BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G30310.2
Length=1914
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491720 jgi|Araly1|491720|fgenesh2_kg.7__1153__AT4G30310.2 3031 0.0
> Ahg491720 jgi|Araly1|491720|fgenesh2_kg.7__1153__AT4G30310.2
Length=1862
Score = 3031 bits (1641), Expect = 0.0
Identities = 1768/1830 (97%), Gaps = 5/1830 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 TCACCTCCGTAGCTTCCGCCGTTGCCGTTCAGATGACCACCGCTGAGTTAAATCCATTTC 80
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCACCTCCGTAGCTTTCGCCGTCGCCGTTCAGATGACCACCGCTGAGTTAAATCCATTTC 60
Query 81 CGTCTCGCTCCGTTTTTCTCGGTGTCGACGTTGGCACTGGAAGCGCCCGTGCCGGTTTGT 140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGTCTCGCTCCGTTTTTCTCGGTGTCGACGTTGGCACTGGAAGCGCCCGTGCCGGTTTGT 120
Query 141 TCGATGATAATGGGAAGCTTCTAGGATCTGCTACTAGTCCAATACAGATTTGGAAGGATG 200
||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCGATGAAAATGGGAAACTTCTAGGATCTGCTAGTAGCCCGATACAGATTTGGAAGGATG 180
Query 201 GAGACTGTATTGAGCAATCTTCAACAGATATTTGGCATGCAGTTTGTGCTGCTGTGAAAT 260
| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGGACTGTGTTGAGCAATCTTCAACCGATATTTGGCATGCAGTTTGTGCTGCTGTGAAAT 240
Query 261 CTGCTTGCTCTCTTGCAAATGTTTCGGATGTGGAAGTGAAAGGAATAGGCTTTGCTGCCA 320
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 241 CTGCTTGCTCTCTTGCAAATGTTTCGGAAGTAGAAGTGAAAGGAATTGGCTTTGCTGCCA 300
Query 321 CGTGCTCTCTCGTGGCGGTTGATGCTGAGGGATCTCCTGTTACAGTGTCGTGGAGTGGTG 380
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 301 CGTGCTCTCTCGTGGCGGTCGATGCTGAGGGATCCCCTGTTACAGTGTCTTGGAGTGGTG 360
Query 381 ATTCAAGAAGAAACATTATTGTATGGATGGACCATAGAGCTGTAAAGCAGGCAGAGAGAA 440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATTCAAGAAGAAACATTATTGTATGGATGGACCATAGAGCTGTAAAGCAGGCAGAGAGAA 420
Query 441 TCAACTCATTTAATTCTCCAGTCTTGCAGTACTGTGGTGGCGGTGTTTCTCCAGAAATGG 500
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TCAACTCATTTAATTCTCCAGTCTTGCAATACTGTGGTGGCGGTGTTTCTCCAGAAATGG 480
Query 501 AGCCACCAAAACTTTTATGGGTGAAAGAAAATCTTAAGGAGTCTTGGTCAATGGTGTATA 560
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 481 AGCCACCAAAACTTCTATGGGTGAAAGAAAATCTTAAGGAGTCTTGGTCCATGGTGTATA 540
Query 561 AGTGGATGGACTTGAGTGATTGGCTATCCTACAGAGCTACTGGAGATGATACACGTAGTT 620
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AGTGGATGGACTTGAGTGACTGGCTGTCCTACAGAGCTACTGGAGATGATACACGTAGTT 600
Query 621 TGTGCACCACAGTATGTAAATGGACTTATCTTGGCCATGCACACATGCACCAGATGACTG 680
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 601 TGTGCACCACAGTATGTAAGTGGACTTATCTTGGCCATGCACACATGCACCAGATGAGTG 660
Query 681 AGAAGGCTTCTCGTGATATGGAAGCTTGTGGATGGGATGATGAGTTCTGGGAAGAAATTG 740
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGAAGGCTTCTCGTGATATGGAAGCGTGTGGATGGGATGATGAGTTCTGGGAAGAAATTG 720
Query 741 GTTTAGGCGATTTGGTAGATGGGCACCATGCTAAGATTGGACGAAGTGTAGCTTTTCCTG 800
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 721 GCTTAGGCGATTTGGTAGATGGGCACCATGCCAAGATCGGACGAAGTGTGGCTTTTCCTG 780
Query 801 GACATCCACTGGGTAATGGTCTAACTGCAACCGCTGCTAAGGAACTGGGTCTGTTAGCTG 860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 781 GACATCCACTGGGTAATGGTCTAACTGCAACCGCTGCTAAGGAACTGGGTCTGTTGGCTG 840
Query 861 GAACTCCTGTTGGGACTTCACTCATTGATGCTCATGCCGGTGGTGTTGGGGTCATGGAAA 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 841 GAACTCCTGTTGGGACTTCACTCATTGATGCTCATGCCGGTGGTGTTGGTGTCATGGAAA 900
