BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G30790.1
Length=3744
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491675 jgi|Araly1|491675|fgenesh2_kg.7__1108__AT4G30790.1 3099 0.0
> Ahg491675 jgi|Araly1|491675|fgenesh2_kg.7__1108__AT4G30790.1
Length=3400
Score = 3099 bits (1678), Expect = 0.0
Identities = 1785/1838 (97%), Gaps = 2/1838 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCGGAAGCTTCACTGAGAGTTTCGCCGATGATGGCAAGCTTCTTCTTTGTGTGGCT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGCGGAAGCTTCACTGAGAGTTTCGCCGATGATGGCAAACTTCTTCTTTGTGTGGCT 60
Query 61 GAGAATGGCCACTCGTTTGAATTTCAATGCAGCGAGACTACTTCAGTTGAATCTGTGATG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAGAATGGCCACTCGTTTGAATTTCAATGCAGCGAGACTACTTCAGTTGAATCTGTGATG 120
Query 121 CGTTTCGTTGAATCTGTTTCTGGTATTGCCTTATCTGATCAGCTTCTTCTCTCGCTAGAC 180
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 CGTTTCGTTGAATCTGTTTCTGGTATTGGCTTCTCTGATCAGCTTCTTCTCTCGCTTGAC 180
Query 181 ATGAAGCTTGAGCCACAAAAGCTGCTTTCTGCTTTTGGACTTCCTGCAAGTGACAGGGAA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATGAAGCTTGAGCCACAAAAGCTGCTTTCTGCTTTTGGACTTCCTGCAAGTGACAGGGAA 240
Query 241 GTGTTTGTTTTCAACAAGGCTATGCTGCAAAGTAACTCTCATCCGCCATCACCAGAAGAT 300
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 241 GTGTTTATTTTCAACAAGGCTATGCTGCAAAGCAACTCTCACCCGCCATCACCGGAAGAT 300
Query 301 GTAGATTTGCAAGACGTTGCTGATGCTTTACCACCGGCTTCATTACATGAACATCATCCC 360
|||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTAGATTTACAAGACGTTACTGACGCTTTACCACCGGCTTCATTACATGAACATCATCCC 360
Query 361 TTGGATGATGCATCGGATCCAGCTTTAAAGGCTTTACCTTTGTATGAAAGGCAATTTCGT 420
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTGGATGATGCATCTGATCCAGCTTTAAAGGCTTTACCTTTGTATGAAAGGCAATTTCGT 420
Query 421 TACCATTTCCATAAAGGCCGCACCATCTACAATTGTACGGTTGTGAAGCATGAGAACTGC 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TACCATTTCCATAAAGGCCGCACCATCTACAATTGTACGGTTGTGAAGCATGAGAACTGC 480
Query 481 GAAAGGTTAACGAGAGAGCAAAAGGTACAGCAGCGGGCTGTTGAAGTTGCTACTAGGAAT 540
|| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 481 GAGAGGTTGACGAGAGAGCAAAAGGTACAACAGCGGGCTGTTGAAGTTGCTACGCGGAAT 540
Query 541 CTGGAACAGTATTACAGGGTGATCTATCAGAACTTTCTTGAATTTATGAAGCGTTATAAG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGGAACAGTATTACAGGGTGATCTATCAGAACTTTCTTGAATTTATGAAGCGTTATAAG 600
Query 601 CATCAACACCGCCTCCACTCTGATTTGCTGATGAATTTTGGAAGGGATATTGAGAAATTG 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CATCAACACCGCCTCCACTCTGATTTGCTGATGAATTTCGGAAGGGATATTGAGAAATTG 660
Query 661 AGGTCAGCCAAGATTCACCCTTATCTTCAAACTGAGTCAAGGAAATGCTTGTTGGACTTT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 661 AGGTCAGCCAAGATTCACCCTTATCTTCAAACTGATTCAAGGAAATGCTTATTGGACTTT 720
Query 721 GTCAAGGAAGATAACCTCAAAAAGGCTGTGGAGAATTGTGCAAGCTCTCACAGGCAATTT 780
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTCAAGGAAGATAACCTCAAAAAGGCTGCGGAGAATTGTGCAAGCTCTCACAGGCAATTT 780
Query 781 GAGAATAAGATTGCACAGTTCCAGCAGATGTTTGTCGAGGTCAAGCGCAAGGTAGAAGAG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAGAATAAGATTGCACAGTTCCAGCAGATGTTTGTCGAGGTCAAGCGCAAGGTAGAAGAG 840
