BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G30600.1
Length=2309
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491691 jgi|Araly1|491691|fgenesh2_kg.7__1124__AT4G30600.1 3483 0.0
> Ahg491691 jgi|Araly1|491691|fgenesh2_kg.7__1124__AT4G30600.1
Length=2209
Score = 3483 bits (1886), Expect = 0.0
Identities = 2139/2252 (95%), Gaps = 53/2252 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 61 AGAAACGACAGGAACCAAGGGTTACGAAATTGAAGATCGAAGATGTTAGAACAGCTTTTA 120
|||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 AGAAACGACAGGAACCAAGGGTAACGAACTTGGAGATCGAAGATGTTAGAACAGCTATTA 60
Query 121 ATCTTTACCCGAGGAGGATTAATCCTTTGGACATGCAAAGAGATTGGTAATGCATTAAAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 61 ATCTTTACCCGAGGAGGATTAATCCTTTGGACATGCAAAGAGATTGGTAATGCTTTGAAA 120
Query 181 GGATCACCTATCGATACTTTGATCCGGTCCTGTCTCCTTGAGGAACGATCTGGTGCTGTT 240
|||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGATCACCCATCGACACTTTGATCCGGTCTTGTCTCCTTGAGGAACGATCTGGTGCTGTT 180
Query 241 TCGTTTAACTACGATGCTCCTGGTGCTGCCTACACTCTCAAGTGGACGTTTCACAATGAT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCGTTTAACTACGATGCTCCTGGTGCTGCCTACACTCTCAAGTGGACGTTTCACAATGAT 240
Query 301 CTTGGACTTGTCTTTGTCGCTGTTTATCAGCGGATTCTCCATTTGCTTTATGTGGATGAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 241 CTTGGACTTGTCTTTGTCGCTGTTTATCAGCGGATTCTCCACTTGCTTTATGTCGATGAT 300
Query 361 TTGCTTTCTATGGTCAAGCAAAGCTTCTCTGAGGTCTATGATCCTAAACGGATGGCTTAT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGCTTTCTATGGTCAAGCAAAGCTTCTCTGAGATCTATGATCCTAAACGGATGGCTTAT 360
Query 421 GATGATTTCGATGAGACTTTTAGGCAGCTTAGGATTGAAGCTGAAGCTCGTGCTGAGGAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GATGATTTCGATGAGACTTTTAGGCAGCTTAGGATTGAAGCTGAAGCTCGTGCTGAGGAA 420
Query 481 TTGAGGAAGACTAAGCAAGTGGGGAAGCCTGTGACCAGTGTTAAGAAGCAAGGGCAGGTT 540
|||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTGAGGAAGACTAAGCAAGTTGGAAAGCCTGTGAGCAGTGTTAAGAAGCAAGGGCAGGTC 480
Query 541 TCAAAACCTGGACTTGAAGGAGGAAACAAAAGGGTTAGTAGTGAAGGTGGTTCGAAGAAA 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||
Sbjct 481 TCAAAACCTGGACTTGAAGGAGGAAACAAAAGGG-T--TAGTGAAGGTGGCTCGAAGAAA 537
Query 601 GATGATGGCGATGGTGGTAATAAGGCCAAAGTTAGTACCTTGACTAATGGTCATTCCAAT 660
|||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 538 GATGAT-G-G-TGATGGTAATAAGGCCAAAGTTAGTACCTTGACTAATGGTCATTCTAAT 594
Query 661 GGGAATCATCAAATGGAAGATGATTCTCAGGAGACTAATGATCTTGCTAACGGGAAAGAA 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GGGAATCATCAAATGGAAGATGATTCTCAGGAGAC---TGATCTTGCTAACGGGAAAGAA 651
Query 721 AACACGAGTTCTAATGTTGCTGTTGATTTAAGTAAACTTCAGAAACTTAGAAGTAAAGGA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 652 AACACGAGTTCTAATGTTGCTGTTGATTTAAGTAAACTTCAGAAACTAAGAAGTAAAGGA 711
