BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G31540.1
Length=2918
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491583 jgi|Araly1|491583|fgenesh2_kg.7__1016__AT4G31540.1 4759 0.0
> Ahg491583 jgi|Araly1|491583|fgenesh2_kg.7__1016__AT4G31540.1
Length=2870
Score = 4759 bits (2577), Expect = 0.0
Identities = 2804/2907 (96%), Gaps = 42/2907 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 17 CTGGGtctctctctctctAGAGAAACTATCACACCGTTTTGATTCTTCCGCTAAACTCTC 76
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 CTGGGTATCTCTCTCTCTAGAGAAACTATCACACCGTTTCGATTCTTCCGCCAAACTCTC 60
Query 77 GCCGTCGGATAAACTTTTCGCCGGCGACCCTTTAAAGTAGAAGACCTTATCTATACTCGA 136
|||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 GCCGTCGGGTAAATTTTTTGCCGGCGACCCATTAAAGTGGAAGAGCTTATCTATACTCGA 120
Query 137 TTTCTTTCGTTTGAGTGTCTTAGTTAAAAAGTTACTCCCTTTCTGGGAATTCTCTGGTTT 196
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 121 TTTCTTTAGTTTGAGTGTCTTAGTTAAAAAGTGACTTCCTGTCTGGGAATTATCTGGTTT 180
Query 197 CGGTTCTTGCAATTTTTTCGGTGGTTGTTTGGTAGCTGTGAAAATTTCTGTGTCTGGGTT 256
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 181 CGGTTCTTGCAA-TTTTTCGGTGGTTGTTTGGTAGCTGTGGAAATTTCTGTGTCTGGGTT 239
Query 257 TGTTTGTTTCTGTTTGT--G---TAATTGCTAACTAGATTTCTGGGTTTGGTTTGATTTA 311
||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGTTTGTTTCTGTTTGTGAGTTTTTGTTGCTAACTAGGTTTTTGGGTTTGGTTTGATTTA 299
Query 312 TTGAAAGTTGGAAGGGTAATAAAAGAGACGaaaaaaaaaGAGAGAGGAAAGTGTTTGATG 371
||| | || || | | | ||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 300 TTG--A-----AA--GT--T------G--G--AAAAAAA-A-AGAGGAAAGTGTTTGATG 336
Query 372 TTTTGCATCTGATTCTGAATCGATTAATCTCCAAAGTCATCATTTTTATTAGGAATAAAG 431
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 TTTTGCATCTGATTCTGAATCG-----------AAGTCATCATTTTTATTAGGAATAAAG 385
Query 432 TTTGGAAGATTACTTGCTTTCCTTGGAGTGAGATTTTTCTGGGTTTTCTAGGGTTTTATT 491
|||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 386 TTTGGAAGATTAGTAACTTTCCTTGGAGTGAGA-TTTTCTGGGTTTTCTAGGG-TTTATT 443
Query 492 TTGATTGAATTTAATGATGGCGGAGTCTACTGGGGTGGATCGTGGGATTCAGAGCTTGAT 551
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 444 TTGATTGAATTTAGTAATGGCGGAGTCTACTGGGGTGGATCGTGGGATTCAGAGCTTGAT 503
Query 552 AGCTGCTAGAAAGTCTTTAAAATTGAGTCTTGAGAAATCAAAAGCCATTGGGTTAGCTTT 611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 504 AGCTGCTAGAAAGTCTTTAAAATTGAGTCTTGAGAAATCAAAAGCCATTGGGTTAGCTTT 563
Query 612 GGGTAAAACTGGTCCTAGGTTTGATGAGATTGAGCAGAGATTGCCGTTGCTTGAAGCTGC 671
| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 564 GAGTAAAACTGGGCCTAGGTTTGAGGAGATTGAGCAGAGATTGCCGTTGCTTGAAGCTGC 623
