BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G30150.1
Length=6253
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944981 jgi|Araly1|944981|scaffold_701210.1 9239 0.0
> Ahg944981 jgi|Araly1|944981|scaffold_701210.1
Length=5944
Score = 9239 bits (5003), Expect = 0.0
Identities = 5608/5901 (95%), Gaps = 38/5901 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 166 AAGCAGACGAAGAAGAATTCTGAAA-CTCAATTTGAAGATTCTTCAGTAGAGGTCGTAGA 224
||| ||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||| |||| |||||||||||
Sbjct 66 AAGAAGACGAAGAAGAACCCT-AAACCCCAATTTGATGATTCTCCAGTTGAGGTCGTAGA 124
Query 225 AACCAAAGCTTGTGACCAGGAGGAAACGGTTACGGACATTGTTGTTGAAGAGGGTCCATG 284
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 125 AACCAAATCTTGTGACCAGCAGGAAACGGTTACGGACATTGTTGTTGAAGAGGGTCCATG 184
Query 285 GAAGAACCTTGAACTCATACTTTCGTTGCAGAGCAATACA-TTGGGCTTTAAAAAGAAGG 343
||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||
Sbjct 185 GAAGAACCTTGAAATTATACTTTCGTTGCAGAGCAA-AAATTTGGGCGTTAAAAAGAAGG 243
Query 344 TGGAGTTGGCTTTTAGTTTTGTTAAAGGTTATGGAGGAGAAAATGGGACTAATGAGGATG 403
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 244 TGGAGTTGGCTTTCAGTTTTGTTAAAGGTTATGGAGGAGAAAATGGGACTGACGAGGATG 303
Query 404 AAGAATGTCAAGCGGTTAAGATATCGCGGCTGATTATATTTCTCAGCGACTGGATCCAGT 463
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 304 AGGAATGTCAAGCGGTTAAGATATCGCGGCTGATTATGTTTCTCAGCGATTGGATCCAGT 363
Query 464 CTCTTTTGATTCCTTCAGAGAAGAATATTAAAGTTAAGTGTGATTTAGATTCTGAACCAT 523
|||| |||| | | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 364 CTCTGTTGA-T--TAAAGAGAATAATATTAAAGTTAAGGGTGATTTAGATTCTGAGCCAT 420
Query 524 GTTTGGACTTCAGGTGTTGGGAGATCTTCAGTTTCTGCTTGAAGGAGGCGA-CAATCTTG 582
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | | | ||||||
Sbjct 421 ATATGGACTTCAGGTGTTGGGAGATCTTCAGGTTCTGCTTGAAGCAGTC-ATCGATCTTG 479
Query 583 GGAGTCTCTTTAAATTTGTCAAGAAACCTAT-TAAAGGCTATTGGGCT-TATCACGGGAA 640
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||| | ||
Sbjct 480 GGAGTCTCTTTAAATTTGTCAAGAAACCT-TCTAAAGGCTATTGGG-TATATCAC-GAAA 536
Query 641 GAT-TTTTATCTGCCCTGAACGA-ATCCTTGGCTACGGGGGTTGATTTCTGCAATGGTCA 698
|| |||||||||| ||| || | |||||| || ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 537 AATGTTTTATCTGCACTGGAC-ATGTCCTTGTCTTCGGAGGTTGATTTCTGCAATGGTCA 595
Query 699 AGGTTTTGTAGTTTACAGTTCTGTGGTTGATTGTCTCGGCTTGTTATTTTCATCGAAAAG 758
||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 TGGTTTTGAAGTTTACAGTACTGTGATTGATTGTCTAGGCTTGTTATTTTCATCGAAAAG 655
Query 759 TGGCATGTCTAATGACAATTTAGACTTGTGGTTTTCGACTGTTGAACCAGTTCTGAAGCT 818
