BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G31140.1
Length=2039
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944869 jgi|Araly1|944869|scaffold_701098.1 2483 0.0
> Ahg944869 jgi|Araly1|944869|scaffold_701098.1
Length=1497
Score = 2483 bits (1344), Expect = 0.0
Identities = 1447/1498 (97%), Gaps = 2/1498 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 362 CGATTTATCT-CTCGGTTCCGATGTTGTTCAAAGGTGTTTTTGCTGTCTTTTTCGTAATC 420
|||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CGATTTAT-TGCTCGGTTCCGATGTTGTCCAAAGGTCTTTTTGCTGTCTTTTTCGTAATC 59
Query 421 ACTTTGTTGTACGCAAGTTTGTTAATTGAAGTTGAAGGGATTGGTGTGAACTGGGGCTCA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 ACTTTGTTGTACGCAAGTTTGTTAATTGAAGTTGAAGGGATTGGTGTGAACTGGGGCTCA 119
Query 481 CAGGCGAGGCATCCCCTACCTCCGGCTACGGTGGTGAGGCTTCTCCGAGAAAACGGTATC 540
|||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 120 CAGGCGAGGCATCCACTGCCTCCGGCCACGGTGGTGAGACTTCTCCGGGAAAACGGTATC 179
Query 541 CAAAAGGTGAAACTTTTCGAGGCCGACTCTGCGATTCTCAAAGCTTTAAGTCGGACAGGG 600
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 180 CAAAAGGTGAAACTTTTCGAGGCCGACTCCGCGATTCTCAAAGCTTTAAGTCGGTCAGGG 239
Query 601 ATTCAAGTTATGGTCGGAATCCCTAACGACTTGCTTGCTCCTTTAGCCGGTAGCGTTGCA 660
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 240 ATTCAGGTTATGGTCGGAATCCCTAACGACTTACTTGCTCCTATAGCTGGTAGCGTTGCA 299
Query 661 GCCGCTGAGAGATGGGTCTCTCAGAATGTATCTGCTCATGTCTCCTCTAATGGCGTCGAT 720
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCCGCAGAGAGATGGGTCTCTCAGAATGTCTCTGCTCATGTCTCCTCTAATGGCGTCGAT 359
Query 721 ATCAGGTATGTGGCAGTTGGGAATGAGCCTTTTCTAAAAGCATTCAATGGAACATTTGAG 780
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 360 ATCAGGTATGTGGCAGTTGGGAATGAGCCTTTCCTAAAAGCATTCAACGGAACATTTGAG 419
Query 781 GGTATAACTCTACCTGCTCTTCAGAATATACAATCAGCTATCATCAAAGCTGGTTTAGCG 840
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 420 AGTATAACTCTTCCTGCTCTTCAGAATATACAATCAGCTATCATCAAAGCCGGTTTAGCG 479
Query 841 ACTCAGGTGAAAGTCACAGTGCCTCTTAACGCAGATGTGTACCAAAGTGCGTCTAATCTC 900
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ACTCAGGTGAAAGTCACAGTGCCACTTAACGCGGATGTGTACCAAAGTGCGTCTAATCTT 539
Query 901 CCTTCGGATGGAGATTTCAGGCCTGAAATCCGTGATCTCATGTTGAACATTGTTAAGTTT 960
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CCTTCGGATGGAGATTTCAGGCCTGAAATCCGCGATCTCATGTTGAACATTGTTAAGTTT 599
Query 961 CTGAGTGATAACGGAGCACCATTCACTATCAACATTTACCCTTTCATCAGTCTCTACAAC 1020
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 600 CTGAGTGATAACCAAGCACCATTCACTATCAACATTTACCCTTTCATCAGTCTATACAAC 659
Query 1021 GACCCGAATTTCCCTGTGGAGTTTGCTTTCTTTGATGGAACTGGTACTCCGATAAACGAC 1080
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 660 GATCCGAATTTCCCTGTGGAGTTTGCTTTCTTTGATGGAACCGGTACTCCTATAAACGAC 719
