BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G31160.1
Length=5871
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491627 jgi|Araly1|491627|fgenesh2_kg.7__1060__AT4G31160.1 4922 0.0
> Ahg491627 jgi|Araly1|491627|fgenesh2_kg.7__1060__AT4G31160.1
Length=5805
Score = 4922 bits (2665), Expect = 0.0
Identities = 2995/3150 (95%), Gaps = 39/3150 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAtttct-ttttctttttccgtgatcccaacgtttgaattgatcgccgtttctgggtttt 59
||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 AATTTCTATTTT-TTTTTCCGCGATCCCAACGTCTGAATTGATCGTCGTTTCTGGGTTTT 59
Query 60 tcttttAAAAGAGAGGTATTCATCATGGACGGGCAAGAGCATGCCGAGGTCCCTAATTC- 118
||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 60 TCTTTGAAAAGAGAGGTA-TC-T-ATGGACGGGCAAGAGCATGCCGAGGTCCCTAA-TCA 115
Query 119 GATGGTTGAGGATGACCAATCAGTTGTTGCGGCGGAGGCGATTGCAGAGTTGGCGAATTC 178
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 116 GATGGTTGAGGATGAACAATCGGTTGTTGCGGCGGAGGCAATTACAGAGTTGGCGAATTC 175
Query 179 AACCGGCGAACCTAATCCT----------G---A-A-GAAGGAGAAGAACAGAGTGTTGA 223
|| |||| |||||||| | | | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 176 AAATAACGAAGCTAATCCTGAAGAAGGAGGACAACAGGAAGGAGAAGAACAGAGTGTGGA 235
Query 224 AGACGAGCTTATAGCGAAGGCGCAGAAGCTTATGGAAGATATTACTTCCGTTGCCAATAA 283
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 236 GGACGAGCTTATAGCGAAGGCGCAGAAGCTTATGGATGATATTACTTCCGTTGCTAATAA 295
Query 284 CCCTAATCCTAATATCCTTCACGCTCTTAGTCAGCTTCTCGAATCTCAGGAGTCTCTGTT 343
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 CCCTAATCCTAATTTCCTTCACGCTCTTAGTCATCTTCTCGAATCTCAGGAGTCTCTGTT 355
Query 344 CTTAGAGGAGAATGGGCATTTCTCCAATGCTCGTGGTAGTCATAACAGTGGCAAGCTGTG 403
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 CTTAGAGGAGAATGGGCATTTCTCCAATGCTCGCGGTAGTCATAACAGTGGCAAGCTGTG 415
Query 404 TATTCTCATCCGAGAAAACGATGAGTTTTTTGAATTGATATCGTCGACTTTTCTATCTGA 463
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 416 TACTCTCATCCGAGAAAATGATGAGTTTTTTGAATTGATATCGTCAACTTTTCTATCTGA 475
Query 464 GAATTCTTACTCAACCGCAGTAAAGGCAGCCTCTGCAAGGTTGCTAATGAACTGTTCGCT 523
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 476 GAATTCTTACTCAACCGCCGTAAAGGCAGCCTCTGCAAGATTGCTAATGAACTGTTCGCT 535
Query 524 TACGTGGATGTATCCTCATGTTTTCGACGATGCTGTAACGGAAAACTTTAAAAATTGGGT 583
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 TACTTGGATGTATCCTCATGTTTTCGACGATGCTGTTACGGAAAACTTTAAAAATTGGGT 595
Query 584 TATGGAAGAGGCAGTCAAGTTTCCTGGTGAAGACTCTGCCAAGAAGGAAGCCTCAGATTT 643
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 596 TATGGAAGAAGCAGTCAAGTTTCCTGGTGAAGACTCTGGCAGGAAGGAAGCCTCAGATTC 655