||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 656 TGGCATGTCCAATGACAATGTGGACTTGTGGTTTTCAACTGTTGAATCAGTTCTGAAGCT 715
Query 819 CACACATACGGTTCTTGT-AGAGAATATCAAGGATAGTCTTGGTGACAGACATGTCCTTA 877
|||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||
Sbjct 716 CACACATAAAGTTCTT-TCAGAGAATATCAAGGATAGTCTTGCTTATAGATATGTCCTTC 774
Query 878 AATTCTCTTGCTTGGTTCTTGAGCCATTCTCTAGGTTCTTAATGACTCATCCAACTACGA 937
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 AATTCTCTTGCTTGGTTCTTGAGCCATTCTCTAAGTTCTTAATGACTCATCCAACTACGA 834
Query 938 AGAATGGGTTTTGTGATTTTCTGGACAAGCTTTTTGAGCCATTTATGGATGTGTTGGGTT 997
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 835 AGAACGGGTTTTGTGATTTTCTGGACAAGCTTTTTGAGCCATTTTTGGATGTGTTGGGTT 894
Query 998 TATTAAATCTCATCGAGGACAAAAACAAGGATTTGGAGATATCCTTGCTGAGGTTGATTG 1057
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||
Sbjct 895 TATTAAATCTCAGCGAGGACAAAAACAAGGATTTGGAAATAACTTTGGTGAGGTTGATTG 954
Query 1058 AAGACATATTATCTCTGGCTCTGTTTCATTCAGCTCATATTGATGGGTTCTTAGGCCTGG 1117
|||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 AAGAAATACTATCTCTGGGTCTGTTTCATTCAGCTCATATTGATGGGTTCTTAGGCCTGG 1014
Query 1118 GTGGAGCGAAAAAGTATTTACCAGAATCGAAAGAGAACAAAACTATTCTGAAAAGCTATC 1177
| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 GCGGATCGAAAAGGTATTTACCAGAATTGAAAGAGAACAAAACTATTCTGAAAAGCTATC 1074
Query 1178 ATCGGCAtttttttACCAAGTTCAAAAATATGCTATTAATGAAGAAGGAGTTGGAGCTGA 1237
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 ATCGGCATTTTTTTACCAAGTTCAAAAACATGCTATTAATGAAGAAGGAGTTGGAGCTGA 1134
Query 1238 GCTGTATGGGGTCATTGTTTAAAG-TGTTTATTTACAGAGTGATGAAACAACAAAGAGAT 1296
|||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GCTGTATGGGGTCATTGTTT-AGGTTGTTTATTTACAGAGTGATGAAACAACAAAGAGAT 1193
Query 1297 CCTAATCAGTTGCAGGAAGGCATGATGACAAAGGCCTCAAATGCGAGGCAAGCAGAAGAA 1356
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1194 CCAAATCAGTTGCAGGAAGGCATGACGACAAAGGCCTCAAATACGGGGCAAGCAGAAGAA 1253
Query 1357 AGGCCATGGAAGCTGGC-GGACACAGCTACAAATGATAATGGGTCTTCTACAAAAAGTCA 1415
|||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1254 AGGCCATGGAAGCT-GCAAGACACAGCGACAAATGATAATGCGTCTTCTGCAAAAAGTCA 1312
Query 1416 TTACTCAAGTTCCCTCCGGCTGGAGACACGAAAATCAATTTTTGATTTCTTCCTGCATCT 1475
|| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1313 TTGCTCAAGTTCTCTCCGCCTGGAGACACGAAAATCACTTTTTGAGTTCTTCCTGCATCT 1372
Query 1476 TATGGAACCTATATTACTTGAGATCAATGGATATAATCAGTCTGGCTCTGAAATGGCTCC 1535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 TATGGAACCTATATTACTTGAGATCAATGGATATAATCAATCTGGCTCTGAAATGGCTCC 1432
