BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G29080.1
Length=1337
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491849 jgi|Araly1|491849|fgenesh2_kg.7__1282__AT4G29080.1 2008 0.0
> Ahg491849 jgi|Araly1|491849|fgenesh2_kg.7__1282__AT4G29080.1
Length=1240
Score = 2008 bits (1087), Expect = 0.0
Identities = 1173/1213 (97%), Gaps = 12/1213 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 63 ttttGTAATCACTAAATGCTTCAAAAGTTTGTCCACAATTATA-TTTGaaaaaaaTGTCT 121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 33 TTTTGTAATCACTAAATGCTTCAAAAGTTTGTCCACAATTATATTTTG--AAAAATGTCT 90
Query 122 GTATCTGTAGCAGCAGAGCATGATTACATAGGTTTGTCAGAGTTTCCAACCAT-G--GAA 178
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 91 GAATCTGTAGCAGCAGAGCATAATTACATAGGTTTGTCAGAGTTTCCAACCATGGAAGAA 150
Query 179 GCAACAACAATGTCTGACAAAACCAAAACCAGAGACAATAACAACGGTCTCAATTTCAAG 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 151 GCAACAACAATGTCTGACAAAACCAAAACCAGAGACAATAACAACGGTCTCAATTTCAAG 210
Query 239 GCTACCGAGTTAAGACTCGGTTTACCCGGTTCTGAGTCGCCGGAGCGAGTCGACTCAAGA 298
||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 211 GCTACCGAGTTGAGGCTCGGTTTACCTGGTTCTGAGTCACCGGACCGAGTCGACTCAAGA 270
Query 299 TTCTTGGCTCTCAACAAGAGTAGCTGTCCCGTGTCAGGTGCCAAAAGGGTGTTCTCCGAC 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 TTCTTGGCTCTCAACAAGAGTAGCTGTCCCGTGTCAGGTGCCAAAAGGGTGTTCTCCGAC 330
Query 359 GCTATTAACGACTCTAACAAATGGGTCTTCTCT-CCTGGATCCACTACTGCTACTGGTGA 417
|| |||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 331 GCCATTAACGAGTCTAACAAATGGATCTTCTCTACC-GGATCCACTACTGCTACTGGTGA 389
Query 418 TGTCGGCTCGGGTTCTGGTCCCCGTACCTCCGTCGTTAAAGATGGAAAGTCGACAACTTT 477
|||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 390 TGTCGGGTCGGGTTCTGGTCCCGGTAGCTCCGTCGTAAAAGATGGAAAGTCGACAACTTT 449
Query 478 CACTAAACCGGCTGTTCCGGTTAAGGAGAAGAAGAGCTCTGCTACAGCTCCAGCTTCAAA 537
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 450 CCCTAAACCGGCTGTTCCGGTTAAGGAGAAGAAGAGCTCTGCAACAGCTCCAGCTTCAAA 509
Query 538 AGCACAAGTGGTGGGATGGCCACCAATAAGATCATTCAGGAAGAACTCAATGGCTTCTTC 597
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 510 AGCACAAGTGGTGGGTTGGCCACCAATAAGATCATTCAGGAAGAACTCAATGGCTTCTTC 569
Query 598 TCAATCTCAGAAACCTGGTAATAACTCAGAGACTGAAGAAGCAGAAGCTAAGTCTGGACC 657
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 570 TCAATCTCAGAAACCAGGTAATAACTCAGAGACTGAAGAAGCAGAAGCCAAGTCTGGACC 629
Query 658 AGAACAACCTTGCTTGTATGTCAAAGTGAGTATGGAAGGTGCTCCTTACTTGAGGAAAAT 717
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 630 AGAACAACCTTGCTTGTATGTCAAAGTTAGTATGGAAGGTGCTCCTTACTTGAGGAAAAT 689
Query 718 CGATCTCAAGACTTACAAAAGCTACCTTGAGCTCTCTTCTGCTCTTGAGAAGATGTTCAG 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 690 CGATCTCAAGACTTACAAAAGCTACCTTGAGCTCTCTTCTGCTCTTGAGAAGATGTTCAG 749
Query 778 TTGCTTCACCATTGGTCAGTTTGGTTCTCATGGAGGGTGTGGCAGAGATGGGTTAAACGA 837
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 750 TTGCTTCACCATTGGTCAGTTTGGGTCTCATGGAGGGTGTGGGAGAGATGGGTTAAACGA 809
Query 838 GAGTCGCTTGACTGATCTCTTGCGTGGTTCTGAGTATGTTGTAACCTATGAAGATAAAGA 897
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 810 GAGTCGCTTGACTGATCTCTTGCGTGGTTCTGAGTATGTTGTTACCTATGAAGATAAAGA 869
Query 898 CAGTGACTGGATGCTGGTCGGAGATGTCCCTTGGGAAATGTTTATATGCTCCTGCAAGAA 957
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 CAGTGACTGGATGCTCGTCGGAGATGTCCCTTGGGAAATGTTTATATGCTCCTGCAAGAA 929
Query 958 GCTGAGAATCATGAAGAGCTCTGAGGCTATCGGCTTAGCTCCAAGGGTGATGGAGAAGTG 1017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 930 GCTGAGAATCATGAAGAGCTCTGAGGCTATCGGCTTAGCTCCAAGGGTGATGGAAAAGTG 989
Query 1018 CAGAAGCAGGAACTAGGAAAAGCCCTTTTATGTGATAATATATGATTTGA-AAAAATATG 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 990 CAGAAGCAGGAACTAGGAAAAGCCCTTTTATGTGATAATATATGATTTGGGAAAAATATG 1049
Query 1077 TTTTTAAGAAAT-TGAATAGCCATTTTGTTTTGAAGTATTCTTGTGTGTTTGTGTGCTAG 1135
|||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050 TTTT-AAGAAATGT-AATAGCCATTTTGTTTTGAAGTATTCTTGTGTGTTTGTGTGCTAG 1107
Query 1136 GAGTGATGTTTGATCTTTCTTAAACCAGCCTCTACTAAGCTCTAATAAGGCCTCTTCCTC 1195
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 GAGTGATGTTTGATCTTTCTTAAAACAGCCTCTACTAAGCTCTAATAAGGCCTCTTCCTC 1167
Query 1196 TTACTTCTTTCTCTAATCAATCTAATGAAACATATGGGTTTGTGTATGTGTGTTTGCCAA 1255
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1168 TTACTTCTGTCTCTAATCAATCTAATGAAACATATGGGTTTGTGTATGTGTGTTTGCCAA 1227
Query 1256 GGAAGACTTCATA 1268
|||||||||||||
Sbjct 1228 GGAAGACTTCATA 1240
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 50017267104
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5