Query 644 TGAAATGTTAAAAACTTATTCTACAGGACTTCTTGCTCTCTCTCTGGCGAGTCGTGGGCA 703
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 656 TGAAATGTTAAAGACTTATTCTACAGGACTTCTTGCTCTCTCTCTCGCCAGTCGTGGGCA 715
Query 704 AATAGTTGAAGACGTTTTGACATCAGGACTATCTGCTAAGCTTATGCATTATCTTCGAGT 763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 AATAGTTGAAGACGTTTTGACATCAGGACTATCTGCTAAGCTTATGCATTATCTTCGAGT 775
Query 764 ACGAGTTCTTAAAGAGCCAAGCACAAGCCGT----A-----TACACACAACTGAGACTAA 814
||||||| || ||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||
Sbjct 776 ACGAGTTATTGGAGAGCCAAGCACAAGCCGTAGAGATGCCCTTCACACAACTGAGACTAA 835
Query 815 GCACGTCTCCTTAAAAACCAAAGAAGAAGGTCGAAGTAGGGTGCGTAAGATTGTGGATAC 874
||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 836 GCATGTGTCCTTAAAAACAAAAGAAGAAGGTCGGAGTAGGGTGCGTAAGGTTGTGGATAC 895
Query 875 AGTTGAAGGTGACCATGTTCTTGAGACGGACTCCGGAAGAGAGATGGGACAAACTGATGT 934
||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 AGTTGAAGGTGACCATGTTTTTGAGATGGACTCTGGCAGAGAGATGGGACAAACTGATGT 955
Query 935 ACAGCCTGATGGCGAATTCGAAATCGATGGCAGAGATGTATTTAATGTTTCAGGTGTTGT 994
|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 ACAGTCTGATGGTGAATTCGAAATCGATGGCAGAGAAATATTTAATGTTTCAGGTGTTGT 1015
Query 995 TGATTGTAAAATTAAACCTGGAGATGACAATAGTGTTAGAGATGACCCTTCAAGACACAG 1054
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 TGATTGTAAAATTAAACCTGGAGATGACAATAGTGGAAGAGATGACCCTTCAAGACACAG 1075
Query 1055 ACTGAACCGATCAAAATCAAGGGGGAGAGGAAGGGTTCACGAAGGTGCACCTGATACAGA 1114
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1076 ACTGAACCGATCAAAATCGAGGGGGAGAGGAAGGGTTAACGAAGGTGCAACTGATACAGA 1135
Query 1115 AGTTCTCTTGGCATCTCCTAGATTAGGTCGTCTACTTGTCAGAGATAGGGATCTATCAAA 1174
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1136 AGTTCTCTTGGCATCTCCTAGATCAGGTCGTCTAGTTGTCAGAGATAAGGATCTATCAAA 1195
Query 1175 AATTTCAGATGGCAGAAATGCAGAAGACGTGACCGTATGTCTTGGGAAAATGAAGTCTGG 1234
| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1196 ATTTTCAGATGGCAGAAATGCAGAAGATGTGACCATATGTCTGGGGAAAATGAAGTCTGG 1255
Query 1235 TATTATGGAGATAGAAAGAGAGGATAACGATGAGTGCTTTCAAGGTTGCATAATAGGAAC 1294
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TATTATGGAGATAGAAAGAGAGGATGACGATGAATGCTTTCAAGGTTGCATAATAGGAAC 1315
Query 1295 TAAAAACATAACTGATCTAGTAAAGAGAGCCGTTGGAGCTGCTGAAACCGAAGCTAGAGC 1354
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1316 GAAAAACATAATTGATCTAGTAAAGAGAGCCGTTGGAGCTGCAGAAACGGAAGCTAGAGC 1375