Query 841 TTGTTTGCCTGCAGGGCTTCTTTATCAATGAAGAACTTAGAAGTGACTGTTAAGGATCAT 900
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTGTTTGCCTGCAGGGCTTCCTTATCAATGAAGAACTTAGAAGTGACTGTTAAGGATCAC 900
Query 901 GAACGCTTCATTGATGAGGAAAAGAGCATTATGCAGTCTCTCAGCAAAGATGTCAATACG 960
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GAACGGTTCATTGATGAGGAAAAGAGCATAATGCAGTCTCTCAGCAAAGATGTCAATACG 960
Query 961 GTTAAGAAACTTGTGGATGATTGTATGTCTAGCCAAGTGTCCTCATCTCTGCGTCCCCAT 1020
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 961 GTTAAGAAACTTGTGGATGATTGCATGTCTAGCCAATTGTCCTCATCTCTTCGTCCCCAC 1020
Query 1021 GATGCTGTTTCAGCCCTGGGTCCTATGTACGAAGTGCATGACAAGAATCACCTTCCCAAA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GATGCTGTTTCAGCCCTGGGTCCTATGTACGAAGTGCATGACAAGAATCACCTTCCCAAA 1080
Query 1081 ATGCAAGCTTGCTATAACTCAATTTCAGAATTACTGGATTTCTGCAAGAACAAGAAGAAT 1140
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1081 ATGCAAGCTTGCTATAACTCGATTTCAGAATTGCTGGATTTCTGCAAGAGCAAGAAGAAT 1140
Query 1141 GAGATGAACAACTTTGTACACGGTTACATGCAAAAGATAACATACGTCACATATATCATC 1200
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GAGATGAACAACTTTGTGCACAGTTACATGCAAAAGATAACATACGTCACATATATCATC 1200
Query 1201 AAAGATGCTAAGTTACAGTTTCCCGTTTTTAGAGAGGCAATGGTTCGCCAGGATGACTTA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AAAGATGCTAAGTTACAGTTTCCCGTTTTTAGAGAGGCAATGGTTCGCCAGGATGACTTA 1260
Query 1261 TTTGCAGACTTGAAGTTAGTCCGTGGTGTTGGCCCCGCTTATAGGGCCTGTCTTGCAGAG 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TTTGCAGACTTGAAGTTAGTCCGTGGTGTTGGCCCCGCTTATAGGGCCTGTCTTGCAGAG 1320
Query 1321 GTGGTGAGAAGAAAAGCCTCTATGAAGCTTTACATGGGCATGGCTGGGCAATTGGCAGAG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GTGGTGAGAAGAAAAGCCTCTATGAAGCTTTACATGGGCATGGCTGGGCAATTGGCAGAG 1380
Query 1381 AAGCTTGCTATGAAGAGGGAAACAGAGGTCAGGAAACGTGAGGAGTTTCTTAAAACCCAT 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1381 AAGCTTGCTATGAAGAGGGAAACAGAGGTCAGGAAACGTGAGGAGTTTCTTAAAACACAT 1440
Query 1441 GGCCCCTTTGTACCTCGTGACGTGTTGGCTTCAATGGGTTTATACGATACTCCTACTCAG 1500
|| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1441 GGTCCCTTCGTACCTCGAGACGTGTTGGCTTCAATGGGTTTATATGATACTCCCACTCAG 1500
Query 1501 TGTGATGTCAATGTTGCTCCGTATGATACTAGTTTGCTCAATATTGAAATCTCAGATGTT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1501 TGTGATGTCAATGTTGCTCCGTATGATACTAGTCTGCTCAATATTGAAATCGCAGACGTT 1560
Query 1561 GATCGATATGCTCCTGAGTTTCTAGTTGGGTTACATTCGAAGATTGCATCCTTAAAGAGT 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||
Sbjct 1561 GATCGATATGCTCCTGAGTTTCTAGTTGGGTTACATTCGAAGGTTGCATCCTCAAGGAGT 1620
Query 1621 TCACTGACCATGTCTGGTGATAGCTCGCTTTCCGCTGAGCCTGAGGAGATAGGTATAGAC 1680
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TCACTGACCATGTCTAGTGATAGCTCGCTCTCCGCTGAGCCTGAGGAGATAGGTATAGAC 1680
Query 1681 ACTTTTGACAAAGACAATTTTGATGATATCCTAGCAGCCTCTGAATTAATAGAGATAGCT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ACTTTTGACAAAGACAATTTTGATGATATCCTAGCAGCCTCTGAATTAATAGAGATAGCT 1740
