BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G31120.1
Length=2174
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491633 jgi|Araly1|491633|fgenesh2_kg.7__1066__AT4G31120.1 3469 0.0
> Ahg491633 jgi|Araly1|491633|fgenesh2_kg.7__1066__AT4G31120.1
Length=2106
Score = 3469 bits (1878), Expect = 0.0
Identities = 2033/2108 (96%), Gaps = 9/2108 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 65 agaagagatgccgctcggagagagaggaggatgggagaggaCCGAGTCCAGATACTGCGG 124
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 AGAAGAGATGCCGCTCGGAGAAAGAGGAGGATGGGAGCGCACCGAGTCCAGGTACTGCGG 60
Query 125 CGTTGAGACTGATTTCTCCAACGATGTTACTCATCTTCTCAACTTCAACATTTCCACCGG 184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGTTGAGACTGATTTCTCCAACGATGTTACTCATCTTCTCAACTTCAACATTTCCACCGG 120
Query 185 CGGTTTTGACTATGTTCTCGCTCCTCTGGTGGATCCTTCGTATAGGCCGAGCTTGGTGGA 244
||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGGTTTTGACTATATCCTCGCTCCTCTGGTCGATCCTTCGTATAGGCCGAGCTTGGTGGA 180
Query 245 AGGAAATGGTGTAGATACTCAGGTTCTTCCAGTCTGTGGCTCTGACTTAGTCTTGTCACC 304
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGGAAATGGTGTAGATACTCAGGTTCTTCCAGTCTCTGGCTCTGACTTAGTCTTGTCACC 240
Query 305 TTCTCAATGGAGCAGTCATGTTGTTGGAAAAATTAGTTCGTGGATTGACTTGGATTCTGA 364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTCTCAATGGAGCAGTCATGTTGTTGGAAAAATTAGTTCGTGGATTGACTTGGATTCTGA 300
Query 365 AGATGAGGTCTTACGGATGGATTCAGAAACCACATTGAAGCAAGAAATAGCTTGGGCTAC 424
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 301 AGATGAGGTCTTGCGGATGGATTCAGAAACCACATTGAAGCAGGAAGTAGCTTGGGCTAC 360
Query 425 TCATCTCTCCTTACAGGCATGCCTTCTTCCCACTCCTAAAGGGAAATCGTGCGCCAATTA 484
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TCATCTCTCCTTACAGGCATGTCTTCTTCCCACTCCTAAAGGGAAATCGTGCGCCAATTA 420
Query 485 TGCCAGATGTGTGAACCAGATCTTACAAGGCCTCACTACCTTGCAGTTATGGCTAAGGGT 544
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 421 TGCCAGATGTGTGAACCAGATCTTACAAGGGCTGACTACCTTGCAGTTATGGCTGAGGGT 480
Query 545 TCCACTGGTGAAGTCTGAAGGTGATTCAATGGATGATACCTCAGAGGGACTGAATGATTC 604
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 481 TCCACTGGTGAAGTCTGATGGTGATTCAATGGATGATACCTCAGAGGGATTGAATGATTC 540
Query 605 CTGGGAGCTGTGGAATTCGTTTCGTCTTCTTTGTGAGCATGACAGTAAGCTGTCTGTTGC 664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGGGAGCTGTGGAATTCGTTTCGTCTTCTTTGTGAGCATGACAGTAAGCTGTCTGTTGC 600
Query 665 TCTTGATGTTCTGAGTACACTACCCTCTGAAACTTCACTAGGGCGCTGGATGGGAGAGTC 724
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TCTTGATGTTCTGAGTACGCTACCCTCTGAAACTTCACTAGGGCGCTGGATGGGAGAGTC 660
Query 725 TGTGAGAGCAGCCATATTAAGCACTGATGCTTTCTTAACAAATGCTCGGGGTTATCCTTG 784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TGTGAGAGCAGCCATATTAAGCACTGATGCTTTCTTAACAAATGCTCGGGGTTATCCTTG 720
Query 785 CTTGTCCAAACGCCACCAAAAGTTAATAGCAGGATTTTTTGATCATGCTGCCCAGGTTGT 844
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTTGTCAAAACGCCACCAAAAGTTAATAGCAGGATTTTTTGATCATGCTGCCCAGGTTGT 780
Query 845 AATTTGTGGAAAGCCTGTTCATAATCTTCAAAAGCCTCTTGATTCTAGCTCGGAGGGTAC 904
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 781 AATTTCTGGAAAGCCTGTTCATAATCTTCAAAAGCCTCTTGATTCTAACACGGAGGGTAC 840
Query 905 AGAGAAGAATCCTCTGCGCATATATTTGGACTATGTTGCTTATCTGTTCCAAAAGATGGA 964
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGAGAAGAATCCGCTGCGGATATATTTGGACTATGTTGCTTATCTGTTCCAAAAGATGGA 900
Query 965 ATCACTTTCTGAACAGGAACGCATCGAGCTGGGTTACAGGGATTTTTTGCAGGCACCCCT 1024
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATCACTTCCTGAACAGGAACGCATCGAGCTGGGCTACAGGGATTTTTTGCAGGCACCCCT 960
Query 1025 GCAGCCTCTTATGGACAACCTCGAAGCCCAAACCTATGAGACGTTTGAGAGAGACTCTGT 1084
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GCAGCCTCTTATGGACAACCTCGAAGCCCAAACCTATGAGACGTTTGAGAGAGACTCTGT 1020
Query 1085 TAAATACATCCAATATCAAAGAGCAGTTGAGAAAGCCTTGGTGGACAGGGTACCTGATGA 1144
