BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G27300.1
Length=2448
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492068 jgi|Araly1|492068|fgenesh2_kg.7__1501__AT4G27300.1 3947 0.0
> Ahg492068 jgi|Araly1|492068|fgenesh2_kg.7__1501__AT4G27300.1
Length=2445
Score = 3947 bits (2137), Expect = 0.0
Identities = 2346/2448 (96%), Gaps = 9/2448 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 GAGAAAT--TCATTCTCTGTTTTCGTTATCTCTGTTCTTAATTTCATCTTCTCTCTCTGT 62
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 3 GAGAAATACTCATTCTCTGTTTTCGTTATCTCTGTTCTTAATTTCATCATCTTTCTCTGT 62
Query 63 TGCTTTGGATTATAATGTCATCACTCCAAAAGAATTCCTTAAGGATGGAGATACCCTTAG 122
|||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 63 TGCTATGGATTATAGTGTCATTACTCCAAGAGAATTCCTTAAGGATGGAGATACTCTTAG 122
Query 123 TTCTCCAGACCAGGTTTTCCAACTTGGGTTCTTTAGTCTTGACCAAGAAGAGCAACCTCA 182
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 123 TTCTCCAGACCAGGTTTTCCAACTTGGGTTCTTTAGTCTTGACCAAGATGAGCAGCCTCA 182
Query 183 ACATCGGTTTCTTGGCTTGTGGTACATGGAACCATTTGCAGTCGTTTGGGTGGCCAACCG 242
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 183 ACATCGGTTTCTTGGCTTGTGGTACAAGGAACCATTTGCAGTCGTTTGGGTGGCTAACCG 242
Query 243 AAACAACCCTCTCTACGGCACATCTGGATTCTTAAACTTGAGTTCCCTTGGCGATCTTCA 302
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 243 AAACAATCCTCTCTACGGCACATCTGGATTCTTAAACTTAAGTTCTCTTGGCGACCTTCA 302
Query 303 GCTATTCGACGGTGAACACAAAGCCTTGTGGtcatcatcatcatcatcaACAAAAGCTTC 362
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 GCTATTCGACGGTGAACACAAAGCCTTGTGG---TCATCATCATCATCAACAAAAGCTTC 359
Query 363 TAAAACAGCAAATAATCCTCTCTTGAAGATATCATGTTCAGGGAATCTCATATCTAGTGA 422
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TAAAACAGCAAATAATCCCCTCTTGAAGATATCATGTTCAGGGAATCTCATATCTAGTGA 419
Query 423 CGGAGAAGAAGCTGTGTTGTGGCAGAGTTTTGATTATCCCATGAATACAATACTCGCGGG 482
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CGGAGAAGAAGCTGTATTGTGGCAGAGTTTTGATTATCCCATGAATACAATACTCGCGGG 479
Query 483 TATGAAGCTTGGGAAA-AACTTCAAGACACAAATGGAATGGTCTCTATCATCTTGGAAAA 541
|||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 480 TATGAAGCTT-GGAAAGAATTTCAAGACACAAAAGGAATGGTCTCTATCGTCTTGGAAAA 538
Query 542 CCCTAAAAGATCCATCACCAGGTGATTTCACGTTGTCTCTAGACACTCGAGGTTTACCAC 601
|||||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 539 CCCTAAAAGATCCATCCCCGGGTGACTTCACGATGTCTCTAGATACTCGAGGTTTACCAC 598
Query 602 AATTGATCTTAAGGAAGAATGGAGATTCGAGTTATTCCTATCGCTTAGGATCTTGGAACG 661
| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AGTTGATCTTGAGGAAGAATGGAGATTCTAGTTATTCCTATCGCTTAGGATCTTGGAACG 658
Query 662 GCTTATCCTTCACCGGCGCTCCAGCTATGGGACGTGAGAATAGCTTATTCGACTACAAAT 721
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GCTTATCCTTCACCGGAGCTCCAGCTATGGGACGAGAGAATAGCTTATTCGACTACAAAT 718
Query 722 TCACGTCGAGTGCGCAAGAAGTAAACTACTCGTGGACTCCACGGCACAGAATTGTCTCAA 781
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||