Query 1355 TGCCCATGCTCCTGATGACGCAGCTAAAGCAGCTGGCGATGCTGCTGCAGAGCTTGTTAA 1414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1376 TGCCCATGCTCCTGATGACGCAGCTAAAGCAGCTGGCGATGCTGCAGCAGAGCTTGTTAA 1435
Query 1415 AACTGCTGCTTTGGAGGAATTCAAGTCTTCTGGCAGTGAAGAAGCTGCTGTGTCTGCTGC 1474
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1436 AACTGCTGCTTTGGAGGAATTCAAGTCTTCTGGCAGTGAAGAAGCTGCTGTGTCGGCTGC 1495
Query 1475 TACTCGAGCAGCTATTACAGTCATAGATGCCGCAGAGGTTTCAAGAAATCCTACTTGTGT 1534
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TACTCGAGCAGCTATTACAGTCATAGATGCTGCAGAGGTTTCAAGAAATCCTACTTGTGT 1555
Query 1535 CACATCTGATCAGACAACGGATGTTAGTGAAGTTTCCCTTCCAGATATCGAATCATTGGC 1594
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1556 CACATCTGATCAGACAACAGATGTTAGTGAAGTTTCACTTCCAGATATCGAATCTTTGGC 1615
Query 1595 TCAGTTACAAGAAAAATATTGCATCCAGTGCCTTGAGATACTGGGAGAATATGTTGAGGT 1654
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1616 TCAGTTACAAGAAAAATATTGCATCCAGTGCCTTGAGATACTGGGAGAATATGTCGAGGT 1675
Query 1655 TCTCGGGCCTGTACTCCATGAAAAAGGTGTTGATGTATGCATTGTGCTGCTGGAACGTAC 1714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1676 TCTCGGGCCTGTACTCCATGAAAAAGGTGTTGATGTATGCATTATGCTACTGGAACGTAC 1735
Query 1715 ATCCCAGTTAGATGATCGTTCGACAGTGTCTCCTTTGTTACCTGATGTCATGAAGTTAAT 1774
||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 ATCCCAGTTTGATGATAGTTCTACAGTGTCTCCTTTGTTACCTGATGTCATGAAGTTAAT 1795
Query 1775 TTGCGCTTTGGCTGCGCACCGGAAGTTTGCAGCAATGTTTGTTGAACGGCGTGGCATACT 1834
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1796 TTGCGCTTTGGCTGCGCACCGGAAGTTTGCTGCGATGTTTGTTGACCGGGGTGGCATACA 1855
Query 1835 AAAATTACTTGCTGTTCCAAGGGTCTCTGAGACTTTTTATGGTCTCTCATCTTGCTTATA 1894
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 AAAATTACTTGCTGTTCCAAGGGTTTCTGAGACGTTTTATGGTCTCTCATCTTGCTTATA 1915
Query 1895 CACCATTGGCTCTCTTCAGGGTATAATGGAGCGTGTCTGTGCACTTCCATTGGTTGTCAT 1954
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||
Sbjct 1916 CACCATTGGCTCTCTTCAGGGTATAATGGAGCGTGTCTGTGCACTTCCATCGGATCTCAT 1975
Query 1955 ACATCAAGTTGTTAAATTAGCTATCGAACTTCTCGACTGTTCCCAGGATCAAGCCAGAAA 2014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 ACATCAAGTTGTTAAATTAGCTATCGAACTTCTCGACTGTTCCCAGGATCAAGCCAGAAA 2035
Query 2015 AAATTCAGCTTTATTCTTTGCTGCTGCTTTTGTCTTCAGAGCCATTTTAGATGCATTTGA 2074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 AAATTCAGCTTTATTCTTTGCTGCTGCTTTTGTCTTCAGAGCCATTTTAGATGCATTTGA 2095
Query 2075 TGCTCAGGATAGTTTGCAGAAACTCCTTGCAATTCTTAAAGATGCAGCCTCAGTTAGAAC 2134
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 TGCTCATGATAGTTTGCAGAAACTCCTTGCAATTCTTAAAGATGCAGCCTCAGTTAGAAC 2155
