BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G27000.1
Length=1718
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg945361 jgi|Araly1|945361|scaffold_701590.1 2023 0.0
> Ahg945361 jgi|Araly1|945361|scaffold_701590.1
Length=1297
Score = 2023 bits (1095), Expect = 0.0
Identities = 1233/1298 (95%), Gaps = 15/1298 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 74 TGCTAGGTTATCGTCGTCATGATGCAGCAGCCACCTCCAGCTTCCAACGGTGCTGCAACA 133
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||
Sbjct 3 TGCTAGGTTATCGTCGTCATGATGCAGCAGCCACCTCCAGCTTCTAACGGTACTGCCGCA 62
Query 134 GGGCCAGGGCAGATTCCTTCCGACCAACAAGCTTACCTCCAGCAGCAGCAGTCGTGGATG 193
||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 GGGTCAGGGCAGATTCCTTCCGACCAGCAAGCTTATCACCAGCAGCAGCAGTCGTGGATG 122
Query 194 ATGCAGCACCAGCAGCAACAACAAGGTCAGCCGCCTGCAGGATGGAATCAGCAGTCTGCA 253
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 123 ATGCAGCACCAGCAGCAACAACAAGGTCAGCCGCCTGCAGGATGGAATCAGCAGTCTGTA 182
Query 254 CCGTCTTCTGGTCAACCACAGCAGCAGCAGTA---TGGTGGTGGTGGATCTCAGAATCCA 310
|||||| |||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 CCGTCTCCTGGCCAACCTCAGCAGCAGCAATATGGTGGTGGTGGTGGATCTCAGAATCCA 242
Query 311 GGATCAGCTGGTGAGATCCGGTCCCTGTGGATCGGTGACTTGCAGCCATGGATGGATGAG 370
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 243 GGATCAGCTGGTGAGATCCGGTCGCTGTGGATCGGTGACTTGCAGCCATGGATGGAGGAG 302
Query 371 AACTATCTCATGAACGTCTTTGGTCTTACTGGCGAGGCTACAGCAGCTAAAGTTATTCGC 430
||||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 303 AACTATCTCATGAGCATCTTTGCTCTTACTGGCGATGCTACATCAGCTAAAGTTATCCGC 362
Query 431 AATAAACAGAACGGATATTCAGAAGGTTATGGCTTTATTGAGTTTGTGAACCATGCTACA 490
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 AATAAACAGAGTGGATATTCAGAAGGTTATGGGTTTATTGAGTTTGTGAACCATGCTACA 422
Query 491 GCTGAGAGGAATTTACAGACTTACAATGGTGCTCCGATGCCGAGCAGTGAGCAGGCCTTC 550
|||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||| | |||||| |||||||||
Sbjct 423 GCTGAGAGGATTTTACAGGCTTACAATGGTGCTACAATGCCCAACAGTGACCAGGCCTTC 482
Query 551 AGGTTGAACTGGGCTCAGCTTGGAGCTGGAGAGAGACGCCAGGCTGAAGGGCCTGAGCAC 610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 AGGTTGAACTGGGCTCAGCTTGGAGCTGGAGAGAGACGCCAGGCTGAAGGGCCTGAGCAC 542
Query 611 ACAGTTTTTGTTGGAGACTTGGCACCTGATGTTACCGACCACATGCTTACTGAAACGTTT 670
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 ACGGTTTTTGTTGGAGACTTGGCGCCTGATGTTACGGACCACATGCTTACTGAAACGTTT 602
Query 671 AAAGCTGTGTATTCCTCTGTCAAGGGAGCTAAAGTTGTGAATGATAGGACTACTGGACGG 730
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 603 AAGGCTGTGTATTCCTCTGTCAAGGGAGCTAAAGTTGTGACTGATAGGACTACTGGACGG 662
Query 731 TCCAAGGGTTATGGATTTGTCAGGTTTGCGGATGAAAGTGAGCAGATTCGTGCCATGACT 790
|||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 663 TCCAAGGGATATGGATTTGTCAGGTTTGGGGATGAAAGCGAGCAGATTCGTGCCATGACT 722
Query 791 GAAATGAATGGTCAATACTGCTCATCAAGGCCTATGCGTACTGGTCCTGCTGCCAACAAG 850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 723 GAAATGAATGGTCAATACTGCTCATCAAGGCCTATGCGTACTGGTCCAGCTGCCAACAAG 782
Query 851 AAGCCTCTTACAATGCAACCAGCTTCATATCAGAACACTCAAGGAAATTC-AGGAGAAAG 909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 783 AAGCCTCTTACAATGCAACCAGCTTCATATCAGAACACTCAAGGAAA-CCAAGGAGAAAG 841
Query 910 TGATCCAACTAACACAACAATTTTTGTTGGAGCTGTGGATCAAAGTGTAACAGAAGATGA 969
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 TGATCCAACTAACACAACAATTTTTGTCGGAGCTTTGGATCAAAGTGTAACAGAAGATGA 901
Query 970 TTTGAAGTCAGTTTTTGGTCAATTTGGTGAACTAGTTCATGTGAAAATACCCGCAGGAAA 1029
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 902 TTTGAAGTCGGTTTTTGGTCAATTTGGTGAACTAGTTCATGTGAAAATACCAGCAGGAAA 961
Query 1030 ACGTTGCGGATTTGTTCAATACGCCAATAGGGCATGTGCTGAGCAAGCACT-TTCTGTGT 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | || |||
Sbjct 962 ACGTTGCGGATTTGTTCAATACGCCAATAGGGCATGTGCAGAGCAAGCCCTCTCCT-TGT 1020
Query 1089 TGAACGGAACACAACTTGGG-GGACAAAGCATTCGTCTTTCATGGGGTCGCAGTCCTTCC 1147
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TGAACGGAACACAAC-TGGGTGGACAAAGCATTCGTCTTTCATGGGGTCGCAGTCCTTCC 1079
Query 1148 AACAAACAGACTCAACCTGATCAAGCCCAGTATGGTGGTGGTGG------AGGATACTAT 1201
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1080 AACAAACAGACTCAACCTGATCAAGCCCAGTATGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGATACTAT 1139
Query 1202 GGGTATCCTCCTCAAGGATATGAAGCATACGGATATGCACCTCCTCCTCAGGACCCTAAC 1261
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GGGTATCCTCCTCAGGGATATGAAGCATACGGATATGCACCTCCTCCTCAGGACCCTAAC 1199
Query 1262 GCCTACTACGGTGGTTATGCTGGGGGCGGCTATGGAAACTACCAGCAGCCTGGTGGATAC 1321
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1200 GCCTACTACGGTGGTTATGCTGGGGGCGGCTATGGAAACTACCAGCAGCCTGGTGGCTAC 1259
Query 1322 CAGCAGCAACAGCAGTGAAGCATGATGTGTAAGTCGTG 1359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CAGCAGCAACAGCAGTGAAGCATGATGTGTAAGTCGTG 1297
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64448694540
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5