Query 1081 AATGGAAGAATCTACGACAATGTTCTTGATGCAAACTACGATACACTTGTGTGGTCGTTG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||
Sbjct 720 AATGGAAGAATCTACGACAATGTTCTTGATGCAAACTACGATACACTCGTTTGGTCTTTG 779
Query 1141 CAGAAGAATGGGTTTGGGAATTTGACTATTATTGTTGGGGAAGTTGGGTGGCCAACAGAT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CAGAAGAATGGGTTTGGGAATTTGACTATTATTGTTGGGGAAGTTGGGTGGCCAACAGAT 839
Query 1201 GGAGATAAGAACGCAAACTTGATGTATGCCAGGCGGTATAATCAAGGTTTTATGAACCGT 1260
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||
Sbjct 840 GGAGATAAGAACGCAAACATGATGTATGCGAGGCGGTACAACCAAGGGTTTATGAACCGT 899
Query 1261 CAAAAGGCTAATAAAGGAACACCTATGAGACCTGGGGCAATGGATGCTTACTTGTTTGGT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CAAAAGGCTAATAAAGGAACACCTATGAGACCTGGGGCAATGGATGCTTACTTGTTTGGT 959
Query 1321 CTTATCGATGAAGATGCCAAAAGCATTCAGCCTGGAAACTTTGAAAGACACTGGGGGATA 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTTATCGATGAAGATGCCAAAAGCATTCAGCCTGGAAACTTTGAAAGACACTGGGGGATT 1019
Query 1381 TTTTATATTGATGGACAGCCTAAGTATCAGCTCAGTCTTGGCAGTGGTAACGGGCTGATC 1440
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTTTACATTGATGGACAGCCTAAGTATCAGCTCAGTCTTGGCAATGGTAACGGGCTGATC 1079
Query 1441 CCTGCAAAGGATGTTCATTATTTGGCTAAGAAATGGTGTATTCTTGCGCCAAATGCTAAT 1500
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CCTGCAAAGAATGTGCATTATTTGGCTAAGAAATGGTGTATTCTTGCGCCAAATGCTAAT 1139
Query 1501 CTTCAGGATCCTCAGTTGGGACCAAGCGTGAGCTACGCTTGTGATCATGCTGATTGCACC 1560
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CTTCAGGATCCTCAGTTGGGACCAAGTGTGAGCTACGCTTGTGATCATGCTGATTGCACC 1199
Query 1561 AGTCTTGGTTATGGCTCCTCTTGTGGTAACCTGAATCTAGCACAGAATGTTTCGTATGCG 1620
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AGTCTTGGGTATGGCTCCTCTTGTGGTAACCTGAATCTAGCACAGAATGTTTCGTATGCG 1259
Query 1621 TTCAATAGCTATTACCAGGTAAGTAATCAGCTCGACAGTGCGTGTAAGTTCCCGGGTCTC 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TTCAATAGCTATTACCAGGTAAGTAATCAGCTCGACAGTGCGTGTAAGTTCCCGGGTCTC 1319
Query 1681 TCTATAGTCAGTACTAGGGATCCTTCTGTTGGGAGTTGCAAATTCAAGATAATGATCAAG 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TCTATAGTCAGTACTAGGGATCCTTCTGTTGGGAGTTGCAAATTCAAGATAATGATCAAG 1379
Query 1741 TCAGAAGATGCTAGTGAAGCAAGTGCCATGATGCCTATAACACGATCAACGGCAGTGCTG 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TCAGAAGATGCTAGTGAAGCAAGTGCCATGATACCTCTTACACGATCAACGGCAGTGCTG 1439
Query 1801 CTACTTCTCTCCATCTGTCTGTATATTGTTCTGTGAATACTGAAGAAAATTTGATGGG 1858
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CTACTTTTCTCCATCTGTCTGTATATTGTTCTGTGAATACTGAAGAAAATTTGATGGG 1497
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76675663185
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5