Query 2135 TGGTGCTAATACTGACCGATCAGCTCCTGAAGTCATGACGTCCTCAGAGAAGCAGATGGC 2194
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2156 TGGTGCTAATTCTGACCGATCAGCTCCTGAAGTCATGACGTCCTCAGAGAAACAGATGGC 2215
Query 2195 TTTTCACACCTGTTTTGCTTTACGCCAGTATTTTAGAGCTCATCTCCTTTTGCTTGTTGA 2254
||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2216 TTTCCACACGTGTTTTGCTTTGCGCCAGTATTTTAGAGCTCATCTTCTTTTGCTTGTTGA 2275
Query 2255 TTCAATCCGTCCTAGCAGAATTAGCCGGGGTGGTGTGCCATCTTCAATGAAGCCTAATAT 2314
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||| ||||||||
Sbjct 2276 TTCAATCCGTCCTAGCAGAAGTAGCCGAGGTGGTGTGCGA-----AATGTT-CCTAATAT 2329
Query 2315 AAGGGCAGCCTATAAGCCCCTTGACATCAGCAATGAAGCTGTTGATGCCATCTTCCTTCA 2374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2330 AAGGGCAGCCTATAAGCCCCTTGACATCAGCAATGAAGCTGTTGATGCCATCTTCCATCA 2389
Query 2375 GTTACAGAAGGATAGGAGGTTGGGTCCGACCTTTGTGA-AAGCTCAGTGGCCTGCTGTCA 2433
|||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2390 GTTACAGAAGGACAGGAAGTTGGGTCCGACCTTTGTGAGAA-CTCAGTGGCCTGCTGTCA 2448
Query 2434 ATAATTTTTTGGCCTCCTCTGGACATGTTACCATGTTGGAACTTTGTCAGACTCCACCAG 2493
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 ATAACTTTTTGGCCTCCTCTGGACATGTTACCATGTTGGAACTTTGTCAGACTCCACCAG 2508
Query 2494 TAGATCGTTATCTGCATGATCTTCTTCAGTATGCTTTTGGGGTTCTTCACATAGTTACAT 2553
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 TAGACCGTTATCTGCATGATCTACTTCAGTATGCTTTTGGGGTTCTTCACATAGTTACAT 2568
Query 2554 CAATACCTGATGGCCGCAAAGCAATTGCACATGCCACACTCAGCAACAATCGTGCTGGCA 2613
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2569 CAATACCTGATGGCCGCAAAGCAATTGCGCATGCCACACTCAGCAACAATCGTGCTGGCA 2628
Query 2614 TTGCTGTCATTCTGGATGCAGCAAATATTTCCAACAGCATAGTAGACCCTGAGATCATCC 2673
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2629 TTGCTGTCATTCTGGATGCAGCAAATATTTCCAACAGCATAGTAGACCCTGAGATCATTC 2688
Query 2674 AGCCTGCACTAAATGTCCTAATCAATCTGGTGTGCCCACCACCATCATTAAGCAATAAGC 2733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689 AGCCTGCACTAAATGTCCTAATCAATCTGGTGTGCCCACCACCATCATTAAGCAATAAGC 2748
Query 2734 CGCCCCTTGCACAAAATCATCAACCTGTTCCTGGCCAAGCCACTACCCGTCCCTCTACTG 2793
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2749 CGCCCCTTGCACAAAATCATCAACCTGTTCCCGGCCAAGCCACTACCCGTCCCTCTACTG 2808
Query 2794 ATGTTGCTGTAGGTACTCAGTCCACTGGTAATGCTCCGCAAACTCCTGTTGCACCAGCAT 2853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 ATGTTGCTGTAGGTACTCAGTCCACTGGTAATGCTCCGCAAACTCCTGTTGCACCAGCAT 2868
Query 2854 CTTCAGGTTTGGTTGGGGATCGGAGAATTTTCTTAGGAGCAGGAACTGGTTCTGCTGGCC 2913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 CTTCAGGTTTGGTTGGGGATCGGAGAATTTTCTTAGGAGCAGGAACTGGTTCTGCTGGCC 2928
