BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G27640.1
Length=3589
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg945283 jgi|Araly1|945283|scaffold_701512.1 5326 0.0
> Ahg945283 jgi|Araly1|945283|scaffold_701512.1
Length=3187
Score = 5326 bits (2884), Expect = 0.0
Identities = 3088/3189 (97%), Gaps = 4/3189 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 68 GATCAATCAACAAACAAACTATGGCGCAATCTCTCGAACTTCTGTTGATCCAATTCCTCA 127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 GATCAATCAACAAACAAACTATGGCGCAATCTCTCGAACTTCTCTTGATCCAATTCCTCA 60
Query 128 TGCCAGACAACGATGCTCGGCGTCAAGCAGAGGATCAGATCAAACGTCTTGCCAAAGATC 187
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGCCTGACAACGATGCTCGGCGTCAAGCAGAGGATCAGATCAAACGTCTTGCCAAAGATC 120
Query 188 CTCAAGTTGTTCCCGCTCTCGTTCAGCATCTCCGCACCGCTAAAACCCCCAACGTCCGCC 247
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCAAGTTGTTCCCGCTCTTGTTCAGCATCTCCGCACCGCTAAAACCCCCAACGTCCGCC 180
Query 248 AGCTCGCCGCCGTTCTCCTCCGCAAAAGGATTACCGGACATTGGGCTAAGCTTTCTCCTC 307
||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGCTCGCTGCCGTCCTCCTCCGCAAAAGAATCACCGGACATTGGGCTAAGCTTTCTCCTC 240
Query 308 AGCTTAAACAGCATGTTAAGCAATCCTTAATCGAGAGCATCACTGTGGAGAATAGTCCAC 367
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 241 AGCTTAAGCAGCATGTTAAGCAATCCTTAATCGAGAGTATCACTGTTGAGAATAGTCCAC 300
Query 368 CGGTGAGACGTGCGAGTGCTAATGTTGTGAGTGTAGTAGCCAAGTACGCTGTTCCAGCTG 427
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CGGTGAGGCGTGCGAGTGCTAATGTTGTGAGTGTAGTAGCCAAGTACGCTGTTCCAGCTG 360
Query 428 GAGAGTGGCCTGATTTATTAACCTTTCTCTTCCAGTGTAGTCAGAGTGCTCAAGAAGATC 487
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGAGTGGCCTGATTTATTAACCTTTCTCTTTCAGTGTAGTCAGAGTGCTCAAGAAGATC 420
Query 488 ATCGTGAAGTAGCATTGATCCTTTTCAGCTCTTTGACAGAAACGATTGGGAACACATTTA 547
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATCGTGAAGTAGCATTGATTCTTTTCAGCTCTTTGACTGAAACGATTGGGAACACATTTA 480
Query 548 GGCCATACTTTGCAGACTTGCAGGCTCTTCTTCTCAAGTGTATGCAGGATGAAAGCAGTA 607
||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GGCCATACTTTGCCGAGTTGCAGGCTCTTCTTCTTAAGTGTATGCAGGATGAAAGCAGTA 540
Query 608 GTCGTGTCAGAGTTGCTGCTCTCAAGGCGGTTGGTTCTTTTCTGGAATTCACCAACGACG 667
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 541 GTCGAGTCAGAGTTGCTGCTCTCAAGGCGGTTGGTTCTTTTCTTGAATTCACAAACGACG 600
Query 668 GAGATGAAGTGGTGAAGTTCCGAGATTTCATTCCCAGTATATTGGATGTATCAAGGAAAT 727
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGGATGAAGTGGTCAAGTTCCGAGATTTCATTCCCAGTATATTGGATGTATCAAGGAAAT 660
Query 728 GTATTGCATCTGGAGAGGAGGATGTTGCTATACTTGCTTTTGAAATTTTTGATGAGCTGA 787
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTATTGCATCTGGCGAGGAGGATGTTGCTATACTTGCTTTTGAAATTTTTGATGAGCTGA 720
Query 788 TTGAATCTCCTGCTCCCCTTCTTGGAGATTCTGTCAAAGCAATTGTGCAGTTCTCTCTTG 847