Query 1741 GGAACCAGCAAGATGGAAGTTGAGAATGCAAAACTAAAAGCTGACCTTGCTTCTGCAATC 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GGAACCAGCAAGATGGAAGTTGAGAATGCAAAACTAAAAGCTGACCTTGCTTCTGCAATC 1800
Query 1801 TCTCGGATCTGTTCAT-TAGGCCCACAATTTGAATATG 1837
|||||||||||||| |||||||||||||| || |||
Sbjct 1801 TCTCGGATCTGTTCCCCTAGGCCCACAATTTCAA-ATG 1837
Score = 2569 bits (1391), Expect = 0.0
Identities = 1477/1517 (97%), Gaps = 11/1517 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2216 GTATGGATGAGAATATGGTGGATTCCTCTCAGGTGCTCAGTCAACCGCTTGACTCATCGA 2275
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1889 GTATGGATGAGAATATGGTGGATTCCTCTCAGGTACTCAGTCATCCGCTTGACTCATCGA 1948
Query 2276 TGCTGGAAAGCCAGCAAAACAACGAGAAAGGTGGAAAAGATAGTGAGGCTGGGGAAATGG 2335
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1949 TGCTGGAAAGCCAGCAAAACAATGAGAAAGGTGGAAAGGATAGTGAGGCTGGGGAAATGG 2008
Query 2336 GTGTGTTTCTAAGTAACAGTTCGACAGCTGAGAGCCCACAAAAATCTTTGGATGATAATG 2395
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2009 GTGTGTTTCTAAGTAACAGTTCGACAGCCGAGAGCCCACAAAAATCTTTAGATGATAATG 2068
Query 2396 TGGCAACTGGCAGAGGTTTAGATGCCAAAGACAGTGGTGATATTATCTTGGAACTTAGAA 2455
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069 TGGCAACTGGCAGAGGTTTAGATGCCAAACACAGTGATGATATTATCTTGGAACTTAGAA 2128
Query 2456 ATGAGCTGATGGAAAAGTCCAATAAACTGAGTGAAATGGAGTCCAAGCTAAATGGTGCTA 2515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2129 ATGAGCTGATGGAAAAGTCCAATAAACTGAGTGAAATAGAGTCCAAGCTAAATGGTGCTA 2188
Query 2516 TGGAAGAGGTATCCAATTTGAGCAGAGAGTTGGAAACGAATCAGAAGCTTCTCGAAGAAT 2575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2189 TGGAAGAGGTATCCAATTTGAGCAGAGAGTTGGAAACGAATCAGAAGCTTCTTGAAGAAT 2248
Query 2576 CCCAGATGAATTGTGCGCATTTGGAGAACTGCTTACATGAAGCAAGAGAAGAAGCCCAGA 2635
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2249 CCCAGATGAATTGTGCACATTTGGAGAACTGCTTACATGAAGCAAGAGAAGAAGCCCAGA 2308
Query 2636 CCCATCTTTGTGCTGCTGATCGTAGAGCTTCTCAGTATACTGCACTTCGTGCATCAGCTG 2695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 CCCATCTTTGTGCTGCTGATCGTAGAGCTTCTCAGTATACTGCACTTCGTGCATCAGCTG 2368
Query 2696 TGAAGATGCGAGGTCTCTTTGAAAGATTCCGGAGCTCTGTCTGTGCTGGTAGTGGGATTG 2755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2369 TGAAGATGCGAGGTCTCTTTGAAAGATTCCGGAGCTCTGTCTGTGCTGGCAGTGGGATTG 2428
Query 2756 CTGATTTTGCTGACTCCTTGCGAACTTTGGCTCAAGCTTTAGCCAACTCCGTTAATGAAA 2815
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 CTGATTTTGCCGACTCCTTGCGAACTTTGGCTCAAGCTTTAGCCAACTCCGTTAATGAAA 2488
Query 2816 ATGAAGATGATGGTACTACTGAGTTCCGGAAATGCATCCGAGTCCTGGCAGACAAAGTTA 2875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2489 ATGAAGATGATGGTACTACTGAGTTCCGGAAATGCATCCGAGTCCTGGCAGACAAAGTTA 2548
Query 2876 GCTTCCTCTCCAAACACCGGGAGGAATTATTGGAGAAGTGCCAAAATCTTGAAGCCACAA 2935
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2549 GCTTCCTCTCCAAACACCGGGAGGAATTACTGGAGAAGTGCCAAAATCTTGAAGCCACAA 2608
Query 2936 GTGAACAGACAAGAAAGGATTTGGAGGAAAAGAAAGAGCTGGTGAAAACATTGTACACTA 2995
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2609 GTGAACAGACAAGAAAGGACTTGGAGGAAAAGAAAGAGCTGGTGAAAACATTGTACACTA 2668