Query 2914 TTGCTGCTAAGTTGGAGCAGGTTTATCGTCAAGCCCGTGAAGCTGTTCGTGGGAATGATG 2973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 TTGCTGCTAAGTTGGAGCAGGTTTATCGTCAAGCCCGTGAAGCTGTTCGTGGGAATGATG 2988
Query 2974 GTATAAAAATTCTTTTAAAACTTCTTCAGCCCAGAATATATGTAAATCCTCCTGCTACCC 3033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2989 GTATAAAAATTCTTTTAAAACTTCTTCAGCCCAGAATATATGTGAATCCCCCTGCTACCC 3048
Query 3034 CAGATTGTCTACGAGCGCTAGCTTGCAGGGTACTTCTTGGTCTGGCTAGAGATGATACAA 3093
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 CAGATTGTCTACGAGCGCTGGCTTGCAGGGTACTTCTTGGTCTGGCTAGAGATGATACAA 3108
Query 3094 TTGCACAAATACTGACTAAACTTGAGGTTG 3123
|||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3109 TTGCACAAATACTGACTAAACTTGAGATTG 3138
Score = 2730 bits (1478), Expect = 0.0
Identities = 1705/1810 (94%), Gaps = 34/1810 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4061 GCGAAGGAATTCAACCTTTGCGGATGGCTCAGGTTTGCAAACACCAGCTTCAGCTTTAGA 4120
||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4013 GCGTAGGAATTCAACCATTGCGGAAAGCTCAGGTTTGCAAACACCAGCTTCAGCTTTAGA 4072
Query 4121 TGCCAACCAATCTGGGAGTTCCAGACTGGGCCAAATGACACCTGCTTCTCAGCTACGGCT 4180
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4073 TGCCAACCAATCTGGGAGTTCCAGACTGGGCCAGATGACACCTGCTTCTCAGCTAAGGCT 4132
Query 4181 TCCAAGTGATCCCCAGCCTTCAAATCCAGAACGGTTATCACTAGACTCCCTTGTGGTTCA 4240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4133 TCCAAGTGATCCCCAGCCTTCAAATCCAGAACGGTTATCACTAGACTCCCTTGTGGTTCA 4192
Query 4241 GTATCTAAAGCACCAACACAGGCAGTGTCTGGCTCCAATCACAACTCTTCCCCCTGTGTC 4300
|||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4193 GTATTTGAAGCACCAACACAGGCAGTGCCTGGCTCCAATCACAACTCTTCCCCCTGTGTC 4252
Query 4301 TCTCCTACATCCACATGTCTGTCCTGAACCTAAACGGTTACTTGAAGCTCCACTAAACAT 4360
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4253 TCTCCTACATCCGCATGTCTGTCCTGAACCTAAACGGTTACTTGAAGCTCCACTAAACAT 4312
Query 4361 GACTGGCCGTCTTGGGACCCGTGAGCTTCAAAGTTTCTACAGTGGAGTCCATGGGAATCG 4420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4313 CACTGGCCGTCTTGGGACCCGTGAGCTTCAAAGTTTCTACAGTGGAGTCCATGGGAATCG 4372
Query 4421 CAGGGATCGTCAGTTTGTTTTCAGCAGATTCAAATCTTGGAGATCTTTCCGGGATGAGAC 4480
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4373 CAGGGATCGTCAATTTGTTTTCAGCAGATTCAAATCTTGGAGATCTTTCCGGGATGAGAC 4432
Query 4481 TGCTCTCTTTACATGCATTGCACTTCTTGGCGGTACTAATCATATAGCAGTCGGTAGTCA 4540
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4433 TGCTCTCTTTACATGCATTGCACTTCTTGGTGGTACTAATCATTTAGCAGTCGGTAGTCA 4492
