BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G30920.1
Length=1953
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944893 jgi|Araly1|944893|scaffold_701122.1 2844 0.0
Ahg889026 jgi|Araly1|889026|Al_scaffold_0007_1012 2623 0.0
> Ahg944893 jgi|Araly1|944893|scaffold_701122.1
Length=1792
Score = 2844 bits (1540), Expect = 0.0
Identities = 1708/1791 (95%), Gaps = 4/1791 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 50 AAGCTCAGTGCGTTACTCAAATGGCCGTCACTTTGGTAAcgtccttcgcttcttcgtctt 109
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1 AAGCTCAGTGGGTTTCTCAAATGGCCGTCACTTTGGTAACGTCCTTTGCTTCTTCTTCTT 60
Query 110 ctcgcttccatttccgctcattctcctcttctccgtcgtctctctcctcttGTTTCGTCC 169
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 CTCGCTTCCATTTCCGCTCCTTCTCCTCTTCTCCTTCGTCTCTCTCTTCTTGTTTCGTCC 120
Query 170 GATTCCAGTTCCCCTCTCGCCTTAGACTCGCTTTTGCCGTCACGCCTCTCTACTCTTCTT 229
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GATTCCAGTTGCCGTCTCGCCTTAGACTCGCTTTTGCCGTCACGCCTCTCTACTCTTCTT 180
Query 230 CTAGAGCCATGGCTCATACAATCTCACACGCTACTCTCGGCCTCACTCAGGCTAACTCCG 289
||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| || |||||||
Sbjct 181 CTAAAGCCATGGCTCATACAATCGCACAAGCTACTCTCGGCCTTACTCATGCCAACTCCG 240
Query 290 TCGATCATCCTAAGATCTCATTTTCGGGGAAGGAGATCGACGTGACGGAATGGAAAGGTG 349
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCGATCATCCAAAGATCTCATTTTCCGGGAAGGAGATCGACGTGACGGAATGGAAAGGTG 300
Query 350 ATATACTCGCTGTTGGAGTGACGGAGAAAGACATGGCTAAGGATGTGAACTCCAAGTTCG 409
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATATACTCGCGGTTGGAGTGACGGAGAAAGATATGGCTAAGGATGTGAACTCCAAGTTCG 360
Query 410 AAAACCCGAT-TCTGAAGAAGCTTGATGCTCACTTGGGTGGACTTTTAGCTGATGTCTCG 468
||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 361 AAAACCCCATAT-TGAAGAAGCTCGATGCTCACTTGGGTGGACTTCTAGCTGATGTCTCT 419
Query 469 TCTGAGGAAGATTTTTCTGGGAAACCTGGTCAGTCGACAGTTCTTAGGCTTCCGGGTCTT 528
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TCTGAGGAAGATTTTTCCGGGAAACCTGGCCAGTCAACAGTTCTTAGGCTTCCGGGTCTC 479
Query 529 GGGTCTAAGCGAGTTGGTTTGATTGGTCTTGGAAAATCTGCTTCAACTCCTTCGGCTTTT 588
||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 GGGTCAAAGCGGGTCGGTTTGATTGGTCTAGGAAAATCTGCTTCATCTCCTTCGGCTTTT 539
Query 589 CAGAGTCTCGGTGAGGCTGTTGCTGCAGCTGCTAAAGCTTCTCAAGCTAGCAGTGTTGCA 648
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 540 CAAAGTCTTGGTGAGGCTGTTGCTGCAGCTGCTAAAGCTTCTCAAGCTAGTAGTGTTGCA 599
Query 649 GTTGTTCTCGCCTCCTCTGAGAGTGTTTCTAATGAATCTAAGCTCTGTTCTGCGTCAGCT 708
|||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||
Sbjct 600 GTTGTTCTTGCATCCTCAGAGAGTGTTTCTGATGAATCCAAGCTCAGTTCTGCTTCAGCT 659
Query 709 ATAGCTTCAGGCACAGTGCTTGGTTTGTTTGAAGACAGCCGGTATAAGTCTGAGTCGAAG 768
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 660 ATAGCTTCAGGCACAGTGCTTGGTTTGTTTGAAGACAGCCGGTATAAGTCTGAGTCAAAG 719
Query 769 AAACCATCACTCAAATCTGTAGATATCATTGGCTTTGGCTCTGGACCTGAACTAGAGAAG 828
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 720 AAACCATCTCTCAAATCTGTGGATATCATTGGCTTTGGCACTGGACCTGAACTAGAGGAG 779
Query 829 AAGCTTAAGTATGCTGAACATGTTTCTTATGGCGTTATTTTCGGGAAAGAACTCGTTAAT 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 780 AAGCTTAAGTATGCTGAACATGTTTCTTATGGCGTAATTTTCGGGAAAGAACTTGTTAAT 839