Query 2996 AACACCAACTTGGGAAGCAGGCAAATAAGGAAAAGATATCATTCGGTCGTCTTGAAGTCC 3055
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2669 AGCACCAACTTGGGAAGCAGGCAAATAAGGAAAAGATATCATTTGGTCGTCTTGAAGTCC 2728
Query 3056 ATGAGATAGCAGCATTTGTGCTAAACCAAGCAGGGCATTACGAGGCAATCAACAGGAACT 3115
||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2729 ATGAGATCGCAGCATTTGTGCTAAACCAAGTAGGACATTACGAGGCAATCAACAGGAACT 2788
Query 3116 GCCCAAATTACTACTTGTCCTCTGAATCTGAGGCATTGTTCACAGATCATCTCCCAAGCC 3175
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2789 GCCCAAATTACTACTTGTCCTCTGAATCCGAGGCATTGTTCACAGATCATCTCCCAAACC 2848
Query 3176 GGCCTACATACATTGTTGGACAGATTGTCCACATAGAGCGCCAAATAGTGAAACTGCCAT 3235
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2849 GGCCTACATACATTGTTGGACAGATTGTGCACATAGAGCGCCAAATAGTGAAACTGCCAT 2908
Query 3236 CACAACTTTCAGCTTCTGCTTCTCCTGAGGCGGGTAAGACACATCATCTCTGCTCAGACC 3295
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2909 CACCACTTTCAGCTTCTGCTTCTCCTGAGGCGGGTAAGACACATCATCTCGGCTCAGACC 2968
Query 3296 AGGGCTCGAGAACTCTGGCATCAAGTTCAATCTCAACATCAACTTCAGCAACAACAACAT 3355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2969 AGGGCTCGAGAACTCTGGCATCAAGTTCAATCTCAACATCAACTTCAGCAACAACAACAT 3028
Query 3356 CAAACCCTTATGGTCTCTCTTCAGGATGTGAATACTTCATAGTGACAATAGCAATGCTTC 3415
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3029 CAAACCCTTATGGTCTCTCTTCAGGATGTGAATACTTCATAGTGACGATAGCAATGCTTC 3088
Query 3416 CTGACACTGCTATTCATCAACAAGCTTCCTGATCCTTTTGCTTGTTCCTAAGGCAGCAGA 3475
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3089 CTGACACTGCTATTCATCAACGAGCTTCCTGATCCTTTTGCTTGTTCCTAAGGCAG-A-- 3145
Query 3476 TAGACGTGATGGAAGAAAccccctccccccaaaaaagaacaaaaaaTGTAAATACTTTGA 3535
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3146 TAGACGTGATGGAAGAAACCCCCTCCCCCCAAAAAGGAACAAAAAATGTAAATACTTTGA 3205
Query 3536 ATTCAAATAACACAATCTAAAACCAGACAGCCCCTTTATATGATTTGTGGGtttcatttg 3595
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3206 ATTCAAATAACACAATCTAAAACCAGACAGCCCCTT-ATATGATTTGTGGGTTTCATTTG 3264
Query 3596 tctcttctttaactttcttttattttcatatctttcttctttATGTACA-G--C---TGA 3649
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||
Sbjct 3265 TCTCTTCTTTAATTTTCTTTTATTT-CATATCTTTCTTCTTTATGTACATGTACAGCTGA 3323
Query 3650 TGATCACTGATCTTAGTTTAATCTTTTCTCCTTGTATTGTACATACTCTGCTATAATTTG 3709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3324 TGATCACTGATCTTAGTTTAATCTTTTCTCCTTGTATTGTACATACTCTGCTATAATTTG 3383
Query 3710 AATGCTGTAATAAAAAG 3726
|||||||||||||||||
Sbjct 3384 AATGCTGTAATAAAAAG 3400
Score = 86.1 bits (46), Expect = 2e-15
Identities = 57/62 (92%), Gaps = 1/62 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1863 AAATGTGTTGAAAAATGCTGCAGATAAAACAGCAGAGGCATTGCAGGCCAAAGATGAGTA 1922
|||||||||| || ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833 AAATGTGTTG-AATATGCTGCTGAGAAGACAGCAGAGGCATTGCAGGCCAAAGATGAGTA 1891
Query 1923 TG 1924
||
Sbjct 1892 TG 1893
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141459998841
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5