Query 4541 TGCTGGAGAAATCAAGATATTTGAAGCTAGCAGCGGTAGCATGCTTGAGAGTGTCTCAGG 4600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||
Sbjct 4493 TGCTGGAGAAATCAAGATATTTGAAGCTAGCAGCGGTACCTTGCTTGAGAGTTTCTCAGG 4552
Query 4601 TCACCAGGCTCCGGTTACACTTGTTCAGCCGTATGTCTCTCGTGATACTCAGTTGTTACT 4660
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 4553 TCACCAGGCTCCGGTTACGCTTGTTCAGCCGTATGTCTCTGGGGATACTCAGTTGTTACT 4612
Query 4661 TTCTTCGAGCTCCAGTGATGTACAGTTGTGGGACGCGTCTTCTATAACTGGTGGGCCTAG 4720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4613 TTCTTCGAGCTCCAGTGATGTACAGTTGTGGGACGCGTCTTCTATAACTGGTGGGCCTAG 4672
Query 4721 ACACTCCTTTGATGGATGCAAGGCTGCAAAATTCAGCAACTCTGGGCTACAATTTGCAGC 4780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4673 ACACTCCTTTGATGGATGCAAGGCTGCAAAATTCAGCAACTCTGGGCTACAATTTGCAGC 4732
Query 4781 GCTTTCTTGTGAAGCATCT-AGAAAAGATGTTCTTCTATATGACGTACAGACCTGCAGCC 4839
|||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 4733 ACTTTCTTGTGAAGCAT-TGACAAAAGATGTTCTTCTATATGATGTACAGACCTGCAGTC 4791
Query 4840 CTTGCCAAAAACTCACTGACACAGTCACATCCTCTCGAAGTAATCCCTATTCTCTTGTGC 4899
||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4792 CTTGCGATAAACTCACTGACACAGTCACATCTTCTCGAAGTAATCCCTATTCTCTTGTAC 4851
Query 4900 ACTTCAGCCCTTGCGATACACTGATTTTGTGGAATGGTGTTCTCTGGGACCGCCGTATCC 4959
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4852 ACTTCAGCCCTTGTGATACACTGATTTTGTGGAATGGTGTTCTCTGGGACCGCCGTATCC 4911
Query 4960 CCGAGAAGGTCAGACGGTTTGATCAATTTACTGATTATGGCGGAGGTGGGTTTCATCCTT 5019
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 4912 CCGAGTCTGTCAGTCGGTTTGATCAATTTACTGATTATGGCGGCGGTGGTTTTCATCCTT 4971
Query 5020 CTAGGAACGAGGTGATCATAAACTCAGAGATCTGGGACATGAGGACTTTCAAACTTCTTC 5079
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 4972 CTAGGAACGAGGTGATCATAAACTCAGAGGTCTGGGACATGAGGAATTTCAAGCTTCTTC 5031
Query 5080 GGAGTGTACCATCACTGGACCAGACAGCTATTACGTTCAACTCTAGGGGAGATGTTATAT 5139
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5032 GAAGTGTACCATCACTGGACCAGACAGCTATTACGTTCAACTCCAGGGGAGATGTTATAT 5091
Query 5140 ACGCAATGCTGAGGAGAAACATCGAGGACGTTATGTCAGCGGTTCACACACGCCGTGTGA 5199
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 5092 ACGCAATGCTGAGGAGAAACATCGAAGACGTTATGTCTGCAGTTCACACACGCCGTGTGA 5151
Query 5200 AACATCCCTTGTTTGCTGCTTTCCGCACTCTTGATGCGATCAACTACTCAGACATTGCCA 5259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5152 AACATCCCTTGTTTGCTGCTTTCCGCACTCTTGATGCGATCAACTACTCAGACATTGCCA 5211
Query 5260 CTATACCTGTAGACCGGTGTCTTCTTGACTTTGCCACAGAACCAACAGATTCGTTCCTTG 5319
