BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G30825.1
Length=2715
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491670 jgi|Araly1|491670|fgenesh2_kg.7__1103__AT4G30825.1 3823 0.0
> Ahg491670 jgi|Araly1|491670|fgenesh2_kg.7__1103__AT4G30825.1
Length=2721
Score = 3823 bits (2070), Expect = 0.0
Identities = 2535/2751 (92%), Gaps = 66/2751 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTTCGTTAAGGTTTTCCATTCCATTGGACCCATTTGACTCAAAAAGAAAAAGGTTT 60
|||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTTCCTTAAGATTGTCCATTCCATTGGACCCATTCGACTC------AAAAAGGTTT 54
Query 61 CATTTTTCTGCAAACCC-TTCTCAGTTTCCTGACCAATTTCCAATTCACTTT--GTTACC 117
|| |||||||| ||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||| |||| |
Sbjct 55 CACTTTTCTGCGAACCCATT-TCAGTTTCCTGATCAAGTTCCAATT--TTTTCAGTTAGC 111
Query 118 AGTAGTATTCACGCCACTAGAGCTTCCTCAATCGGTTCTTC-GACTAGGGTGCTTGACAA 176
| |||| ||| ||||||| || ||||||||| || || |||||| | | ||
Sbjct 112 ACTAGTGTTCCCGCCACT--AG-------AATCGGTTC-TCTGATTAGGGT-C--AAGAA 158
Query 177 AATTCGAGTCTCTAGTCTCGGTACTGAAGC-AA--A---CGAGAATGCTATTAATTCTGC 230
||||||||| ||| |||||| || |||||| || | ||||||||||||| ||||||
Sbjct 159 AATTCGAGTATCTCGTCTCGATATTGAAGCAAAGGAGGCCGAGAATGCTATTGATTCTG- 217
Query 231 AAGTGCAGCTCCTGTGGAGAGAAGC-CGGAGTTCTAAA--T-----T-GAG------T-- 273
| | | | | ||||||||||||| | || ||||||| | | ||| |
Sbjct 218 -A-TTCCGTTAATGTGGAGAGAAGCTC-GAATTCTAAATTTCAAGGTAGAGATACTTTCA 274
Query 274 -G-GT-G--ATCAGAGAGGGACAAAGAAATATGTAGCTCGGAAGTTCAGTTTCCGAAGAG 328
| || | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 275 CGAGTGGTAATCAGAGAGGGACAAAGAAAGATGTGGCTCGGAAGTTCAGTTTCCGAAGAG 334
Query 329 GAAGCAATGATCTTGAGCTTGAGAATTTGTTTGTGAACAATGGGGAAATAGATGTTAACT 388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 335 AAAGCAATGATCTTGAGCTTGAGAATTTGTTTGTGAACAATGGGGAAATAGATGTTAATT 394
Query 389 ATTCCGCTATTAAGCCCGGTCAGAGTTTGGAGCATTGCAATGGAATATTGAAACGGCTTG 448
| || |||||||| || ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 395 ACTCTGCTATTAAACCTGGTTTGAGTTTCGAGCATTGCAATGGTATATTGAAACGGCTTG 454
Query 449 AGAGTTGCAGTGACACGAATGCCATCAAATTCTTTGATTGGATGAGATGTAATGGTAAAT 508
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 455 AGAGTTGCAGTGACACTAATGCCATCAAGTTCTTTGATTGGATGAGATGTAAAGGAAAAT 514
Query 509 TGGTAGGTAACTTTGTTGCTTATAGTTTGATTCTCAGAGTTTTAGGAAGGAGAGAAGAAT 568
||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 515 TGGAAGGTAACTTTGGTGCTTACAGTTTGATTCTTAGAGTTTTAGGAAGGAGGGAAGAAT 574
Query 569 GGGACCGAGCCGAGGATCTGATC-AAGGAGCTGTGTGGATTTCATGAG-TTTCAGAAGAG 626
|| ||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||| | | |||||| ||||
Sbjct 575 GGAACCGAGCAGAGGATCTGATCGAA-GAGTTGTGTGGATTTCA-GGGCTTTCAGCAGAG 632
Query 627 TTATCAGGTCTTCAACACGGTTATATATGCATGTACTAAAAAGGGAAATGTGAAATTAGC 686
|| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 633 TTTTCAGGTCTTCAACACGGTTATATACGCTTGTACTAAAAAGGGGAATGTGAAGTTAGG 692
Query 687 TTCAAAGTGGTTTCACATGATGTTGGAGTTTGGTGTTAGACCAAATGTGGCTACAATAGG 746
||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 693 TTCAAAGTGGTTTCAGATGATGTTGGAGCTCGGTGTTAGACCAAATGTGGCTACAATAGG 752
Query 747 TATGCTCATGGGTCTTTACCAGAAGAACTGGAATGTTGAAGAAGCGGAATTTGCATTTTC 806
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 753 TATGCTAATGGATCTTTACCAGAAGAACTGGAATGTTGATGAAGCGGAATTCGCATTTTC 812
