BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G28470.1
Length=3071
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg945184 jgi|Araly1|945184|scaffold_701413.1 4588 0.0
Ahg480888 jgi|Araly1|480888|fgenesh2_kg.3__3589__AT2G20580.1 3027 0.0
> Ahg945184 jgi|Araly1|945184|scaffold_701413.1
Length=2913
Score = 4588 bits (2484), Expect = 0.0
Identities = 2780/2921 (95%), Gaps = 27/2921 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 169 AGGTGATAGTCTGACTTACAATGGCTCCAGTTCCGGATCCGAACAGTGTTGGCGGTGGTG 228
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGGTGCTAGTCTGACTAACAATGGCTCCAGTTCCGGATCCGAACAGTGTTGGCGGTGGTG 60
Query 229 CGAAGCGGGACGAAGCTACGACGAAGATTCCTTCTAAGGATTCCAAGAAGAAAGATGATA 288
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 CGAAGCGGGACGAAGCTACGACGAAGGTTCCTTCTAAAGATTCCAAGAAGAAGGATGATA 120
Query 289 AAAAGGAAGAGGATCTGTCTGAAGAGGACTTGCAACTAAAGCAGAATCTGGAGCTCTATG 348
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 AGAAGGAAGAGGATCTGTCTGAAGAGGACTTGCAACTAAAGCAGAACCTGGAGCTCTATG 180
Query 349 TTGAGAGAGTTCAGGACCCCAATCCTGAGTTACAGAAGATTGCTCTTGAAAGCATGAGGA 408
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTGAGAGAGTTCAGGACCCCAATCCTGAGTTACAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAGGC 240
Query 409 AGGAAATTCGTGACTCAACAAGCTCCATGACATCAGTTCCAAAACCCCTCAAGTTTCTCC 468
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGGAAATTCGAGACTCAACAAGCTCCATGACATCAGTTCCAAAACCCCTCAAGTTTCTCC 300
Query 469 GCCCTCATTATGGAGTTCTTAAAGAATTTCATGCAAAAATGGCAGAGTCTGATCTCaaaa 528
| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 301 GTCCTCATTATGGAGTTCTTAAGGAATTTCATGTAAAAATGGCGGAGTCTGATCTCAAAA 360
Query 529 aaaTGTTGGCTGATATACTTTCTGTCCTGGCACTGACCATGTCTGCTGAAGGTGAAAGGG 588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAATGTTGGCTGATATACTTTCTGTCCTGGCACTGACCATGTCTGCTGAAGGTGAAAGGG 420
Query 589 AAAGCTTAAACTATAGGTTGAATGGATCAGAGAGTGACATCGGATCGTGGGGTCACGAGT 648
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AAAGCTTAAACTATAGGTTGACTGGATCAGAGGGTGACATCGGATCGTGGGGTCACGAGT 480
Query 649 ATGTCAGGAATTTGGCTGGAGAGATTGCAAAAGAGTATACAATACGTCAGGGTGAAGAGT 708
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 481 ATGTCAGGAATTTGGCCGGAGAGATTGCAGAAGAGTATACAATGCGTCAGGGTGAAGAGT 540
Query 709 CCTCTATTGAAGACTTAATGGATCTTGTGCAGCAAATTGTTTCTTTTCACATGAAGCATA 768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CCTCTATTGAAGACTTAATGGATCTTGTGCAGCAAATTGTTTCTTTTCACATGAAGCATA 600
Query 769 ATGCCGAAACCGAAGCTGTTGACCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTG 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATGCCGAAACCGAAGCTGTTGACCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTG 660
Query 829 AGCATGTTGACAATACAAATTTCAGGAGGACGTGCAACTATCTCACGAGTGCAGCAAAGT 888
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGCATGTTGACAGCACAAATTTCAGGAGGACATGCAACTATCTCACGAGTGCAGCAAAGT 720
Query 889 ATCTTCCAGGACCAGATGACATGTTGGTTCTAGATATTGCTTACATGATCTACATTAAGT 948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATCTTCCAGGACCAGATGACATGTTGGTTCTAGATATTGCTTACATGATCTACATTAAGT 780