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTGAATCTCCTGCTCCCCTTCTTGGAGATTCTGTCAAATCAATTGTGCAGTTCTCTCTTG 780
Query 848 AAGTTTCCTGTAACCAAAATCTGGAAAGTAGCACCCGTCACCAGGCAATCCAAATAGTTT 907
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAGTTTCCTGTAATCAAAATCTGGAAAGTAGCACCCGTCACCAGGCAATCCAAATAGTTT 840
Query 908 CATGGTTGGCAAAGTATAAATACAATTCCCTTAAAAAACATAAGCTTGTCATACCAATCT 967
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |
Sbjct 841 CATGGTTGGCAAAGTACAAATACAATTCCCTTAAAAAATATAAGCTAGTCATACCAGTTT 900
Query 968 TGCAAGTTATGTGCCCTTTACTCGCTGAGTCATCTGATCAAGAGGACGATGATGATCTTG 1027
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 901 TGCAAGTTATGTGCCCTTTACTTGCTGAGTCATCTGATCAAGACGACGATGATGATCTTG 960
Query 1028 CTCCTGATCGTGCATCTGCTGAAGTTATTGACACTCTAGCTATGAACCTGCCAAAGCATG 1087
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 961 CTCCTGATCGTGCAGCTGCTGAAGTTATTGACACTCTAGCTATGAATCTGCCAAAGCATG 1020
Query 1088 TATTCCTCCCTGTTCTTGAATTTGCTTCCGTGCATTGTCAAAGTACAAACCTCAAGTTTC 1147
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1021 TATTCCTCCCTGTTATTGAATTTGCTTCCATGCATAGTCAAAGTACAAACCTGAAGTTTC 1080
Query 1148 GGGAAGCTTCTGTAACAGCTCTTGGTGTTATATCAGAGGGTTGCTTTGATCTGATGAAAG 1207
||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGGAAGCATCTGTAACAGCTCTAGGTGTTATATCGGAGGGTTGCTTTGATCTGATGAAAG 1140
Query 1208 AGAAGCTGGATAC-TGTTCTTAATATAGTCTTAGGAGCTTTAAGAGACCCTGAGCTAGTG 1266
|||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1141 AGAAGCTGGA-CCTTGTTCTTAACATAGTCTTAGGAGCTTTAAGAGACCCTGAGCTAATG 1199
Query 1267 GTTCGAGGGGCTGCATCATTTGCAATTGGCCAATTCGCTGAGCATCTTCAGCCCGAGATC 1326
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1200 GTTCGAGGGGCTGCATCATTTGCAATTGGCCAATTCGCCGAGCATCTTCAGCCCGAAATC 1259
Query 1327 CTATCACACTATCAGAGTGTCCTTCCATGCCTATTGATTGCAATTGAAGATACATCTGAG 1386
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CTCTCGCACTATCAGAGTGTCCTTCCATGCCTATTGAATGCGATTGAAGATACATCTGAG 1319
Query 1387 GAAGTGAAGGAAAAGTCACACTATGCTTTAGCAGCATTCTGTGAGAACATGGGAGAGGAA 1446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GAAGTGAAGGAAAAGTCACACTATGCTTTAGCAGCATTCTGTGAGAACATGGGAGAGGAA 1379
Query 1447 ATTGTTCCGCTGCTTGATCATTTAATGGGGAAGCTTATGGCAGCCCTAGAAAATAGTCCG 1506
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1380 ATTGTTCCGTTGCTTGATCATTTAATGGGGAAGCTTATGGCAGCCCTTGAAAATAGTCCG 1439
Query 1507 CGTAATCTACAAGAGACATGCATGTCTGCAATTGGGTCGGTTGCTGCTGCTGCAGAGCAA 1566
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CGTAATCTACAGGAGACATGCATGTCTGCAATTGGGTCGGTTGCTGCTGCTGCAGAGCAA 1499
Query 1567 GCATTCAATCCATACGCTGAGAGGGTTCTAGAGTTGATGAAGTTTTTCATGGTGCTCACC 1626
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GCCTTCAATCCATATGCTGAGAGGGTTCTAGAGTTAATGAAGTTTTTCATGGTGCTCACC 1559
Query 1627 AAAGACGAGGATCTTCGTGCCCGTGCCAGGTCTACTGAGCTTGTAGGGATTGTTGCAATG 1686
