BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G27060.1
Length=2860
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg945352 jgi|Araly1|945352|scaffold_701581.1 4556 0.0
> Ahg945352 jgi|Araly1|945352|scaffold_701581.1
Length=2701
Score = 4556 bits (2467), Expect = 0.0
Identities = 2623/2701 (97%), Gaps = 0/2701 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TTTCGAGTGTCAGATCTCGTCTTTCTTCTCCAACTCGTCTATCTTCTTCTCCGATTAATC 61
||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTCGAGTGACAGATCTCGTCTATCTTCTCCAATTCGTCTATCTTCTTCTCCGATTAATC 60
Query 62 TAATCTCTCGTCGGAGATTTAGAAATGAGCACACCTACAACTTCCGGTTCGGCGGCGAAA 121
| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCATCTCTCGTCGGAGATTTCGGAATGAGCACACCTACAACTTCCGGTTCGGCGGCGAAA 120
Query 122 CCGACGAGACCAGCACGGTCGTCGAGTTTAGCAACTAGGTCATGTTCCAATTCCGGTTCC 181
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 CCGACGAGACCAGCAAGGTCGTCGAGTTTAGCAACTAGGTCATCTTCCAATTCCGGTTCC 180
Query 182 CTCACTTCGTTCCAAGCAATGGTGGAGCTGAAGCAAAAGATCCTTACCTCAATCTCTAAG 241
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTCACTTCATTCCAAGCAATGGTGGAGCTGAAGCAAAAGATCCTTACCTCAATCTCTAAG 240
Query 242 CTCGCCGATCGAGATACATACCAGATCGCCGTCGAGGATCTCGAGAAAACTATTCAATCT 301
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTCGCCGATCGAGATACATACCAGATCGCCGTCGAAGATCTTGAGAAAACTATTCAATCT 300
Query 302 CTCACTCCCGAAACCCTACCGATGTTTCTCAATTGTCTCTACGATTCGTGCTCCGATCCG 361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTCACTCCCGAAACCCTACCGATGTTTCTCAATTGTCTCTACGATTCGTGCTCCGATCCG 360
Query 362 AAACCTGCAGTGAAGAAGGAGTGTCTCCATCTTCTCTCCTACGTTTGTAGTCTCCATTGC 421
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAACCTGCAGTGAAGAAGGAGTGTCTCCATCTCCTCTCTTGCGTTTGTAGTCTCCATTGC 420
Query 422 GATTCGACGGCTGCGCATCTCACTAAAATCATCGCTCAGATAGTTAAACGGTTGAAGGAT 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GATTCGACGGCTGCGCATCTCACTAAAATCATCGCTCAGATAGTTAAACGGTTGAAGGAT 480
Query 482 TCTGATTCTGGAGTTAGGGATGCTTGTAGAGATACGATTGGTGCTTTGTCTGGGATTTAT 541
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 481 TCTGATTCTGGAGTTAGGGATGCTTGTAGAGATACGATTGGTGCTTTGTCAGGGATTTAT 540
Query 542 CTCAAGGGAAAAGAAGAGGGGACTAATACTGGTTCAGCGTCGTTAGCGGTGGGTTTGTTC 601
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTCAAGGGGAAAGAAGAGGGGACTAATACTGGTTCAGCCTCATTAGCGGTGGGTTTGTTC 600
Query 602 GTTAAGCCATTGTTTGAGGCAATGGGAGAGCAGAACAAAGTGGTACAATCTGGAGCTTCA 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 601 GTTAAGCCATTGTTTGAGGCAATGGGAGAGCAGAACAAAGTAGTACAATCTGGAGCTGCA 660
Query 662 ATGTGTATGGCTAGGATGGTTGAATCAGCTGCTAGTCCTCCAGTTACTTCTTTCCAAAAG 721
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 661 ATGTGTATGGCTAGGATGGTTGAATCAGCAGCTAGTCCTCCAATTACTTCTTTTCAAAAG 720
Query 722 CTTTGCCCTAGAATTTGCAAGCTATTGAGCAATTCCAGTTTCCTTGCTAAGGCTTCCCTT 781
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTTTGCCCTAAAATTTGCAAGCTATTGAGCAATTCTAGTTTCCTTGCTAAGGCTTCCCTT 780
Query 782 TTGCCAGTTGTTTCAAGTCTCTCTCAGGTGGGAGCCATTGCACCTCAGAGCTTGGAGTCA 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTGCCAGTTGTTTCAAGTCTCTCTCAGGTGGGAGCCATTGCACCTCAGAGCTTGGAGTCA 840
Query 842 TTGCTAGAAAGCATCCATGATTGCCTTGGAAGTACAGATTGGGTAACACGAAAAGCTGCG 901