Query 1536 TTTATTGGGTGATTTTTGTTGTGTTATTAAGTCAGCAAATAGTTTGCTGTTCAACTTTGC 1595
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 TTTATTGGCTGATTTTTGTTGTGCTATTAAGTCAGCAAATAGTTTGCTGTTCAACTTTGC 1492
Query 1596 TCATGAGCGAATGTATGTGAAGACAGAAGATGCATCTGAAGGAGCTTGCTCTTGTTTTTT 1655
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 TCATGAGCGAATATATGTGAAGACAGAGGATGCATCTGGAGGAGCTTGCTCTTGTTTTTT 1552
Query 1656 GAGGACGATCTTCAAAACAATAGTTTCAGTTGCTTCTGAATTAAAGAAA-CATTGTCCAT 1714
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||
Sbjct 1553 CAGGACGATCTTCAAAACAATAGTTTCAGTTGCTTCTGAATTAAA-AAATCATTATCCAT 1611
Query 1715 ATGATAATGGGTCAGAGATGCATGTTTTGTTAGCCAAGGAGCTAGTAACCGCAATAGGCT 1774
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 ATGATGATGGGTCAGAGATGCATGTTTTGTTAGCCAAGGAGCTAGTAACCGCAATAGGCT 1671
Query 1775 ATCTGTTACATATTGAATACGAAATCATTGAGAGTGATTTAGTTACTTTGTGGCTAATCA 1834
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1672 ACCTGTTACATATTGAATACGAAATTATTGAGAGTGATTTAGTTACTTTGTGGGTAATCA 1731
Query 1835 TTCTCTCTTTCCTGGAGTTTAGTAGTTTGTCACCAGAGAATTCAGAAGGGGACTGCCCGT 1894
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1732 TTCTCTCTTTCCTGGAGTTTAGTACTTTGTCACCAGAGAATTCAGAAGATGACTGCCCGT 1791
Query 1895 TGACTTCATTGTTAGTTGGCCTTGGATGCCAGCTGATAACTTTATATAGTGACCTTCGCC 1954
|||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1792 TGACCTCATTGTTACTTTCCCTTGGATGCCAGCTGATAAATTTATATAGTGACCTCCGCC 1851
Query 1955 AGGTAAGTGTTGCTGTATTTTCTCTGTTCAAAGCTGTAAGGCTTGTGATGCCTGTTGTGA 2014
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1852 AGGTAAGTGTTGCTGTATTTTCTCTGTGCAAAGCTGTAAGGCTTGTGATGCCTGTTATGA 1911
Query 2015 CACCTGCTGATGGTGATGATGATGAGATGATTGCCACTGAAGAGCTTCCACTATCAACTG 2074
|||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 CACCTGCTGATGGTAATGATGATGAGATGATTGATACCGAAGAGCTTCCACTATCAACTG 1971
Query 2075 TGTTCCCTTTCCGTTTAGAGAGAAGTGAAAAATCAGTGGAAAAGCTCTTGTCATCTCAAG 2134
||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 TGTTCTCTTTCCCTTTAGAAAGAAGTGAAAAATCAGTGGAAAAGCTCTTGTCATCTCAAG 2031
Query 2135 CTTTAAGACTTGCTATACATAAAGCTATTAAAGTGATACCAGAAGGCCAAGCAAGTGGTT 2194
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 CTTTAAGACTTGCTATACACGGAGCTATTAAAGTGATACCAGAAGGCCAAGCAAGTGGTT 2091
Query 2195 GTATCAAGAGCTTGACTGCAGATGTATCAAAAACCATGAAATGGATAAAACAAGTTTGTT 2254
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 GTATCAAGAGCTTGACTACAGATGTATCAAAAACCATGAAATGGATAAAACAAGTTTGTT 2151
Query 2255 GCTCAACAGGTGCTACAGAACAAGATGGACAGGTGGCAGCATTCTTGGCTGGATCTTTGT 2314
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2152 GTTCAACTGGTGCTACAGAACAAGATGGACAGGTGGCAGCATTCTTGGCCGGATCTTTGT 2211
