BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G31200.2
Length=2623
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491620 jgi|Araly1|491620|fgenesh2_kg.7__1053__AT4G31200.1 3424 0.0
Ahg472227 jgi|Araly1|472227|fgenesh2_kg.1__2181__AT4G31400.1 368 1e-100
Ahg491601 jgi|Araly1|491601|fgenesh2_kg.7__1034__AT4G31400.1 363 5e-99
> Ahg491620 jgi|Araly1|491620|fgenesh2_kg.7__1053__AT4G31200.1
Length=2150
Score = 3424 bits (1854), Expect = 0.0
Identities = 2021/2098 (96%), Gaps = 26/2098 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 76 GTTTATATACATGGATCGAAGACAGCACGATTATGCTGCTTCTTCTGGGTTACCTTATGC 135
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 73 GTTTATA-A-ATGGATCGAAGACAGCACGATTATGCTGCTTCTTCTGGGTTGCCTTATGC 130
Query 136 TCAGCAACAGCAGCAACAAGGTCCTAACTTTCAACAGCAACAACAACCACAATTCGGATT 195
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 131 TCAGCAACAGCAGCAACAAGGCCCTAACTTTCAACAGCAACAACAACCGCAATTCGGATT 190
Query 196 TCATCCGCAACATCCTCAGTATCCATCACCAATGAATGCTTCTGGTTTCATTCCTCCTCA 255
|||| | || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 191 TCAT---C--CA----CAGTATCCTTCACCAATGAACGCTTCTGGTTTCATTCCTCCTCA 241
Query 256 TCCTTCTATGCAGCAGTTCCCTTACCAGCATCCTATGCAT---CAGCAGCAGCAACCGCA 312
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 242 TCCTTCTATGCAGCAGTTCCCTTACCAGCATCCTATGCATCAGCAGCAGCAGCAACCGCA 301
Query 313 GCATCTTCCTCATCCTCCTCACCCACAGATGTTTGGTCAACAGCAACCTCAGGCTTTCCT 372
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 GCTTCTTCCTCATCCTCCTCACCCGCAGATGTTTGGTCAACAGCAACCTCAGGCTTTCCT 361
Query 373 TCCTCACTTACCTCCACATCACCTTCCTCCGCCATTCCCTGGACCGTATGATTCTGctcc 432
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 362 TCCTCATTTACCTCCACATCACCTTCCTCCCCCATTCCCTGGACCGTATGATTCAACTCC 421
Query 433 tcctcctcctcctccAGCTGATCCAGAGCTGCAGAAACGGATTGATAAGCTTGTTGAGTA 492
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 TCCTCCTCCTCCTCCGGCGGATCCAGAGCTGCAGAAACGGATTGATAAGCTTGTTGAGTA 481
Query 493 TTCGGTTAAGAACGGTCCTGAGTTTGAGGCTATGATGCGAGATAGACAGAAGGATAATCC 552
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 TTCGGTTAAGAATGGTCCCGAGTTTGAGGCTATGATGCGAGATAGACAGAAGGATAATCC 541
Query 553 TGATTATGCGTTTCTGTTTGGGGGTGAAGGTCATGGTTATTACCGCTATAAGCACTTTCT 612
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 TGATTATGCGTTTCTCTTTGGGGGTGAAGGGCATGGTTATTACCGCTATAAGCACTTTCT 601
Query 613 CTCTATGCATCCCCCTGGAGGACCCTTTGATCCTCCATTCCCGTCATCTTCAATGCCTAT 672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 602 CTCTATGCATCCCCCTGGAGGACCCTTTGATCCTCCATTTCCGTCATCTTCTATGCCTAT 661
Query 673 GATACATCATCCGCCAAATCCCATGATGAGTCCTTCAATGAACAATGTACCTGGTGCATT 732
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 662 GATACATCATCCACCAAATCCCATGATGAGTCCTTCAATGAACAATGTGCCTGGTGCATT 721
Query 733 GGCTGTGCCACCAATCCGCCAACCTCCTTTCCCACCATTCCATGACCACCACCAGCTCCA 792
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 722 GGCTGTGCCACCAATCCGTCAACCTCCTTTCCCACCATTCCATG---ACCACCA----C- 773
Query 793 ACAGCATCTTCCGCAGCCTCATCCTTTTGCGCCCCATGCTCGTCCTGATTTTGATCAGTC 852
||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 -CAGCATCTTCCTCAACCTCATCCTTTTGCTCCCCATGCTCGTCCTGATTTTGATCAGTC 832
Query 853 AACTCATGCGTTCCGAGGTCTTTCTGGTCCACTCCCTGCTGATGTTGCAATGGAACTAAA 912
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 AACTCATGCATTCCGAGGTCTTTCTGGTCCACTCCCTGCTGATGTTGCAATGGAACTAAA 892
