BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G30890.1
Length=2138
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944896 jgi|Araly1|944896|scaffold_701125.1 2772 0.0
> Ahg944896 jgi|Araly1|944896|scaffold_701125.1
Length=1695
Score = 2772 bits (1501), Expect = 0.0
Identities = 1635/1700 (96%), Gaps = 7/1700 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 175 GTTGCGTTCTATGTGCCAAATATGAGTGAAAAGAAGGTATTTGTGTTTGGATCCTTTACA 234
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTTGCGTTCTATGTGCCAAATATGAGTGAAAAGAAGCTATTTGTGTTTGGATCCTTTACA 60
Query 235 GAACATGAAACTAGGTCATTTTTTGAGCAGAAACCCACTAAGGATCCTCAGAATTC-TAA 293
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||
Sbjct 61 GAACATGAAACTAGGTCATTTCTTGAGCAGAAACCCACTAAGGGTCCTCAGAA-TCATAA 119
Query 294 AGACAAGTGTGTGGGAAGTATTCAATTTGGCTCCTTGAATCTTGCTGCGGAAAATTCTTC 353
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 120 AGACAAGTGTGTGGGAAGTATACAATTCGGCTCCTTGAATCTTGTTGCGGAAAATTCTTC 179
Query 354 AGTAAATACTAATGGCGAGTTGAAGAAAGGTGAGGCTGATGGGACAGTTAAATCTGCTGG 413
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 180 GGTAAATACTAATGGCGAGTTGAAGAAAGGTCAGGCTGATGGGACAGTTAATTCTGCTGT 239
Query 414 GTCTCAAGAGAGACTTGATGCTTCTAGACCTGCCAGCTCGGATAAGAACAATGATAGTGA 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||
Sbjct 240 GTCTCAAGAGAGACTTGATGCTTCTAGACCTGCCAGCTCGGATAAGATCGATGATAATGA 299
Query 474 TGCAAAACTCCCAAGAAAGA-ACTCTTTGAGAGTTCCAGAGCATGTGGTACAAAATGGAA 532
||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 300 TGCTAAACTCCCAAGAAA-ACCCTCTTCAAGAGTTCCAGAGCATGTGGTAGAAAATGGAA 358
Query 533 TCATAAAAGAGATCTCTGAAAGCAACAAATCTCTCAACAATGGTGTGGCGGTGAAAACAG 592
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TCATAAAAGAGATCTCTGAAAG---CAAATCTCTCAACAATGGTGTGGCGGTGAAAACAG 415
Query 593 ATCCTATTGGTTTGGATAACTTGTCTATGTCTGATGGTGAAAGTGATCCTGTGTATAAAG 652
||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 416 ATCCTATTGGTTTGGATAAGTTGTGTATGTCAGATGGTGAAAATGATCCTGTGTATAAAG 475
Query 653 CTTCGAGCTCTAAATTTCAAGCGCTGGACAATGAAGATTTCTCAAGTGACTCTTCGTCTG 712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 476 CTTCGAGCTCTAAATTTCAAGCGCTGGACAATGAAGATTTCTCAAGTGACTCTTCATCTG 535
Query 713 GAAGCATTCAAAGAAAGAAAAACCTGAAGGTTCCTACTGAATCTGTTCCACCTGTTAAAG 772
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 GCAGCATTCAAAGAAAGAAAAACCAGAAGGTTCCTACTGAATCTGTTCCACCTGTTAAAG 595
Query 773 ACTTTACACCAAGAGGATTAATAAACGCTGGAAACTTGTGCTTCCTGAATGCAACACTAC 832
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 596 ACTTTACACCAAGAGGATTAATTAACGCTGGAAACTTGTGCTTCCTTAATGCAACACTGC 655
Query 833 AAGCGTTGCTTTCATGTTCTCCTTTTGTGCAGCTCCTCCAGAAAATTCAACTCCAAGATA 892
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 656 AAGCGTTGCTTTCCTGTTCCCCTTTTGTGCAGCTCCTCCAGAGAATTCAACTCCAAGATA 715
Query 893 TTCCAAAGGCTGACTCTCCAACCTTAGCTGCATTTTCCGAGTTCATCTCCGAATTGGATG 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 TTCCAAAGGCTGACTCTCCAACCTTAGCTGCATTTTCCGAGTTCATCTCCGAATTGGATG 775
Query 953 TGCCAAGCAGTTCCAGCATCAGAAATAACGTTACTGTTGTTGAGGCTGGTAGACCTTTTA 1012