Query 2315 CTGATATTTATTCACTAATTCTCGACTCAATAACTATTACAACAGGGAATAGTAACCTTG 2374
||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 CTGATATCTATTCACTTATTCTCGACTCACTTACTATTACAACAGGGAATAGTAACCTTG 2271
Query 2375 TTGGCCAGTCCATGAAAGATCTGTTGGATCTCATCAGTCCTTGCTTAACCCACCTGGTTT 2434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 TTGGCCAGTCCATGAAAGATCTGTTGGATCTCATCAGTCCTTGCTTAACCCACCTGGTTT 2331
Query 2435 CTTCAGACTCCGATTGCATCGAAAATTTCCTTTCTGCTCTCACCGGAAAAGATTTGGAGA 2494
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |
Sbjct 2332 CTTCAGACTCAGATTGCATTGAAAATTTCCTTTCTGCTGTCACCGGAAAAGGTTTGGAAA 2391
Query 2495 TTGTGATGGCTGAAAAGAAGATAGAGACCTACAGAAAGTCTGTGCGCTTGTTTGTTATAT 2554
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |
Sbjct 2392 TTATGATGGCTGAAAAGAAGATAGAGACCCACAGAAAGTCTGTGCGCTTGTTTATCATCT 2451
Query 2555 TCGTCTTGCGTATTTACATGTCTTCCAGAAGCTTATATAGGCAGGTGATTAGTCTTATGC 2614
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 TCGTCTTGCGTATTTACATGTCTACCAGAAGCTTATATAGGCAGGTGATTAGTCTTATGC 2511
Query 2615 CTCCGaaaaaaaCAAAGGATATGGCTGGTATTAAGGGCGACTCTGTTGCAGTTCGTTGCG 2674
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2512 CTCCGAAAAAAACAAAAGATATGGCTGGTATTAAGGGCAACTCTGTTGCAGCTCGTTGCG 2571
Query 2675 GAAGCGATTGGATAAAAGAGAAAAGTTGGAATTATGAAGGATATTTTTCATGGATCTCCC 2734
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 2572 GAAGCGATTGGATAAAAGAGAAAAGTTGGAATTATGAAGGCTATTTTTCGTGGATCTCCC 2631
Query 2735 AACCTTCTGCTTCCATTGTTGACACTATTAAACACATTTCAGCTTTTTACCTTAAGGATG 2794
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2632 AACCTTCTGCTTCCATTGTTGACACTATTAAACACATTTCAGCTATTTACCTTAAGGATG 2691
Query 2795 ACAGTGCAGATTGCTCCTTGCTGATATATATATTGTATGGAGTCGCTCTTCAGAGACTTG 2854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2692 ACAGTGCAGATTGCTCCTTGCTGATATATATATTGTATGGAGTGGCTCTTCAGAGGCTTG 2751
Query 2855 TTGATTTAAACAGCCACATAAAATCACTTGATTATGTGTCACAGATAAGTGATAATCAGA 2914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2752 TTGATTTAAACAGCCACATAAAATCACTTGATTATGTGTCACAGATAAGTGATAATCAGA 2811
Query 2915 TAAATGATACAATGCTCAAGCATGTATCAGTTCTTAAGCGTGAAGGAGAAGAGCTTACTG 2974
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2812 TACATGATACAATGCTCAAGCATGTATCAGTTCTTAAGCGTGAAGGAGAAGAGCTTACTG 2871
Query 2975 ATTTCCTTTTAGGCAACAACATCATATCAGGTTTTGTTGATGATGGAACATTTGAGACGA 3034
|||||||| ||| ||||| |||||||||| | | ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2872 ATTTCCTTCTAGACAACAGCATCATATCA-G----G-AAATGTTGGAACATTTGAGACGA 2925
Query 3035 TAAAAGACACTGATCAGTGGGTTCTTAGGGTTTCTGGCATCAACGGGAAGTGTTTGCCTA 3094
