGATTCTGAGAATACCCT 149
Query 537 TGAGCTGCTTCTGGGCTCTTATTTC-ACTATTGCGC-TGCTTACAAATTTTGTGCTCAAT 594
|||||||||| || | ||| | | || ||||| | |||| ||| |||||| ||||||
Sbjct 150 TGAGCTGCTTTTGAGTTCTCA-CACTACAATTGC-CTTGCTGGCAAGTTTTGTACTCAAT 207
Query 595 GTGTATATTCTTCTGGTACTTTCTCTCAAGACTCTATTTTTTGGAGATTTATATGATGTT 654
|| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||
Sbjct 208 GTCTACATTCTTCTTGTTCTTTCTCTCAAGACTCTGTTTTTTGGGGATCTATATGCCATT 267
Query 655 GAAACCAAAAAGTTGGTGGAGCGACTTGCCAATTATATCATATACAAGGGTACGTTTCTA 714
||||| | |||| ||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||
Sbjct 268 GAAACTAGAAAGCTGGTGGAAAGGCTTGCCAATTACATCATTTACAAGGGCACTTTTCTT 327
Query 715 CCACTGGTGATTCCCCCAACAATATTTCAGGGTGTACTGTGGACAGTTTGGTTGACTGTT 774
||| ||||| |||| |||||| |||||||||| || || |||||| | ||||||||||||
Sbjct 328 CCATTGGTGGTTCCACCAACAGTATTTCAGGGGGTCCTATGGACAATCTGGTTGACTGTT 387
Query 775 CTATGTACTTTAAAGATGTTTCAAGCTTTGGCTAGAGACCGGCTTGAACGATTGAATGCA 834
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 388 CTGTGTACTCTAAAGATGTTTCAAGCTTTGGCTAGAGATCGGCTTGATCGATTGAATGCA 447
Query 835 TCTCCTTCTTCTACACCTTGGACATACTTTCGTGTGTATTCAGTGCTATTCTTGGTCCTC 894
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||
Sbjct 448 TCTCCTTCTTCTACTCCTTGGACATACTTTCGTGTGTATTCAGCACTGTTCATGGTTCTC 507
Query 895 TCTGTTGATATGTTCTGGATAAAACTTTCCCTTATGACATACAATACAATTGGTTCCGCT 954
|||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||
Sbjct 508 TCTGCTGATTTGTGCTGGATAAAGCTTTCCCTTATGATATACAGTACAATTGGTTCATCT 567
Query 955 GTGTATCTGTTGTTACTTTTTGAGCCATGCAGTATAGCTTTTGAGACCTTGCAGGCGCTG 1014
|||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 568 GTGTATTTATTGTTACTTTTTGAGCCATGCAGTGTAGCTTTTGAGACCTTGCAGGCGTTG 627
Query 1015 TTAATTCATGGGTTTCAGCTGCTAGATATGTGGATTAACCACTTAGCAGTTAAGAACTCA 1074
|| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 628 TTGATTCACGGGTTTCAACTGCTTGATATGTGGATCAACCACTTTGCAGTCAAGAATTCA 687
Query 1075 GACTGCCAAAGATCTAAG-TTTATTGATTCTATGACAGCAGGCTCACTGTTGGAATGGAA 1133
|| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 688 GATTGCCAAAGATCAAAGTTTTA-TGATTCTATGACAGCAGGCTCATTATTGGAATGGAA 746
Query 1134 AGGCCTCCTCAACCGTAACCTTGGTTTCTTCCTGGACATGGCTACTTTGGTAATGGCACT 1193
||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 747 AGGCCTCCTCAACCGGAATCTGGGTTTCTTCCTAGATATGGCTACCTTGGTAATGGCCCT 806
Query 1194 AGGTCATTATTTGCACAT-TTGGTGGCTGCATGGCATTGCCTTTCATCTGGTGGATGCAG 1252
||||||||||||||||| || |||||| ||||| || ||||| |||||| |||||||||
Sbjct 807 CGGTCATTATTTGCACATCTT-GTGGCTCCATGGAATGGCCTTCCATCTGATGGATGCAG 865
Query 1253 TTTTGTTTCTCAACATACGTGCATTGCTAAGTGCAATTTTGAAACGAATAAAAGGATACA 1312
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 TTTTGTTTCTCAACATACGTGCCTTGCTAAGTGCAATTTTGAAACGAATAAAAGGATACA 925
Query 1313 TTAAACTAAGAATAGCTCTGGGTGCTCTCCATGCAGCCCTCCCTGATGCAACTTCTGAAG 1372
| ||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||
Sbjct 926 TCAAACTGAGAGTAGCTCTAGGTGCTCTTCATGCAGCTCTTCCTGATGCAACTTCAGAAG 985
