BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G32430.1
Length=2583
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491483 jgi|Araly1|491483|fgenesh2_kg.7__916__AT4G32430.1 4013 0.0
> Ahg491483 jgi|Araly1|491483|fgenesh2_kg.7__916__AT4G32430.1
Length=2557
Score = 4013 bits (2173), Expect = 0.0
Identities = 2454/2586 (95%), Gaps = 33/2586 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCACCATTTCCCTCAGAAGCTAAAACCTCTCTTCTTCTCCGATATAAGTACACTTGTTG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||
Sbjct 1 ATCACCATTTCCCTCAGAAGCTAAAACCTCTCTTCTTCTCCGATATTAGTTCACTCGTTG 60
Query 61 TCGAATTAGAATCCGACTAGTTTGCTTCTCATGACCCTTCTGAACTATCTACACTGTAAT 120
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 CCGAATTAGAATCCCACTAGTTTGCTTCTCATGACCCTTCTGAATTATCTACACTGTAAT 120
Query 121 CGCTCAAAATCATTTCTTTTTCAGAGATTTTACTCTCCTTATAGAATTGCTCACAAGCTG 180
||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGCTCAAAATCGTCACTTTTTCAAAGATTTTACTCTCCTTATAGAATTGCTCACAAGCTG 180
Query 181 TTCGATGGAAGTTCCCAAAGAAATGCGACAACTTCCATTAACCATTCAATCAGTGAATCC 240
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCGATGGAAGTTCCCAGCGAAATGCGACAACTTCCATCAACCATTCAATCAGTGAATCC 240
Query 241 TTACGGAGAAATTCTCCGGCACGAGCTCTTTCGATCTTCAAGGAAAATCTCCAGCTGGGT 300
||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTACGGAGAAACTCTCCGGCACAAGCCCTTGCGATCTTCAAGGAAAATCTCCAGCTGGGT 300
Query 301 TATTTTGGTCGTCATATGGACGAAGTTACTCTTTGTCTTGCGCTTAAAGCATGTCGTGGA 360
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TATTTTGGTCGTAATATGGACGAAGTTACTCTTTGTCTTGCGCTTAAAGCATGTCGTGGA 360
Query 361 GACTTGAAACGCGGCTGCCAAATCCACGGGTTTTCCACAACTTCTGGGTTCACTTCCTTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 361 GACTTGAAACGCGGCTGCCAAATCCACGGGTTTTCCACAACTTGTGGGTTTACTTCCTTT 420
Query 421 GTTTGTGTTTCAAACGCAGTAATGGGTATGTACCGTAAAGCCGGTCGCTTTGACAATGCT 480
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTCTGTGTTTCAAACGCTGTAATGGGTATGTACCGTAAAGCCGGTCGCTTTGACAATGCT 480
Query 481 TTGTGCATATTTGAGAATCTGGTTGATCCTGATGTTGTTTCTTGGAACACTATACTCTCT 540
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTGTACATATTTGAGAATCTGGTTGACCCTGATGTTGTTTCTTGGAACACTATACTCTCT 540
Query 541 GGGTTTGATGACAATCAAATTGCTCTGAATTTTGTTGTTAGGATGAAATCTGCTGGAGTA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGGTTTGATGACAATCAAATTGCTCTGAATTTTGTTGTTAGGATGAAATCTGCTGGAGTA 600
Query 601 GTTTTTGACGCATTCACTTATTCCACTGCTCTTAGCTTCTGTGTGGGCTCTGAAGGATTT 660
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GTTTTTGACGCATTCACTTATTCCACCGCTCTTAGCTTCTGTGTGGGCTCTGAAGGATTT 660
Query 661 CTTTTAGGATTGCAGTTGCAGTCAACTGTGGTGAAAACCGGACTGGAGTCTGATCTTGTC 720
| |||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CGTTTAGGATTGCAGTTGCAATCTACTGTGGTGAAATCCGGACTGGAGTCTGATCTTGTC 720
Query 721 GTTGGAAACTCGTTTATTACAATGTATTCGCGGTCTGGAAGTTTCAGAGGAGCTCGGAGA 780
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTTGGAAATTCGTTCATTACAATGTATTCGCGGTCTGGAAGTTTCAGAGGAGCTCGGAGA 780
Query 781 GTTTTTGATGAAATGTCGTTTAAGGATATGATTTCATGGAACTCTTTATTGTCAGGACTT 840