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 841 TTGCTAGAAAGTATCCATGATTGCCTTGGAAGTACAGATTGGGTAACACGAAAGGCTGCG 900
Query 902 GCTGAGACCCTGACTGCATTGGCATCACATTCAAGCGGTTTAATTAAGGAAAAAACCGAT 961
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GCTGAGACCCTGACTGCATTGGCATCACATTCAAGCAGTTTAATTAAGGAAAAAACCGAT 960
Query 962 TCCACCATTACCGTGCTTGAGACCTGCCGGTTTGACAAGATCAAACCTGTTAGGGAAAGT 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 961 TCCACCATTACCGTGCTTGAGACCTGCCGGTTTGACAAGATTAAACCTGTCAGGGAAAGT 1020
Query 1022 GTGACAGAGGCGCTGCAGTTATGGAAGAAGATTTCTGGAAAATATGTCGATGGTGCTTCA 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GTGACAGAGGCGCTGCAGTTATGGAAGAAGATTTCTGGAAAATATGTCGATGGTGCTTCA 1080
Query 1082 GATGATTCAAAGCTTTCAGCTAGTGAGCAGCTTGGATCAGAGAAGAACGGGGAGAAAAGG 1141
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GATGAGTCAAAGCTTTCAGCTAGTGAGCAGCTTGGATCAGAGAAGAACGGGGAGAAAAGG 1140
Query 1142 TCTAATCTAGCTGATCTAATGAAAAAGGAGGCATCCGATGGTTCCACTCTCTCACCAGAC 1201
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1141 TCTAATCTAGCTGATCTAATGAAAAAGGAGACACCCGATGGTTCCACACTTTCACCAGAC 1200
Query 1202 TCTGCTTCTAAAGGAAAAGGATGTTTTCCTGAAAAAGCAGTAGGACTGTTGAAGAAGAAA 1261
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TCTGCTTTTAAAGGAAAAGGATGTCTTCCTGAAAAAGCAGTAGGACTGTTGAAGAAGAAA 1260
Query 1262 GCACCTGTCTTAAGTGATAAAGATTTTAATCCTGAGTTTTTCCAAAGACTAGAAAGAAGG 1321
||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1261 GCACCTGTCCTAAGTGACAAAGATTTTAATCCTGAATTTTTCCAGAGACTAGAAAGAAGG 1320
Query 1322 CAATCCGTGGAAGTAGTAGTTCCTCGTAGATGTAAAAACAATGATGAGGAAGAATCAGGA 1381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CAATCCGTGGAAGTAGTAGTTCCTCGTAGATGTAAAAACAATGATGAGGAAGAATCAGGA 1380
Query 1382 CTCGATGATCTCAATGCCATGGGATCTTCAAATCGCCTCAAGAACACCCAAGCAGATGAT 1441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CTCGATGATCTCAATGCCATGGGATCTTCAAATCGCCTCAAGAACACCCAAGCAGATGAT 1440
Query 1442 AAACAGGTAAAAGGTAGGTTTGATGGGAACGGATCACAAGCAAGGACATCTGGTGATGAT 1501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1441 AAACAGGTAAAAGGTAGGTTTGATGGGAACGGATCACAAGCAGGGACATCTGGTGATGAT 1500
Query 1502 AAGGCTGGTGTTGTAAACGGAAAAGAGACACCTGGACATCACGCTCCTGTCTCCAATACT 1561
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 AAAGCTGGTGTTGTAAACGGAAAAGAGACACCTGGAAATCACGCTCCTGTCTCCAATACT 1560
Query 1562 GATAACCAATCTGAAGGATCCTTCACAAGTAATAGAGGAAATTGGTCAGCCATCCAGAGG 1621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GATAACCAATCTGAAGGATCCTTCACAAGTAATAGAGGAAATTGGTCAGCCATCCAGAGG 1620
Query 1622 CAGTTGTTGCAGCTAGAGAGACAACAAACAAATCTTATGAACATGCTCCAAGAGTTTATT 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 CAGTTGTTGCAGCTAGAGAGACAACAAACAAATCTTATGAACATGCTCCAAGAGTTTATT 1680
Query 1682 GGTGGCTCACATGACAGTATGGTGACCTTGGAGGGCAGAGTAAGGGGTTTAGAAAGGATT 1741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1681 GGTGGCTCACATGACAGTATGGTGACCTTGGAGGGCAGGGTAAGAGGTTTAGAGAGGATT 1740
Query 1742 GTTGAAGACATGGCAAGAGATCTTTCGATATCATCAGGTCGTAGGGCTAATCTCACAGCT 1801
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GTTGGAGACATGGCAAGAGATCTTTCGATATCATCAGGTCGTAGGGCTAATCTCACAGCT 1800