Query 781 GTCAGAGGTAGAGGAGGTGTAAGGAAAACTGACAGTATAGGTAATAAGAGTTCCAA-G-- 837
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 712 GTAAGAGGTAGAGGAGGTGTAAGGAAAACTGACAGTATAGGTAATAAGAGTTCCAAGGTT 771
Query 838 G-T--AGCGGAACCAGCCAAAAAGGCGACAAAGAAAAACAGGGTTTGGGATGATGCGGCT 894
| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 772 GCTGCTGCGGAGCCAGCCAAAAAGGCGACAAAGAAAAATAGGGTTTGGGATGATGCGGCT 831
Query 895 CCCAAACAATCGAAATTGGACTTCACGGATTCCATCGATGAAAATGGGAACAATGATCAT 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 CCCAAACAATCGAAATTGGACTTCACGGATTCCATCGATGAAAATGGGAACAATGATCAT 891
Query 955 GTAGATATTGTGGCTGCTGACCAAGGAGAAAGTATGATGGACAAGGAAGAGGTTTTCAGC 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 GTAGATATTGTGGCTGCTGACCAAGGAGAAAGTATGATGGACAAGGAAGAGGTTTTCAGC 951
Query 1015 AGTGATAGTGAAAGTGAAGATGATGACGAACCAGGAAGTGATGAGAAGCCTGCTCAGGCT 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 952 AGTGATAGTGAAAGTGAAGATGATGACGAACCAGGAAGTGATGAGAAGCCTGCTGAGGCT 1011
Query 1075 AAGAAAAAGGGATGGTTTTCTTCTGTTTTCCAGAGTATTACTGGGAAAGCGAATCTTGAA 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 AAGAAAAAGGGATGGTTTTCTTCTGTTTTCCAGAGTATTACTGGGAAAGCGAATCTTGAA 1071
Query 1135 AGGACAGACCTTGGACCGGCGTTGAAAGCTCTGAAGGAACGGCTCATGACCAAGAATGTG 1194
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 AGGACAGACCTTGGACCGGCATTGAAAGCTCTGAAGGAACGGCTCATGACCAAGAATGTG 1131
Query 1195 GCAGAAGAGATTGCTGAGAAGCTTTGCGAATCAGTGGAAGCTAGTCTTGAAGGAAAGAAA 1254
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GTTGAAGAGATTGCTGAGAAGCTTTGTGAATCAGTGGAAGCTAGTCTTGAAGGAAAGAAG 1191
Query 1255 TTGTCATCTTTCACCAGGATCTCTTCAACCGTTCAGGCAGCGATGGAGGATGCTCTGGTT 1314
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TTGTCATCGTTCACCAGGATCTCTTCAACCGTTCAGGCAGCGATGGAGGATGCTCTGGTT 1251
Query 1315 CGTATATTGACTCCAAGACGCTCCATTGATATATTAAGAGATGTTCATGCTGCCAAAGAA 1374
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CGTATATTGACTCCGAGACGCTCCATTGACATATTGAGAGATGTTCATGCTGCCAAAGAA 1311
Query 1375 CAGAGGAAACCTTATGTGGTTGTGTTTGTTGGAGTCAATGGAGTTGGGAAATCCACCAAT 1434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 CAGAGGAAACCTTATGTGGTTGTGTTTGTTGGAGTCAATGGAGTTGGGAAATCCACCAAT 1371
Query 1435 CTCGCTAAAGTGGCGTATTGGCTTCAGCAGCATAAGGTCAGTGTAATGATGGCTGCTTGT 1494
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 CTGGCCAAAGTGGCGTATTGGCTTCAGCAGCATAAGGTCAGTGTAATGATGGCTGCTTGT 1431
Query 1495 GACACTTTCCGTTCTGGAGCTGTTGAGCAGTTACGGACTCATGCTCGTAGGTTACAGATA 1554
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 GACACATTCCGTTCTGGAGCTGTTGAGCAGTTACGGACTCATGCTCGTAGGTTACAGATA 1491
Query 1555 CCGATATTTGAAAAGGGTTATGAAAAGGATCCAGCAGTAGTTGCTAAAGAAGCCATACAA 1614
