BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G32760.2
Length=2671
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491431 jgi|Araly1|491431|fgenesh2_kg.7__864__AT4G32760.1 4087 0.0
> Ahg491431 jgi|Araly1|491431|fgenesh2_kg.7__864__AT4G32760.1
Length=2521
Score = 4087 bits (2213), Expect = 0.0
Identities = 2441/2547 (96%), Gaps = 31/2547 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 128 AGAAAGAGAGAAGGGCGTGAATTCCTGAGCGAGAGATTCTTCGCCGGAGTAATCTCTTTG 187
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGAGAGAGAGAAGGGCGTGAATTCCTGAGCGAGAGATTCTTCGCCGGAGTAATCTCTTTG 60
Query 188 CGTGATCTTACCGGCTGCTTAATTCGTCTTCGCCTGATTCGTTGGTTTCAAAATTCGTCT 247
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | || ||| ||||
Sbjct 61 CGTGATCTTA-CGGCTGCTTAATTCTTCTTCGCCTGATT--AAAGCTT----ATTTGTCT 113
Query 248 CTCTCTTTCAATCGGAGGTTAATTGTTTTTCTGTTTGGGGGTCAAAGCGAAGATGGTGAA 307
|||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 114 CTCTCTTTCAATCGGAGGTTAA-T-TTTTTCGGTTTGGGGGTCAAAGCAAAGATGGTGAA 171
Query 308 CGCTATGGTGGAGAGAGCGACGAGCGAGATGCTGATCGGGCCTGATTGGGCTATGAACCT 367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 172 CGCTATGGTGGAGAGAGCGACGAGCGAGATGCTGATCGGACCTGATTGGGCTATGAATCT 231
Query 368 CGAGATCTGTGATATGCTCAATAGCGATCCAGCGCAAGCAAAAGATGTTGTGAAAGGCAT 427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 CGAGATCTGTGATATGCTCAATAGCGATCCAGCGCAAGCAAAAGATGTTGTGAAAGGCAT 291
Query 428 TAAAAAACGGATTGGTAGCAGGAATCCAAAAGCTCAGCTTCTTGCCTTAACTCTGCTTGA 487
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 TAAAAAACGGATTGGTAGCAGGAATCCAAAAGCTCAACTTCTTGCCTTAACTCTGCTTGA 351
Query 488 GACAATAGTGAAGAACTGTGGTGACATGGTTCATATGCATGTGGCTGAGAAAGGTGTTAT 547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 352 GACAATAGTGAAGAACTGTGGTGACATGGTTCATATGCATGTGGCTGAGAAGGGTGTTAT 411
Query 548 TCATGAGATGGTCCGGATAGTTAAGAAGAAGCCGGACTTCCATGTCAAAGAGAAGATTCT 607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 TCATGAGATGGTCCGGATAGTTAAGAAGAAGCCGGACTTCCATGTCAAAGAGAAGATTCT 471
Query 608 GGTCCTTATCGATACATGGCAAGAGGCCTTTGGTGGCCCTAGGGCAAGATATCCACAATA 667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 GGTCCTTATCGATACATGGCAAGAGGCCTTTGGTGGCCCTAGGGCAAGATATCCACAATA 531
Query 668 CTATGCAGGATACCAGGAATTGTTGCGTGCTGGTGCTGTTTTCCCTCAGAGATCAGAGAG 727
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 CTATGCAGGATACCAGGAATTGTTGCGTGCTGGGGCTGTTTTCCCTCAGAGATCAGAGAG 591
Query 728 ATCAGCTCCTGTGTTCACACCTCCTCAAACACAGCCTTTGACATCTTACCCTCCAAATCT 787
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 592 ATCAGCTCCTGTGTTCACACCTCCACAAACACAGCCTTTGACGTCTTACCCTCCAAATCT 651
Query 788 TCGTAACGCTGGACCTGGTAATGATGTGCCTGAACCTTCAGCAGAGCCAGAATTTCCGAC 847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 TCGTAACGCTGGACCTGGTAATGATGTGCCTGAACCTTCAGCAGAGCCAGAATTTCCGAC 711