Query 913 TGGTGTCTTGGGCAACCTTAATGGCACGAAAGAGTCTATTAAAAGTGCTAAGATTTGGTT 972
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 893 TAGTGTCTTGGGCAACCTTAATGGCACAAAAGAGTCTATCAAAAGTGCTAAGATTTGGTT 952
Query 973 CATGCAGAGATCTCCCTTTGCACCAGCTTTAGCAGAGGCACTTAGAGACAGGGTCTTTGC 1032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 CATGCAGAGATCTCCCTTTGCACCAGCTTTAGCAGAGGCACTTAGAGACAGGGTCTTTGC 1012
Query 1033 AATGGATGATTCTGATAGGCAGATGCACATAGTTTATCTAGCTAATGACATTCTCTTCGA 1092
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1013 AATCGATGATTCTGATAGGCAGATGCACATAGTGTATCTAGCTAATGACATTCTATTCGA 1072
Query 1093 CAGTTTACAACGAAGGACAAACTTGCACGAGTTTGACAATGAAGCTCTTGCTTTCAGACC 1152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 CAGTTTACAACGAAGGACAAACTTGCACGAGTTTGACAATGAAGCTCTTGCTTTCAGACC 1132
Query 1153 TATTTTGGGTTCCATGCTGGGGAGGATTTACCACTTTCCACAAAACAAGGAAGAAAACCA 1212
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 TATTTTGGGTTCCATGCTCGGGAGGATTTACCACTTTCCACAAAACAAGGAAGAAAACCA 1192
Query 1213 GTCACGTTTGGAGAAGATTTTGCAGTTTTGGGCTTCTAAGGAGGTTTTTGATCAAGACAC 1272
||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 GTCACGTCTGGAAAAGATTTTGCAGTTCTGGGCTTCTAAAGAGGTTTTTGATCAAGACAC 1252
Query 1273 CATCTCCTCTCTTGAGAAAGAGATGAAAAGTGGACCACCTGCAAATACCTTTTCTCATTC 1332
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 CATCTCCTCCCTTGAGAAAGAGATGAAAAGTGGACCACCTGCAAATACCTTTTCTCATTC 1312
Query 1333 TCCCATTATAGCAGCACATGCCTTACAACGTCCAGGAATGCTGCAACAGCCACCAAACAG 1392
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TCCCATTATAGCAGCAAATGCCTTACAACGTCCAGGAATGCTGCAACAGCCACCAAACAG 1372
Query 1393 TAATGTCTCTAGCACAATGAATTTAGAGCATCTGACTAATCCGGTCGCAACCCAACAATT 1452
||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 TAATGTCCCCAGCACAATGAATTTAGAACATCTGACTAATCCGGTCGCAACCCAACAATT 1432
Query 1453 TATCCCAAATGTGATGCCTCCTGGTGCCTTTCCCGGTTCCATACCGCTTAACGCTTCTGT 1512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 TATCCCAAATGTGATGCCTCCTGGTGCCTTTCCCGGTTCCATACCGCTTAACGCTTCTGT 1492
Query 1513 TCCACCACCAACCCAACCACCTGCTGGTGAGAAGCCGCCTCCTTATCCTCTCTTTCCTCC 1572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 TCCACCACCAACCCAACCACCTGCTGGTGAGAAGCCGCCTCCTTATCCTCTCTTTCCTCC 1552
Query 1573 TGGTTTGATCCCTGGGATGGTCAGAAAGATGCAGATTGGTAGTGGTGTGCCTTACTCTCC 1632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 TGGTTTGATCCCTGGGATGGTCAGAAAGATGCAGATTGGTAGTGGTGTGCCTTACTCTCC 1612
Query 1633 ATTGAGCCCTCTTGATATCCCAACGGTCATACCACCTTCTGATACGCCTCAATCTGAAGT 1692
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1613 ATTGAGCCCTCTTGATATCCCAACGGTCATACCACCATCTGACACACCTCAATCTGAAGT 1672
Query 1693 ACTCGAGAGAGTATCTAAGTTCTTCAAAGAGATAGGTGAGGTCAACCCAAGTGAAGGTCC 1752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 ACTCGAGAGAGTATCTAAGTTCTTCAAAGAGATAGGTGAGGTCAACCCAAGTGAAGGTCC 1732
Query 1753 CATGGGATCTGAATCACAGGACGACTATGATAATTATGAGCGGGATAGTCCACAGCGGAA 1812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 CATGGGATCTGAATCACAGGACGACTATGATAATTATGAGCGGGATAGTCCACAGCGGAA 1792
Query 1813 AGGAGGTGCCTGCATTCCTCCACCTCCCAATCTACAGGTGGACCCCGAGACAGGAACATA 1872
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1793 AGGAGGTGCCTGCATTCCTCCACCTCCCAACCTACAGGTGGACCCTGAGACAGGAACATA 1852