Sbjct 719 TCACGTCGAGTGAGCAAGAAGTAAACTACTCGTGGACTCCTCGACGCAGAATTGTCTCAA 778
Query 782 GATTGGTATTAAACAACACAGGGAAACTCCATAGGTTTATCCAGTCGAAGCAAAACCAGT 841
||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |||| |
Sbjct 779 GATTGGTCTTAAACAACACAGGGAAACTTCACAGGTTTATCCAGTCTAATCAACACCAAT 838
Query 842 GGATCTTAGCAAACACTGCACCAGAAGATGAGTGTGACTACTACTCTATATGTGGAGCTT 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GGATCTTAGCAAACACTGCACCAGAAGATGAGTGTGACTACTACTCTATATGTGGAGCTT 898
Query 902 ACGCAGTTTGTGGGATTAATAGCAAAAACACACCTTCTTGTTCATGTTTACAAGGGTTCA 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 899 ACGCAGTTTGTGGGATTAATAGCAAAAACACACCTTCTTGTTCATGTTTACAAGGATTCA 958
Query 962 AGCCTAAATCAGGTCGAAAGTGGAATATTTCAAGAGGAGCATACGGGTGTGTCCATGAGA 1021
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AGCCAAAATCAGGTCGAAAGTGGAATATTTCAAGAGGAGCATACGGGTGTGTCCATGAGA 1018
Query 1022 TTCCAACCAACTGTGAAAAGAAAGATGCATTTGTGAAGTTTCCAGGTCTGAAATTACCAG 1081
|||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||
Sbjct 1019 TTCCAACCAATTGCGGAAAGAAAGATGCATTTGTGAAGTTCCCAGGTATGAAACTACCAG 1078
Query 1082 ATACTTCATGGTCTTGGTATGATGCAAAAAATGAAATGACACTTGAGGATTGTAAGATCA 1141
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATACTTCATGGTCTTGGTATGATGCCAAAAATGAAATGACACTTGAGGATTGTAAGATCA 1138
Query 1142 AGTGTTCAAGTAACTGCTCTTGCACGGCTTATGCGAATACCGATATTCGCGAGGGAGGAA 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 AGTGTTCAAGTAACTGCTCTTGCACGGCTTATGCGAATACCGATATTCGCGAGGGAGGAA 1198
Query 1202 AAGGTTGTTTGCTTTGGTTTGGTGACTTGGTTGATATGAGAGAGTATTCTAGCTTTGGAC 1261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1199 AAGGTTGTTTGCTTTGGTTTGGTGACTTGGTTGATATGAGAGAGTATTCTACCTTTGGAC 1258
Query 1262 AAGATGTTTACATAAGAATGGGTTTTGCTAAAATAGAGTTTAAAGGAAGAGAAGTGGTGG 1321
||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AAGATGTTTACATAAGAATGGGTATTGCAAAAATAGAGTTTAAAGGAAGAGAAGTGGTGG 1318
Query 1322 GAATGGTCGTTGGATCGGTGGTGG-CAATTGCAGTTGTTTTGGTTGTAGTGTTTGCATGT 1380
|||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GAATGGTCGTTGGATCAGTGGTGGTCA-TTGCAGTTGTTTTGGTTGTAGTGTTTGCATGT 1377
Query 1381 TTCAGAAAGAAGATAATGAAGAGATATCGAGGTGAAAATTTCAGAAAAGGGATTGAGGAA 1440
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1378 TGCAGAAAGAAGATAATGAAGAGATATCGCGGTGAAAATTTTAGAAAAGGGATTGGGGAA 1437
Query 1441 GAGGACTTGGACTTGCCTATTTTTGACAGAAAAACGATTTCTATAGCCACTGATGATTTT 1500
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GAGGACCTGGACTTGCCTATTCTTGACAGAAAAACGATTTCCATAGCCACTGATGATTTT 1497
Query 1501 TCATACGTGAACTTCCTAGGAAGAGGAGGTTTTGGACCAGTTTATAAGGGTAAGTTAGAA 1560
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TCATACGTGAACTTCCTAGGAAGAGGAGGGTTTGGACCAGTTTATAAGGGTAAGTTAGAA 1557
Query 1561 GATGGACAAGAGATTGCGGTGAAGAGGTTATCCGCGAACTCAGGACAAGGAGTGGAAGAA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GATGGACAAGAGATTGCGGTGAAGAGGTTATGCGCGAACTCAGGACAAGGAGTGGAAGAA 1617