|| |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2926 TAGAAGACACTGACCAGTGGGTTCTCAGTGTTTCCGGCATCAACAGGAAGTGTTTGCCTA 2985
Query 3095 CTATGCGTTTGTGGGTTCTTAGCCAGCATATTGATCTTTGGTGCCCCCATGCAGGAAAAA 3154
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2986 CTATGCGTTTGTGGATTCTTAGCCAGCATATTGATCTTTGGTGCCCCCATGCAGGAAAAA 3045
Query 3155 AGAAATTGAAGAATTTCCTGTCTCAGCTAATAGGTAGTTCCGTTCCTTGTATATTGAACG 3214
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 3046 AGAAATTGAAGAATTTCCTGTCTCAGCTAATAGGTAGTTCTGTTCCTCGTATATTGAACG 3105
Query 3215 GAGTGGGTATGTCTACTCTTGGCTGGGAAAATAATGTAGACAAGGGCTCTCAAAAGAAGA 3274
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3106 GAGTGGGTATGTCTACTCTTGGCTGGGAGAATAATGTAGACAAGGGCACTCAAAAGAAGA 3165
Query 3275 AAATAGGGTTGGAACAGTTCTCGTTTGGACTTCTATTTGATTCAGTACTGTATGAACACG 3334
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3166 AAATAGGGTTGGAACAATTCTCGTTAGGACTTCTATTTGATTCAGTACTGTATGACCACG 3225
Query 3335 AATTTGTTCGCAGGTATTTGGCCCCGAGTTTTTCTCACGTACTGAAAATGACAGCAGAAA 3394
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3226 AATTTGTTCGCAGGTATTTGGCCCCGAGTTTCTCTCACGTACTGAAAATGACAGCAGAAA 3285
Query 3395 CGTTTTTCAAGGATATTACTGAAGAAGTAAACTTTGATTCTCCATCAGATTGGTCAGAGG 3454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3286 CGTTTTTCAAGGATATTACTGAAGAAGTAAACTTTGATTCTCCATCAGATTGGTCAGAGG 3345
Query 3455 TGTTAATTTTGCTTGAAAGTTCAATTGCTAACTTATCTGGAAAGCTTAAATCAGAAGCCT 3514
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 3346 TGTTAATTTTGCTTGAAAGATCAATTGCTAACTTATCTGGAAAGCTTCAATCAAAAGCCT 3405
Query 3515 TTCTAGAGGCACATGTGTCACTGCTGGACAATCGGAAGTTCACAGCTTGCCAAAATTTGC 3574
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3406 TTCTAGAGGCACATGTGTCACAGCTGGACAATCGGAAGTTCACAGCTTGTCAAAATTTGC 3465
Query 3575 TAAATCTGTTAGGTGTGATGCCCAAGGAGTATACGAATAAGAAGTCGTTCCAACTTTATG 3634
||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3466 TAAATCTTTTAGGTGCGATGCCCAAGGAGTATATGAATAAGAAGTCATTCCAACTTTATG 3525
Query 3635 CAAGTTATGTTCTCGACCTTGAGAGGTTTATAGTTTTTAGCATGTTGAGATGTTTGAACA 3694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3526 CAAGTTATGTTCTCGACCTTGAGAGGTTTATAGTTTTTAGCATGTTGAGATGTTTGAACA 3585
Query 3695 AGCTGTCCT-GTGGTGATATGCAAAACCTTTTCAGCCTTTTCAGTACTTGCAGAAAAACT 3753
|||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3586 AGCTGT-CTCGGGGTGATATGCAAAACCTTTTCAGCCTTTTCAGTACTTCCAGAAAAACT 3644
Query 3754 TTGAAAAGTATTGCTATGATTTCTTGCGACAAGGTACTAGGAGCTACCAAGTTGCCTTTA 3813
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3645 TTGAAAAGTATTGCTATGATTTCTTGCGACAAGGTACTAGGAGCTACCGAGTTGCCTTTA 3704