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1021 TAAATACATCCAATATCAAAGAGCAGTTGAGAAAGCCTTGGTGGACAGAGTACCTGATGA 1080
Query 1145 AAAAGCATCCGAGTTGACTACTGTC---CTGATGGTTGTGGGGGCAGGAAGGGGACCCCT 1201
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1081 AAAAGCATCCGAGTTGACTACTGTATGTCTGATGGTTGTGGGGGCAGGAAGAGGACCCCT 1140
Query 1202 TGTGAGGGCATCGTTACAGGCAGCTGAAGAAACTGATCGGAAGTTGAAAGTTTATGCCGT 1261
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TGTGAGGGCATCGTTACAGGCAGCAGAAGAAACTGGTCGGAAGTTGAAAGTTTATGCCGT 1200
Query 1262 GGAAAAGAATCCTAATGCCGTTGTAACACTCCATAATTTGGTTAAGATGGAAGGATGGGA 1321
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGAAAAGAATCCTAATGCAGTTGTAACACTCCACAATTTGGTTAAGATGGAAGGATGGGA 1260
Query 1322 AGACGTTGTTACGATAATATCCTGTGACATGCGTTTTTGGAATGCTCCCGAGCAAGCTGA 1381
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1261 AGGCATTGTTACGATAATATCCTGTGACATGCGTTTTTGGAATGCTCCTGAGCAAGCTGA 1320
Query 1382 TATATTGGTTAGCGAACTGCTGGGTTCTTTTGGAGACAATGAACTTTCTCCTGAGTGTCT 1441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TATATTGGTTAGCGAACTGCTGGGTTCTTTTGGAGACAATGAACTTTCTCCTGAGTGTCT 1380
Query 1442 TGATGGAGCCCAAAGGTTTCTGAAGCCAGACGGAATTTCAATACCATCCTCGTATACAAG 1501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||
Sbjct 1381 CGATGGAGCCCAAAGGTTTCTGAAGCCAGACGGAATTTCTATTCCATCTTCGTATACAAG 1440
Query 1502 TTTCATACAGCCTATAACAGCTTCGAAGCTTTACAATGACGTTAAGGCTCATAAAGATCT 1561
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1441 TTTCATACAGCCTATAACAGCTTCGAAGCTTTACAATGACGTTAAGGCACATAAAGATCT 1500
Query 1562 TGCGCACTTTGAAACTGCTTATGTTGTCAAGCTGCATAGTGTAGCAAAGCTTGCTCCTTC 1621
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1501 TGCACACTTTGAAACTGCTTATGTTGTCAAGCTGCATAGTGTAGCAAAACTTGCCCCTTC 1560
Query 1622 CCAGTCTGTTTTCACATTTACTCATCCAAACTTCTCAACGAAAGTCAACAACCAACGCTA 1681
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||
Sbjct 1561 CCAATCTGTTTTCACATTTACTCATCCAAACTTCTCAACAAAAGCCAACAACCAACGGTA 1620
Query 1682 TAAGAAGCTTCAGTTCAGTCTACCAAGCGATGCTGGCTCAGCTTTGGTGCATGGATTCGC 1741
||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TAAGAAGCTTCAGTTCAATTTACCAAGCGACGCTGGCTCAGCTTTGGTGCATGGATTCGC 1680
Query 1742 TGGCTATTTTGATTCCGTCCTTTATAAAGATGTTCATCTTGGGATCGAGCCTACAACAGC 1801
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 TGGCTATTTTGATTCCATCCTTTATAAAGATGTTCATCTTGGGATCGAGCCTACAACAGC 1740
Query 1802 AACACCAAACATGTTCAGCTGGTTCCCAATCTTTTTCCCATTGAGGAAGCCTGTGGAGGT 1861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AACACCAAACATGTTCAGCTGGTTCCCAATCTTTTTCCCATTGAGGAAGCCTGTGGAGGT 1800
Query 1862 TCACCCT-GATACTCCATTAGAAGTACACTTTTGGAGGTGTTGTGGTTCCTCAAAGGTTT 1920
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TCACCCTCG-TACTCCATTAGAAGTACACTTTTGGAGGTGTTGTGGTTCCTCAAAGGTTT 1859
Query 1921 GGTATGAATGGTCGGTGTCTTCACCTACTCCATCTCCGATGCATAACACCAATGGCCGTT 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GGTATGAATGGTCGGTGTCTTCACCTACTCCATCTCCAATGCATAACACCAATGGCCGTT 1919
Query 1981 CGTACTGGGTTGGCCTTTAGGATTAGAGACTTTTGACTGATGACGAAAAAGTTATGTAAT 2040
|||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1920 CGTATTGGGTTGGCCTTTAG-ATTAGGGACTTT-GACTGATGATGAAAAAGTTATGTAAT 1977
Query 2041 CTTATTGTGCTGTA-TTTT-TGTCACAAGAAAGACTAAAGTTTACGAGTGAATCAAATCT 2098
|||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1978 CTTATTGTTCTGTACTTTTATGTCACAAGAAAGACCAATGTTTACGAGTGAATGAAAACT 2037
Query 2099 CTCTTGACCTTATTTATGTTTGTACTTTTTCAGTAATTTCATTGCACTTTTAATACAAAG 2158
|| |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2038 CTTTTGACCTTGTTAATGTTTGTACTTTTTCAGAAATTTCATTGCACTTTTAATACAGAG 2097
Query 2159 CTATCTCT 2166
||||||||
Sbjct 2098 CTATCTCT 2105
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81817846260
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5