BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G29900.1
Length=3762
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491768 jgi|Araly1|491768|fgenesh2_kg.7__1201__AT4G29900.1 5437 0.0
> Ahg491768 jgi|Araly1|491768|fgenesh2_kg.7__1201__AT4G29900.1
Length=3560
Score = 5437 bits (2944), Expect = 0.0
Identities = 3304/3469 (95%), Gaps = 60/3469 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 211 ATGAGTGGACAATTCAATAATTCTCCACGAGGGGAAGACAAGGACGTGGAGGCTGGAACC 270
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGTGGACAATTCAATAATTCTCCTCGAGCGGAAGACAAGGACGTGGAGGCTGGAACC 60
Query 271 AGCAGCTTCACCGAATATGAAGATAGTCCGTTTGACATTGCCAGTACTAAGAATGCTCCA 330
|||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 AGCACCTTCACCGACTATGAGGATAGTCCGTTTGACATTGCCAGCACTAAGAATGCTCCA 120
Query 331 GTGGAGCGGCTACGCCGTTGGAGGCAAGCTGCGCTTGTTCTTAATGCTTCTCGTCGATTT 390
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 GTGGAGCGACTACGCCGTTGGAGGCAAGCTGCGCTTGTTCTTAATGCTTCTCGCCGATTT 180
Query 391 CGATATACGCTGGACTTAAAAAGGGAAGAAGATAAGAAACAGATGCTGAGGAAGATGAGA 450
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CGATATACTTTGGACTTAAAAAGGGAAGAAGATAAGAGACAGATGCTGAGGAAGATGAGA 240
Query 451 GCGCACGCCCAAGCAATAAGAGCTGCACACCTTTTTAAAGCAGCTGCAAGCCGCGTGACT 510
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 241 GCGCATGCCCAAGCAATAAGAGCTGCACACCTTTTTAAAGCAGCTGCAAGCCGAGTGACT 300
Query 511 GGAATTGCAAGTCCACTTCCAACTCCTGGCGGTGGTGATTTTGGTATCGGACAGGAGCAG 570
||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGAGTTACAAGTCCACCTCCGACTCCTGGCGGTGGTGATTTTGGTATCGGACAGGAGCAG 360
Query 571 ATTGTGTCAATATCAAGGGATCAAAATATAGGAGCTCTTCAAGAGCTTGGA--GG----- 623
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 361 ATTGTATCAATATCGAGGGATCAAAATATAGGAGCTCTTCAAGAGCTTGGAGGGGCATCC 420
Query 624 -----------G---GTAAGAGGGTTATCTGACCTGTTGAAAACAAACTTGGAGAAGGGT 669
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATAAAACTTATGCATGTAAGAGGGTTATCTGACCTGTTGAAAACAAACTTGGAGAAGGGT 480
Query 670 ATACACGGGGATGATGATGACATATTGAAAAGGAAATCTGCTTTTGGATCAAACACATAC 729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATACACGGGGATGATGATGACATATTGAAAAGGAAATCTGCTTTTGGATCAAACACATAC 540
Query 730 CCTCAGAAGAAAGGGAGGAGTTTCTGGAGGTTTGTATGGGAAGCTTCTCAAGATCTTACT 789
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CCCCAGAAGAAAGGGAGGAGTTTCTGGAGGTTTGTATGGGAAGCTTCTCAAGATCTTACT 600
Query 790 TTGATCATACTGATTGTAGCAGCAGTTGCTTCTTTGGCATTGGGAATAAAGACCGAGGGT 849
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTGATCATACTGATTGTAGCAGCAGCTGCTTCTTTGGCATTGGGAATAAAGACCGAGGGT 660
Query 850 ATCGAAAAGGGATGGTACGATGGTATCAGCATTGCTTTTGCCGTTCTTCTTGTCATTGTG 909
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATCAAAAAGGGATGGTATGATGGTATCAGCATTGCTTTTGCCGTTCTTCTTGTCATTGTG 720
Query 910 GTGACAGCTACCAGTGATTATCGGCAATCTCTTCAATTCCAGAACTTAAATGAAGAGAAA 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTGACAGCTACCAGTGATTATCGGCAATCTCTTCAATTCCAGAACTTAAATGAAGAGAAA 780
Query 970 AGAAATATACGTCTAGAGGTAACCCGTGATGGGAGAAGAGTGGAGATTTCAATTTATGAC 1029
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGAAATATACGTCTAGAGGTTACCCGCGATGGGAGAAGAGTTGAGATTTCAATTTATGAC 840