Query 949 TTGCAGAATATCCAAACGCGCTGCAAATTGCATTATTTCTTGATAACATGCAGTATGTGA 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 781 TTGCAGAATATCCAAACGCGCTGCAAATTGCATTATTTCTTGACAACATGCAGTATGTGA 840
Query 1009 AGCAAGTATTTACCTCATGTACCGATCTGGTAAAAAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTG 1068
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGCAAGTTTTTACCTCATGTACCGATCTGCTAAAAAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTG 900
Query 1069 CACGTCATGGTATGACCTTTGAGCTTGACCAAGAGATGGTTGCAAATGACGAAG-ACAAA 1127
||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | || ||| |
Sbjct 901 CACGTCATGGTATCACCTTTGTGCTTGACCAGGAGATGGTTGCAAATGA-GCAGGACAGA 959
Query 1128 GAAGCGCTACAGGATATTGTTAACAACT-CTAAGTTGAGTGAAGGATATCTGACGCTTGC 1186
||||| |||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 960 GAAGCCCTACAGGATATTGTTAACAA-TACTAAGCTGAGTGAAGGATATCTGACACTTGC 1018
Query 1187 TAGGGATATTGAGGTCATGGAGGCCAAGACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTGCT 1246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TAGGGATATTGAGGTCATGGAGGCCAAGACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTGCT 1078
Query 1247 TGATGGTAGGGCTAGCTCTGGTCCAAGTGTGGACTCAGCTAGGCAAAATCTATCTGCGAC 1306
|||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1079 TGATGGCAGGGTTAGCTCTGGTGCAAGTGTGGATTCAGCTAGACAAAATCTGTCTGCGAC 1138
Query 1307 TTTTGTGAATGCATTTGTAAATGCTGGATTCGGCCAGGACAAATTAATGACAGTACCATC 1366
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1139 TTTTGTGAATGCATTTGTAAATGCTGGATTCGGCCAGGACAAATTAATGACAGTGCCATC 1198
Query 1367 TGACTCAACCAGTGGATCGGCTGGAAACTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGAAAGAC 1426
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1199 TGACTCAACCAGTGGATCAGCTGGAAACTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGCAAGAC 1258
Query 1427 CAGTGCAGTTGCTAGTCTGGGTATGATTCAATTGTGGGATGTGGAGACCGGACTAGGTCA 1486
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| |||
Sbjct 1259 CAGTGCAGCTGCTAGTCTGGGTATGATTCAATTGTGGGATGTGAACACTGGACTAGCTCA 1318
Query 1487 TCTCGACAAATATTTCCATAGTAACGATAATCCCGTCGTTGCTGGAGCTCTGCTGGGAGT 1546
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ACTCGACAAATATTTCCATAGTAGTGATAATCCCGTCATTGCTGGAGCTCTGCTGGGAGT 1378
Query 1547 TGGGATTGTTAATTGTGGCATTAAGAATGATTGTGACCCTGCATTTGCCCTTCTTTCAGG 1606
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 1379 TGGGATTGTTAATTGTGGCATTAAGGATGATTGTGAACCTGCATTCGCCCTTCTCGCAGA 1438
Query 1607 TTATATTGACAATGAGGATTCATCTGTCCGAATTGGTGCTATTATGGGTCTCGGGATTGC 1666
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CTATATTGACAATGAGGATTCATCTGTCCGAATTGGTGCTATTATGGGTCTCGGGATTGC 1498
Query 1667 ATATGCGGGTTCCCAAAATGATCAGATAAAAATCAGGTTGTCTCCAATACTAAATGATGC 1726
|||||||||||||||||| |||||||||| || | | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ATATGCGGGTTCCCAAAAAGATCAGATAAGAAGCCGTTTGTCTCCAATACTAAATGATGC 1558
Query 1727 CAACGCACCTCTCGATGTGATTGCATTTGCTGCACTTAGTTTGGGGATGATTTATGTTGG 1786