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5212 CTATACCTGTGGACCGATGTCTTCTTGACTTTGCCACAGAACCAACAGATTCGTTCCTTG 5271
Query 5320 GGCTGATCACAATGGAAGACCAAGAAGATATGTTTTCCTCGGCCAGGATGTATGAGATTG 5379
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5272 GACTGATCACAATGGAAGACCAAGAAGATATGTTTTCCTCGGCCAGGATGTATGAGATTG 5331
Query 5380 GTAGAAGGAGACCAACagatgatgactcggatcccgatgatgatgatgagacggaagatg 5439
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5332 GTAGACGGAGGCCAACAGATGATGACTCGGATCCCGATGATGATGATGAGACGGACGATG 5391
Query 5440 aagatgaagatgatgaaga--ag-aagatgaCCTGGACCGAATTCTGGGACTAGCTGGAG 5496
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 5392 AAGATGAAGATGATGAAGACGAGGAAGATGACCTGGACCGAATTCTGGGACTAGGTGTAG 5451
Query 5497 ACAATAGCGATAGTGGGGATGATGACCTTAGCAGCGAGGACAATGAAGATAGTGTGAGCG 5556
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 5452 ACGATAGCGATAGTGGGGATGATGACCTTAGCAGCGACGACAATGAAGATAGTGTGAGCG 5511
Query 5557 ATTTTGATGAAGAAGCAGATATTCT-C---A---T-T-GACGGTGACTTTATGGAGGAGC 5607
|||||||||||| || ||| ||||| | | | | ||||||| |||||||| |||
Sbjct 5512 ATTTTGATGAAGGAGGAGAGATTCTTCTTGACGGTCTTGACGGTGGCTTTATGG-GGA-- 5568
Query 5608 TTATAGAAGGTGAAAATGAAGACGATGGTAATGGTGAG-GATG---AGGATGATGATGAC 5663
||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 5569 TTATAGAAGGTGAGGATGAAGACGATGATAATGGTG-GTGATGGTGAGGATGATGATGAT 5627
Query 5664 GACGGTGAGATGCAGGATTTCATGAGCAGTGGGGAAGAGGATGATTATAGAGACAACATT 5723
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 5628 GACGGTGAGATGCAGGATTTCATGAGCAGTGGCGAAGAAGATGATTATAGAGACAATATT 5687
Query 5724 CGTTCTTCCTAAGtttttttttGTTTTATAAATTTTATTTACTTCTGGGCTCTCTACAGA 5783
||||||||||||| |||||| ||| | || ||||||| || | | ||||||||
Sbjct 5688 CGTTCTTCCTAAGGTTTTTT-------ATA--TCTTGTTTACTTTTGAG-T-TCTACAGA 5736
Query 5784 TCACTAAGATGGATTTTTACTATCCAAAATTTTGATGATAAGTTCTTGTATTATTTTTTC 5843
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5737 TCTCTAAGATGGATTTTTACTATCCAAAGTTTTGATGATAAGTTCTTGTATTATTTTTTC 5796
Query 5844 TTTGTTCAAG 5853
|||||| |||
Sbjct 5797 TTTGTT-AAG 5805
Score = 1310 bits (709), Expect = 0.0
Identities = 797/839 (95%), Gaps = 8/839 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3230 GATTGTGACAAATTCAGGGCATGCAACTACACTAACAGCCAGTGATGCTGCTACTCCAAC 3289
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3134 GATTGTGACAAATTCAGGGCATGCGACTACACTGACAGCCAGCGATGCTGCTACTCCAAC 3193
Query 3290 ACTGAGGCGCATTGAAAGAGCTGCCATTGCAGCAGCAACGCCTATAACTTATGATTCTAA 3349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3194 ACTGAGGCGCATTGAAAGAGCTGCCATTGCAGCAGCAACGCCTATAACTTATGATTCTAA 3253