Query 672 GGTTAGGCCGATACGAGCTGATGGAGAAGCTCTCAAGGATGTTGGTGGTAACATTAACCG 731
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 624 GGTGAGGCCGATACGAGCTGATGGAGAAGCTCTTAAGGATGTTGGTGGTAACATTAACCG 683
Query 732 AGCTGTTGGTCCTGCAGCTGCTGTGCTTAAGGTGTTCGATGCTGTTCATGGACTTGAGAA 791
|||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 684 AGCTGTTGGTCCTGCAGCCGCGGTGCTTAAGGTGTTTGATGCTGTTCATGGACTTGAGAA 743
Query 792 GTCTTTGTTATCAGATCCCAAGAACGATCTTTCGAGTTATTTATCGGTGTTGAAGCGGTT 851
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 744 GTCTTTGTTATCAGATCCCAAGAACGATCTTTCGAGTTATTTATCGGTATTGAAGCGGTT 803
Query 852 AGAGGAAGCTTTGAAGTTTCTAGGGGAGAATTGTGGTTTAGCTATCCAGTGGTTGGAAGA 911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 804 AGAGGAAGCTTTGAAGTTTCTAGGGGAGAATTGTGGGTTAGCTATCCAGTGGTTGGAAGA 863
Query 912 TATAGTTGAGTATCTTGATGATCACCATGTCGCTGATGAGAAGTATCTTTCGAATTTAAA 971
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 864 TATAGTTGAGTATCTTGATGATCACCATGTTGCTGATGAGAAGTATCTTTCGAATTTAAA 923
Query 972 GAAATCTTTGAGAGGGCTTAGTGAATTTCATAATGACCGTGGAGGAGGAGAAGAGAAAGA 1031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 GAAATCTTTGAGAGGGCTTAGTGAATTTCATAATGACGGTGGAGGAGGAGAAGAGAAAGA 983
Query 1032 GAGATCTCAATTGCGTCTTGATGGCGGGCTTAGGAATGCTGCTTTAGATAAGCTGGAAAA 1091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 984 GAGATCTCAATTGCGTCTTGATGGCGGGCTTAGGAATGCTGCTTTAGATAAGCTGGAAAA 1043
Query 1092 CGAGTTCAGGAGGCTCTTGAAGGATAACAGTGTACCACTTCCAATGGCGTCTCCATCATC 1151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1044 CGAGTTCAGGAGGCTCTTGAAGGATAACAGTGTACCACTTCCTATGGCGTCTCCATCATC 1103
Query 1152 ACTCGGTGATCAGGCTTGCATTGCACCGTCTCAGTTGCCTGTTACTGTAATTCATAAACT 1211
||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1104 ACTCGTTGATCAGGCTTGCATTGCACCGTCTCAGCTGCCTGTAACTGTAATTCATAAACT 1163
Query 1212 GCAAGCCATTCTTGGGAGACTCAGAGCTAATAACAGACTCGACAAGTGCATTTCAATATA 1271
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164 GCAAGCCATTCTTGGGAGACTCAGAGCTAATAATAGACTCGACAAGTGCATTTCAATATA 1223
Query 1272 CGTTGAAGTGAGGAGCTTGAATGTTAGAGCTAGTCTTCAAGCACTTGACTTAGATTATCT 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 CGTTGAAGTGAGGAGCTTGAATGTTAGAGCTAGTCTTCAAGCACTTGACTTAGATTATCT 1283
Query 1332 AGATATCTCGGTTTCTGAGTTCAACGATGTGCAGAGCATAGAAGGGTATATAGCTCAGTG 1391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1284 AGATATCTCGGTTTCTGAGTTCAACGATGTGCAGAGCATAGAAGGGTATATAGCTCAGTG 1343
Query 1392 GGGTAATCATTTAGAGTTTGCGGTTAAGCATCTGTTCGAAGCAGAGTTCAAGCTTTGCAA 1451
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 GGGGAATCATTTAGAGTTTGCGGTTAAGCATCTGTTCGAAGCAGAGTTCAAGCTTTGCAA 1403
