BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G32551.2
Length=3595
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491464 jgi|Araly1|491464|fgenesh2_kg.7__897__AT4G32551.1 3413 0.0
> Ahg491464 jgi|Araly1|491464|fgenesh2_kg.7__897__AT4G32551.1
Length=3249
Score = 3413 bits (1848), Expect = 0.0
Identities = 1986/2053 (97%), Gaps = 7/2053 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1463 GGTTCAAATCAAGGCAGCAACAACCTTACACTTAAAGGGTGGCCACTCACTGGATTTGAT 1522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGTTCAAATCAAGGCAGCAACAACCTTACACTTAAAGGGTGGCCACTCACTGGATTTGAT 1260
Query 1523 CAGCTTCGTTCTGGTCTTCTTCAGCAGCAAAAACCATTTATGCAGTCTCAGTCTTTTCAC 1582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CAGCTTCGTTCTGGTCTTCTTCAGCAGCAAAAACCATTTATGCAGTCTCAGTCTTTTCAC 1320
Query 1583 CAACTCAACATGCTAACTCCTCAGCATCAGCAACAGCTCATGCTGGCTCAACAGAATCTA 1642
|||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CAACTCAACATGTTGACTCCGCAGCATCAGCAACAGCTCATGCTGGCTCAACAGAATCTA 1380
Query 1643 AATTCACAGTCCGTCAGTGAAGAGAACAGAAGACTGAAAATGCTATTGAACAACCGGAGC 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AATTCACAGTCCGTCAGTGAAGAGAACAGAAGACTTAAAATGCTATTGAACAACCGGAGC 1440
Query 1703 ATGACCCTAGGAAAGGATGGCCTTGGGAGTTCTGTAGGGGATGTGTTACCAAATGTCGGA 1762
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1441 ATGAGTCTAGGAAAGGATGGCCTTGGGAGTTCTGTTGGGGATGTGCTACCAAATGTCGGA 1500
Query 1763 TCGTCATTACAACCTGGTGGCTCTCTTTTGCCTCGTGGAGACACCGATATGCTACTTAAG 1822
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1501 TCGTCTTTACAACCTGGTGGCTCTCTTTTGCCTCGTGGAGACACCGATATGCTACTAAAG 1560
Query 1823 TTAAAGATGGCTCTGTTACAGCAGCAGCAGCAAAATCAACAGCAGGGTGGTGGGAATCCA 1882
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1561 TTAAAGATGGCTCTGTTACAGCAGCAGCAGCAACATCAACAGCAGGGTGGTGGTAATCCA 1620
Query 1883 CCACAGCCACAGCCGCAGCCACAACCACTTAATCAGCTTGCCCTTACAAATCCGCAACCA 1942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1621 CCACAGCCACAGCCGCAGCCACAACCACTTAATCAGCTTGCCCTTTCAAATCCGCAACCA 1680
Query 1943 CAGAGTTCAAATCACAGTATTCATCAACAAGAGAAATTGGGAGGTGGTGGTAGTATTACG 2002
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CAGAGTTCAAATCACAGTATTCATCAACAAGATAAATTGGGAGGTGGTGGTAGTATTACG 1740
Query 2003 ATGGATGGTAGCATTTCAAATTCTTTTCGAGGAAACGAACAGGTATTGAAGAATCAGAGT 2062
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ATGGATGGTAGCATGTCAAATTCTTTTCGAGGAAACGAACAGGTATTGAAGAATCAGAGT 1800
Query 2063 GGGAGGAAAAGAAAGCAACCGGTTTCGTCTTCTGGACCAGCTAATAGTTCAGGAACAGCT 2122
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GGGAGGAAAAGAAAGCAACCGCTTTCGTCTTCTGGGCCAGCTAATAGTTCAGGAACAGCT 1860
Query 2123 AACACTGCGGGACCATCACCAAGCTCAGCACCTTCTACACCTTCAACTCATACTCCTGGA 2182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AACACTGCGGGACCATCACCAAGCTCAGCACCTTCTACACCTTCAACTCATACTCCTGGA 1920
Query 2183 GATGTGATCTCTATGCCTAATCTGCCGCACAGTGGTGGTTCCTCCAAATCAATGATGATG 2242