Query 1030 ATTGTAGTAGGCGATGTCATACCCCTCAATATTGGT-GAT-CAGGTACCTGCGGATGGAG 1087
||||| |||||| | || | | | || || | ||| || |||||||| |||||||
Sbjct 841 ATTGTGGTAGGC-AAGT--T--GCAT-GAT-TTTTTCGATGCA-GTACCTGCTGATGGAG 892
Query 1088 TTTTAGTTGCTGGACATTCCCTTGCAGTTGATGAGTCCAGCATGACTGGAGAGAGCAAAA 1147
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 TTTTAGTTGCTGGCCATTCCCTTGCAGTTGATGAGTCCAGCATGACTGGAGAGAGCAAAA 952
Query 1148 TTGTTCaaaaaaaCTCTACTAAGCATCCATTCCTAATGTCTGGCTGTAAAGTTGCAGATG 1207
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 953 TTGTTCAAAAAAACTCTACTAAGAATCCATTCCTAATGTCCGGCTGTAAAGTTGCAGATG 1012
Query 1208 GCAATGGGACAATGTTGGTTACTGGGGTAGGGGTCAACACTGAATGGGGCTTACTAATGG 1267
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1013 GCAATGGGGCAATGTTGGTTACTGGGGTAGGGGTCAACACCGAATGGGGCTTACTAATGG 1072
Query 1268 CTAGCGTCTCAGAGGACAATGGTGGAGAAACACCATTGCAGGTGCGCTTGAATGGTGTAG 1327
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1073 CTAGCGTCTCAGAGGACAATGGTGGAGAAACACCATTGCAGGTGCGCTTGAATGGTGTTG 1132
Query 1328 CAACATTTATCGGGATTGTCGGGCTCACAGTTGCTGGCGTTGTATTATTTGTCCTAGTTG 1387
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1133 CAACATTTATCGGGATTGTGGGGCTCACAGTTGCTGGCGTTGTATTATTTGTCCTAGTCG 1192
Query 1388 TCCGTTACTTTACCGGTCACACGAAGAATGAACAGGGAGGCCCACAGTTTATTGGAGGGA 1447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 TCCGTTACTTTACCGGTCACACGAAGAATGAACAGGGAGGCCCACAGTTTATTGGAGGGA 1252
Query 1448 AGACAAAATTTGAGCACGTGCTAGATGATCTTGTTGAAATCTTCACTGTTGCAGTTACAA 1507
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 AGACAAAATTTGATCACGTGCTAGATGATCTTGTTGAAATCTTCACTGTTGCAGTTACAA 1312
Query 1508 TTGTTGTAGTGGCAGTGCCTGAAGGGCTTCCTTTAGCTGTTACCTTGACTCTTGCGTATT 1567
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1313 TTGTTGTAGTGGCAGTGCCTGAAGGGCTTCCTTTGGCTGTTACCTTGACTCTTGCATATT 1372
Query 1568 CCATGAGAAAAATGATGGCAGATAAAGCTTTGGTGCGTAGGCTTTCAGCCTGTGAAACCA 1627
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1373 CCATGAGAAAAATGATGGCAGATAAAGCTTTGGTGCGTAGGCTTTCCGCCTGTGAGACCA 1432
Query 1628 TGGGGTCTGCAACAACAATTTGCAGTGATAAGACTGGAACTTTGACCTTAAACGAGATGA 1687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 TGGGGTCTGCAACAACAATTTGCAGTGATAAGACTGGAACTTTGACCTTAAACGAGATGA 1492
Query 1688 CCGTTGTTGAGTGTTATGCTGGGTTACAAAAGATGGATTCTCCCGACAGCAGCTCAAAAT 1747
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 CCGTTGTTGAGTGTTATGCTGGGTTCCAAAAGATGGATCCTCCCGACAGCAGCTCAAAAT 1552
Query 1748 TGCCATCTGCTTTTACATCCATACTTGTTGAGGGTATTGCTCACAATACAACCGGCAGTG 1807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 TGCCATCTGCTTTTACATCCATACTTGTTGAGGGTATTGCTCACAATACAACCGGCAGTG 1612
Query 1808 TGTTCCGATCTGAAAGTGGTGAGATTCAGGTTTCTGGATCTCCTACAGAAAGAGCAATTC 1867
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1613 TGTTCCGATCTGAAGGTGGTGAGATTCAGGTTTCTGGATCTCCGACAGAAAGAGCAATTC 1672
Query 1868 TCAATTGGGCGATAAAGTTGGGTATGGATTTTGATGCTCTTAAGTCTGAGTCTTCTGCTG 1927
||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 TCAGTTGGGCGATAAAGTTGGGCATGGATTTCGATGCTCTTAAGTCTGAGTCTTCTGCTG 1732
Query 1928 TACAATTTTTTCCATTCAACTCAGAGAAGAAACGAGGAGGTGTAGCAGTGAAATCACCAG 1987
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 TACAATTTTTTCCATTCAACTCAGAGAAGAAACGGGGAGGTGTAGCAGTGAAATCACCAG 1792