Query 1621 TTCAAGAACGAAGTAAAACTAATCGCAAAACTTCAACATCGTAACCTCGTGAGGCTTTTA 1680
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TTCAAGAACGAGGTAAAACTAATCGCAAAACTTCAACATCGTAACCTCGTGAGGCTTTTA 1677
Query 1681 GGTTGTTGTATTCAAGGTGAAGAATGTATGTTGATCTATGAGTATATGCCTAACAAAAGT 1740
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 GGATGTTGTATTCAAGGTGAAGAATGTATGTTGATCTATGAGTATATGCCTAACAAAAGT 1737
Query 1741 TTAGACTTCTTTATATTTGATGAAAGGAGAAGTACAGAATTGGATTGGAAGAAGAGAATG 1800
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 TTAGACTTCTTTATCTTTGATGAAAGGAGAAGTAAAGAATTGGATTGGAAGAAGAGAATG 1797
Query 1801 AACATTATCAATGGAGTAGCTCGTGGGATTCTCTATCTTCATCAAGATTCAAGATTGAGA 1860
|||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GACATTATCAATGGAATTGCTCGTGGGCTTCTCTATCTTCATCAAGATTCAAGATTGAGG 1857
Query 1861 ATCATACATAGAGATTTAAAAGCTGGAAATGTTTTACTAGATAATGATATGAACCCTAAG 1920
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 1858 ATCATACATAGAGATCTAAAAGCTGGAAATGTTTTACTAGATAATGGTATGAATCCTAAG 1917
Query 1921 ATCTCAGATTTTGGATTGGCTAAATCTTTTGGGGGAGATCAGAGTGAATCAAGCACAAAC 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 ATCTCAGATTTTGGATTGGCTAAATCTTTTGGGGGAGATCAGAGTGAATCAAGCACAAAC 1977
Query 1981 AGAGTCGTGGGTACTTATGGTTACATGCCTCCGGAGTATGCAATTGATGGACATTTCTCT 2040
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 AGAGTCGTGGGTACTTATGGTTATATGCCTCCGGAGTATGCAATTGATGGACATTTCTCT 2037
Query 2041 GTGAAATCTGATGTGTTCAGTTTCGGTGTATTAGTACTTGAGATCATAACTGGCAAGACG 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 GTGAAATCTGATGTGTTCAGTTTCGGTGTATTAGTACTTGAGATCATAACTGGCAAGACG 2097
Query 2101 AATCGAGGGTTTCGTCATGCAGATCATGATCTTAATCTTCTTGGACACGTGTGGAAAATG 2160
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2098 AATCGCGGGTTTCGTCATGCAGATCATGATCTTAATCTCCTTGGACACGTGTGGACAATG 2157
Query 2161 TGGGTTGAAGACAGAGAAATAGAAGTACCAGAGGAAGAGTGGTTGGAAGAGACAAGTGTT 2220
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2158 TGGGTTGAAAACAGAGAAATAGAAGTACCAGAGGAAGAGTTGTTGGAAGAGACATGTGTT 2217
Query 2221 ATCCCAGAGGTACTAAGATGTATTCATGTTGCTTTGCTTTGTGTTCAACAAAAACCAGAA 2280
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2218 GTCCCAGAGGTACTAAGATGTATTCATGTGGCTTTACTTTGTGTTCAACAGAAACCAGAA 2277
Query 2281 GACAGACCAACCATGGCTTCTGTTGTCTTGATGTTTGGGAGTGATAGTTCTCTTCCTCAC 2340
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2278 GACAGACCAACCATGGCTTCTGTTGTCTTGATGTTTGGGAGTGACAGTTCTCTTCCTCAC 2337
Query 2341 CCTACACAGCCCGGTTTTTTCACCAACCGGAACGTTCCTGATATCTCTTCATCTTTAAGC 2400
|||| | |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 CCTAAAAAGCCTGGATTTTTCACCAACCGGAACGTTCCAGATATCTCTTCATCTTTAAGC 2397
Query 2401 TTACGTTCACAAAACGAAGTTTCCATCACAATGTTGCAGGGACGGTAG 2448
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2398 TTACGTTCACAAAACGAAGTTTCCATCACAATGTTGCAGGGAAGGTAG 2445
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92254573390
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5