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1559 AAAAGCACCTCTCGATGTGATTGCATTTGCTGCACTTAGTTTGGGGATGATTTACGTTGG 1618
Query 1787 TTCGTGTAACGAAGAGGTTGCACAATCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGGAGCGAGGC 1846
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTCATGTAACGAAGAGGTTGCGCAATCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGGAGCGAGGC 1678
Query 1847 AGAGCTGGGTGAAGCCCTCACTCGTTTCTTGCCTCTTGGACTTGGTCTTTTGTACCTTGG 1906
||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1679 AGAACTGGGTGAAGCCCTTACTCGATTCTTGCCTCTTGGACTTGGACTTTTGTACCTTGG 1738
Query 1907 CAAACAGGAAAGTGTGGAGGCTACTGCAGAAGTTTCAAAGACGTTCAATGAGAAAATCAG 1966
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TAAACAGGAAAGTGTGGAGGCTACTGCGGAAGTTTCAAAGACGTTCAATGAGAAAATCAG 1798
Query 1967 AAAGTATTGTGATATGACACTTCTTTCATGTGCATATGCTGGAACCGGGAATGTCCTTAA 2026
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AAAGTATTGTGATATGACACTTCTTTCATGTGCATATGCTGGAACCGGGAATGTCCTTAA 1858
Query 2027 GGTCCAAGACCTTCTGGCTCAGTGTGGAGAGCATCTGGTGAAAGGTGATATCCACCAGGG 2086
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GGTCCAAGACCTTCTGGCTCAGTGTGGAGAGCATCTGGAGAAAGGTGATATCCACCAGGG 1918
Query 2087 TCCAGCTGTGATTGGATTAGCTATGGTTGCTATGTCTGAGGAATTGGGTCTGGATATGGA 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TCCAGCTGTGATTGGATTAGCTATGGTTGCTATGTCTGAGGAATTGGGTCTGGATATGGA 1978
Query 2147 GATCCGTTCTTTGGAGCGCGTACTACAGTATGGAGAGCAGAACATTCGACGTGCAGTGCC 2206
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1979 GATCCGTTCTTTGGAGCGCGTGCTACAGTATGGAGAACCGAACATTCGGCGTGCAGTGCC 2038
Query 2207 TTTGGCTCTTGGTCTCCTATGTATATCAAACCCAAAGGTGACTGTTATGGACACTTTGAG 2266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TTTGGCTCTTGGTCTCCTATGTATATCAAACCCAAAGGTGACTGTTATGGACACTTTGAG 2098
Query 2267 CAGACTAAGCCATGACACAGATTCAGAAGTTGCAATGGCAGCAATTATCTCCCTTGGATT 2326
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2099 CAGGCTAAGCCATGACACAGATTCAGAAGTTGCCATGGCAGCTATTATCTCCCTTGGATT 2158
Query 2327 GATAGGCGCTGGAACCAACAATGCAAGGATAGCTGGCATGCTTAGAAATCTCTCCAGCTA 2386
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 GATAGGCGCTGGAACCAACAATGCAAGGATAGCTGGGATGCTTAGAAATCTCTCCAGCTA 2218
Query 2387 TTATTACAAGGATGCCAGCCTTCTTTTCTGTGTGCGCATCGCTCAAGGGTTTGTGCATAT 2446
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 TTATTACAAGGATGCCAACCTTCTCTTCTGTGTGCGAATTGCTCAAGGGTTTGTGCATAT 2278
Query 2447 GGGAAAGGGTCTCTTAACTCTCAATCCTTTCCACTCCGAACGGCTCTTGCTATCGCCAAC 2506
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2279 GGGAAAGGGTCTCTTAACTCTCAATCCTTTCCACTCCGAACGGCTCTTGCTATCACCAAC 2338
Query 2507 CGCACTTGCTGGTATAGTGACATTGTTGCATGCATGCCTTGACATGAAATCCATTATACT 2566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2339 CGCACTTGCTGGTATAGTGACATTGTTGCATGCATGCCTTGACATGAGATCCATTATACT 2398
Query 2567 GGGGAAATATCACTATGTGCTCTACTTCCTTGTTTTGGCGATGCAGCCAAGGATGATGCT 2626
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 GGGGAAATACCACTATGTGCTCTACTTCCTTGTTTTGGCGATGCAGCCAAGGATGATGCT 2458