Query 1988 ATTCGAGTGTCCATATTCACTGGAAAGGTGCTGCCGAAATTGTTTTGGGATCCTGCACGC 2047
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 ATTCGAGTGTCCATGTTCACTGGAAAGGCGCTGCCGAAATTGTTTTGGGATCCTGCACGC 1852
Query 2048 ACTATATGGATGAGAGTGAGAGTTTTGTAGATATGAGTGAAGATAAGATGGGTGGGTTAA 2107
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1853 ACTATATGGATGAGAATGAGAGTTTTGTAGATATGAGTGAAGATAAGATGGCTGGGTTAA 1912
Query 2108 AAGATGCTATCGATGATATGGCTGCAAGGAGTCTGCGCTGTGTTGCAATTGCCTTCCGAA 2167
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1913 AAGATGCTATCGATGATATGGCTGCAAGGAGTCTACGCTGTGTTGCAATTGCCTTCAGAA 1972
Query 2168 CATTTGAAGCGGATAAGATTCCAACTGATGAAGAGCAACTCTCTAGATGGGAATTACCTG 2227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1973 CATTTGAAGCGGATAAGATTCCAACTGATGAAGAGCAACTCTCTAGATGGGTATTACCTG 2032
Query 2228 AGGATGATCTTATATTGTTGGCTATCGTTGGTATTAAGGATCCATGTCGCCCAGGTGTCA 2287
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 AGGATGATCTTGTATTGTTGGCTATCGTTGGTATTAAGGATCCATGTCGCCCAGGTGTCA 2092
Query 2288 AAAATTCAGTTTTACTGTGTCAACAAGCTGGAGTCAAGGTTCGTATGGTGACTGGTGATA 2347
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 AAAATTCAGTTTTACTATGTCAACAAGCTGGAGTCAAGGTTCGTATGGTGACTGGTGATA 2152
Query 2348 ACATTCAGACTGCCAAAGCAATTGCACTGGAGTGTGGTATATTAGCTTCAGACTCAGATG 2407
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 ACATTCAGACTGCCAAAGCAATTGCATTGGAGTGTGGTATATTAGCTTCAGACTCAGATG 2212
Query 2408 CTAGTGAGCCTAATCTGATTGAAGGAAAAGTATTTCGATCCTATTCAGAAGAAGAAAGAG 2467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 CTAGTGAGCCTAATCTGATTGAAGGAAAAGTATTTCGATCCTATTCAGAAGAAGAAAGAG 2272
Query 2468 ATAGGATTTGTGAAGAGATATCTGTAATGGGTAGATCATCACCCAATGACAAACTTCTTC 2527
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 ATAGGATTTGTGAAGAAATATCTGTAATGGGTAGATCATCACCCAATGACAAACTTCTTC 2332
Query 2528 TTGTGCAATCGCTGAAGAGGAGGGGACACGTCGTGGCTGTGACTGGTGATGGAACCAATG 2587
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 TTGTGCAATCGCTGAAGAGGAGGGGACACGTTGTGGCTGTGACTGGTGATGGAACCAATG 2392
Query 2588 ATGCTCCTGCACTGCACGAGGCAGATATAGGTCTCGCAATGGGTATCCAAGGCACCGAAG 2647
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2393 ATGCTCCTGCATTGCATGAGGCAGATATAGGTCTCGCAATGGGTATCCAAGGTACCGAAG 2452
Query 2648 TTGCAAAGGAAAAGTCAGACATCATTATCTTGGATGACAACTTTGAATCCGTTGTGAAGG 2707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 TTGCAAAGGAAAAGTCAGACATCATTATCTTGGATGACAACTTTGAATCCGTTGTGAAGG 2512
Query 2708 TTGTCCGTTGGGGTCGATCTGTGTATGCGAATATTCAAAAGTTCATCCAGTTTCAGCTCA 2767
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 TTGTCCGTTGGGGTCGATCTGTGTATGCCAATATTCAAAAGTTCATCCAGTTTCAGCTCA 2572
Query 2768 CGGTTAATGTCGCAGCTCTTGTCATCAATGTGGTGGCTGCCATATCCGCGGGTGAAGTTC 2827
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2573 CGGTTAATGTCGCAGCCCTTGTCATCAATGTTGTGGCTGCCATATCCGCCGGTGATGTTC 2632
Query 2828 CTCTAACTGCAGTACAGCTCCTTTGGGTCAATCTTATAATGGATACTCTTGGGGCTCTTG 2887
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 CTCTAACTGCAGTACAGCTCCTCTGGGTCAATCTTATAATGGATACTCTTGGGGCTCTTG 2692
Query 2888 CTTTAGCCACTGAGCCACCAACCGATCACTTAATGGATCGAGCGCCTGTTGGCAGAAGAG 2947