Query 3350 GGAGCTTTTACTGCTTATCCATGAGCATCTCCAGGCATCAGGTCTTGGTGATACAGCTTC 3409
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 3254 GGAGCTTTTGCTGCTTATCCATGAGCACCTCCAGGCATCAGGTCTTGGTGAAACTGCTTC 3313
Query 3410 AGCACTGTTAAAAGAGGCTCAATTAACTCCTCTACCTTCATCGGCTTCCCCTTCTTCTAT 3469
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3314 AGCACTGTTAAAAGAAGCTCAATTAACTCCTCTACCTTCATTGGCTTCCCCTTCTTCTAT 3373
Query 3470 TGCATATTCCACTACACAGGAGATGTCTACGCCGCTAGCTCAGGAACAATGGCCCTCTGG 3529
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3374 TGCATATTCCTCTACACAGGAGATGTCTACGCCGCTAGCTCAAGAACAATGGCCCTCTGG 3433
Query 3530 CCGTGCTAACAGTGGATTTTTCACCAGCAAACCCAAGGTCTGTGCACATGACGAAGATCC 3589
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3434 CCGTGCTAACAGTGGATTTTTCACCAGCAAACCCAAAGTCTGTGCACATGACGAAGATCC 3493
Query 3590 AAATTCTAGATCTAATGCAGCTCTATCTGCCAAGAAGAAGCATTTGGCTTCCTCGACACT 3649
|||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3494 TAATTCTAGATGTAATGCGGCTATATCTGCCAAAAAGAAGCATTTGGCTTCCTCGACACT 3553
Query 3650 GGAGATGCCCACACCAGTAGCACAGCAACAATGGCCATCAGGCCGTGCTAACTGTGGTTT 3709
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3554 GGAGATACCCACACCAGTAGCACAGCAACAGTGGCCATCAGGCCGTGCTAACAGTGGTTT 3613
Query 3710 TTGT-CCCAGCATACCCAAAATCAATGCACGTGATGAAGATCCTAGTTCGAGAGGTAACG 3768
|| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3614 TT-TCCCCAGCATACCCAGAATCAATGCACTTGATGAAGATCCTAGTTCGAGAGGTAACG 3672
Query 3769 CAGCTCCATCTGCAAAGAAGAAACAGTTGACTTTCTCACCCAGTTTTAGTTCGCAGTCAA 3828
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3673 CAGCTCCATCTGCAAAGAAGAAGCAGTTGACTTTCTCACCCAGTTTTAGTTTGCAGTCAC 3732
Query 3829 GAAAACAATCTTTCTCCCATGACGCTCTACCTCAGTCTACACAGAGAATAAATTGTTGTT 3888
|||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 3733 GAAAGCAATCTCTCTCCCATGACGCTCAACCTCAGTCTACACAGAGAATAAATAGTAGTT 3792
Query 3889 CGAATTCAGATCCTGCTTTGGCAGATACATCAGAAACTGCTGCAGAATTAGTTTTGAAGA 3948
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3793 CGAATTCAGATCCTGCTTGGGCAGATACATCAGAAACTGCTGCAGAATTAGTTTTGAAGA 3852
Query 3949 ACGACCTTGATGCCGATGCTCAATTTAAGACCCCGATTTCCTTTCCAAGAAAACGGAAGT 4008
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3853 ACGACCTTGATGCCGATGCTCAATTTAAGACCCCGATTTCCTTTCCAAGAAAACGGAAAT 3912
Query 4009 TGTCTGAGCTTAGAGACTC-G--T---CAGTTCCGGGTAAAAGAATCGATTTGGGTGAG 4061
||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3913 TGTCTGAGCTTAGAGACCCAGAGTTGTCAGTTCCGGGTAAAAGAATCAATTTGGGTGAG 3971
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 222408456612
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5