BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G32510.1
Length=2022
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg888858 jgi|Araly1|888858|Al_scaffold_0007_844 3155 0.0
> Ahg888858 jgi|Araly1|888858|Al_scaffold_0007_844
Length=2073
Score = 3155 bits (1708), Expect = 0.0
Identities = 1960/2073 (95%), Gaps = 51/2073 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGGGAGTTAAATTCCCATTTGGTGGGATTATTAACGATTTCAATGGAAGAAGAAAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGGGAGTTAAATTCCCATTTGGTGGGATTATTAACGATTTCAACGGAAGAAGAAAG 60
Query 61 TGTTACAAACAAGACTGGCTTGCTGCCTTCAATTCTGGTGTTAGG-AT-A-C-TGGCTCC 116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | || ||||
Sbjct 61 TGTTACAAACAAGACTGGCTTGCTGCCTTCAATTCTGGTGTTAGGTATCATCATGTCTCC 120
Query 117 ------A-----A--CT--CTC----T----ATATTTTCATTGCCTCTGCACTACCTGTC 153
| | || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTGCTTATTTCGATACTGGCTCCAACTCTGTATATTTTCATTGCCTCTGCACTACCTGTG 180
Query 154 ATTGCATTCGGCGAGCAGTTAAGCAGAGAGACAG---ATCGAAGTCTTGGCATAGCGGAA 210
||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTGCTTTCGGCGAGCAGTTAAGCAGAGAGACAGGTGATCGCAGTCTTGGCATAGCGGAA 240
Query 211 TCATTAGCTTCCACAGCTCTTTGTGGAATTATTCATTCAGTTTTTGGTGGACAACCTCTC 270
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCATTAGCTTCCACAGCTATTTGTGGAATTATTCATTCAATTTTTGGTGGACAACCTCTC 300
Query 271 TTGATAGTTGGTGTTGCAGAACCCACTATCATTATGTATACTTATCTTCACAGCTTCAGC 330
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGATAGTAGGGGTTGCAGAACCCACTATCATTATGTATACATATCTTCACAGCTTCAGC 360
Query 331 AAATCCAGGCCTGAATTGGGTCAGAAACTCTACCTAGCTTGGGCTGGATGGGTCTGTGTC 390
||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAAGGCAGACCTGAATTGGGTCAGAAACTCTACTTAGCTTGGGCTGGATGGGTCTGTGTC 420
Query 391 TGGACAGCAGTTTTGCTTATGCTTCTTGCTATGTTAAACGCATGCAACATCATTTCTAGG 450
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGGACAGCAATTTTGCTTATGCTTCTTGCTATGCTAAACGCATGCAACATCATTTCTAGG 480
Query 451 TTTACAAGAATTGCAGGAGAGCTCTTTGGAATGCTCATAACTGTTCTTTTCATCCAAGAG 510
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 481 TTTACAAGAATTGCAGGAGAGCTCTTTGGAATGCTGATCACTGTTCTTTTTATCCAAGAG 540
Query 511 GCTGTTAAGG----GAC---T--T---AT----C-----GGCGAGTTTCTTGTCCCAAAA 549
|||||||||| || | | || | |||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCTGTTAAGGTTCTGATGGGTAATTCCATGGGACTTATAGGCGAGTTTCTTGTCCCAAAA 600
Query 550 TCTGACGATCCAAGTTTGGAAGTGTATCAGTTCCAGTGGCGGTATACCAATGGTCTGCTT 609
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TCTGACGATCCAAGTTTGGAAGCGTATCAGTTCCAGTGGCGGTATACCAATGGTCTGCTT 660
Query 610 GCAGTCATTTTCTCATTCGGTCTTCTTTACACTGCTCTGAAAAGCAGGAGGGCAAGATCA 669
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 661 GCCGTCATATTCTCATTCGGTCTTCTTTACACTGCTCTGAAAAGCAGGAGGGCGAGATCA 720
Query 670 TGGAAATATGGCTTTAGGTGGATGCGAGGTTTTATCGGGGATTATGGAACTCTCCTCATG 729
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TGGAAATATGGCTTTAGGTGGATAAGAGGTTTTATAGGGGATTATGGAACTCTCCTCATG 780
Query 730 CTTGTGTTGTGGAGCGCATTTTCATACACAGTCCCTAGAAACCTTCCTGAAGGAGTTCCA 789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTTGTGTTGTGGAGCGCATTTTCATACACAGTCCCTAGAAACCTTCCTGAAGGAGTTCCA 840
Query 790 AGGAGGCTGGAATTGCCACTTCCTTGGGCATCCGAGTCCTTGTATCACTGGACAGTCGTC 849
||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 841 AGGAGGCTGGAGTTGCCACTTCCTTGGTCATCCGAGTCCTTGTATCATTGGACAGTCGTC 900
Query 850 AAGGATATGGCGAAGGTCCCGCCTCTTTACATCCTTGCTGCATTTATACCAGCAATCATG 909
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AAGGATATGGCAAAGGTCCCGCCTCTTTACATCCTTGCTGCATTTATACCAGCAATCATG 960
Query 910 ATCGCTGGCCTATACTTCTTTGATCACTGTGTATCTGCACAAATGGCTCAGCAAAAGGAG 969
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 961 ATCGCTGGCCTATACTTCTTTGACCACTGTGTATCTGCACAAATGGCTCAGCAGAAGGAG 1020