Query 2627 GACGGTGGATCAGAGCCTGAAGCCCATCTCGGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCGGTTGA 2686
||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 GACAGTGGATGAGAACCTGAAGCCCATCTCGGTGCCAGTACGGGTAGGACAAGCGGTTGA 2518
Query 2687 TGTGGTTGGACAGGCAGGCCGACCTAAGACAATCACTGGGTTCCAAACGCACTCAACACC 2746
||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TGTGGTTGGACAGGCTGGTCGACCAAAGACAATCACTGGGTTCCAAACGCACTCAACACC 2578
Query 2747 TGTTCTCCTTGCTGCTGGGGAGAGAGCTGAACTCGCAACCGAGAAGTACATTCCGTTGTC 2806
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TGTTCTCCTTGCTGCTGGGGAGAGAGCCGAACTCGCAACCGAGAAGTACATTCCGTTGTC 2638
Query 2807 GCCCATATTAGAAGGTTTCGTCATATTGAAGGAAAATCCAGACTACAGAGAGGAGTAAAT 2866
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GCCCATATTAGAAGGTTTCATCATATTGAAGGAAAATCCAGACTACAGAGAGGAGTAAAT 2698
Query 2867 CCAAAGTTGCAAGCATTTGAAGAAAGAGAGAGAGCCTTTGAATACTTTCACTACGGTT-- 2924
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2699 TCAAAGTTGCAAGCATTTGAAGAAAGAGATAGAGCCTTTGAATACTTTCACTATGGTTTT 2758
Query 2925 --GT-CAAA---AGT----TTTTT---AGTTT-ATTCCCGTCTGTTCCCAGGAAATGGTT 2970
|| || | ||| ||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 ATGTGCACATTCAGTCAAATTTTTCTTAGTTTTACTCGAGTCTGTTCCCAGGAAATGGTT 2818
Query 2971 CACAA-TCTCTCCTTTTAAAAGAAAAAATAGCTTCATTGCAATATATAGGAACTTCTTGT 3029
||||| ||||||||||| || |||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2819 CACAAATCTCTCCTTTTTAA-GAAAAAGTCGTTTCATTGCAATATGTAGGAGCTTCTTGT 2877
Query 3030 GCACTACTTTAATATCGCATTCTAAAAGCTGGATAAGTTTC 3070
||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 GCACTTC---AATATC--ATTCTAAAAGCTGGATAAGTTTC 2913
> Ahg480888 jgi|Araly1|480888|fgenesh2_kg.3__3589__AT2G20580.1
Length=3023
Score = 3027 bits (1639), Expect = 0.0
Identities = 2344/2689 (87%), Gaps = 30/2689 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 189 ATGGCTCCAGTTCCGGATCCGAACAGTGTTGGCGGTGGTGCGAAGCGGGACGAAGCTACG 248
||||||||| ||||||||| |||||||| || || |||||||||| || ||||||||
Sbjct 166 ATGGCTCCAACTCCGGATCCCAACAGTGTCGGAGGCGGTGCGAAGCAAGATGAAGCTACC 225
Query 249 ACGAAGATTCCTTCTAAGGATTCCAAGAAGAAAGATGATAAAAAGGAAGAGGATC-TGTC 307
|||| |||| ||||||||| |||||||||| || || ||||| || ||||| | ||||
Sbjct 226 TTGAAGGTTCCGTCTAAGGATCCCAAGAAGAAGGACGAGAAAAAAGATGAGGA-CTTGTC 284
Query 308 TGAAGAGGACTTGCAACTAAAGCAGAATCTGGAGCTCTATGTTGAGAGAGTTCAGGACCC 367
||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 285 TGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGATCC 344
Query 368 CAATCCTGAGTTACAGAAGATTGCTCTTGAAAGCATGAGGAAGGAAATTCGTGAC-TCAA 426
||||| || || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| || | | ||||
Sbjct 345 TAATCCCGACTTGCAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAGGCAGGAAATCCGAG-CTTCAA 403
Query 427 CAAGCTCCATGACATCAGTTCCAAAACCCCTCAAGTTTCTCCG-CCCTCATTATGGAGTT 485
||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||| ||||||||| |
Sbjct 404 CAAGCTCAATGACGTCAGTTCCCAAACCACTAAAGTTTCTCCGTCCC-CATTATGGAACT 462