Query 1873 TGCGGATGGAAGCACCGATAAAAAGAGTGGATCTGGGAGATTGGGACTTGGGGCAACAGC 1932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 TGCGGATGGAAGCACCGATAAAAAGAGTGGATCTGGGAGATTGGGACTTGGGGCAACAGC 1912
Query 1933 TGATCCCAACGAACCAACTCAGTACGATGATGTTTATACATCTTACAGGAAACACAGAAG 1992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 TGATCCCAACGAACCAACTCAGTACGATGATGTTTATACATCTTACAGGAAACACAGAAG 1972
Query 1993 TACGAATTATCACACATCCATGAGTGCAAGAGCTACAACCAGATGAGATTC--T-CCAGT 2049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1973 TACGAATTATCACACATCCATGAGTGCAAGAGCTACAACCAGATGAGATTCGGTTCCAGT 2032
Query 2050 TCTCATCTTTTAATGGCTAGTTCAGTCTGTTTAGGGTCGAGCCTTCTAGTGTCTAGTTGT 2109
|| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 TCCCATCTTCTAATGGCTAGTTCAGTCTGTTTAGAGTCGAGCCTTCTAGTGTCTAGTTGT 2092
Query 2110 TAATGTGACAAATGTGATCTTCTCTCAGCTTTGAAATAGAATTATCATCACATCGATT 2167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2093 TAATGTGACAAATGTGATCTTCTCTCAGCTTTGAAATAGAATTATCATCACATCCATT 2150
> Ahg472227 jgi|Araly1|472227|fgenesh2_kg.1__2181__AT4G31400.1
Length=933
Score = 368 bits (199), Expect = 1e-100
Identities = 242/261 (93%), Gaps = 9/261 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2338 TGGGGCTCACCTTCTAATAGAAGAAAAGGCATAGCCACATGGTTACTCGATCCCAAGAGG 2397
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 673 TGGGCCTCACCTTCTAACAGAAGAAAAGGCATAGCCACATGGTTACTCGATACCACGAGG 732
Query 2398 GAAAGCTTTTGCAACAATGGGAGCA---T----AAA-CTCAGTTAGCATTTTCACAACCA 2449
||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 733 GAAAGCTTTTGCAACAATGGGTGCATGTTGGAGAAATCTCAGTTAGCATTTTCACAACCA 792
Query 2450 AGCTCCATGGGAAGATCTTTTGGACCTAAATATTTTGGAACTTGTTCATTCTTACTTTAC 2509
||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 793 AGCACCATGGGAAGATCTTTTGGATCTAATTATTTTGGAACTTGTTCATTCTTAGTTTAC 852
Query 2510 AAAGCTCAGCTAATTGATACTCACTTTTCTTAAACGGCATACATTTCATCACATCACAAC 2569
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 853 AAAGCTCAGCTAATTGATACTCACTTTTCTTAA-CGGCATACATTTTATCACATCACAAC 911
Query 2570 CATCATCTTCACTGTTACTCT 2590
|||||||||||||||||||||
Sbjct 912 CATCATCTTCACTGTTACTCT 932
> Ahg491601 jgi|Araly1|491601|fgenesh2_kg.7__1034__AT4G31400.1
Length=1121
Score = 363 bits (196), Expect = 5e-99
Identities = 240/260 (92%), Gaps = 8/260 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2338 TGGGGCTCACCTTCTAATAGAAGAAAAGGCATAGCCACATGGTTACTCGATCCCAAGAGG 2397
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 862 TGGGTCTCACCTTCTAACAGAAGAAAAGGCATAGCCACATGGTTACTCGATACCACGAGG 921
Query 2398 GAAAGCTTTTGCAACAATGGGAGCA---T----AAA-CTCAGTTAGCATTTTCACAACCA 2449
||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 GAAAGCTTTTGCAACAATGGGTGCATGTTGGAGAAATCTCAGTTAGCATTTTCACAACCA 981
Query 2450 AGCTCCATGGGAAGATCTTTTGGACCTAAATATTTTGGAACTTGTTCATTCTTACTTTAC 2509
|||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 982 AGCTCCATTGGAAGATCTTTTGGATCTAATTATTTTGGAACTTGTTCATTCTTAGTTTAC 1041
Query 2510 AAAGCTCAGCTAATTGATACTCACTTTTCTTAAACGGCATACATTTCATCACATCACAAC 2569
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1042 AAAGCTCAGCTAATTGATACTCTCTTTTCTTAAACGGCATAGATTTCATTACATCACAAC 1101
Query 2570 CATCATCTTCACTGTTACTC 2589
||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 CATCATCTTCACTGTTACTC 1121
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98920366265
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5