BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G26640.2
Length=2043
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg945405 jgi|Araly1|945405|scaffold_701634.1 2826 0.0
> Ahg945405 jgi|Araly1|945405|scaffold_701634.1
Length=1728
Score = 2826 bits (1530), Expect = 0.0
Identities = 1667/1731 (96%), Gaps = 18/1731 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 123 TACCCTTGCGAATCTCTGAAATGAACCCTCAAGCTAATGACCGGAAGGAGTTTCAGGGAG 182
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TACCCTTGCGATTCTCTGAAATGAACCCTCAAGCTAATGACCGGAAGGAGTTTCAGGGAG 60
Query 183 ATTGTTCGGCGACGGGAGATCTCACGGCAAAGCACGATTCAGCT------GGAGGAAACG 236
|||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 61 ATTGCTCGGCGACGGGAGATCTCACGGCAAGGCACGATTCAGCTGGAGGAGGAGGAAATG 120
Query 237 GAGGTGGAGGTGCTAGGTATAAGCTGATGTCACCGGCCAAGCTTCCGATCTCGAGGTCGA 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGGTGGAGGTGCTAGGTATAAGCTGATGTCACCGGCGAAGCTTCCGATCTCGAGGTCGA 180
Query 297 CTGATATCACGATTCCTCCTGGGTTGAGTCCGACTTCGTTTTTGGAATCTCCTGTTTTCA 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTGATATCACGATTCCTCCTGGGTTGAGTCCGACTTCGTTTTTGGAATCTCCTGTTTTCA 240
Query 357 TCTCCAACATCAAGCCAGAACCTTCCCCTACTACTGGTTCTTTGTTCAAGCCTCGACCAG 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTCCAACATCAAGCCAGAACCTTCCCCTACTACTGGTTCTTTGTTCAAGCCTCGACCAG 300
Query 417 TGCACATTTCTGCTAGCTCAAGTTCTTATACAGGCAGGGGGTTCCATCAGAACACCTTTA 476
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGCACATTTCTGCTAGCTCAAGTTCTTATACAGGTAGGGCGTTCCATCAGAACACCTTTA 360
Query 477 CTGAGCAGAAGTCCAGTGAATTTGAGTTCAGACCTCCTGCATCAAATATGGTATATGCAG 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 361 CTGAGCAGAAGTCCAGTGAATTTGAGTTCAGACCTCCTGCATCCAATATGGTTTATGCAG 420
Query 537 AGCTTGGCAAG-ATTAGAAGTGAGCCACCAGTACATTTTCAAGGCCAGGGCCATGGATCC 595
||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGCTTGGCAAGCAT-AGAAGTGAGCCACCGGTACAATTTCAAGGCCAGGGCCATGGATCC 479
Query 596 TCACACTCACCTTCTTCGA-TCAGTGATGCTGCAGGTTCCTCAAGTGAGCTAAGCCGGCC 654
|||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GCACACTCACCTTCTTC-ACTCAGTGATGCTGCAGGTTCCTCAAGTGAGCTAAGCCGGCC 538
Query 655 AACTCCTCCTTGTCAGATGACACCAACGAGCTCAGATATTCCGGCTGGATCTGATCAAGA 714
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 AACTCCTCCTCGTCAGATGACACCAACGAGCTCAGATATTCCGGCTGGATCTGATCAAGA 598
Query 715 GGAATCAATCCAGACTTCCCAAAATGACTCCAGAGGAAGCACTCCATCCATCTTGGCTGA 774
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 599 GGAATCAATCCAGACTTCCCAAAATGACCCCAGAGGAAGCACACCATCCATCTTGGCTGA 658
Query 775 TGATGGTTATAACTGGAGAAAATATGGTCAAAAGCATGTCAAAGGGAGTGAATTTCCCCG 834
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TGATGGTTATAACTGGAGAAAATATGGTCAAAAACATGTCAAAGGGAGTGAATTTCCCCG 718
Query 835 GAGCTATTATAAATGTACACATCCTAATTGTGAAGTGAAAAAGTTATTTGAAAGATCTCA 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GAGCTATTATAAATGTACACATCCTAATTGTGAAGTGAAAAAGTTATTTGAAAGATCTCA 778
Query 895 TGATGGGCAGATCACCGATATTATATACAAGGGTACACATGACCATCCTAAACCTCAACC 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGATGGGCAGATCACCGATATTATATACAAGGGTACACATGACCATCCTAAACCTCAACC 838
