BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G32730.2
Length=3507
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491433 jgi|Araly1|491433|fgenesh2_kg.7__866__AT4G32730.2 5199 0.0
> Ahg491433 jgi|Araly1|491433|fgenesh2_kg.7__866__AT4G32730.2
Length=3426
Score = 5199 bits (2815), Expect = 0.0
Identities = 3221/3414 (94%), Gaps = 40/3414 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 112 ctctctctctctc-tctctcgacttcgatttcgatttgtg---ttcttcttcttcttcat 167
||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 31 CTCTCTCTCTCTCGACT-TCGATTTCGATTTCGATTTGTGTTCTTCTTCTTCTTCTTCGT 89
Query 168 ctggattctcAGCGTCTTAATTACTTCAGATTAAT-TTTGGA-ATTCG-TT--GATCTGC 222
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| | || | || ||| ||
Sbjct 90 CTGGATTCACAGCGTCTTAATTACTT-TGATTAATATTT--ATCTTTGTTTCAGAT-TG- 144
Query 223 AAGCAATGTGCTTCGCTTATGATGATTTCTAAGACATATCAAAGAAACGGACTTTGGGGT 282
|| | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||| |
Sbjct 145 TAGTATTGTGCTTCGCTTATGATGATTTGTAAGTCATATCAAAGAGACCGACTTTGGGAT 204
Query 283 TTTTCATATTGCTTTCCTTGCTAACTATGAAGCGTGAGATGAAAGCACCTACTACTCCAC 342
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 205 TTTTCATATCGCTTTCCTTGCTAACTATGAAGCGTGAGATGAAAGCTCCTAATACTCCAC 264
Query 343 TAGAGAGTCTCCAAGGT-GACCTCAAAGGAAAACAAGGGAGGACATCTGGCCCTGCTAGA 401
||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 265 AAGAGAGTCTCCAA-GTCGACCTGAAAGGAAAACAAGGGAGGACATCTGGCCCTGCTAGA 323
Query 402 CGATCTACCAAAGGACAATGGACACCTGAAGAGGACGAAGTCTTGTGTAAAGCTGTTGAG 461
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 324 CGATCCACCAAAGGACAATGGACACCCGAAGAGGACGAAGTTTTGTGTAAAGCTGTTGAG 383
Query 462 CGTTTTCAAGGAAAGAACTGGAAGAAGATAGCTGAATGTTTTAAGGATCGGACTGATGTT 521
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 CGTTTTCAAGGAAAGAACTGGAAGAAGATAGCTGAATGTTTTAAGGATCGGACTGATGTC 443
Query 522 CAGTGTCTTCATAGATGGCAAAAGGTCTTGAACCCAGAGCTTGTGAAAGGACCGTGGTCA 581
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 444 CAGTGTCTTCATAGATGGCAAAAGGTCTTGAACCCAGAGCTTGTGAAAGGACCGTGGTCA 503
Query 582 AAAGAGGAGGATAACACAATAATTGACCTGGTTGAAAAATATGGGCCAAAGAAATGGTCT 641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 504 AAAGAGGAGGATAACACAATAATTGACCTGGTTGAAAAATATGGGCCAAAGAAATGGTCT 563
Query 642 ACTATATCTCAGCATTTACCTGGGCGCATAGGAAAGCAATGTAGGGAAAGGTGGCATAAC 701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 564 ACTATATCTCAGCATTTACCTGGGCGCATAGGAAAGCAATGTAGGGAAAGGTGGCATAAC 623
Query 702 CATCTTAACCCTGGGATTAATAAAAATGCATGGACTCAGGAAGAGGAACTGACTCTTATT 761
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 624 CATCTTAACCCTGGGATTAATAAAAATGCATGGACTCAAGAAGAGGAACTTACTCTTATT 683
Query 762 CGTGCGCATCAAATTTATGGGAATAAATGGGCAGAGCTTATGAAATTTTTGCCAGGAAGG 821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 684 CGTGCGCATCAAATTTATGGGAATAAATGGGCAGAGCTTATGAAATTTTTGCCAGGAAGG 743
Query 822 TCAGATAATTCGATAAAAAATCATTGGAACAGCTCAGTTAAGAAGAAGTTGGATTCCTAC 881
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 744 TCAGATAATTCGATAAAAAATCACTGGAACAGCTCAGTTAAGAAGAAGTTGGATTCCTAC 803
Query 882 TATGCATCAGGTCTTTTAGATCAGTGTCAAAGCTCGCCATTAATTGCCCTTCAGAACAAA 941