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2693 CTTTAGCCACTGAACCACCAACCGATCACTTAATGGATCGAGCCCCTGTTGGCAGAAGAG 2752
Query 2948 AACCTCTCATCACAAATATCATGTGGAGAAACTTGTTTATACAAGCGATGTACCAAGTGA 3007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 AACCTCTCATCACAAATATCATGTGGAGAAACTTGTTTATACAAGCGATGTACCAAGTGA 2812
Query 3008 CAGTCTTGTTAATCCTCAATTTCCGTGGAATAAGTATCCTGCATCTGAAGAGTAAGCCAA 3067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 CAGTCTTGTTAATCCTCAATTTCCGTGGAATAAGTATCCTGCATCTGAAGAGTAAGCCAA 2872
Query 3068 ATGCTGAGAGAGTGAAGAATACAGTCATCTTCAATGCCTTTGTCATCTGCCAGGTATTCA 3127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2873 ATGCTGAGAGAGTGAAGAATACAGTCATCTTCAATGCCTTTGTAATCTGCCAGATATTCA 2932
Query 3128 ACGAGTTCAATGCACGGAAGCCAGATGAAATAAACATTTTCCGAGGAGTTCTCAGGAATC 3187
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2933 ACGAGTTCAATGCACGGAAGCCAGATGAAATGAACATTTTCCGAGGAGTTCTCAGGAATC 2992
Query 3188 ACCTTTTTGTGGGCATCATCTCTATCACCATTGTGCTCCAGGTAGTCATCGTCGAGTTCC 3247
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2993 ACCTTTTTGTGGGCATCATCTGTATCACCATTGTGCTCCAGGTAGTCATCGTCGAGTTCC 3052
Query 3248 TTGGAACATTTGCCTCAACGACTAAGCTTGATTGGGAGATGTGGCTCGTCTGTATCGGAA 3307
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3053 TTGGAACATTTGCCTCAACGACTAAGCTTGACTGGGAGATGTGGCTCGTCTGTATCGGAA 3112
Query 3308 TCGGTTCTATCAGTTGGCCTTTGGCGGTGATCGGAAAATTGATACCGGTTCCAGAAACTC 3367
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3113 TCGGTTCCATCAGTTGGCCATTGGCGGTGATCGGAAAATTGATACCGGTTCCAGAAACTC 3172
Query 3368 CGGTTAGTCAATACTTTAGAATAAACCGGTGGAGAAGGAACTCATCAGGT--T--AA-TA 3422
| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||
Sbjct 3173 CAGTCAGCCAATACTTTAGAATAAACCGGTGGAGAAGGAACTCATCAGGTAATTTAAGTA 3232
Query 3423 ATTAGTTTGA-AA--AGA--GAAAACAGTTTAATACCAAAGGTGGCTTT-TAGTGGT--A 3474
|||| || | || || ||||| || ||||||||||||||||| |||| | |
Sbjct 3233 GTTAGGTTAATAATTAGTTTGAAAAGAG---AATACCAAAGGTGGCTTAGTAGTA-TCCA 3288
Query 3475 -CTTGTGAATACGTTTACCTCTTTTCTCTCAGTATTTTCGCAAACGGCATCTTCGGTTTA 3533
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3289 ACTTGTGAATACTTTTACCTCTTT-CTCTCAGTATTTTCGCAAACGGCTTCTTCGGTTTA 3347
Query 3534 ATACAG-ATA-AAA--AATAA-A--CCTATTTTTGTTTAGT-G--GTTAAGCTTGTTACG 3583
||||| | | ||| || || | |||||||||||||||| | ||||||| ||||||
Sbjct 3348 ATACATCAAACAAATGAAAAATATACCTATTTTTGTTTAGTTGTTGTTAAGCCTGTTACC 3407
Query 3584 TTAATCCTTAAATGCTCAAAGTCCGGAGTAATCTAAACGAAGTGACTTA 3632
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3408 TTAATCCTTAAATGCTCAAAGTCCAGAGTAATCCGAACGAAGTGACTTA 3456
Score = 134 bits (72), Expect = 6e-30
Identities = 92/101 (91%), Gaps = 4/101 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 3665 AAAGAGGCTTCATTTTATGTTTGGTGCAGAGAGAGTAGAACTGTAGAATATTCACATAAA 3724
||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3460 AAAGAGGCTTCATTTTATGCTTGGTGCAGAGATAATAGAACTGTAGAATATTCACATAAA 3519
Query 3725 TACATACAT--A--TATGTTCACAGTTTGAGATTGTGATGT 3761
|||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3520 TACATATATGCAAATATTTTCACAGTTTGAGATTGTGATGT 3560
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142145035155
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5