Query 955 TGGTCGCCGAAACTCTGGTGGT------ATGGCTGCACAAGAAGAAAGGCTAGACAAGTA 1008
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TGGTCGCCGAAACTCTGGTGGTCTTGGTATGGCTGCACAAGAAGAAAGGCTAGACAAGTA 898
Query 1009 TCCTTCTTCAACTGGCCGAGATGAGAAGGGATCTGGCGTCTACAACTTGTCTAACCCCAA 1068
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 899 TCCTTCTTCAACTGGCCGAGATGAGAAGGGATCTGGCGCCTACAACTTGTCTCACCCCAA 958
Query 1069 TGAACAAACTGGTAACCCTGAAGTACCTCCTATCTCAGCATCTGACGATGGTGGAGAAGC 1128
||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 959 TGAGCAAACTGGTAACCCTGAAATACCTCCTGTCTCAGCATCTGAGGATGGTGGAGAAGC 1018
Query 1129 GGCAGCGTCAAATAGGAATAAAGATGAGCCGGACGATGATGATCCATTCTCAAAACGGAG 1188
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TGCAGCGTCAAATAGGAATAAAGATGAGCCGGACGATGATGATCCATTCTCAAAACGGAG 1078
Query 1189 GAGGATGGAGGGTGCGATGGAAATAACTCCACTAGTGAAACCCATCCGGGAGCCTCGGGT 1248
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1079 GAGGATGGATGGTGCGATGGAAATAACTCCACTTGTGAAACCCATCCGAGAGCCTCGGGT 1138
Query 1249 TGTTGTTCAAACTCTGAGTGAGGTTGACATTCTGGATGATGGTTATAGATGGCGCAAATA 1308
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1139 TGTTGTTCAAACTCTGAGTGAGGTTGACATACTGGATGATGGTTATAGATGGCGTAAATA 1198
Query 1309 TGGGCAGAAAGTCGTAAGGGGGAACCCAAATCCCAGGAGCTACTACAAATGCACAGCTCA 1368
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1199 TGGGCAGAAAGTCGTAAGGGGGAACCCAAATCCCAGGAGCTATTACAAATGCACAGCTCC 1258
Query 1369 TGGAT-GCCCAGTGAGAAAACACGTGGAGAGAGCATCACATGATCCAAAAGCTGTAATAA 1427
| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1259 TA-ATTGCCAAGTGAGAAAACACGTGGAGAGGGCATCACATGACCCAAAAGCTGTAATAA 1317
Query 1428 CAACATACGAAGGCAAACACGATCATGATGTTCCCACTTCAAAGTCTAGCAGCAATCACG 1487
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CAACATACGAAGGCAAACACGATCACGATGTTCCCACTTCAAAGTCTAGCAGCAATCACG 1377
Query 1488 AAATCCAGCCTCGGTTCAGACCAGATGAAACAGACACCATCAGCCTCAATCTTGGTGTTG 1547
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 ACATCCAGCCTCGGTTCAGACCAGATGAAACAGACACCATCAGCCTCAATCTTGGTGTTG 1437
Query 1548 GAATCTCATCTGATGGACCTAACCACGCTTCCAACGAACATCAGCACCAGAATCAACAAC 1607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1438 GAATCTCATCTGATGGACCTAACCACGCTTCCAACGAGCATCAGCATCAGAATCAACAAC 1497
Query 1608 TTGTCAACCAAACTCACCCAAATGGAGTCAATTTCAGGTTTGTTCATGCTAGTCCCATGT 1667
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TCGTCAACCAAACTCACCCAAATGGAGTCAATTTCAGGTTTGTTCATGCTAGTCCCATGT 1557
Query 1668 CATCCTACTATGCTAGCTTAAATAGCGGTATGAATCAGTACGGCCAGAGAGAAACAAAGA 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CATCCTACTATGCTAGCTTAAATAGCGGTATGAATCAGTACGGCCAGAGAGAAACAAAGA 1617
Query 1728 ACGAGACTCAAAATGGTGACATCTCGTCCTTGAACAATTCATCTTACCCATATCCGCCCA 1787
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 ACGAGACTCAGAATGGCGACATCTCGTCCTTGAACAATTCATCTTACCCATATCCGCCCA 1677
Query 1788 ACATGGGGAGAGTACAATCGGGTCCGTAAAACAAAAAGTAAGCAACATTAT 1838
|||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 1678 ACATAGGGAGAATACAATCGGGTCCTTAAAAGAAAAAGTAAGCAACAGTAT 1728
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76828024165
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5