Query 1373 AGTTAAGGGCATATGATGATGAATGTGCTATATGTCGGGAACCTATGGCTAAGGCTAAAA 1432
|| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 986 AGCTACGGGCATATGATGACGAATGTGCTATATGTCGGGAACCAATGGCTAAGGCTAAAA 1045
Query 1433 GGCTTCACTGCAACCACCTTTTCCATCTTGGATGCCTGCGATCCTGGTTGGATCAAGGTC 1492
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1046 GACTTCACTGCAACCACCTTTTTCATCTTGGATGCCTGCGATCATGGTTAGATCAAGGTT 1105
Query 1493 TAAATGAGGTTTATTCTTGTCCTACATGTCGTAAGCCTCTTTTCGTTGGTAGAACTGAAA 1552
||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1106 TAAATGAGGTTTACTCCTGTCCTACATGCCGTAAGCCTCTTTTTGTTGGTAGAACTGAAA 1165
Query 1553 ATGAGGTGAACCCTCGCACAGTG-GAAGTCTCAAGTGATGAGCAGTTAGCCCGTCAGCTT 1611
||||| ||| ||| ||| || | ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 1166 GTGAGGCGAATCCTAGCAGAG-GAGAAGTATCAAGCGATGAACACTTAGCCCGTCAATTT 1224
Query 1612 GAAAGACAAAACAATCCTGTACATGCACTAGCCACTGG-ATTATTTCCTGCTGAGGTGCC 1670
|| |||||||| ||| |||| ||||| ||| ||||||| || ||||| ||||| |||
Sbjct 1225 GAGAGACAAAATAATTCTGTGCATGCCCTAACCACTGGGATG-TTTCCAACTGAGACGCC 1283
Query 1671 AGATTCTG-TCGAAAATGATACTTCGAGGAATTTAGGATTGGATCCAAGTTGGCTGCAGA 1729
| |||| | |||| |||| | | |||||||| |||| |||||| ||| |||||||| |
Sbjct 1284 AAATTCAACT-GAAAGTGATCCGTGGAGGAATTCAGGACTGGATCAAAGCTGGCTGCAAA 1342
Query 1730 CATGGTCA-AGTCAGGGT-TCTGATGTCGCTGG-TCCTTCTACCA--CTTCCAGGA-CAG 1783
|||||||| | ||||||| | |||||| | ||| ||| ||||| | || |||| | | |
Sbjct 1343 CATGGTCAGA-TCAGGGTGT-TGATGTTG-TGGGTCCCTCTAC-AGGCT-CCAG-ATCCG 1396
Query 1784 TTGGACTTGGGCGGGTTCAGAT-GATGATGAGGCATCTTGCATCTGTTGGCGAAAGCT-A 1841
|||| || |||| |||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||| | | |
Sbjct 1397 TTGGGCTGGGGCAGGTTCA-ATTGATGATGAGGCATCTTACATCTGTTGGGGAA-GATTA 1454
Query 1842 TGCTCAAACTGCACTTGACGATGCTGCTTGGAGTCTATGGCCGATGAACCCTTCACAAGC 1901
| |||| |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||| ||| | |||||
Sbjct 1455 TACTCAGACTGCACTTGACGATGCTTCTTGGGGTCTCTGGCCAATGAATCCTGCGCAAGC 1514
Query 1902 ATCCACTTCTTCTACA-ACTGTACCTCCTGGTAATGGTGGAAGGACAGGTGGTCTGCATC 1960
||| ||||| |||||| | ||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1515 ATCGACTTCATCTACATA-TGTTCCTCCTGGTGCTGGGGGAAGAACAGGTGGTCTGCATC 1573
Query 1961 TGAGAACTGTATCAAA--CACGACAAATGAA-AGCTTAACAAATATACTAGCTATGGCCG 2017
|||||||||| || || | ||||| || | | | | ||||| |||||||||||
Sbjct 1574 TGAGAACTGTCTCCCGTGCA-G-CAAAT-AATA--TGG-CGAGTATACAAGCTATGGCCG 1627
Query 2018 AGACAGTGAGGGAAGTCATGCCACACGTGCCCGATGAAATTATTTTCCAGGACCTGCAGA 2077
||||||| ||||||||| | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1628 AGACAGTAAGGGAAGTCCTCCCACATGTGCCTGATGAAATAATTTTCCAGGACCTGCAAA 1687
Query 2078 GAACAAACTCTGTTGCTGTTACCGTGAACAATCTTCTCCAGATGTGA 2124
||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688 GAACAAATTCTGTTTCTGTTACAGTGAACAATCTTCTCCAGATGTGA 1734
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98387102835
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5