Query 889 TCTCCAGCCAATGTTCTCACTCCTGCCGTACTAGCTGAGGAAGCCTTGAATCTGGCTTCC 948
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 840 TCTCCAGCCAATGTTCTCACCCCTGCCGTACTAGCTGAGGAAGCCTCAAATCTGGCTTCC 899
Query 949 ATGTACAGTGATGTCATGACTGCCAACATCTTGAACGAGGAGCAATGCAAAGAGTTGAAG 1008
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 900 ATGTACAGTGATGTCATGACTGCAAACATCTTGAACGAGGAACAATGCAAAGAGCTGAAG 959
Query 1009 ATGGGTTCATATCTTGCTGTAGCTGCTGCTTCAGCTAATCCACCTCATTTCATACATCTT 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 960 ATGGGTTCATATCTTGCTGTAGCTGCTGCTTCAGCTAATCCACCTCATTTCATCCACCTT 1019
Query 1069 ATCTACAAACCTTCTAGTGGCCCTGTTAAAACAAAACTTGCTCTTGTTGGAAAAGGATTG 1128
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1020 ATCTACAAACCTTCTAGTGGCCCTGTTAAAACCAAACTTGCTCTTGTTGGGAAAGGATTG 1079
Query 1129 ACATTTGACAGCGGTGGCTACAACATTAAAACCGGGCCTGGCTGCTTAATTGAGCTCATG 1188
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACATTTGACAGCGGTGGCTACAACATTAAGACCGGGCCTGGCTGCTTAATTGAGCTCATG 1139
Query 1189 AAATTCGATATGGGAGGTTCAGCTGCTGTTCTTGGCGCTGCAAAAGCCATTGGTCAAATT 1248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1140 AAATTCGATATGGGAGGTTCAGCTGCTGTTCTTGGCGCTGCAAAAGCCATTGCTCAAATT 1199
Query 1249 AAGCCTCCAGGTGTTGAGGTGCACTTTATTGTCGCAGCTTGTGAGAATATGATAAGTGGT 1308
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AAGCCTCCCGGTGTTGAGGTGCACTTTATTGTCGCAGCTTGTGAGAATATGATAAGTGGT 1259
Query 1309 ACTGGAATGAGACCTGGAGATGTCCTCACAGCCTCAAACGGAAAGACGATTGAGGTCAAC 1368
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1260 ACTGGAATGAGACCTGGAGATGTCATCACAGCCTCAAACGGAAAGACAATTGAGGTCAAC 1319
Query 1369 AACACCGATGCTGAAGGTCGACTAACACTTGCAGATGCTTTAGTTTATGCTTGCAACCAG 1428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AACACCGATGCTGAAGGTCGACTAACACTTGCAGATGCTCTAGTTTATGCTTGCAACCAG 1379
Query 1429 GGTGTCGATAAGGTTGTTGACCTTGCAACATTGACTGGGGCTTGTATTATTGCTCTTGGA 1488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGTGTCGATAAGGTTGTTGACCTTGCAACATTGACTGGGGCTTGTATTATTGCTCTTGGA 1439
Query 1489 ACATCAATGGCAGGCATATATACACCTAGTGATAAGCTTGCAAAGGAGGTGATTGCTGCA 1548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ACATCAATGGCAGGCATATATACACCTAGTGATAAGCTTGCAAAGGAGGTGATTGCTGCA 1499
Query 1549 TCAGAGAGGAGTGGAGAGAAGTTATGGAGAATGCCTATGGAAGAGAGTTACTGGGAGATG 1608
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TCAGAGAGGAGTGGAGAGAAGTTATGGAGAATGCCGATGGAAGAGAGTTACTGGGAGATG 1559
Query 1609 ATGAAGTCAGGTGTTGCAGATATGGTTAACACTGGAGGCCGTGCAGGTGGATCCATTACC 1668
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1560 ATGAAGTCAGGTGTGGCAGATATGGTTAACACGGGAGGCCGTGCAGGTGGATCCATCACC 1619
Query 1669 GCGGCTCTTTTCTTGAAACAGTTTGTGAGCGAGGATGTTGAGTGGATGCACATAGATATG 1728
|||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GCGGCTCTCTTCTTGAAACAATTTGTGAACGAGAATGTTGAGTGGATGCACATAGATATG 1679
Query 1729 GCTGGACCAGTGTGGAACGAGAAGAAGAAAGCTGCAACTGGGTTTGGAGTTGCGACACTA 1788
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1680 GCTGGACCAGTGTGGAACGAGAAGAAGAAAGCTGCGACTGGTTTTGGAGTTGCTACACTC 1739
Query 1789 GTTGAGTGGGTACAGAACCATTCTTCTTCTTAAGATGAAGTC-TGGTGATC 1838
|| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1740 GTGGAGTGGGTACAGAACAATTCTTCTTCTTAAGATGAAG-CGTGGTGATC 1789
> Ahg889026 jgi|Araly1|889026|Al_scaffold_0007_1012
Length=1749
Score = 2623 bits (1420), Expect = 0.0
Identities = 1643/1752 (94%), Gaps = 10/1752 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 70 ATGGCCGTCACTTTGGTAAcgtccttcgcttcttcgtcttctcgcttccatttccgctca 129
||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGGTCACTTTGGTAACGTCCTTTACTTCTTCTTCTTCTCGCTTCCATTTCCGCTCC 60
Query 130 ttctcctcttctccgtcgtctctctcctcttGTTTCGTCCGATTCCAGTTC-CCCTCTCG 188
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 61 TTCTCCTCTTCTCCTTCGTCTCTCTCTTCTTGTTTCGTCCGATTCCAG-TCGCCGTCTCG 119
Query 189 CCTTAGACTCGCTTTTGCCGTCACGCCTCTCTACTCTTCTTCTAGAGCCATGGCTCATAC 248
||||| | ||||||| || || ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 120 CCTTAAAGTCGCTTTCGCGGTTACGCCTCTCTACTGTTCTTCTAAAGCCATGTCTCATAC 179
Query 249 AATCTCACACGCTACTCTCGGCCTCACTCAGGCTAACTCCGTCGATCATCCTAAGATCTC 308
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 180 AATAGCACACGCTACTCTCGGCCTCACTCAGGCTAACTCCGTTGATCATCCTAAGATCTC 239
Query 309 ATTTTCGGGGAAGGAGATCGACGTGACGGAATGGAAAGGTGATATACTCGCTGTTGGAGT 368
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 240 ATTTTCCGGGAAGGAGATCGACGTGACGGAATGGAAAGGTGATATACTCGCGGTTGGAGT 299
Query 369 GACGGAGAAAGACATGGCTAAGGATGTGAACTCCAAGTTCGAAAACCCGATTCTGAAGAA 428
|| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 300 GATGGAGAAAGATATGACTAAGGATGCCAACTCCAAGTTCGAAAACCCGATACTGAAGAA 359
Query 429 GCTTGATGCTCACTTGGGTGGACTTTTAGCTGATGTCTCGTCTGAGGAAGATTTTTCTGG 488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 360 GCTTGATGCTCACTTGGGTGGACTTTTAGCTGATGTCTCTTCTGAGGAAGATTTTTCCGG 419
Query 489 GAAACCTGGTCAGTCGACAGTTCTTAGGCTTCCGGGTCTTGGGTCTAAGCGAGTTGGTTT 548
||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||
Sbjct 420 GAAACCTGGCCAGTATACAGTTCTTAGGCTTCCGGGTCTCGGGTCAAAGCGGGTCGGTTT 479
Query 549 GATTGGTCTTGGAAAATCTGCTTCAACTCCTTCGGCTTTTCAGAGTCTCGGTGAGGCTGT 608
||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GATTGGTCTAGGAAAATCTGCTTCATCTCCTTCCGCTTTTCAGAGTCTCGGTGAGGCTGT 539
Query 609 TGCTGCAGCTGCTAAAGCTTCTCAAGCTAGCAGTGTTGCAGTTGTTCTCGCCTCCTCTGA 668
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 540 TGCTGCAGCTGCTAAAGCTTCTCAAGCTACCAGTGTTGCAGTTGTTCTCGCCTCCTCAGA 599
Query 669 GAGTGTTTCTAATGAATCTAAGCTCTGTTCTGCGTCAGCTATAGCTTCAGGCACAGTGCT 728
|||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GAGTGTTTCTGATGAATCTAAACTCAGTTCTGCTTCAGCTATAGCTTCAGGCACAGTGCT 659
Query 729 TGGTTTGTTTGAAGACAGCCGGTATAAGTCTGAGTCGAAGAAACCATCACTCAAATCTGT 788
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 660 TGGTTTGTTTGAAGACAGCCGGTATAAGTCTGAGTCAAAGAAACCATCTCTCAAATCTGT 719
Query 789 AGATATCATTGGCTTTGGCTCTGGACCTGAACTAGAGAAGAAGCTTAAGTATGCTGAACA 848
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GGATATCATTGGCTTTGGCACTGGACCTGAACTAGAGGAGAAGCTTAAGTATGCTGAACA 779
Query 849 TGTTTCTTATGGCGTTATTTTCGGGAAAGAACTCGTTAATTCTCCAGCCAATGTTCTCAC 908
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TGTTTCTTATGGCGTAATTTTCGGGAAAGAACTTGTTAATTCTCCAGCCAATGTTCTCAC 839
Query 909 TCCTGCCGTACTAGCTGAGGAAGCCTTGAATCTGGCTTCCATGTACAGTGATGTCATGAC 968