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GTTTTTGATGAAATGCCGTTTAAGGATATGATCTCATGGAACTCTTTATTGTCAGGACTT 840
Query 841 TCTCAAGAAGGCACTTTCGGGTTTGAAGCAGTGGTTATCTTTAGGGACATGATGCGAGAA 900
|| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCACAAGAAGGCACTTTTGGGTTTGAAGCGGTGCTTATCTTTAGGGACATGATGCGAGAA 900
Query 901 GGTGTGGAGCTTGATCACGTGTCTTTTACTAGCGTGATTACTACCTGTTGTCACGAAACT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 901 GGTGTGGAGCTTGATCACGTGTCTTTTACTAGCGTGATTACGACTTGTTGTCACGAAACA 960
Query 961 GACTTGAAGCTGGCCAGGCAAATTCATGGTTTGTGCATAAAAAGAGGTTATGAATCACTT 1020
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GACTTGAAGCTGGCCAGGCAAATCCATGGTTTGTGCATAAAAAGAGGTTATGAATCACTT 1020
Query 1021 TTAGAAGTTGGTAATATTTTGATGTCAAGGTACTCCAAGTGTGGGGTTTTGGAAGCTGTG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1021 TTAGAAGTTGGTAATATTTTGATGTCAAGGTACTCGAAGTGCGGGGTTTTAGAAGCTGTG 1080
Query 1081 AAATCAGTGTTTCACCAAATGAGTGAGCGGAATGTTGTCTCTTGGACAACAATGATTTCC 1140
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAATCAGTGTTTTACCAAATGAGCGAGCGGAATGTTGTCTCTTGGACAACAATGATTTCC 1140
Query 1141 TCGAATAAAGACGATGCTGTGTCCATCTTCCTTAATATGCGGTTTGATGGAGTTTACCCT 1200
||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1141 TCGAATAGAGATGATGCTGTGTCCATCTTTCTTAATATGCGGTTAGATGGAGTTTACCCA 1200
Query 1201 AACGAGGTCACTTTTGTTGGATTAATCAATGCCGTGAAGTGCAATGAGCAAATCAAAGAA 1260
||||||||||| ||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AACGAGGTCACATTTGTCGGATTACTCAACGCTGTGAAGTGCAATGAGCAAATCAAAGAA 1260
Query 1261 GGGCTTAAAATTCATGGGCTATGCATCAAGACAGGCTTTGTTTCAGAACCATCTGTAGGC 1320
|||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GGGCTTAAAATTCATGGGTTATGCATCAAGACCGGTTTTGTTTCAGAACCATCTGTAGGC 1320
Query 1321 AACAGTTTCATCACATTGTATGCCAAGTTTGAGGCTCTGGAAGATGCCAAGAAGGCTTTT 1380
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1321 AACAGTTTCATCACAATGTATGCCAAGTTTGAGGCTCTGGAAGATGCCAAGAAGGCATTT 1380
Query 1381 GAGGATATAACTTTCCGGGAGATTATATCCTGGAATGCTATGATATCTGGATTTGCACAA 1440
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GATGATATAACTTTCCGGGAGATTATTTCCTGGAATGCTATGATATCTGGATTTGCACAA 1440
Query 1441 AATGGATTCTCTCATGAAGCTCTCAAGATGTTCTTATCCGCAGCAGCAGAAACAATGCCG 1500
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1441 AATGGATTCTCACATGAAGCTCTAAAGATGTTCTTATCAGCAACAGCAGAAACAATGCCA 1500
Query 1501 AATGAATACACTTTCGGAAGTGTCTTGAATGCAATAGCTTTTGCAGAGGATATATCTGTA 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 AATGAATACACTTTCGGAAGTGTCTTGAATGCAATAGCTTTTGCAGAGGATATATCTGTA 1560
Query 1561 AAGCAAGGTCAGCGTTGCCATGCTCATTTACTGAAATTGGGTTTGAATAGTTGTCCTGTT 1620
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 AAGCACGGTCAGCGTTGCCATGCTCATTTACTGAAATTGGGTTTGAATAGTTGTCCTGTT 1620
Query 1621 GTTTCAAGCGCGCTTCTTGATATGTACGCCAAGCGTGGGAACATTGATGAATCTGAGAAA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1621 GTTTCAAGCGCGCTTCTTGATATGTACGCCAAGCGTGGGAACATTAATGAATCTGAGAAA 1680
Query 1681 GTCTTTAACGAGATGTCTCAAAAGAACCAATTTGTTTGGACATCGATAATATCAGCCTAT 1740
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GTCTTTAACGAGATGTCTCAAAGGAACCAATTTGTTTGGACATCGATAATATCAGCCTAT 1740