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GATGTGATTTCTATGCCTAATCTGCCGCACAGCGGTGGTTCCTCCAAATCAATGATGATG 1980
Query 2243 TTTGGCACTGAAGGAACTGGGACTCTTACATCTCCATCAAATCAGTTGGCTGATATGGAT 2302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TTTGGCACTGAAGGAACTGGGACTCTTACATCTCCATCAAATCAGTTGGCTGATATGGAT 2040
Query 2303 CGATTTGTGGAAGATGGATCACTTGACGACAATGTTGAGTCTTTTTTATCCCAGGAGGAT 2362
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CGATTTGTGGAAGATGGGTCACTTGACGACAATGTTGAGTCTTTTTTATCCCAGGAGGAT 2100
Query 2363 GGTGATCAACGGGACGCTGTTACACGGTGTATGGATGTTAGTAAAGGTTTTACGTTTACT 2422
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2101 GGTGATCAACGGGACGCTGTTACGCGGTGTATGGATGTTAGTAAAGGTTTCACGTTTAAT 2160
Query 2423 GAAGTGAATTCAGTACGTGCGAGCACAACCAAAGTTACCTGTTGCCACTTCTCATCGGAT 2482
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 GAAGTGAATTCAGTACGAGCGAGCACAACCAAAGTTACCTGTTGCCACTTCTCATCGGAT 2220
Query 2483 GGAAAAATGCTTGCTAGTGCTGGACATGACAAAAAGGCTGTACTATGGTACACAGACACT 2542
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GGAAAAATGCTTGCTAGTGCCGGACATGACAAAAAGGCTGTACTATGGTACACAGACACT 2280
Query 2543 ATGAAGCCAAAGACGACCCTAGAGGAGCACACAGCTATGATAACAGATATCCGTTTTAGT 2602
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2281 ATGAAGCCAAAGACGACCCTAGAGGAGCACACAGCTATGATAACAGATATACGTTTTAGT 2340
Query 2603 CCTAGCCAGCTTCGCCTTGCGACTTCTTCGTTTGACAAGACTGTCAGGGTTTGGGATGCT 2662
|| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 CCAAGCCAACTTCGCCTTGCAACTTCTTCGTTTGACAAAACTGTCAGGGTTTGGGATGCT 2400
Query 2663 GATAATAAAGGTTATTCCCTTCGTACTTTCATGGGACATTCTTCTATGGTTACATCACTT 2722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 GATAATAAAGGTTATTCCCTTCGTACTTTCATGGGACATTCTTCTATGGTTACATCACTT 2460
Query 2723 GACTTCCATCCCATCAAGGATGATCTTATATGTTCCTGTGACAATGATAACGAAATAAGG 2782
|||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 GACTTCCATCCCGTCAAGGATGACCTCATATGTTCCTGTGACAATGATAACGAAATAAGG 2520
Query 2783 TACTGGAGTATCAACAATGGAAGTTGCACAAGAGTGTACAAGGGTGGTTCCACCCAGATA 2842
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 TACTGGAGCATCAACAATGGAAGTTGCACAAGAGTGTACAAGGGTGGTTCCACCCAGATG 2580
Query 2843 AGGTTCCAACCACGTGTTGGAAAGTATCTTGCGGCTTCATCAGCAAATCTTGTCAATGTA 2902
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 AGGTTCCAACCACGTGTTGGAAAGTATCTAGCGGCTTCATCAGCAAATCTTGTCAATGTA 2640
Query 2903 CTAGATGTAGAAACACAAGCTATTCGACACTCTTTACAGGGGCATGCTAATCCGATAAAC 2962
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2641 CTAGATGTTGAAACACAAGCTATTCGACACTCTTTACAGGGGCATGCTAATCCAATAAAC 2700
Query 2963 TCGGTTTGCTGGGATCCCTCTGGTGACTTCCTGGCATCTGTTAGTGAAGATATGGTAAAA 3022
||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 TCGGTGTGCTGGGATCCTTCTGGTGACTTCTTGGCATCGGTTAGTGAAGATATGGTAAAA 2760
Query 3023 GTATGGACGCTGGGGACAGGTAGTGAAGGAGAATGTGTTCATGAGCTAAGCTGCAACGGG 3082
|||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2761 GTATGGACACTGGGGACTGGTAGTGAAGGGGAATGTGTTCATGAGCTAAGCTGCAATGGC 2820