Query 807 TCATATGAGAAAATTCGGGATTGTGTGTGAATCTGCTTACTCCTCGATGATAACGATTTA 866
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 813 TCATATGAGAAAATTTGGGATTGTGTGTGAATCTGCTTACTCCTCGATGATAACGATTTA 872
Query 867 CACGCGTTTGAGATTATATGATAAAGCAGAGGAAGTTATAGACTTGATGAAACAAGATAG 926
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 873 CACACGCTTGAGATTATATGATAAAGCAGAGGAAGTTATACACTTGATGAAACAAGATAG 932
Query 927 AGTGAGGCTGAAGTTAGAGAATTGGTTAGTGATGCTTAATGCTTATAGTCAACAAGGAAA 986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 933 AGTGAGGCTGAAGTTAGAGAATTGGTTAGTGATGCTTAATGCTTATAGTCAGCAAGGCAA 992
Query 987 AATGGAGCTAGCTGAATCTATATTGGTTTCTATGGAAGCTGCG-GGGTTTT-CTCCGAAT 1044
|||||||| |||||||||| | ||| | |||||||||| || ||||||| ||||||||
Sbjct 993 AATGGAGCAAGCTGAATCTGTTTTGATCGCTATGGAAGC--CGAGGGTTTTGCTCCGAAT 1050
Query 1045 ATCATTGCATACAATACTCTGATAACTGGTTATGGTAAGATTTTTAAGATGGAGGCTGCA 1104
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1051 ATTATTGCATACAATACTCTGATAACTGGTTATGGTAAGGTTTCTAAAATGGAGGCTGCA 1110
Query 1105 CAGGGTTTGTTCCACCGCCTCTGTAATATTGGGCTGGAACCAGATGAGACAAGTTACAGG 1164
|| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1111 AAGAGTTTATTCCACCGCCTCTATGATATTGGGCTGGAACCAGATGAAACAAGTTACAGG 1170
Query 1165 TCAATGATTGAAGGTTGGGGCCGCGCTGACAATTACGAGGAGGCAAAACATTACTATCAA 1224
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1171 TCGATGATTGAAGGTTGGGGCCGTGCTGACAATTACGAGGAGGCAAAACATTACTCTCAA 1230
Query 1225 GAGCTGAAGCGGTGTGGTTATAAACCCAATTCATTCAATCTTTTTACTTTAATCAATTTA 1284
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1231 GAGCTGAAGCGGTGTGGATATAAACCCAATTCATCCAATCTTTTTACTTTGATCAATTTG 1290
Query 1285 CAGGCTAAATATGGAGACAGAGATGGTGCTATTAAGACAATCGAAGATATGACTGGTATC 1344
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 1291 CAAGCTAAATATGGAGACAGAGATGGTGCTATTAAGACGATCGAAGATATGACTAGTATC 1350
Query 1345 GGGTGCCAATATTCCTCGATTCTTGGCATCATTCTGCAGGCTTATGAGAAGGTGGGGAAG 1404
|| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 GGATGCCAATACCCCTCGATCCTTGGCATCATTCTGCAGGCTTATGAGAAGGTGGGGAAG 1410
Query 1405 ATTGATGTGGTGCCTTGCGTTCTCAAAGGTTCTTTTCATAATCATATCCGTTTAAACCAG 1464
|| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 ATCGATGCGGTGCCTTATGTTCTCAAAGGTTCTTTTCATAATCATATCCGTTTAAACCAG 1470
Query 1465 ACTTCTTTCTCGAGTCTAGTGATGGCATATGTCAAACATGGTATGGTTGATGATTGCTTG 1524
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1471 ACTTCTTTCTCGATTCTAGTGATGGCATATATCAAACATGGTATGCTTGATGATTGCTTG 1530
Query 1525 GGGTTGTTGCGAGaaaaaaaGTGGAGAGACTCAGCATTTGAGTCCCACTTGTATCATCTG 1584
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 GCGTTGTTGCGAGAAAAAAAGTGGAGAGACTCAGCATTTGAGTCCCACTTGTATCATCTG 1590
Query 1585 TTGATTTGCTCTTGCAAAGAATCTGGTCAACTTACTGATGCTGTGAAAATATACAACCAT 1644
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1591 TTGATTTGCTCTTGCAAAGAATCTGGGCAACTTACTGATGCTGTGAAATTATACAACCAT 1650
Query 1645 AAAATGGAATCTGATGAAGAGATAAATCTGCACATTACGTCTACAATGATTGACATTTAT 1704
| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1651 ACAATGGAATCAGATGAAGAGATAAATCTGCATATTACGTCCACAATGATTGACATTTAT 1710
Query 1705 ACTGTGATGGGTGAGTTTAGTGAAGCGGAGAAGCTTTATTTAAATTTGAAATCTTCTGGA 1764
|||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 ACTGTGATGGGTGAATTTGGTGAAGCAGAGAAGCTTTATTTAAATTTGAAATCTTCTGGA 1770
Query 1765 GTTGTGTTGGACAGGATTGGATTCAGTATTGTGGTGCGGATGTATGTGAAAGCCGGATCC 1824