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CCCTGCCGTACTAGCTGAGGAAGCCTCAAATCTGGCTTCCATGTACAGTGATGTCATGAC 899
Query 969 TGCCAACATCTTGAACGAGGAGCAATGCAAAGAGTTGAAGATGGGTTCATATCTTGCTGT 1028
||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGCAAACATCTTGAACGAGGAACAATGCAAAGAGCTGAAGATGGGTTCATATCTTGCTGT 959
Query 1029 AGCTGCTGCTTCAGCTAATCCACCTCATTTCATACATCTTATCTACAAACCTTCTAGTGG 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AGCTGCTGCTTCAGCTAATCCACCTCATTTCATCCACCTTATCTACAAACCTTCTAGTGG 1019
Query 1089 CCCTGTTAAAACAAAACTTGCTCTTGTTGGAAAAGGATTGACATTTGACAGCGGTGGCTA 1148
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CCCTGTTAAAACCAAACTTGCTCTTGTTGGGAAAGGATTGACATTTGACAGCGGTGGCTA 1079
Query 1149 CAACATTAAAACCGGGCCTGGC-TGCTTAATTGAGCTCATGAAATTCGATATGGGAGGTT 1207
||||||||| | ||||||| | || | |||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1080 CAACATTAAGATTGGGCCTGACATGAT-AATTGAGCTCATGAAAATCGATGTGGGAGGTT 1138
Query 1208 CAGCTGCTGTTCTTGGCGCTGCAAAAGCCATTGGTCAAATTAAGCCTCCAGGTGTTGAGG 1267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1139 CAGCTGCTGTTCTTGGCGCTGCAAAAGCCATTGGTCAAATTAAGCCTCCCGGTGTTGAGG 1198
Query 1268 TGCACTTTATTGTCGCAGCTTGTGAGAATATGATAAGTGGTACTGGAATGAGACCTGGAG 1327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1199 TGCACTTTATTGTCGCAGCTTGTGAGAATATGATAAGTGGTACCGGAATGAGACCTGGAG 1258
Query 1328 ATGTCCTCACAGCCTCAAACGGAAAGACGATTGAGGTCAACAACACCGATGCTGAAGGTC 1387
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ATGTCATCACAGCCTCAAACGGAAAGACAATTGAGGTCAACAACACCGATGCTGAAGGTC 1318
Query 1388 GACTAACACTTGCAGATGCTTTAGTTTATGCTTGCAACCAGGGTGTCGATAAGGTTGTTG 1447
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1319 GACTAACACTTGCAGATGCTCTAGTCTATGCTTGCAACCAGGGTGTCGATAAGATTGTTG 1378
Query 1448 ACCTTGCAACATTGACTGGGGCT-TGTATTATTGCTCTTGGAACATCAATGGCAGGCATA 1506
||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1379 ACCTTGCAACATTGACTGGGGCTAT-TATTGTTGCTCTTGGACCATCAATGGCAGGCATG 1437
Query 1507 TATACACCTAGTGATAAGCTTGCAAAGGAGGTGATTGCTGCATCAGAGAGGAGTGGAGAG 1566
|||||| |||||||| || ||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1438 TATACAGCTAGTGATGAGTTTGCAAAGGAGGTAACTGCTGCATCAGAAAGGAGTGGCGAG 1497
Query 1567 AAGTTATGGAGAATGCCTATGGAAGAGAGTTACTGGGAGATGATGAAGTCAGGTGTTGCA 1626
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1498 AAGTTATGGAGAATGCCTATGGAAGAGAGGTACTGGGAGATGATGAAGTCAAGTGTGGCA 1557
Query 1627 GATATGGTTAACACTGG-AGGCCGTGCAGGTGGAT-CCATTACCGCGGCTCTTTTCTTGA 1684
|||||||||||| ||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1558 GATATGGTTAACT-TGGGAGGCCGTGCAGGTG-ATTCCATCACCGCGGCTCTCTTCTTGA 1615
Query 1685 AACAGTTTGTGAGCGAGGATGTTGAGTGGATGCACATAGATATGGCTGGACCAGTGTGGA 1744
||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 AACAGTTTGTGTGCGAGAAGGTTGAGTGGATGCACATAGATATGGCTGGACCAGTGTGGA 1675
Query 1745 ACGAGAAGAAGAAAGCTGCAACTGGGTTTGGAGTTGCGACACTAGTTGAGTGGGTACAGA 1804
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1676 ACGAGAAGAAGAAAGCTGCGACTGGTTTTGGAGTTGCGACACTCGTTGAGTGGGTACAGA 1735
Query 1805 ACCATTCTTCTT 1816
|| |||||||||
Sbjct 1736 ACAATTCTTCTT 1747
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 73399902115
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5