Query 921 GTAAATTAGAATCAGACTCCTTGACGAAAGAGTCAGATGTGGATACCTTGTGCTCTCGAA 980
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTAAATCAGATTCAGACTCCTTGACGAAAGAGTCAGATGTGGATACCTTGTGCTCTCGAA 960
Query 981 TGGTCTTGGTATGTGGCACATCAACTTGTCATATGGCTGTTTCCCGTGAAAAGCTGTTTA 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TGGTCTTGGTATGTGGCACATCAACTTGTCATATGGCTGTTTCCCGTGAAAAGCTGTTTA 1020
Query 1041 TTCCTGGCGTGTGGGGGCCTTTTTGGTCAGCTATGGTTCCGGAGTATTGGCTTACAGAAG 1100
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTCCTGGCGTGTGGGGGCCTTTTTGGTCAGCAATGGTTCCGGAGTATTGGCTTACAGAAG 1080
Query 1101 GAGGACAAAGTGCTACTGGAGCTTTACTTGATCACATCATCGAAAATCATGTTGCTTCTC 1160
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1081 GAGGACAAAGTGCTACTGGAGCTTTACTTGATCACATCATCGAAAATCATGTCGCTTCTC 1140
Query 1161 CCCGTCTTGCAAATCGTGCTGCTTCCCAGAAAGTTTCTGTGTTTGAACTCCTAAACAACA 1220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1141 CCCGTCTTGCAAATCGTGCTGCTTCCCAGAAAGTTTCTGTGTTTGAACTCCTGAACAACA 1200
Query 1221 TTTTGAAAACGATGGCTGAAGATACAAGTTCTCCATTTATATCTGCCCTTACCTCAGACA 1280
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TTTTGAAAACGATGGCTGAAGATACGAGTTCTCCATTTATATCTGCCCTTACCTCAGACA 1260
Query 1281 TGCATATCCTTCCCGACTTTCACGGAAACAGATCTCCCGTTGCAGACCCAAATTCGAAAG 1340
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1261 TGCATATCCTTCCTGACTTTCATGGAAACAGATCTCCCGTTGCTGACCCAAATTCGAAAG 1320
Query 1341 GAGTGATATTCGGAATGTCTCTTGACACGTCCGAGAAGCAGTTGGCTCTTCTATACCTCG 1400
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GAGTGATATTCGGAATGTCTCTTGACACATCCGAGAAGCAGTTGGCTCTTCTATACCTCG 1380
Query 1401 CCACAATTCAGGGAATCGCATATGGTACACGTCATATCGTAGAGCATTGCAATACTCATG 1460
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1381 CCACAATCCAGGGAATCGCATATGGTACACGTCATATCGTAGAGCATTGCAATGCTCATG 1440
Query 1461 GTCACAAAATTGATACACTGCTTGCTTGTGGCGGCCTTTCAAAGAACCCATTGTTCATCC 1520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GTCACAAAATTGATACACTGCTTGCTTGTGGCGGCCTTTCAAAGAACCCATTGTTCATCC 1500
Query 1521 AAGAACATGCTGATATAGTCGGTTGTCCGATTATTCTTCCTCGAGAAAGCGAGTCTGTTC 1580
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1501 AGGAACATGCTGATATAGTTGGTTGTCCGATTATTCTTCCCCGAGAAAGCGAGTCTGTTC 1560
Query 1581 TCTTAGGAGCAGCAATTCTTGGAGCAGTTGCTGGCAAGAACTACCCTAGTCTCCATGATG 1640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1561 TCTTAGGAGCAGCAATTCTTGGAGCAGTTGCTGGCAAGAACTATCCGAGTCTCCATGATG 1620
Query 1641 CCATGAAAGCTCTTAACGCAGCTGGACAAGTGGTT--C-ATCCCTCATCAGACCCTAAGA 1697
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||
Sbjct 1621 CCATGAAAGCTCTTAACGCAGCTGGACAAGTGGTTGTCCATCCATCATCAGACCCTAAGG 1680
Query 1698 TCAAGAAGTATCACGATGC-AAAGTACCGTATTTTCCGCAACCTCTACGAACAGCAATTG 1756
| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 TTACGAAGTATCACGATGCCAAA-TACCGTATTTTCCGTAACCTCTACGAACAGCAATTG 1739
Query 1757 TCTCACCGTTCCATCATCGCTGAAGCTCTTGCATAATGTTTCTGATCAACAAAAACTGTA 1816
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TCTCACCGTTCCATCATCGCCGAAGCTCTTGCATAATGTTTCTGATCAACAAAAACTGTA 1799
Query 1817 TAGTTCTCTGCAACATTTACCTTCCTTTTT 1846
|||||||| ||| |||| ||||| ||||||
Sbjct 1800 TAGTTCTCAGCATCATTCACCTTTCTTTTT 1829
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71914382560
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5