|||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1771 GTTGTGTTGGACAGGATTGGGTTCAGCATCGTGGTGCGGATGTACGTTAAAGCCGGATCC 1830
Query 1825 TTGGAAGAAGCCTGTTCTGTCCTAGAAATCATGGATGAGCAGAAAGACATTGTTCCGGAT 1884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1831 TTGGAAGAAGCCTGTTCTGTCCTAGAAATCATGGATGAGCAGAAAGACATTGTTCCGGAT 1890
Query 1885 GTGTACTTGTTCCGCGATATGCTTCGGATATATCAGAAGTGTGACCTTCAGGATAAACTC 1944
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 GTGTACTTGTTTCGCGATATGCTTCGGATATATCAGAAGTGTGACCTTCAGGATAAACTC 1950
Query 1945 CAGCATCTGTACTACAGGATTCGAAAGAGTGGGATCCATTGGAATCAGGAGATGTACAAT 2004
|||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1951 CAGCATTTGTACTACAGGATTCGAAAGAGCGGGATCCATTGGGATCAGGAGATGTACAAT 2010
Query 2005 TGTGTTATAAACTGCTGCGCACGTGCTCTTCCGCTTGATGAACTCTCAGGAACCTTTGAG 2064
|||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2011 TGTGTTATAAACTGTTGTGCGCGTGCTCTTCCGCTTGATGAACTCTCAAGAACCTTTGAG 2070
Query 2065 GAAATGATTCGATATGGATTCACTCCTAATACTGTCACATTCAATGTCCTCCTTGATGTA 2124
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 GAAATGATTCGATATGGATTTACTCCTAATACAGTCACATTCAATGTCCTCCTTGATGTT 2130
Query 2125 TATGGTAAAGCCAAGCTCTTCAAAAAGGTTAACGAGCTTTTCTTGTTGGCGAAAAGACAC 2184
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2131 TATGGTAAAGCGAAGCTCTTCAAAAAGGTTAACGAGCTTTTCTTGTTGGCGAAAAGACAC 2190
Query 2185 GGAGTTGTGGATGTTATATCCTACAACACCATTATAGCTGCCTATGGAAAGAACAAGGAC 2244
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2191 GGAGTTGTGGATGTAATATCCTACAACACCATTATAGCTGCCTATGGAAAGAACAAGGAC 2250
Query 2245 TATACAAACATGTCATCAGCGATTAAGAATATGCAATTTGACGGGTTTTCTGTGTCACTT 2304
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2251 TTTACAAACATGTCATCAGCGATTAAGAATATGCAATTTGACGGGTTTTCTGTGTCACTT 2310
Query 2305 GAAGCTTATAATACTTTGTTGGATGCATATGGGAAAGATAAACAGATGGAGAAATTCAGA 2364
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2311 GAAGCTTATAATACTTTGCTGGATGCATATGGGAAAGATAAACAGATGGAGAAATTCAGA 2370
Query 2365 AGCATCTTGAAAAGAATGAAGAAGTCGACTAGTGGACCGGATCATTATACATACAACATC 2424
||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2371 AGCATCTTGAAGAGAATGAAGAAGTCTACAAGTGGACCGGATCATTATACATATAACATC 2430
Query 2425 ATGATCAATATATATGGAGAGCAAGGATGGATCGATGAAGTCGCTGATGTTCTGAAAGAA 2484
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2431 ATGATCAATATTTATGGTGAGCAAGGATGGATCGATGAAGTCGCTGGTGTTCTGAAAGAA 2490
Query 2485 TTGAAAGAATCGGGACTTGGTCCTGACTTGTGTAGCTATAACACGCTGATAAAGGCGTAT 2544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2491 TTGAAAGAATCGGGACTTGGTCCTGACTTGTGTAGCTATAACACGCTGATAAAGGCGTAT 2550
Query 2545 GGTATAGGTGGAATGGTTGAAGAAGCTGTTGGGTTGGTGAAGGAGATGAGGGGAAGGAAC 2604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2551 GGTATAGGTGGAATGGTTGAAGAAGCTGTTGGGTTGGTGAAGGAGATGAGGGGAAAGAAC 2610
Query 2605 ATAATACCTGATAAAGTAACTTACACCAATTTGGTCACAGCTTTGCGCAGGAATGATGAA 2664
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2611 ATAACACCTGATAAAGTAACTTACACCAATCTGGTCACAGCTTTGCGCAGGAATGATGAA 2670
Query 2665 TTTCTTGAGGCTATTAAATGGTCTTTGTGGATGAAACAGATGGGTATATAG 2715
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2671 TTTCTTGAGGCTATTAAATGGTCTTTGTGGATGAAACAAATGGGTATATAG 2721
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102424668805
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5