Query 3083 AACAAATTCCAGTCATGTGTTTTCCATCCGGCTTACCCCTCGCTGCTCGTAATTGGTTGC 3142
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 AACAAATTCCAGTCATGTGTTTTCCATCCCGCTTACCCCTCGCTGCTCGTAATTGGTTGC 2880
Query 3143 TACCAGTCTTTAGAACTATGGAACATGTCAGAGAACAAGACGATGACATTACCAGCTCAC 3202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 TACCAGTCTTTAGAACTATGGAACATGTCAGAGAACAAGACGATGACATTACCAGCTCAC 2940
Query 3203 GAAGGGCTAATTACATCTTTGGCTGTTTCAACTGCAACTGGATTGGTTGCATCAGCTAGT 3262
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2941 GAAGGGCTAATTACGTCGTTGGCTGTATCAACTGCAACTGGATTGGTTGCATCAGCTAGT 3000
Query 3263 CATGATAAGCTAGTGAAACTGTGGAAGTGAAAACTATGAGAGAGGAAAAGAGACGTTTGT 3322
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||
Sbjct 3001 CATGATAAACTAGTGAAGCTGTGGAAGTGAAAACTATGAGAG-G-AAAAGACATGTTTGT 3058
Query 3323 TGTTTAGGTATTATTA---GTAATCATGGttttttttttAACTTGTAGTGTTCTCTCTCG 3379
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 TGTTTAGGTATTATTATTAGTAATCATGGTTTTTTTT--AACTTGTAGTGTTCTCTCTCG 3116
Query 3380 GCCATTATCTCGATCTCAAGATAGTTTTCCAGATGTTGAACAAATGTTGTTGTATGATCT 3439
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3117 GCCATTATCTCGATCTCAAGATAGTTTTTCAGATATTGAACAAATGTTGTTGTATGATCT 3176
Query 3440 GACGAAATTGGGATCTTGAGAAATTGTGAACAACTCTTGTTGTAATCTTTACTAGTCCTT 3499
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3177 GACTAAATTGGGATCTTGAGAAATTGTGAAAAACTCTCGTTGTAATCTTTACTAGTCCTT 3236
Query 3500 TTGGCTCAGCTTT 3512
|||||||||||||
Sbjct 3237 TTGGCTCAGCTTT 3249
Score = 1672 bits (905), Expect = 0.0
Identities = 1109/1197 (93%), Gaps = 55/1197 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 155 TGAAGTGTTAAATCTTCTTCAGTTTCTGGGGAAATTAGGTGGGGAGGTGAAAAAGGGGGA 214
||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 TGAAGTGTTTAATCTTATTCAGTTTCTGAGAAAATTAGGTGGGGAGGTGAAAAAGGGGGA 121
Query 215 AATATAATTGAAATTGGGTTCTCTCTGCTGTGCAATAATAATTTCTGAGAGGATTGTGAA 274
|| || |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||
Sbjct 122 AA-ATCATTGAATTTGGTTTCTCTCTGCTGTGCAATAAT--TTTCGGAGAGGATTGAGAA 178
Query 275 GAAGCGCTTTTATGTAAGAAGATATCTCATTATTAGTTATTTACATGAGAATCTGACATT 334
||| ||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||
Sbjct 179 GAA--GCTCTTATGTAAGAAGATA--TC------------TTACATGGGAATCTGACATT 222
Query 335 CTTAACAACTGTCTGTGGGGTTAGTTTTGTCCAAAGAACTATACAGAGATGTCTCAGACC 394
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 223 CTAAACAACTGTCTGTGGGGTTAGTTTTGTCC-AAGAAC-A-ACAGAGATGTCTCAGACC 279
Query 395 AACTGGGAAGCTGATAAAATGTTGGATGTCTATATCCATGATTATCTGGTTAAAAGAGAT 454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 280 AACTGGGAAGCTGATAAAATGTTGGATGTCTATATCCATGATTATCTGGTTAAAAGAGAT 339
Query 455 TTGAAAGCTACAGCTCAGGCTTTCCAAGCTGAAGGAAAAGTGTCATCGGATCCAGTTGCT 514
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 340 TTGAAAGCTACAGCACAGGCTTTCCAAGCTGAAGGAAAAGTGTCATCGGATCCAGTCGCT 399