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AAAGACGAGGATCTCCGTGCCCGTGCCAGGTCTACTGAGCTTGTAGGGATTGTTGCAATG 1619
Query 1687 TCTGTTGGGAGAAAAGGGATGGAGGCCATTTTGCCACCTTTCATTGATGCTGCAATATCA 1746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCTGTTGGGAGAAAAGGGATGGAGGCCATTTTGCCACCTTTCATTGATGCTGCAATATCA 1679
Query 1747 GGATTTGAATTGGAGTTCAGTGAGTTGCGAGAATATACTCATGGATTCTTCAGCAACGTA 1806
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GGATTTGAATTGGACTTCAGTGAGTTGCGAGAATATACTCATGGATTCTTCAGCAACGTA 1739
Query 1807 GCAGAAATATTGGATGACACTTTTGCCCAGTATTTGCCTCGTGTTATGCCATTAGTATTT 1866
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GCTGAAATATTGGATGACACTTTTGCCCAGTATTTGCCTCGCGTTATGCCATTAGTATTT 1799
Query 1867 GCTTCGTGCAATCTTGATGATGGATCTGCAGTGGACATTGATGAGTCAGATGATGAAAAT 1926
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1800 GCTTCGTGCAATCTTGATGATGGATCTGCAGTGGACATTGATGAGTCAGACGATGAAAAT 1859
Query 1927 GTCAATGATTTTGGTGGGGTATCCTCTGATGATGATGCTGATGATGAGCCCAGAGTTAGG 1986
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||
Sbjct 1860 GTCAATGATTTTGGCGGGGTATCCTCTGATGATGATGCTCACGATGAGCCCAGAGTTCGG 1919
Query 1987 AACATTAGCGTTAGAACAGGAGTTTTAGATGAAAAGGCAGCTGCAACTCAAGCTCTTGGC 2046
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 AACATTAGCGTTAGAACAGGAGTTTTGGATGAAAAGGCAGCTGCAACTCAAGCTCTTGGC 1979
Query 2047 CTGTTTGCACTCCACACTAAATCTGCTTTTGCACCCTACCTCGAGGAATCATTGAAGATT 2106
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 CTGTTTGCACTCCACACTAAATCTTCTTTTGCACCCTATCTCGAGGAATCATTGAAGATT 2039
Query 2107 ATGGACAAACATTCTGCATATTTTCATGAAGATGTTCGGCTTCAAGCAGTTACTGGTTTG 2166
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 ATGGACAAACATTCTGCATATTTTCATGAAGATGTTCGGCTTCAAGCAGTTACTGGTTTG 2099
Query 2167 AAACATATATTGGCTGCAGCTCATGCTATCTTCCAGACTCATAATGATGGAACTGGAAAG 2226
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2100 AAACATATATTGGCTGCAGCGCATGCTATTTTCCAGACTCATAATGATGGAACTGGGAAG 2159
Query 2227 GCAAATGAAATTCTTGATACAGTTATGAATAATTATATCAAAACTATGACTGATGATGAC 2286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2160 GCAAATGAAATTCTTGATACAGTTATGAATAATTATATCAAAACTATGACTGAAGATGAC 2219
Query 2287 GACAAGGAGGTTGTTGCTCAGGCTTGCATCAGTGTTGCCGATATCATGAAGGATTATGGT 2346
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2220 GACAAGGAGGTTGTTGCTCAGGCTTGCATGAGTGTAGCCGATATAATGAAGGATTATGGT 2279
Query 2347 TACCCAGCCATTCAAAAGTATTTATCACCCCTTGTTGATGCGACATTGCTACTGCTGACG 2406
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 TACGTAGCCATTCAAAAGTATTTATCACCCCTTGTTGACGCGACATTGCTACTGCTGACG 2339
Query 2407 GAAAAAGCAGCTTGCCAGCAGTTAGAAGATGAGAGTGATATTGATGATGATGATACTGGA 2466
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 GAGAAAGCAGCTTGCCAGCAGTTAGAAGATGAGAGTGATATTGATGATGATGATACTGGA 2399