Query 3814 TCTGATAGTTCGTTGTTGGCTTCTTGGCTTTTTAAATCAGCACAAGCTG-CG--ACTTGT 3870
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 3705 TCTGATAGTTCGTTGTTGGCTTCTTGGCTTTTCAAATCAGCACAAGCTGTGGTTACTTGT 3764
Query 3871 CAAGTGAGATTTAGGAATGATGTTACAGGAAAAGCAAGGGACGCCCTCTTTTCTTTGATG 3930
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3765 AAAGTGAGATTTAGGAATGATTTTACAGGAAAATCAAGGGACGCCCTCTTTTCTTTGATG 3824
Query 3931 GATCACACATCGTATATGTTTCTAACCGTAAGTAAATATCAATTTAGCAAGGCACTACCA 3990
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3825 GATCACACATCATATATGTTTCTCACCGTAAGTAAATATCAATTCAGCAAGGCACTACCA 3884
Query 3991 TTTTCTGATGAAAAACTCATTTCATCAGAAATTTCTGAGGGAACTGGACAAGCGAACCTT 4050
|| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3885 TTGTCTGATGAACAACTCATTTCAGCAGAAATTTCTGAGGGAACTGGACAAGGGAACCTT 3944
Query 4051 ATAATTGAGAACTTGACAGAACAGGCAGAAACTCTACTAAATGCTTTGAGGGCTACCTTC 4110
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3945 ATAATTGAGAGCTTGACAGAACAGGCAGAAACTCTACTAAATGCTTTGAGGGCTACCTTC 4004
Query 4111 AGAGATGAGAAAACAGCCTTTAAATGTGAGAGTCTGATACTGAACAAGTTAACACCTATA 4170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 4005 AGAGATGAGAAAACAGCCTTTAAATGTGAGAGTCTGATACTCAACAAATTAACACCTATA 4064
Query 4171 TTTTCTTGTTTTAGTGGGTTGTTGTGGGGATTAGCATCTGCAGTGAGTAACAGAGATATG 4230
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 4065 TTTTCTTGTGTTAGTGGGTTGTTGTGGGGTTTAGCATTTGCAGTGAGTCACAGAGATATG 4124
Query 4231 CAGAAGAATCATCAGAACGCAAAACTGAGATGGAAATCAGAACAGTTCTCAAAGCTTTCC 4290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4125 CAGAAGAATCATCAGAACGCAAAACTGAGATGGAAATCAGAACAGTTCTCAAATCTTTCC 4184
Query 4291 CGCATTATCCATGTGCTTAGCAATTTTTTCGAGGTTTTTGCACAGTGTCTGTTTCTTAGT 4350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4185 CGCATTATCCATGTGCTTAGCAATTTTTTCGAGGTTTTTGCACAGTGTCTGTTTCTTAGT 4244
Query 4351 GGTGATGTGCAGCGAGAAATCCAAACCAATATCAACTGGACCAGATTGCTTGATGGGACC 4410
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4245 GGTGATGTGCAGCAAGAAATCCAAACCAATATCAACTGGACCAGATTGCTTGATGGGGCC 4304
Query 4411 GAGGGTTCAAATGGTCTTGTGTGTGGTGACGTAGTAGAGACTAGTGATGTGAAAAAGAAA 4470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4305 GAGGGTTCAAATGGTCTTGTGTGTGGTGACGTAGTAGAGACTAACGATGTGAAAAAGAAA 4364
Query 4471 ATTATTGAGAGCTTGA-TAAAGGGTGATTCTTCAGAAGTAGTATTGGCACTCAAGCATCT 4529
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4365 ATTATTGAGAGCTTGATTAAA-GGTGATTCTTCAGAAGTAGTATTGGCACTCAGGCATCT 4423
Query 4530 GTTAATTGCTTCTGCTGCTATTTTAAGGTTAAACCTGCAAATTGATGGCATTACATTCTC 4589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||