Query 1802 GGGTTTGGCAAATATAATAGTTTTGCTAACTATCCAACTGGAAAGTATAATGGTCGAGCT 1861
|| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GGATTTGGCAAAAATAATAGCTCTGCTAACTATCCAACTGGAAAGTATAATGGTCGAGCT 1860
Query 1862 CCAGGGGAAAGAGGCTCACAAACAGATGGAGCTATGAGGGGGAGAATGTGGAATTCTGAC 1921
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 CCAGGGGAAAGAGGCTCACAACCAGATGGAGCTATGAGGGGGAGAATGTGGAATTCTGAC 1920
Query 1922 ATGGCAGATGACTGGTTCATACCTCCACATGCTGCTTCCAGAAACGGACAAGCCGGGCCA 1981
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 ATGGCGGATGACTGGTTCATACCTCCACATGCTGCTTCCAGAAACGGACAAGCCGGGCCA 1980
Query 1982 AGAAGATCACCTCGGTCAGAACAATATGAGAATGAGCACATGGGTAATGGCAGGAGAGGG 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1981 AGAAGATCACCTCGGTCAGAACAATATGAGAATGAGCACATGGGTAATGACAGGAGAGGG 2040
Query 2042 TGGGATAATAAAGCATCTGGAACTATTAGATTTGGTGAAGGCCCTTCAGCAAGAAGTGTG 2101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 TGGGATAATAAAGCATCTGGAACTATTAGATTTGGTGAAGGCCCTTCAGCAAGAAGTGTG 2100
Query 2102 TGGCAAGCATCAAAGGATGAAGCTACACTTGAAGCTATTAGAGTAGCCGGCGAGGATGGT 2161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 TGGCAAGCATCAAAGGATGAAGCTACACTTGAAGCTATTAGAGTAGCCGGCGAGGATGGT 2160
Query 2162 GCAGTCCCTCGTCCAACCCGAGTGGCTGTTGCCCCTGAAGCTGAAGCCATGGGAGATGAT 2221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 GCAGTCCCTCGTCCAACCCGAGTGGCTGTTGCCCCTGAAGCTGAAGCCATGGGAGATGAT 2220
Query 2222 GATAACGAAGGGCAGGAACGTGACCCGATATGGGTTTCATGGAGTAATGCAATGCACTCA 2281
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GAAAACGAAGGGCAGGAACGCGACCCGATATGGGCTTCATGGAGTAATGCAATGCACTCA 2280
Query 2282 CTCCGTGTTGGTGACATTGATGCTGCTTACGCAGAAGTCCTCTGTGCTGGTGACCAGCAC 2341
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2281 CTCCGGGTTGGTGACCTTGATGCTGCTTACGCAGAAGTCCTCTGTGCCGGTGACCAGCAC 2340
Query 2342 TTGGTCATCAAGCTGATGGACAAGACGGGACCTTCTCTTGACCAGATGTCGAATGAGATT 2401
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2341 TTGATCATCAAGCTGATGGACAGGACGGGACCTTCTCTTGACCAGATGTCAAATGAGATT 2400
Query 2402 GCCAATGAAGCTCTAAACTTCATCTCTCAGTTTCTGCTGGATCATAGTCTCTACGACATT 2461
|| ||||||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 2401 GCAAATGAAGCTTTTAACTTCATCTCTCAGTTTTTACTGGATCATAATCTCTATGACATT 2460
Query 2462 TGCTTATCTTGGAGTCAACAGCTGTTGGAATTGGTTTTACAAGACGGTGCAGACACGTTT 2521
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 TGCTTATCTTGGAGTCAACAGCTGTTGGAACTGGTTTTACAAGACGGTGCAGACACGTTT 2520
Query 2522 GGAGTTCCAATGGAACTGAAGACAGAGATCTTGTACAACTTACAAGACGCATGTTCGACT 2581
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2521 GGAGTTCCAGTGGAACTGAAGACAGAGATCTTGTACAACTTACAAGACGCGTGTTCGACA 2580
Query 2582 ATGGATCCACCTGAAGACTGGGAAGGTCCTGCGCCGGAACAGCTCGTGGTGCAGTTGGCA 2641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 ATGGATCCACCTGAAGACTGGGAAGGTCCTGCGCCGGAACAGCTCGTGGTGCAGTTGGCA 2640
Query 2642 TCAGTTTGGGAAATCGATCTCCAACAGTTCGACAAGTAAACATGAGCTTGTGAACGGAGC 2701
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 2641 TCAGTTTGGGAAATCGATCTCCAACAGTTTGACAAGTAAACATGAGCTTGTGATCAGAGC 2700
Query 2702 T 2702
|
Sbjct 2701 T 2701
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107947754330
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5