||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 TGCCAAGCAGTTCCAGCTTCAGAAATAATGTTACCGTTGTTGAGGCTGGTAGACCTTTTA 835
Query 1013 GACCTGCCATGTTCGAAGGAGTCCTTAGAAATTTTACCCCAGATGTACTCAACAACATGT 1072
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 GACCTGCCATGTTCGAAGGAGTGCTTAGAAATTTTACCCCAGATGTACTCAACAACATGT 895
Query 1073 CTGGTAGGCCAAGGCAGGAAGATGCTCAAGAGTTTTTGAGTTTTATAATGGACCAAATGC 1132
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 CTGGTAGGCCAAGGCAGGAAGATGCTCAGGAGTTTTTGAGTTTTATAATGGACCAAATGC 955
Query 1133 ATGATGAGTTGTTGAAACTCAAGGAACAGTCCCCCAAAGTCACCGCTTCTAAGTCATCGG 1192
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 956 ATGATGAGTTGTTGAAACTCAAGGAACAGTCCCCCAAAGTTACTGCTTCTAAGTCATCGG 1015
Query 1193 TTATTTCTTCTGCCAACGATGATGGTGATGAATGGGAAACAGTTGGACCCAAAAACAAAT 1252
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 TTATTTCTTCTGCCAACGATGATGATGATGAATGGGAAACAGTTGGACCCAAAAACAAAT 1075
Query 1253 CAGCTGTGACAAGAACACAAAGTTTTGTTCCGTCTGAGCTTAGTGAGATATTTGGCGGGC 1312
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 CAGCTGTGACAAGAACACAAAGCTTTGTCCCGTCTGAGCTTAGTGAGATATTTGGCGGGC 1135
Query 1313 AGCTTAAAAGCGTAGTGAAGGCAAAAGGAACTAAAGCTTCGGCTACTGTACAGCCGTATC 1372
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1136 AGCTCAAAAGCGTAGTGAAGGCAAAAGGGACTAAAGCTTCGGCTACTGTACAGCCATATC 1195
Query 1373 TCTTGCTACACCTTGATATTCATCCGGACGGTGTGCAAGGAATAGAAGACGCGTTGCATT 1432
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TCTTGCTACACCTTGATATTCATCCGGACGGCGTGAAAGGAATAGAAGACGCGTTGCATT 1255
Query 1433 TGTTTTCTGCCCAAGAAGATCTTGAAGGATATAGAGCCTCGGTTACTGGGAAGACTGGTG 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TGTTTTCTGCCCAAGAAGATCTTGAAGGATATAGAGCCTCGGTTACTGGGAAGACTGGTG 1315
Query 1493 TAGTGAGTGCTAGTAAGTCGATAAAGATACAGAAACTCTCAAAGATAATGATACTGCACC 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 TAGTGAGTGCTAGTAAGTCGATAAAGATACAGAAACTCTCAAAGATAATGATACTGCACC 1375
Query 1553 TAATGCGTTTTAGCTACGGAAGCCAAGGGAGTACTAAGCTGCGTAAAGGCGTTAAATTTC 1612
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1376 TAATGCGTTTTAGCTACGGAAGCCAAGGGAGTACTAAGCTGCATAAAGGCGTTAAATTTC 1435
Query 1613 CCCTTGAACTCAACTTAAACCGCAGCCATCTTGTTTCTCTATCCAATGAGAGTTTGAGAT 1672
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 CCCTTGAACTCAACTTAAACCGCAACCATCTTGTTTCTCTATCCAATGAGAGTTTGAGAT 1495
Query 1673 ATGAACTTGTGGCAACAATTACCCACCACGGATGGGATCCCTCAAAAGGACACTACACCA 1732
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1496 ATGAACTTGTGGCAACAATTACCCACCATGGATGGGATCCCTCAAAAGGGCACTACACCA 1555
Query 1733 CAGATGCTCGACGAAAGAATGGTCAATGGCTAAGGTTTGATGATGCCTCTGTGACCCCCA 1792
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1556 CAGACGCTCGACGAAAGAATGGTCAATGGCTAAGGTTTGATGATGCGTCTGTGACTGCCA 1615
Query 1793 TAGGGACAAAACTGGTGTTGCACGATCAAGCCTATGTCCTCTTCTACAAGCAAGTGTAAG 1852
|||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TAGGGACAAAACAGGTGTTGCACGACCAAGCTTATGTCCTCTTCTACAAGCAAGTGTAAG 1675
Query 1853 AGATTCAAAGGCAGCAGATT 1872
|||||||||||||||||||
Sbjct 1676 TGATTCAAAGGCAGCAGATT 1695
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80446597440
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5