Query 486 CTTAAAGAATTTCATGCAAA-AATGGCAGAGTCTGATCTCaaaaaaaT-GTTGGCTGATA 543
||||||| ||||||| ||| |||||| || ||||||||| || || | || ||||||
Sbjct 463 CTTAAAGCGTTTCATG-AAACAATGGCCGATTCTGATCTC-AAGAAGTACCTGTCTGATA 520
Query 544 TACTTTCTGTCCTGGCACTGACCATGTCTGCTGAAGGTGAAAGGGAAAGCTTAAACTATA 603
| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 521 TCCTGTCTGTCCTGGCCCTTACCATGTCTGCGGAAGGTGAAAGGGAAAGCTTAAGTTTTA 580
Query 604 GGTTGAATGGATCAGAGAGTGACATCGGATCGTGGGGTCACGAGTATGTCAGGAATTTGG 663
|||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 581 GGTTGATTGGAACAGAGGGTGACATTGGATCGTGGGGTCACGAGTATGTCAGGAATTTAG 640
Query 664 CTGGAGAGATTGCAAAAGAGTATACAATA-CGTCAGGGTGAAGAGTCCTCTATTGAAGAC 722
||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||| ||| |||||||||| ||
Sbjct 641 CTGGAGAGATTGCTCAAGAGTATACAA-AGCGTCAGAGTGAGGAGGCCTCTATTGACGAT 699
Query 723 TTAATGGATCTTGTGCAGCAAATTGTTTCTTTTCACATGAAGCATAATGCCGAAACCGAA 782
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 700 TTAATGGAGCTTGTGCAGCAAATTGTCGCTTTTCATATGAAGCATAATGCAGAAACCGAA 759
Query 783 GCTGTTGACCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTGAGCATGTTGACAAT 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 760 GCTGTTGACCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTGAGCATGTAGACAAA 819
Query 843 ACAAATTTCAGGAGGACGTGCAACTATCTCACGAGTGCAGCAAAGTATCTTCCAGGACCA 902
|||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||
Sbjct 820 ACAAATTTCAAGAGGACATGCAACTATCTCACAAGTGCAGCAAAGTACCTCCCTGGACCA 879
Query 903 GATGACATGTTGGTTCTAGATATTGCTTACATGATCTACATTAAGTTTGCAGAATATCCA 962
||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 880 GATGACATGTTGGTTTTAGATATTTCCTACATGATTTACATGAAGTTTGAAGAATATCCA 939
Query 963 AACGCGCTGCAAATTGCATTATTTCTTGATAACATGCAGTATGTGAAGCAAGTATTTACC 1022
||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 940 AACGCTCTGCAGATTGCACTATTTCTTGATAACACGCAGTATGTTAAACAAGTATTTACC 999
Query 1023 TCATGTACCGATCTGGTAAAAAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTGCACGTCATGGTATG 1082
|||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1000 TCATGTACGGATCTGCTGAAGAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTGCTCGTCATGGTATA 1059
Query 1083 ACCTTTGAGCTTGACCAAGAGATGGTTGCAAATGACGAAGACAAAGAAGCGCTACAGGAT 1142
|||||||| |||||| | |||||||||||| |||| || ||| |||||| |||||||||
Sbjct 1060 ACCTTTGACCTTGACGATGAGATGGTTGCAGATGATGATGACCGAGAAGCCCTACAGGAT 1119
Query 1143 ATTGTTAACAACTCTAAGTTGAGTGAAGGATATCTGACGCTTGCTAGGGATATTGAGGTC 1202
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1120 ATTGTTAACAACACTAAGTTAAGTGAAGGATATCTGACTCTTGCAAGGGATATTGAGGTC 1179
Query 1203 ATGGAGGCCAAGACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTGCTTGATGGTAGGGCTAGC 1262
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 1180 ATGGAGGCCAAAACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTGCTCGACGGCAGGGCTAGC 1239
Query 1263 TCTGGTCCAAGTGTGGACTCAGCTAGGCAAAATCTATCTGCGACTTTTGTGAATGCATTT 1322
|||||| |||| | ||| || ||||| || ||| | |||| || ||||| |||||||||