Query 515 ATTGACGCACCTGGTGGATTTCTGTTTGAGTGGTGGTCTGTCTTCTGGGATATATTTATT 574
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 400 ATCGACGCACCTGGTGGATTTCTGTTTGAGTGGTGGTCTGTCTTCTGGGATATATTTATT 459
Query 575 GCTAGGACCAATGAGAAGCATTCCGAGGTTGCTGCATCTTACATAGAGACACAGATGATC 634
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 460 GCTAGGACCAATGAGAAGCATTCCGAGGTTGCTGCATCTTACATCGAGACACAGATGATC 519
Query 635 AAAGCACGAGaacagcaattgcagcaatctcaacacccacaagtttcacagcagcagcag 694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 520 AAAGCACGAGAACAGCAATTGCAGCAATCTCAACACCCACAAGTTTCACAGCAGCAGCAG 579
Query 695 caacaacaacaacagcagattcaaatgcaacaactcttgttgcaacgtgcacagcaacag 754
||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 580 CAACAACAACAGCAGCAAATACAAATGCAACAACTCTTGTTGCAACGTGCACAGCAACAG 639
Query 755 cagcagcagcaacaacaacaacatcatcatcatcagcaacagcaacagcaacagcagcag 814
|||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 640 CAGCAGCA--A-CAACAACAACATCATCACCATCAGCAACAGCA---GCA---GCAGCA- 689
Query 815 caacagcaacagcagcagcagcagcaacaacaacatcaaaaccaaccaccttctcaacag 874
| |||||||| | || || | || |||| ||| || ||||||||||
Sbjct 690 -A-CAGCAACA--A-CATCA--A--AA--------TCAA--CCA-CC---TTCTCAACAG 726
Query 875 cagcagcagcaatcaacgcctcaacaccaacagcagcctacaccacagcagcagcctcag 934
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 727 CAGCAGCAGCAACCAACGCCTCAACACCAACAGCAGCCAACACCACAGCAGCAGCCACAG 786
Query 935 AGAAGAGACGGGTCCCACCTTGCAAATGGATCAGCAAATGGACTCGTTGGTAATAACAGT 994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 AGAAGAGACGGGTCCCACCTTGCAAATGGATCAGCAAATGGACTCGTTGGTAATAACAGT 846
Query 995 GAACCAGTTATGAGGCAAAATCCTGGGTCTGGGAGTTCCTTAGCTAGTAAAGCATATGAG 1054
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 GAACCAGTTATGAGGCAAAATCCTGGGTCTGGGAGCTCCTTAGCTAGTAAAGCATATGAG 906
Query 1055 GAGCGTGTAAAAATGCCTACTCAGAGGGAGTCCTTAGATGAGGCTGCTATGAAGCGATTT 1114
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 GAGCGGGTCAAAATGCCTACTCAGAGGGAGTCCTTAGATGAGGCTGCTATGAAGCGATTT 966
Query 1115 GGGGACAATGTTGGACAACTGTTGGACCCAAGTCATGCATCAATATTGAAATCTGCTGCA 1174
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 967 GGGGACAATGTTGGGCAACTGTTGGATCCAAGTCATGCATCAATGTTGAAATCTGCTGCA 1026
Query 1175 GCCTCTGGACAGCCTGCAGGGCAAGTGTTACACAGTACAAGTGGTGGTATGTCTCCACAG 1234
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 GCCTCCGGACAGCCTGCAGGGCAAGTGTTACACAGTACAAGTGGTGGTATGTCTCCACAG 1086
Query 1235 GTTCAAACTCGAAATCAGCAACTTCCTGGGTCTGCAGTGGATATTAAAAGTGAGATCAAT 1294
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 GTTCAAGCTCGAAATCAGCAACTACCTGGGTCTGCAGTGGATATTAAAAGTGAGATCAAT 1146
Query 1295 CCCGTGCTCACTCCCAGAACTGCTGTTCCAGAAGGATCGTTGATTGGAATTCCTGGT 1351
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 CCCGTGCTCACTCCCAGAACTGCTGTTCCAGAAGGATCGTTGATTGGAATTCCTGGT 1203
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135789420464
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5