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 804 TATGCATCAGGTCTTTTAGATCAGTGTCAAAGCTCACCATTAATTGCCCTTCAGAACAAA 863
Query 942 TCTATCGCTTCATCTTCCTCGTGGATGCACAGCAATGGAGATGAAGGTAGTTCAAGGCCA 1001
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 864 TCTATCGCTTCATCTTCCTCGTGGATGCACAGCAGTGGAGATGAAGGTAATTCAAGGCCA 923
Query 1002 GGGGTTGATGCTGAGGAATCAGAATGCAGCCAAGCTTCAACTGTTTTCTCACAATCAACC 1061
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 GGGGTTGATGCTGAAGAATCAGAATGCAGCCAAGCTTCAACTGTTTTCTCACAATCAACC 983
Query 1062 AACGATTTACAAGATGAAGTTCAACGTGGAAATGAGGAATATTACATGCCTGAATTTCAT 1121
||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 984 AACGATTTACAAGATGAGGTTAAACCTGGAAATGAGGAATATTACATCCCTGAATTTCAT 1043
Query 1122 TCAGGAACGGAGCAGCAAATCTCAAACGCTGCATCTCATGCAGAACCGTACTACCCTTCC 1181
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1044 TCGGGAACAGAGCAGCAAATCTCAAACGCTGCATCTCATGCAGAAGTGTACTACCCTTCC 1103
Query 1182 TTTAAAGATGTCAAAATTGTTGTCCCCGAAATTTCTTGTGAAACAGAATGTTCGAAGAAG 1241
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||
Sbjct 1104 TTTGAAGATGTCAAAATTGTTGTCCCCGAAATTTCTTGTGAAGCAGAATGCTCAAAGAAG 1163
Query 1242 TTTCAGAATCTTAATTGTTCTCACGAGCTAAGAACTACCACAGCTACGGAGGATCAATTG 1301
||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1164 ATTCAGAATCGTAATTGTTCTCACGAGGTTAGAACTACCACAGCTGCTGAGGATCAATTG 1223
Query 1302 CCGGGTGTATCTAATGATGCTAAACAGGACCGTGG-TCTAGAGTTATTGACCCATAACAT 1360
| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1224 CAGGGTGTATCTAATGATGCTAAACAGGACC-TCGATCTAGATTTATTGACCCATAACAT 1282
Query 1361 GGACAACGGTGGAAAAAACCAAGCACTTCAACAAGATTTTCAAAGTTCAGTAAGATTAAG 1420
||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1283 GGACAACTACGGAAAAAATCAAGCACTTCAACAAGCTTTTCAAAGTTCAGTAAGATTAAG 1342
Query 1421 TGATCAACCTTTTTTGTCAAACTCGGACACAGATCCAGAAGCTCAAACTTTGATCACGGA 1480
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343 TGATCAACCTTCTTTGCCAAACTCGGACACAGATCCAGAAGCTCAAACTTTGATCACGGA 1402
Query 1481 TGAGGAGTGTTGTAGGGTTCTTTTTCCAGATAACA-TGAAAGATAGCAGTACATCTTCTG 1539
||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1403 TGAGGAGTGTTGTAGGGTTCTTTTTCCTGATA-CTGTGAAAGATAGCAGTATATCTTCTT 1461
Query 1540 GTGAGCAAGGTCGGAATATGGTTGACCCTCAAAACGGCAAAGGATCTCTTTGTTCTCAGG 1599
|||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 GTGAACAAGGTCGGAATATGGTTGACCTTCAAAAGGGCAAAGGATCTCTTTGTTCTCAGG 1521
Query 1600 CTGCAGAAACCCATGCTCATGAAACTGGAAAAGTTCCAGCTTTA-CCGTGGCATCCTTCA 1658
||||||||||||| | |||||||||||| ||| | ||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1522 CTGCAGAAACCCAGGATCATGAAACTGGGAAACCTACAGCTTTGTCC-TGGCATCCTTCA 1580
Query 1659 AGTTCTGAGGGCCTGGCGGGTCATAATTGTGTCCCTTTGTTGGATTCAGACTTGAAGGAC 1718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1581 AGTTCTGAGGGCCTGGCGGGTCATAATTGTGTCCCTTTGTTAAATTCAGACTTGAAGGAC 1640
Query 1719 TCACTTTTACCCCGTAATGATTCCAACGCTCCTATACAAGGTTGTCGCCTTTTTGGAGCT 1778
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1641 TCACTTTTACTCTGTAATGATTCCAACGCTCCTATACAAGGTTGTCACCTTTTTGGAGCT 1700
Query 1779 ACCGAATTAGAATGTAAGACTGATACAAATGACGGTTTCATCGATACTTACGGACATGTA 1838
|| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||