Query 970 TTCAATCTCAAAAATCCGACGGCTTATCACTATGATATCTTTATTTTAGGAATCATGACA 1029
|| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1021 TTTAATCTCAAAAATCCGTCGGCTTATCACTATGATATCTTTATCTTAGGAATCATGACA 1080
Query 1030 CTAATCTGTGGCCTACTTGGACTTCCTCCTTCGAATGGGGTCATTCCACAATCCCCTATG 1089
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTAATCTGTGGCCTTCTTGGACTTCCTCCTTCGAATGGGGTCATTCCACAATCCCCTATG 1140
Query 1090 CACACAAAGAGTCTTGCAGTTCTTAAGAAGCAGCAAATGAGAAAGAAAATGGTCCAGAAA 1149
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CACACAAAGAGTCTTGCAGTTCTTAAGAAGCAGCTAATGCGAAAGAAAATGGTCCAGAAA 1200
Query 1150 GCAAAAGAATGCATGAGGGAAAAAGCAAGTAACTCAGAGATCTATGGGAGGATGCAAGAT 1209
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GCAAAAGAATGCATGAGGGAAAAAGCAAGCAACTCAGAGATCTATGGGAGGATGCAAGAT 1260
Query 1210 GTGTTTATAGAAATGGAAACATCCCCTAAGGCTACTTCAGTGGTGAAAGAGTTAGAAAAC 1269
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||
Sbjct 1261 GTGTTTATAGAGATGGAAACATCCCCTAAGGCTACTTCAGTGGTGAAGGAGTTGGAGAAC 1320
Query 1270 TTGAAAGAAGCAGTGATGAAAGCAGACGATGGAGGTGGAGAAACAAAGGGGAAGAAGTTT 1329
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1321 TTGAAAGAAGCAGTGATGAAAGCAGACGATGGAGGTGGAGAAACAAAGGGGAAGAAATTC 1380
Query 1330 GATCCAGAGGTACATATCGAAGACCATTTGCCGGTTAGAGTTAACGAGCAGAGAGTGAGC 1389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GATCCAGAGGTACATATCGAAGACCATTTGCCGGTTAGAGTAAACGAGCAGAGAGTGAGC 1440
Query 1390 AATCTATTGCAATCAGTCCTTGTTGGATTGTTGATACTAGCGGTACCAGTTCTCAGAATG 1449
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AATCTATTGCAATCAATCCTTGTTGGATTGTTGATACTAGCTGTACCAGTTCTCAGAATG 1500
Query 1450 ATACCAACTTCAGTTCTATGGGGTTACTTCACTTACATGGCTGTTGATAGTCTCCCTGGG 1509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 ATACCAACTTCAGTTCTATGGGGTTACTTCACTTACATGGCTGTTGATAGTCTCCCTGGG 1560
Query 1510 AATCAATTCTGGGAAAGACTTCAGTTACTATTCATCACTCCTGGACGTCGATTCAAGGTT 1569
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1561 AATCAGTTCTGGGAAAGACTTCAGTTACTTTTCATCACTCCTGGTCGTCGATTCAAAGTT 1620
Query 1570 CTTGAAGGTTTACATGCATCATTTGTGGAGATAGTACCATACAAGTCGATTGTTATGTTC 1629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1621 CTTGAAGGTTTACATGCATCATTTGTGGAGATAGTACCATACAAGTCTATTGTTATGTTT 1680
Query 1630 ACACTCTTCCAGCTTCTATATTTTCTGATATGCTATGGAGTGACATGGATACCTGTAGGA 1689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ACACTCTTCCAGCTTCTATATTTTCTGATATGCTATGGAGTGACATGGATACCTGTAGGA 1740
Query 1690 GGAATATTGTTCCCTTTGCCATTCTTCATCCTCATTGCGTTACGACAATACATCCTCCAG 1749
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1741 GGAATATTGTTCCCATTGCCATTCTTCATCCTCATTGCGTTAAGACAATACATCCTCCCG 1800
Query 1750 AGACTTTTTGATCCATCTCATCTCCAAGTTTTAGATTCTTCAGAGTATGAAGAGATGGTT 1809
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AGGCTTTTTGATCCATCTCATCTCCAAGTTTTAGATTCTTCAGAGTATGAAGAGATGGTT 1860
Query 1810 GGTGCACCACAACGAAACTCCAGCTTCGGCTTCAATGGGGAATTAAGAGAGGCGCATAAT 1869
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GGTGCACCACAACGAAACTCCAGCTTCGGTTTCAATGGGGAATTAAGAGAGGCGCATAAT 1920
Query 1870 ATTCCACTGAGTGTTGTTGAGAACAGTGAAGACGAGTTTTATGATGCAGAGATTCTGGAT 1929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 ATTCCACTGAGTGTTGTTGAGAACAGTGAAGACGAGTTTTATGATGCAGAGATTCTGGAT 1980
Query 1930 GAGATTACTACAAGCAGAGGTGAACTCAAGCATAGAACCTTAAGTGTCAAAGAAGACAGA 1989
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GAGATTACTACAAGCAGAGGTGAACTCAAGCATAGAACTTTAAGTGTCAAAGAAGACAGA 2040
Query 1990 TCCCAGATGGTAAAAATATATAACCATTCTTGA 2022
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 TCCCAGATGGTAAAAATATATAACCATTCTTGA 2073
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76028129020
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5