Sbjct 4424 GTTAATTGCTTCTGCTGCTATTTTAAGGTTAAACCTGCAGATTGATGGCATTGCCTTCTC 4483
Query 4590 ACCTACATTTGTCTCTGTTCTCACGAACATTTCGAATGATTTACTGTCTGTATTCGCTGA 4649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4484 ACCTACATTTGTCTCTGTTCTCACGAACATTTCGAATGATCTACTGTCTGTATTCGCTGA 4543
Query 4650 CATGAGCGAGGCACCACTTGAATTCTCATTTATTTGGTTGGATGGTGCAGTTAAAGTTGT 4709
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4544 CATGAGCGAGGCATCACTTGAATTCTCATTTATTTGGTTGGATGGTGCAGTGAAAGTTGT 4603
Query 4710 AGAAGAACTAGGGAGCCAATTCTGCTTATCTAACCCTACATTAAACATAGATCTGTACTC 4769
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4604 AGAAGAATTAGGGAGCCAATTCTGCTTACCTAACCCTACATTAGACATAGATCTGTACTC 4663
Query 4770 AAAGTTGATTGAGTTGCACCTGAAGGTGATTGGGAAATGCATATCACTACAAGGAAAAGA 4829
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4664 AAAGTTGATTGAGTTGCACCTGAAGGTGATTGGGAAATGCATATCACTACAAGGAAAAGA 4723
Query 4830 GGCTACCTTGGAATCTCATGAGACAGGATTTGGTACTAATGCAATCCATGCTAAGCTAGT 4889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4724 GGCTACCTTGGAATCTCATGAGACAGGATTTGGTACTAATGCAATCCATGCTAAGCTAGT 4783
Query 4890 GCTAACAGaaaaaaaaCGGTCTCACAGATTGCATTGGTTGGACGAATTAAAACAGAGGCT 4949
|||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4784 GCTATCAGCAAAAAACCAGTCTCACAGATTGCATTGGTTGGATGAATTAAAACAGAGGCT 4843
Query 4950 TAGGATGTCATTTAAAGTGTTTATACATAGTTCCTCAGAGCTACACTTATTGTCAGGAGT 5009
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 4844 TAGGATGTCATTTAAAGTGTTTATACAAAGTTCCTCAGAGTTACACTTATTGTCTGGAGT 4903
Query 5010 ACAAGCTATAGAAAGAGCACTGGTTGGAGTATGGGAAGTGTGCCCAGCTATCTATTGCAT 5069
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 4904 ACAGGCTATAGAAAGAGCACTGGTTGGAGTATGGGAAGTGTGCCCTGCTATCTATAGCAT 4963
Query 5070 ACAGACTGGAAATAGAGATGGAGGCAGAATTTCTGAAACCGTCGCTGCTGGTCTTGACTG 5129
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 4964 ACAGACTGGAAATAGAGACGGAGGCAGAATTTCTGAAACTGTTGCTGCTGGTCTTGACTG 5023
Query 5130 TCTGGACCTAATTCTGGAACATGCCACAGGTCGCAAACGTTTGAATGTGGTTAAAAGGCA 5189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5024 TCTGGACCTAATTCTGGAACATGCCACAGGTCGCAAACGTTTGAATGTGGTTAAAAGGCA 5083
Query 5190 CATTCAAGGCTTAATGTCTGCAGTGTTTGGTATAATGGCTCACATGCAGAGTCCATTTAT 5249
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5084 CATTCAAGGCTTACTGTCTGCAGTGTTTGGTATAATGGCTCACATGCAGAGTCCATTTAT 5143
Query 5250 TTTCTTCTCAAATGCAGTCGTTGGCAACCAGGGTTCCAATTCTCCAGATTCTGGGGCAGT 5309
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 5144 TTTCTTCACAAATGCAGTCGTTGGCAACCAGGGTTCCAATTCTCCGGATTCTGGGTCAGT 5203
Query 5310 CATTCTCATGTGTGTTGGAGTCTTGATAAGAATAGCAGGGAAACACGCTTTGTTTCGGAT 5369