Query 1452 CGATGTCTTTGAGAGACTTGGTTTGAATGTTTGGATGGATTGCTTTTCAAAGATTGCTGC 1511
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1404 CGATGTCTTTGAGAGACTCGGTTTGAATGTTTGGATGGATTGCTTTTCTAAGATTGCTGC 1463
Query 1512 TCAGGCCGGTATGCTCGCGTTCCTTCAGTTTGGGAAAACTGTGACTGATAGCAAGAAAGA 1571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464 TCAGGCCGGTATGCTCGCGTTCCTTCAGTTTGGGAAAACTGTGACTGATAGCAAGAAAGA 1523
Query 1572 TCCAATCAAGCTTCTGAAGCTGTTAGATATCTTTACGTCGTTGAACAAACTGAGAGCAGA 1631
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 TCCAATCAAGCTTCTGAAGCTGTTAGATATTTTTACTTCGTTGAACAAACTGAGAGCAGA 1583
Query 1632 TTTCAACCGCCTCTTTGGTGGAGCAGCCTGTATTGAGATCCAAAACTTCACAAGGGATCT 1691
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 TTTCAACCGTCTCTTTGGCGGAGCAGCCTGTATTGAGATCCAAAACTTCACAAGGGATCT 1643
Query 1692 CATCAAAAGGATAATCGATGGTGCAGCGGAAATCTTCTGGGAGCTTCTGGTTCAGGTAGA 1751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1644 CATCAAAAGGATAATCGATGGTGCAGCGGAAATCTTCTGGGAGCTTCTGGTTCAGGTAGA 1703
Query 1752 GATTCAGAAACAAACCCCGCCTCCTAGCGATGGTGGTGTTCCTAGATTAGTCAGTTTTGT 1811
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704 GATTCAGAAACAAACCCCGCCTCCTAGCGATGGTGGTGTTCCTAGATTAGTCAGTTTTGT 1763
Query 1812 AACTGATTACTGCAATAAACTTATTGGAGATAAGTACAAGTCAACACTAACTCAGGTTCT 1871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764 AACTGATTACTGCAATAAACTTATTGGAGATAAGTACAAGTCAACACTAACTCAGGTTCT 1823
Query 1872 GCTCATACATAAGAGCTGGAGATCAGAAAGGTTCCAAGATAATCAGCTTATGGTTGAGGT 1931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1824 GCTCATACATAAGAGCTGGAGATCAGAAAGGTTCCAAGATAATCAGCTTATGGTTGAGGT 1883
Query 1932 TTTAAGAATAATCAAAGCCATTGAGCAGAATCTGGATGTATGGATGAAAGCGTATCCGGA 1991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884 TTTAAGAATAATCAAAGCCATTGAGCAGAATCTGGATGTATGGATGAAAGCGTATCCGGA 1943
Query 1992 TCAAACGCTTGCGCATTTCTTCGGTATGAATAATCACTGGCATTTATACAAGAACTTAAA 2051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944 TCAAACGCTTGCGCATTTCTTCGGTATGAATAATCACTGGCATTTATACAAGAACTTAAA 2003
Query 2052 GGGTACAAATATTGGGGATCATTTAGGAGATTCGTGGCTGAAAGAACATGATCAGTACAA 2111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2004 GGGTACAAATATTGGGGATCATTTAGGAGATTCGTGGCTGAAAGAACATGATCAGTACAA 2063
Query 2112 AGAGTATTACGCCACTGTCTTCCTTAGAGACAGTTGGGGTAAGCTTCCAAGCCACTTGAG 2171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2064 AGAGTATTACGCCACTGTCTTCCTTAGAGACAGTTGGGGTAAGCTTCCAAGCCACTTGAG 2123
Query 2172 CCGAGAAGGGCTGATACTTTTCTCGGGTGGACATGCCACAGCTCGTGATCTTGTCAAGAA 2231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2124 CCGAGAAGGGCTGATACTTTTCTCGGGTGGACATGCCACGGCTCGTGATCTTGTGAAGAA 2183