|||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 CCGATATTTGAAAAAGGCTATGAAAAGGATCCAGCTGTAGTTGCTAAAGAAGCCATACAA 1551
Query 1615 GAAGCAACTCGAAATGGATCCGATGTTGTTCTTGTTGACACAGCTGGTCGGATGCAGGAT 1674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 GAAGCAACTCGAAATGGATCCGATGTTGTTCTTGTTGACACAGCTGGTCGGATGCAGGAT 1611
Query 1675 AATGAACCTTTGATGAGAGCACTCTCAAAGCTCATCAACCTTAATCAGCCGGACTTGGTC 1734
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1612 AATGAACCTTTGATGAGAGCACTCTCAAAGCTCATCAACCTTAATCAGCCAGACTTAGTC 1671
Query 1735 TTGTTTGTTGGTGAAGCTCTTGTTGGAAACGATGCAGTAGACCAGCTCTCGAAGTTCAAT 1794
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1672 TTGTTTGTTGGGGAAGCTCTTGTTGGAAACGATGCAGTAGACCAGCTCTCAAAGTTTAAT 1731
Query 1795 CAGAAACTTTCGGATCTCTCGACTTCTGGGAACCCAAGACTGATCGATGGAATCTTACTT 1854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 CAGAAACTTTCGGATCTCTCGACTTCTGGGAACCCAAGACTGATCGATGGAATCTTACTG 1791
Query 1855 ACAAAGTTTGATACCATTGACGACAAGGTCGGAGCAGCGTTGTCTATGGTTTACATATCG 1914
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1792 ACAAAGTTTGATACCATTGACGACAAGGTTGGAGCAGCGTTATCTATGGTTTACATATCG 1851
Query 1915 GGATCACCGGTTATGTTCGTGGGTTGTGGCCAGTCTTACACTGACCTGAAGAAGCTTAAT 1974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 GGATCACCGGTTATGTTCGTGGGTTGTGGCCAGTCTTACACTGACCTGAAGAAGCTTAAT 1911
Query 1975 GTCAAAGCCATAGTCAAGACACTTCTCAAGTGATCTCCTCTtcatcatcatcatcatca- 2033
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1912 GTCAAAGCCATAGTGAAGACACTTCTCAAGTGATCTCCTGTTCATCATCATCATCATCAT 1971
Query 2034 ctatcatcattaccatctactatcaacaatcaatgtcttatccatcatGCtgttgttttt 2093
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | | ||||||
Sbjct 1972 C-ATCATCATTACCATCTACTATCAACAATCAATG-CT----------G-T-T-GTTTTT 2016
Query 2094 ggttttttatttgaagacggtttctctttggaagtgttgtgttttctttAAAACTCAAAA 2153
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2017 GGTTTTTGATTTGAAGACGATTTCTCTTTGGAAGTGTTGTGTTTTCTTTAAAACTCAAAA 2076
Query 2154 GACTGGAGTCGCAAAAAATACCATCCCATGACTTTATATGATGCAACGTAACTTTTGTTT 2213
|||||||||| |||||| |||||||||||||| | | | | ||| ||||
Sbjct 2077 GACTGGAGTCTCAAAAA-TACCATCCCATGAC---A-A-----C----T---TTT-GTTT 2118
Query 2214 TAAATTAAA-GATTAATAATCATGTGAAATAGTGTCATCTTTTATTTTGTTATTTTAAAT 2272
| ||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||| || |||||||
Sbjct 2119 TGAATTAAAAGACTAATAATCATGTGAAATCGTGGCATTTTTTGTTTT-TT-TTTTAAA- 2175
Query 2273 AATTATAACCAAATGAAGATTGAATTTAGCAT 2304
|||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2176 AATTATAACCAAATGAAGATTGAAGTTAGCAT 2207
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86960029335
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5