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5204 CATTCTCATGTGTGTCGAAGTCTTGATAAGAATAGCAGGGAAACACGCTTTGTTTCGGAT 5263
Query 5370 GGATTCATCCCACGTAAGTCAATCCATACATATACCCGGAGCAATTTTTCTTGATTACCT 5429
||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5264 GGATTCATCTCACATAAGCCAATCCATACATATACCCGGAGCAATTTTTCTTGATTACCT 5323
Query 5430 CCACGCAACAAGGGTGGGATTCTCGGTTTTGGATGGAAATCTGTTATCTAAGGATGATCA 5489
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 5324 CCAGGCAACAAGGGTGGGATTCTCGGTTTTGGATGGAAATTTGTTATCTAAGGATGGTCA 5383
Query 5490 GCAACAAGATCTTTTAGGATGCTCAAAAGAACTTCAAGTAGACAGGAAATTCTCAGTGAG 5549
||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 5384 GCAACAAGATCTTTTAGGAAGCTCAAGAGATCTTCAAGTAGACAAGAAATTCTCAGTGAG 5443
Query 5550 CCTGTATGCTGCTTGCTGCCGACTACTATATACAGCTGTTAAGCATCATAAGAGTCAAAC 5609
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5444 TCTGTACGCTGCTTGCTGCCGACTACTATATACAGCTGTTAAGCATCATAAGAGTGAAAC 5503
Query 5610 TGAGGGGTCCATTGCTACACTCCAAGAATCTGTTTCCGCGCTTCTTCATTGTCTGGAGAC 5669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5504 TGAGGGGTCCATTGCTACACTCCAAGAATCTGTTTCCGCGCTTCTTCATTGTCTGGAGAC 5563
Query 5670 AGCAGGAAAAAATTTGGGTAATTGTGTTTCATGGGAAGTGGAAGAGGGAATTAGATGTGC 5729
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5564 AGCAGGAAAAAAATTGGGTAATTGTGTTTCATGGGAAGTGGAAGAGGGAATTAGATGTGC 5623
Query 5730 TTGTTTCCTCCGGAGGATCTATGAAGAGCTAAGACAGCAGAAGGAGGTCTTTGGACAGCA 5789
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5624 TTGTTTCCTCCGGAGGATCTATGAAGAGTTAAGACAGCAGAAGGAGGTCTTTGGACAGCA 5683
Query 5790 TTGTTTCAAGTTCTTGTCAACTTACATATGGGTTTCTTCCGGATATGGACCTCTTAAGAC 5849
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5684 TTGTTTCAAGTTCTTGTCAACTTACGTATGGGTTTCTTCCGGATATGGACCTCTTAAGAT 5743
Query 5850 GGGTCTTGAAAGGGAGGTAGATGAAGCTTTAAGGCCTGGTGTGTATGCTCTTATAGACTC 5909
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5744 GGGTCTCGAAAGGGAGGTAGATGAAGCTTTAAGGCCTGGTGTGTATGCTCTTATAGACTC 5803
Query 5910 TTGCTCACCTAACGATCTTCAATATCTCCATACAGTATTTGGTGAAGGTCCTTGTAGAAA 5969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5804 TTGCTCACCTAACGATCTTCAATATCTCCATACAGTATTTGGTGAAGGTCCTTGTAGAAA 5863
Query 5970 CTCCCTAGCAACTCTGCAACAAGACTACAAGTTGAATTTCAAGTATGGAGGAAAAGTCTA 6029
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5864 CTCTCTAGCAACTCTGCAACAAGACTACAAGTTGAATTTCAAGTATGGAGGAAAAGTCTA 5923
Query 6030 GAAAACTTGCGATTACTTTTC 6050
|||||||| | ||||||||||
Sbjct 5924 GAAAACTTTCAATTACTTTTC 5944
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 236946449498
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5