Sbjct 1701 ACTGAATTAGAACGTAAAACTGATACAAATGACGGTTTCATCGACACTGATGGACATGTA 1760
Query 1839 ACTTCCCATGGCAATGATGATAATGGTGGTTTCCCAGAACAACAGGGGCTGTCATATATT 1898
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761 ACTTCCCATGGCAATGATGATAATGATGGCATCCCAGAACAACAGGGGCTGTCATATATT 1820
Query 1899 CCCAAGGATTCTTTGAAGCTAGTACCTTTGAATAGTTTTTCTTCTCCTTCTAGAGTGAAC 1958
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1821 CCCAAGGATTCTTTGAAGCTAGTACCTCTGAATAGTTTTTCTTCTCCTTCTAGAGTGAAC 1880
Query 1959 AAGATTTATTTTCCTATTGACGATAAGCCGGCTGAAAAAGACAAAGGAGCTCTTTGTTAT 2018
||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1881 AAGATTTATTTTCCTATCGATGATAAGCCAGCTGAAAAAGATAAAGGAGCTCTGTGTTAT 1940
Query 2019 GAACCTCCACGTTTTCCAAGTGCAGATATTCCTTTCTTCAGCTGTGATCTTGTACCATCA 2078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1941 GAACCTCCACGTTTTCCAAGTGCAGATATTCCTTTCTTCAGCTGTGATCTTGTACCATCA 2000
Query 2079 AATAGTGACTTACGGCAAGAGTACAGTCCCTTTGGTATCCGTCAGTTGATGATTTCTTCA 2138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2001 AATAGTGACTTACGGCAAGAGTACAGTCCCTTTGGTATCCGCCAGTTGATGATTTCTTCA 2060
Query 2139 ATGAATTGTACAACTCCGTTAAGGTTATGGGATTCACCGTGTCACGATAGGAGCCCTGAT 2198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2061 ATGAATTGTACAACTCCGTTAAGGTTATGGGATTCACCGTGTCACGATAGGAGCCCTGAT 2120
Query 2199 GTCATGCTTAATGATACTGCCAAAAGTTTTAGTGGTGCACCATCCATCTTAAAGAAGCGG 2258
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2121 GTCATGCTTAATGATGCTGCCAAAAATTTTAGTGGTGCACCATCCATCTTAAAGAAGCGG 2180
Query 2259 CATCGAGACTTGCTTTCACCTGTGCTTGATAGAAGAAAAGACAAAAAGCTTAAAAGGGCT 2318
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2181 CATCGAGACTTGCTGTCACCTGTGCTTGATAGAAGAAAAGACAAAAAGCTTAAAAGGGCT 2240
Query 2319 GCGACTTCCTCCTTGGCTAATGATTTTTCGCGCTTAGATGTAATGCTTGATGAAGGAGAT 2378
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2241 GCGACTTCCTCCTTGGCTAATGATTTTTCTCGCTTAGATGTAATGCTTGATGAAGGAGGT 2300
Query 2379 GATTGCATGACCTCTCGTCCGTCAGAGTCTCCTGAAGATAAAAATATATGTGCCTCCCCT 2438
||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||
Sbjct 2301 GATTGCATGTCCTCTCGTCTGTCAGAATCTCCTGAAAATGAAAATAGATGTGCCTCCCCT 2360
Query 2439 TCCATAGCCAGAGATAACAGAAATTGTGCATCAGCTCGGTTATATCAAGAAATGATTCCG 2498
|||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2361 TCCAAAGCCAAAGATAACAGAAATTCTGCATCAGGTCGGTCAGATCAAGAAATGATTCCG 2420
Query 2499 ATAGATGAGGAACCAAAGGAAACCTTAGAATCAGGTGGAGTGACTTCTATGCAAAATGAA 2558
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2421 ATAGATGAGGAACCAAAGGAAACCTTAGAGTCAGGTGGAGTGACTTCTATGCAAAATGAA 2480
Query 2559 AATGGATGTAATGACGGTGGTGCTTCAGCTAAAAATGACCAAGAAACTTCTGGAAGtttt 2618
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2481 AAGGGATGTAATGACGGTGATGCTTCAGCTAAAAATGACCAAGAAACTTCTGGAAGTTTT 2540
Query 2619 tttGAGTTACGACTGTGTTCTCCTGGTATGACTCGAGCTAGACCAGATAACAAAGTTAAT 2678
|| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2541 GTTAAGATACGACTGTGTTCTCCTGGTATGACTCTATCTAGACCAGATAACAAAGTTAAT 2600
Query 2679 GCAAGTGCGAAAGATCTATCAAACCAGCACAAAATATCATTAGGTGATTTTCCAACAGAA 2738
|||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||
Sbjct 2601 ACAAGTGCGGAAGATCTATCAAACCAGCACAAAAGATCATTTGGTGATATTCCAACCGAA 2660