Sbjct 1240 TCTGGTGCAAGCGCGGATTCTGCTAGACAGAATTTGGCTGCTACCTTTGTCAATGCATTT 1299
Query 1323 GTAAATGCTGGATTCGGCCAGGACAAATTAATGACAGTACCATCTGACTCAACCAGTGGA 1382
||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||| |||
Sbjct 1300 GTAAATGCTGGTTTTGGTCAGGACAAACTAATGACAGTACCTTCAGACTCGACCACCGGA 1359
Query 1383 TCGGCTGGAAACTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGAAAGACCAGTGCAGTTGCTAGT 1442
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1360 TCTTCTGGAAATTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGCAAGACTAGTGCAGCTGCTAGT 1419
Query 1443 CTGGGTATGATTCAATTGTGGGATGTGGAGACCGGACTAGGTCATCTCGACAAATATTTC 1502
||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1420 CTGGGTATGATTCAACTGTGGGATGTGGACTCAGGACTTTCTCAACTCGACAAATATTTC 1479
Query 1503 CATAGTAACGATAATCCCGTCGTTGCTGGAGCTCTGCTGGGAGTTGGGATTGTTAATTGT 1562
|||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1480 CATAGTAATGATAATCCTATCATTGCTGGAGCACTGCTGGGAGTTGGGATTGTAAATTGT 1539
Query 1563 GGCATTAAGAATGATTGTGACCCTGCATTTGCCCTTCTTTCAGGTTATATTGACAATGAG 1622
||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||| || ||||| ||||| |||
Sbjct 1540 GGCATTAAGAACGATTGTGATCCTGCATTGGCACTTCTTGGAGACTATATAGACAAAGAG 1599
Query 1623 GATTCATCTGTCCGAATTGGTGCTATTATGGGTCTCGGGA-TTGCATATGCGGGTTCCCA 1681
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| || |||| || ||||||||
Sbjct 1600 GATTCATCTGTCAGAATTGGTGCTATCATGGGTCT-GGGAATTTCATACGCAGGTTCCCA 1658
Query 1682 AAATGATCAGATAAAAATCAGGTTGTCTCCAATACTAAATGATGCCAACGCACCTCTCGA 1741
|||||| ||||| || || ||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||
Sbjct 1659 AAATGACCAGATTCGAAGCAAATTGTCCCCGATACTGAATGATGCGAAAGCGCCTCTCGA 1718
Query 1742 TGTGATTGCATTTGCTGCACTTAGTTTGGGGATGATTTATGTTGGTTCGTGTAACGAAGA 1801
||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1719 TGTTATTGCATTTGCTTCACTTTCTTTGGGAATGATATATGTTGGTTCCTGTAACGAAGA 1778
Query 1802 GGTTGCACAATCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGGAGCGAGGCAGAGCTGGGTGAAGC 1861
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||
Sbjct 1779 AGTAGCACAATCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGAAGTGAGGCAGAACTGGGAGATGC 1838
Query 1862 CCTCACTCGTTTCTTGCCTCTTGGACTTGGTCTTTTGTACCTTGGCAAACAGGAAAGTGT 1921
||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1839 CCTCACTCGATTCTTGCCACTTGGTCTTGGACTTCTATACCTGGGCAAACAGGAAAGTGT 1898
Query 1922 GGAGGCTACTGCAGAAGTTTCAAAGACGTTCAATGAGAAAATCAGAAAGTATTGTGATAT 1981
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1899 AGAGGCTACAGCTGAAGTTTCAAAGACGTTCAATGAGAAGATTAGAAAGTATTGTGATAT 1958
Query 1982 GACACTTCTTTCATGTGCATATGCTGGAACCGGGAATGTCCTTAAGGTCCAAGACCTTCT 2041
|||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1959 GACACTTCTTTCTTGTGCTTATGCTGGAACTGGGAATGTCCTAAAGGTCCAAGACCTTCT 2018
Query 2042 GGCTCAGTGTGGAGAGCATCTGGTGAAAGGTGATATCCACCAGGGTCCAGCTGTGATTGG 2101
||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2019 TGCTCAGTGTGGCGAGCATCTTGAGAAAGGTGACATCCACCAGGGTCCAGCTGTGCTTGG 2078
Query 2102 ATTAGCTATGGTTGCTATGTCTGAGGAATTGGGTC-TGGATATGGAGATCCGTTCTTTGG 2160
