BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G32510.1 Length=2022 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg888858 jgi|Araly1|888858|Al_scaffold_0007_844 3155 0.0 > Ahg888858 jgi|Araly1|888858|Al_scaffold_0007_844 Length=2073 Score = 3155 bits (1708), Expect = 0.0 Identities = 1960/2073 (95%), Gaps = 51/2073 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGAGGGAGTTAAATTCCCATTTGGTGGGATTATTAACGATTTCAATGGAAGAAGAAAG 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1 ATGGAGGGAGTTAAATTCCCATTTGGTGGGATTATTAACGATTTCAACGGAAGAAGAAAG 60 Query 61 TGTTACAAACAAGACTGGCTTGCTGCCTTCAATTCTGGTGTTAGG-AT-A-C-TGGCTCC 116 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | || |||| Sbjct 61 TGTTACAAACAAGACTGGCTTGCTGCCTTCAATTCTGGTGTTAGGTATCATCATGTCTCC 120 Query 117 ------A-----A--CT--CTC----T----ATATTTTCATTGCCTCTGCACTACCTGTC 153 | | || ||| | |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TTGCTTATTTCGATACTGGCTCCAACTCTGTATATTTTCATTGCCTCTGCACTACCTGTG 180 Query 154 ATTGCATTCGGCGAGCAGTTAAGCAGAGAGACAG---ATCGAAGTCTTGGCATAGCGGAA 210 ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| Sbjct 181 ATTGCTTTCGGCGAGCAGTTAAGCAGAGAGACAGGTGATCGCAGTCTTGGCATAGCGGAA 240 Query 211 TCATTAGCTTCCACAGCTCTTTGTGGAATTATTCATTCAGTTTTTGGTGGACAACCTCTC 270 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 241 TCATTAGCTTCCACAGCTATTTGTGGAATTATTCATTCAATTTTTGGTGGACAACCTCTC 300 Query 271 TTGATAGTTGGTGTTGCAGAACCCACTATCATTATGTATACTTATCTTCACAGCTTCAGC 330 |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 301 TTGATAGTAGGGGTTGCAGAACCCACTATCATTATGTATACATATCTTCACAGCTTCAGC 360 Query 331 AAATCCAGGCCTGAATTGGGTCAGAAACTCTACCTAGCTTGGGCTGGATGGGTCTGTGTC 390 ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 AAAGGCAGACCTGAATTGGGTCAGAAACTCTACTTAGCTTGGGCTGGATGGGTCTGTGTC 420 Query 391 TGGACAGCAGTTTTGCTTATGCTTCTTGCTATGTTAAACGCATGCAACATCATTTCTAGG 450 ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TGGACAGCAATTTTGCTTATGCTTCTTGCTATGCTAAACGCATGCAACATCATTTCTAGG 480 Query 451 TTTACAAGAATTGCAGGAGAGCTCTTTGGAATGCTCATAACTGTTCTTTTCATCCAAGAG 510 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| Sbjct 481 TTTACAAGAATTGCAGGAGAGCTCTTTGGAATGCTGATCACTGTTCTTTTTATCCAAGAG 540 Query 511 GCTGTTAAGG----GAC---T--T---AT----C-----GGCGAGTTTCTTGTCCCAAAA 549 |||||||||| || | | || | ||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GCTGTTAAGGTTCTGATGGGTAATTCCATGGGACTTATAGGCGAGTTTCTTGTCCCAAAA 600 Query 550 TCTGACGATCCAAGTTTGGAAGTGTATCAGTTCCAGTGGCGGTATACCAATGGTCTGCTT 609 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 TCTGACGATCCAAGTTTGGAAGCGTATCAGTTCCAGTGGCGGTATACCAATGGTCTGCTT 660 Query 610 GCAGTCATTTTCTCATTCGGTCTTCTTTACACTGCTCTGAAAAGCAGGAGGGCAAGATCA 669 || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 661 GCCGTCATATTCTCATTCGGTCTTCTTTACACTGCTCTGAAAAGCAGGAGGGCGAGATCA 720 Query 670 TGGAAATATGGCTTTAGGTGGATGCGAGGTTTTATCGGGGATTATGGAACTCTCCTCATG 729 ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 TGGAAATATGGCTTTAGGTGGATAAGAGGTTTTATAGGGGATTATGGAACTCTCCTCATG 780 Query 730 CTTGTGTTGTGGAGCGCATTTTCATACACAGTCCCTAGAAACCTTCCTGAAGGAGTTCCA 789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 CTTGTGTTGTGGAGCGCATTTTCATACACAGTCCCTAGAAACCTTCCTGAAGGAGTTCCA 840 Query 790 AGGAGGCTGGAATTGCCACTTCCTTGGGCATCCGAGTCCTTGTATCACTGGACAGTCGTC 849 ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 841 AGGAGGCTGGAGTTGCCACTTCCTTGGTCATCCGAGTCCTTGTATCATTGGACAGTCGTC 900 Query 850 AAGGATATGGCGAAGGTCCCGCCTCTTTACATCCTTGCTGCATTTATACCAGCAATCATG 909 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 AAGGATATGGCAAAGGTCCCGCCTCTTTACATCCTTGCTGCATTTATACCAGCAATCATG 960 Query 910 ATCGCTGGCCTATACTTCTTTGATCACTGTGTATCTGCACAAATGGCTCAGCAAAAGGAG 969 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 961 