Query 2739 GAAATGTCATCAGAACCT-CTATGCACAGTGGACTCTATTCCTTTATCTGCAATCGATAA 2797
||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||
Sbjct 2661 GAAATCTCATCAGAACCTTC-ATGCACAGTGGACTCTATTCCTTTATCAGAAATTGATAA 2719
Query 2798 AACTAACACTGCAGAGACCAGCTTTGATATTGAAAACTTCAACATATTTGATGGAACTCC 2857
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2720 AACTAACACTGCAGAGACTAGCTTTGATATTGAAAACTTCAACATATTTGATGGAACTCC 2779
Query 2858 GTTCAGAAAACTCCTTGATACCCCATCACCTTGGAAATCTCCTTTACTCTTTGGTTCTTT 2917
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2780 GTTCAGAAAACTCCTTGATACCCCATCACCGTGGAAATCTCCTTTACTCTTTGGTACTTT 2839
Query 2918 CTTGCAAAGTCCAAAGTTGCCTCCAGAAATCACATTTGAGGATATTGGGTGTTTTATGAG 2977
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2840 CTTGCAAAGTCCAAAGTTGCCTCCAGAAATTACATTTGAGGATATTGGGTGTTTTATGAG 2899
Query 2978 TCCCGGCGAGAGAAGTTATGATGCCATAGGACTGATGAAGCATTTGAGTGAACACTCAGC 3037
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2900 TCCCGGCGAGAAAAGTTATGATGCCATAGGACTGATGAAGCATTTGAGTGAACACTCAGC 2959
Query 3038 TACGGCATATGCAGATGCCTTGGAAGTTCTGGGTAATGACACACCTGAATCGATACTCAA 3097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 2960 TACGGCATATGCAGATGCCTTGGAAGTTCTGGGTAATGATACACCTGAAACGATACTCAA 3019
Query 3098 GAAGAGACAGCTGAACAAGTCCATTCAAGGGAAAGAAAATCAGCACCAGCCTCATGATCA 3157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3020 GAAGAGACAGCTGAACAAGTCCATTCAAGGGAAAGAAAATCAGCACCAGCCTCATGATCA 3079
Query 3158 GCTTGGGAACCGATCCCAGGTGGAGTGTCGCGCCTTAGACTTCAGCGATTGTGGGACACC 3217
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3080 GCTTGGAAACCGATCCCAGGTGGAGTGTCGCACCTTAGACTTCAGCGATTGTGGGACACC 3139
Query 3218 AGGGAAAGCTAA-GGTACCTTCGGCTTCTCCGGGAGGCTACTCAAGCCCATCATCTTACC 3276
||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3140 AGGGAAAGC-AACGGTACCCTCAGCTTCTCCGGGAGGCTACTCGAGCCCATCATCTTACC 3198
Query 3277 TTTTGAAGAGTTGCAGATAGAGAAGGGTGGTTTTGTTCATAGAGTTCTGAAGGGAG-T-C 3334
|||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||| | |
Sbjct 3199 TTTTGAAGAGTTGCAGATAGTGATGGCTGGTTTTGTTCATAGAGCTCTGAAGGGACATTC 3258
Query 3335 -T-C--GCCTTCAATTTTTTGATCCCATATGTGTATGTCTTTTTTATTCCCTCCTTGTCC 3390
| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3259 ATTCTCGCCTTCAATTTTTTGATCTCATATGTGTATGTCTTTTTTATTCCCTCTTTGTCC 3318
Query 3391 AATTTTCTTGTTTCTAAtttttttAAATGTGTAGATCTCTCAACTCTGGACATCATACCA 3450
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | || | | |
Sbjct 3319 AATTTTCTTGTTTCTAATTTTTTTTAATGTGTAGATCTCACAACTCTG-A-AT-ACA--A 3373
Query 3451 TTGATTAAATAGCGAAAAAGTAACTTGTTCTCAAGTAATTAACTT-GTAACTCC 3503
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||
Sbjct 3374 TTGATTAAATAGCGGAAAAGTAACTTGTTCTCAAGAAATTAACTTTG-AACTCC 3426
Score = 80.5 bits (43), Expect = 8e-14
Identities = 43/43 (100%), Gaps = 0/43 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 34 TCCGCCTCTCCATGTTTGAGTTTTGAATACctctctctctctc 76
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCCGCCTCTCCATGTTTGAGTTTTGAATACCTCTCTCTCTCTC 43
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132440354040
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5