||||| ||||||||||||||||| ||| |||| | | ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2079 GTTAGCAATGGTTGCTATGTCTGAAGAACTGGG-CGTTGATATGGAGATTCGTTCTTTGG 2137
Query 2161 AGCGCG-TACTACAGTATGGAGAGCAGAACATTCGACGTGCAGTGCCTTTGGCTCTTGGT 2219
|||| | | ||||| |||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| ||||||
Sbjct 2138 AGCG-GATGCTACAATATGGAGAACAAAACATTCGGCGTGCTGTACCTTTGGCCCTTGGT 2196
Query 2220 CTCCTATGTATATCAAACCCAAAGGTGACTGTTATGGACACTTTGAGCAGACTAAGCCAT 2279
||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||
Sbjct 2197 CTCCTTTGTATATCCAATCCAAAGGTGACTGTAATGGACACCTTGAGCCGACTTAGCCAT 2256
Query 2280 GACACAGATTCAGAAGTTGCAATGGCAGCAATTATCTCCCTTGG-ATTGATAGGCGCTGG 2338
||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||| | |||| ||||||||
Sbjct 2257 GACACAGATTCGGAAGTTGCCATGGCAGCAATTATATCA-TTGGGACTGATTGGCGCTGG 2315
Query 2339 AACCAACAATGCAAGGATAGCTGGCATGCTTAGAAATCTCTCCAGCTATTATTACAAGGA 2398
||| || || |||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2316 AACTAATAACGCAAGGATAGCTGGGATGCTTCGGAACCTCTCCAGCTATTATTACAAGGA 2375
Query 2399 TGCCAGCCTTCTTTTCTGTGTGCGCATCGCTCAAGGGTTTGTGCATATGGGAAAGGGTCT 2458
|||| ||||| ||||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2376 CGCCAATCTTCTCTTCTGTGTGCGTATTGCTCAAGGGCTGGTGCACATGGGAAAGGGTCT 2435
Query 2459 CTTAACTCTCAATCCTTTCCACTCCGAACGGCTCTTGCTATCGCCAACCGCACTTGCTGG 2518
|||||| |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2436 CTTAACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCAACCGCACTTGCTGG 2495
Query 2519 TATAGTGACA-TTGTTGCATGCATGCCTTGACATGAAATCCATT-ATACTGGGGAAATAT 2576
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||
Sbjct 2496 TATAGTGACACTT-TTGCATGCATGCCTTGACATGAAA-CCAATCATACTCGGGAAGTAC 2553
Query 2577 CACTATGTGCTCTACTTCCTTGTTTTGGCGATGCAGCCAAGGATGATGCTGACGGTGGAT 2636
|| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2554 CATTATGTGCTGTACTTCCTCGTTTTGGCGATGCAACCAAGGATGATGTTGACAGTGGA- 2612
Query 2637 C-AGAGCCTGAAGCCCATC-TCGGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCGGTTGATGTGGTTG 2694
| | | ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2613 CGAAAACCTGAAGCC-ATTGTCAGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCAGTTGATGTGGTTG 2671
Query 2695 GACAGGCAGGCCGACCTAAGACAATCACTGGGTTCCAAACGCACTCAACACCTGTTCTCC 2754
|||| || || || || ||||| || || || ||||| || ||||| |||||||||||||
Sbjct 2672 GACAAGCGGGTCGGCCCAAGACCATAACCGGTTTCCAGACACACTCCACACCTGTTCTCC 2731
Query 2755 TTGCTGCTGGGGAGAGAGCTGAACTCGCAACCGAGAAGTACATTCCGT-TGTCGCCCATA 2813
| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||||| | ||||||| |||
Sbjct 2732 TGGCTGCTGGAGAGAGAGCCGAACTAGCCACCGACAAATACATTCC-TCTGTCGCCGATA 2790
Query 2814 TTAGAAGGTTTCGTCATATTGAAGGAAAATCCAGACTACAGAGAGGAGT 2862
| ||||| ||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2791 CTGGAAGGATTCATCATCTTAAAGGAGAATCCAGACTACAGAGAGGAGT 2839
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115984796025
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5