Query 1741 TCAAGCCACGGTGATTTTGAAA-CCGTGATGAACTTGTTCCACAAGATGATTAAAGAAAA 1799
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1741 TCAAGCCACGGTGATTTC-AATTCCGTGATGAACTTGTTCCACGAGATGATTAAAGAAAA 1799
Query 1800 CGTAGCACCAGACCTAGTCACTTTTCTCTCTGTGTTAACAGCTTGTAATAGAAAAGGAAT 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1800 CGTAGCACCAGACCTAGTCACTTTTCTCTCTGTGTTAACAGCTTGTAATAGAAAAGGTAT 1859
Query 1860 GGTAGACAA-GGGCTATGAGATTTTCAACATGATGATCGAAGTCTACAATCTTGAGCCGT 1918
||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1860 GGTAGACAAAGGGC-ATGAGATTTTGAACATGATGATCGAAGACTACAATCTTGAGCCGT 1918
Query 1919 CTCATGAGCATTACTCATGTATGGTTGATATGCTTGGCCGAGCTGGGAGATTGAAAGAAG 1978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1919 CTCATGAGCATTACTCATGTATGGTTGATATGCTTGGCCGAGCTGGGAGATTAAAAGAAG 1978
Query 1979 CAGAAGAGCTTATGAGTGAGGTTCCTGGAGGACCAGGAGAGTCGATGCTTCAGAGCATGC 2038
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1979 CAGAAGAGCTTATGAGTGAAGTTCCTGGAGGACCAGGAGAGTCGATGCTGCAGAGCATGC 2038
Query 2039 TCGGGTCTTGTAGGCTGCACGGGAATGTGAAAATGGGAGCAAAAGTGGCTGAGCTTGCAA 2098
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TCGGGTCTTGTAGACTGCACGGGAATGTGAAAATGGGAGCAAAAGTGGCTGAGCTTGCAA 2098
Query 2099 TGGAAATGAAACCGGAACTGTCAGGTTCTTACGTTCAGATGTATAACATCTATGCAGAGA 2158
|||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TGGAGATGAAACCGGAATTGTCAGGATCTTACGTTCAGATGTATAACATCTATGCAGAGA 2158
Query 2159 AAGAAGAGTGGGATAAAGCTGCAGAGATCAGGAAAGCAATGAGGAAGAAAAACGTAAGTA 2218
||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2159 AAGAACAGTGGGATAAAGCTGCAGAGATTAGGAAAGCAATGAGGAAGAAAAATGTAAGTA 2218
Query 2219 AAGAAGCTGGATTCAGTTGGATCGATGTTGGTGACACTGAAGGGTCTTTAACGATGCAAG 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 AAGAAGCTGGATTCAGTTGGATCGATGTTGGTGACACTGAAGGGTCTTTAACGATGCAAG 2278
Query 2279 GTTTCTCTTCAGGGGATAAGTCTCATCCAAAATCTGATGAGATTTATAGAATGGTGGAAA 2338
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2279 GTTTCTCTTCAGGGGATAAGTCGCATCCGAAATCTGATGAGATTTATAGGATGGTGGAAA 2338
Query 2339 TTATTGGATTGGAGATGAATTTGGAGGGGAAAGTTGCAGTTTAGGACTCTTACTCAAAGT 2398
|| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || || | || ||
Sbjct 2339 TTGTTGGATTGGAGATGAATTTGGCGGGGAAGGTTGCAGTTTAGGGCT-TT--T-AA-GT 2393
Query 2399 TCTAAAGAGTTGTAGTTATAGATCAAAAATTAGAAATGTTAGCTATAGATTTACATGAAC 2458
|||||| | | || | | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 TCTAAA-A-----A---AT---T-A-------GAAATGTTAGCTATAGATTTACATGAAC 2433
Query 2459 TCACTGAGTGTATGATTACTTTTATTT-TTGC-ACCTACATACGTGCACATTGATTTTGT 2516
|||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2434 TCACTGAGTGTATGATTA-TTG-ATTACTTGCTACCTACATACGTGCACATTGGTTATGT 2491
Query 2517 AAGGACCATGGTAAACCGGTAAAGCATGGTTCTCTGATTTTGACCTTATTGACCGGTTCG 2576
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2492 AAGGACCATAGTAAACCGGTAAAGCATGGTTCTCTGATTTTGACCTTATTGACCGGTTCG 2551
Query 2577 ATTGAT 2582
||||||
Sbjct 2552 ATTGAT 2557
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97396756465
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5