ATCGCTGGCCTATACTTCTTTGACCACTGTGTATCTGCACAAATGGCTCAGCAGAAGGAG 1020 Query 970 TTCAATCTCAAAAATCCGACGGCTTATCACTATGATATCTTTATTTTAGGAATCATGACA 1029 || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1021 TTTAATCTCAAAAATCCGTCGGCTTATCACTATGATATCTTTATCTTAGGAATCATGACA 1080 Query 1030 CTAATCTGTGGCCTACTTGGACTTCCTCCTTCGAATGGGGTCATTCCACAATCCCCTATG 1089 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 TTAATCTGTGGCCTTCTTGGACTTCCTCCTTCGAATGGGGTCATTCCACAATCCCCTATG 1140 Query 1090 CACACAAAGAGTCTTGCAGTTCTTAAGAAGCAGCAAATGAGAAAGAAAATGGTCCAGAAA 1149 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1141 CACACAAAGAGTCTTGCAGTTCTTAAGAAGCAGCTAATGCGAAAGAAAATGGTCCAGAAA 1200 Query 1150 GCAAAAGAATGCATGAGGGAAAAAGCAAGTAACTCAGAGATCTATGGGAGGATGCAAGAT 1209 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 GCAAAAGAATGCATGAGGGAAAAAGCAAGCAACTCAGAGATCTATGGGAGGATGCAAGAT 1260 Query 1210 GTGTTTATAGAAATGGAAACATCCCCTAAGGCTACTTCAGTGGTGAAAGAGTTAGAAAAC 1269 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| Sbjct 1261 GTGTTTATAGAGATGGAAACATCCCCTAAGGCTACTTCAGTGGTGAAGGAGTTGGAGAAC 1320 Query 1270 TTGAAAGAAGCAGTGATGAAAGCAGACGATGGAGGTGGAGAAACAAAGGGGAAGAAGTTT 1329 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1321 TTGAAAGAAGCAGTGATGAAAGCAGACGATGGAGGTGGAGAAACAAAGGGGAAGAAATTC 1380 Query 1330 GATCCAGAGGTACATATCGAAGACCATTTGCCGGTTAGAGTTAACGAGCAGAGAGTGAGC 1389 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1381 GATCCAGAGGTACATATCGAAGACCATTTGCCGGTTAGAGTAAACGAGCAGAGAGTGAGC 1440 Query 1390 AATCTATTGCAATCAGTCCTTGTTGGATTGTTGATACTAGCGGTACCAGTTCTCAGAATG 1449 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1441 AATCTATTGCAATCAATCCTTGTTGGATTGTTGATACTAGCTGTACCAGTTCTCAGAATG 1500 Query 1450 ATACCAACTTCAGTTCTATGGGGTTACTTCACTTACATGGCTGTTGATAGTCTCCCTGGG 1509 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 ATACCAACTTCAGTTCTATGGGGTTACTTCACTTACATGGCTGTTGATAGTCTCCCTGGG 1560 Query 1510 AATCAATTCTGGGAAAGACTTCAGTTACTATTCATCACTCCTGGACGTCGATTCAAGGTT 1569 ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 1561 AATCAGTTCTGGGAAAGACTTCAGTTACTTTTCATCACTCCTGGTCGTCGATTCAAAGTT 1620 Query 1570 CTTGAAGGTTTACATGCATCATTTGTGGAGATAGTACCATACAAGTCGATTGTTATGTTC 1629 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1621 CTTGAAGGTTTACATGCATCATTTGTGGAGATAGTACCATACAAGTCTATTGTTATGTTT 1680 Query 1630 ACACTCTTCCAGCTTCTATATTTTCTGATATGCTATGGAGTGACATGGATACCTGTAGGA 1689 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 ACACTCTTCCAGCTTCTATATTTTCTGATATGCTATGGAGTGACATGGATACCTGTAGGA 1740 Query 1690 GGAATATTGTTCCCTTTGCCATTCTTCATCCTCATTGCGTTACGACAATACATCCTCCAG 1749 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | Sbjct 1741 GGAATATTGTTCCCATTGCCATTCTTCATCCTCATTGCGTTAAGACAATACATCCTCCCG 1800 Query 1750 AGACTTTTTGATCCATCTCATCTCCAAGTTTTAGATTCTTCAGAGTATGAAGAGATGGTT 1809 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1801 AGGCTTTTTGATCCATCTCATCTCCAAGTTTTAGATTCTTCAGAGTATGAAGAGATGGTT 1860 Query 1810 GGTGCACCACAACGAAACTCCAGCTTCGGCTTCAATGGGGAATTAAGAGAGGCGCATAAT 1869 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 GGTGCACCACAACGAAACTCCAGCTTCGGTTTCAATGGGGAATTAAGAGAGGCGCATAAT 1920 Query 1870 ATTCCACTGAGTGTTGTTGAGAACAGTGAAGACGAGTTTTATGATGCAGAGATTCTGGAT 1929 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1921 ATTCCACTGAGTGTTGTTGAGAACAGTGAAGACGAGTTTTATGATGCAGAGATTCTGGAT 1980 Query 1930 GAGATTACTACAAGCAGAGGTGAACTCAAGCATAGAACCTTAAGTGTCAAAGAAGACAGA 1989 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1981 GAGATTACTACAAGCAGAGGTGAACTCAAGCATAGAACTTTAAGTGTCAAAGAAGACAGA 2040 Query 1990 TCCCAGATGGTAAAAATATATAACCATTCTTGA 2022 ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2041 TCCCAGATGGTAAAAATATATAACCATTCTTGA 2073 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 76028129020 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5