Query 2232 GAGATTGAAAGCATTCAATGATGCGTTTGATGAGATGTATAAGAAGCAAGCATCATGGGT 2291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2184 GAGATTGAAAGCATTCAATGATGCGTTTGATGAGATGTATAAGAAGCAAGCATCATGGGT 2243
Query 2292 CTTACCAGAGAAAGATTTAAGGGATAGAGTTTGCCAGCAGATAGTTCAGGCTATTGTGCC 2351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2244 CTTACCAGAGAAAGATTTAAGGGATAGAGTTTGCCAGCAGATAGTTCAGGCTATTGTGCC 2303
Query 2352 GGTTTACAGAAGCTATATGCAAAACTATGGGCCATTGGTTGAGAAAGACGCGAGTTCAAG 2411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2304 GGTTTACAGAAGCTATATGCAAAACTATGGGCCATTGGTTGAGAAAGACGCGAGTTCAAG 2363
Query 2412 CAAGTATGTGAGATACACTGTGGTAGCTTTGGAGAAGATACTCAGTTCTCTTTACATGCC 2471
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2364 CAAGTATGTGAGATACACAGTGGTAGCTTTGGAGAAGATACTCAGTTCTCTTTACATGCC 2423
Query 2472 TAAGCCCATGAGATATGGAAGCTTCAAAGGAACACCGCCAAGTGAGAAATTCAAGAATGA 2531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2424 TAAGCCCATGAGATATGGAAGCTTCAAAGGAACACCGCCGAGTGAGAAATTCAAGAATGA 2483
Query 2532 TGTTGACCTTAGGCGTACTACTTCTGCAGTTGTCTGATTGAAGCCATGTTCTGTTCTCGA 2591
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2484 TGTTGACCTTAGGCGTACTACTTCCGCGGTTGTCTGATTGAAGCCATGTTCTGTTCTCGA 2543
Query 2592 ATGTTGTATTAAAATGTGTCCACATTGGTATGATCTCCATCTCCTGGAAGCAGAGGTATT 2651
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2544 ATGTTGTATTAAAATGTGTCCACATTGGTATGATCTCCATCTCCTGGAAGAAGAGGTATT 2603
Query 2652 GTTACACGTATATAAATACTGTCAATCAGGTATAGCTTTTAGTCATTGGTCAAGTCCCTT 2711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2604 GTTACACGTATATAAATACTGTCAATCAGGTATAGCTTTTAGTCATTGGTCAAGTCCCTT 2663
Query 2712 TAGCTCATTAGTTTCATAAGACTTCATGTTAGGGACCAAGCGGGTTTAGATTATTCTATT 2771
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2664 TAGTTCATTAGTTTCATAAGACTTCATGTTAGGGACCAAGCGGGTTTAGATTATTCTATT 2723
Query 2772 TAATGTATTAATCTGAAGAACAGGATTATAAAATGTGGGATTCCTATAATATCGAAAGAA 2831
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2724 TAATGTGTTAATCTGAAAAACAGGATTATAAAATGTGGGAATCCTATAATATTGAAAGAA 2783
Query 2832 AAATTGTCCCTATAAATCTTCTTGTTCTTAGTGTTGTGCTACATTTGTAACTTTTATTAA 2891
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2784 AAATTGTCCCTATAAATCTTCTTGTTCTCAGTGTTGTGCTACATTTGTAACTTTTATTAA 2843
Query 2892 TTTTAAGACAATAAAGGAAAATTCAGC 2918
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2844 TTTTAAGACAATAAAGGAAAATTCAGC 2870
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110156988540
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5