Query 2467 CATGATGAGGTCCTCATGGATGCAGTTTCTGACCTCCTTCCCGCCTTTGCAAAGTGTATG 2526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 CATGATGAGGTCCTCATGGATGCAGTTTCTGACCTCCTTCCCGCCTTTGCAAAGTGTATG 2459
Query 2527 GGTTCTCAATTTGAACCTGTCTTTGCCCAATTCTTTGAGCCGTTGATGAAATTTGCGAAA 2586
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 GGTTCTCAATTTGAACCTGTCTTTGCCAAATTCTTTGAGCCGTTGATGAAATTTGCGAAA 2519
Query 2587 GCTTCACGTCCTCCACAGGATAGGACAATGGTAGTTGCTAGTCTTGCTGAGGTTGCTCAA 2646
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2520 GCTTCACGTCCCCCACAGGATAGGACAATGGTAGTTGCTAGTCTTGCTGAAGTTGCTCAA 2579
Query 2647 GACATGGGTCTTCCAATCTCTTCCTATGTTGATAGATTAATGCCTTTGGTGCTCAAAGAG 2706
|||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2580 GACATGGGTCCTCCAATCTCTGCCTATGTTGATAGATTAATGCCGTTGGTGCTCAAAGAA 2639
Query 2707 TTGGGGTCACCAGAAGCAACCAATAGAAGGAATGCAGCTTTCTGTGTTGGAGAGCTATGC 2766
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 TTGGGCTCACCAGAAGCAACCAATAGAAGGAATGCAGCTTTCTGTGTTGGAGAGCTATGC 2699
Query 2767 AAAAACGGGGGTGAAACTGCTCTTAAATATTTTGGTGATGTGCTACGCGGAATTTCCCCA 2826
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 AAAAACGGGGGTGAAACTGCTCTTAAATATTTTGGTGATGTGCTACGCGGAATTTCCCCG 2759
Query 2827 CTTTTCGGGGATTCAGAACCAGACCTTGCTGTTAGGGATAATGCAGCAGGTGCTACCGCA 2886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 CTTTTCGGGGATTCAGAACCAGACCTTGCTGTTAGGGATAATGCAGCAGGTGCTACCGCA 2819
Query 2887 AGGATGATTGTTGTTCATCCTCAACTAGTCCCGCTAAATCAAGTACTTCCAGTGTTCTTA 2946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 AGGATGATTGTTGTTCATCCTCAACTAGTCCCGCTAAATCAAGTACTTCCAGTGTTCTTA 2879
Query 2947 AGAGGTCTACCTCTAAAGGAAGATCAAGAGGAGTCCATGGCTGTTTACACCTGTATATAT 3006
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2880 AGAGGTCTACCCCTAAAGGAAGATCAAGAGGAGTCCATGGCTGTTTACAGCTGTATATAT 2939
Query 3007 TCCCTTGTTTCGTCATCCAATCCACAGATCTTCTCTCATGTTCCGGAGCTGGTTAAAATC 3066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 TCCCTTGTTTCGTCATCCAATCCACAGATCTTCTCTCATGTTCCGGAGCTGGTTAAAATC 2999
Query 3067 TTTGGGCAAGTAT-TGGAGTCGCCAGTCGAAAAAGTTGAAGTGAAAGCAATTGTAGGCAG 3125
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3000 TTTGGGCAAGT-TCTGGAGTCGCCAGTCGAAAAAGTTGAAGTGAAAGCAATTGTAGGCAG 3058
Query 3126 AACTTTCTCCCATCTAATCTCGGTTTATGGGAATCAGTTGCAGCCAATAATAAGTAGTCT 3185
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3059 AACCTTCTCCCATCTAATCTCGGTTTATGGGAATCAGTTGCAGCCAATTATAAGTAGTCT 3118
Query 3186 ACCGCCTTCTCAAGCTAACGTTCTCGCTGCGTTTGCATCCACGAGTTGATTGTCGCTTGT 3245
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 3119 ACCGCCTTCTCAAGCAAACGTTCTTGCTGCGTTTGCATCTACTAGTTGATTGTCGCTTGT 3178
Query 3246 GATATATTT 3254
| |||||||
Sbjct 3179 GGTATATTT 3187
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135561075026
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5