Query 848 TCTAAGTTTGTCGGAGATTCAAAATGCAAAAGGTATCATGGATGTGCTTGCGGAGATGCT 907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 712 CCTAAGTTTGTCGGAGATTCAAAATGCAAAAGGTATCATGGATGTGCTTGCGGAAATGCT 771
Query 908 GAGTGCATTAGAGCCCGGAAACAAGGAGGATCTCAAACAAGAGGTTATGGTCGATCTGGT 967
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 772 GAGTGCATTAGAGCCCGGAAACAAGGAGGATCTCAAACAAGAAGTGATGGTCGATCTGGT 831
Query 968 GGAGCAGTGTCGTACATACAAACAAAGAGTGGTGCACCTCGTCAACTCGACTTCGGACGA 1027
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 GGAGCAGTGTCGTACATACAAACAAAGAGTGGTACACCTCGTCAACTCGACTTCGGACGA 891
Query 1028 GTCTTTGTTATGTCAAGGTCTGGCTTTGAATGATGACTTGCAGCGTGTCTTAACCAATTA 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 GTCTTTGTTATGTCAAGGTCTGGCTTTGAATGATGACTTGCAGCGTGTCTTAACCAATTA 951
Query 1088 TGAAGCAATTGCTTCTGGATTACCTGGAACTTCTTCTCAGATCGAGAAGCCCAAGTCCGA 1147
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 TGAAGCAATCGCTTCTGGATTACCTGGAACTTCTGCTCAGATCGAGAAGCCCAAGTCCGA 1011
Query 1148 GACAGGAAAATCCCTTGTTGATGTTGATGGTCCACTTATTGATACAGGGGACAGCAGTAA 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1012 GACAGGAAAATCCCTTGTTGATGTTGATGGTCCACTTATTGATACCGGGGACAGCAGTAA 1071
Query 1208 TCAGGCGAACGGAGCTACATCGAGCTCTGGTAACGGGGTTCTAAATCAGTTGGCCCTCCC 1267
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 TCAGGCGAACGGAGCTACATCAAGTTCTGGTAACGGGGTTCTAAATCAGTTGGCCCTCCC 1131
Query 1268 TGCACCACCTGTAACTAATGGTTCAGCCAATTCCAAAATAGACCTCCTCAGTGGCGATGA 1327
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1132 TGCACCACCTGTAACTAATGGTTCAGCCAATTCCAAAATAGACCTCCTTAGTGGCGATGA 1191
Query 1328 TCTTGCCCTTGTTCCTGTTGGACCTCCTCAGCCAGCAAGTCCGGTTGCATCAGATCAAAA 1387
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TCTTGCCCTTTTTCCTGTTGGACCTCCTCAGCCAGCAAGTCCGGTTGCATCAGATCAAAA 1251
Query 1388 TGCACTCGCCCTTATCGACATGTTCTCAGATAATACTAATAATCCAAGTCCTGCAACTGC 1447
||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 TGCGCTTGCCCTTATTGATATGTTCTCAGACAATACTAATAATCCAAGTCCTGCAACTGC 1311
Query 1448 ACCAAGTGGCAATCCAGCTCAGAATATTCCTTTGAATCCTCAAGGGCACCAACAACCAAA 1507
||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 ACCAACTGGCAATCCAGCCCAGAGTATTCCTTTGAATCCTCAAGGGCACCAACAACCAAA 1371
Query 1508 TAGTCAAGCTGGAGAAGCTGGATTACAACAATCCAATGGATTTGCGCCTCAAGTGGGTTA 1567
||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||
Sbjct 1372 TAGTCAAGCTGGAGAAGCTGGCTTACAACCATCCAATGGATCTGCGTCTCAAATGGGTTA 1431
Query 1568 TTCGCAGTTTGAGCAGCCATCATACGGGCAAGGAGTCTCTTCTCCCTGGAGCAGTCAGCC 1627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 TTCGCAGTTTGAGCAGCCATCATACGGGCAAGGAGTCTCTTCTCCCTGGAGCAGTCAGCC 1491
Query 1628 TGCACAGCAACCAGTCCAGCCATCTTATGAAGGTGCCCAAGACAGTACGGCATTTCCACC 1687
||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1492 TGCACAGCAACCACACCAGCCATCTTATG--G-TGCCCAAGACAGTATGGCATTTCCACC 1548
Query 1688 TCCCCCATGGGAAGCTCAGCTCCAAGACTAT-AGTCCCTCTGCGGAGTCAGGAAGTCCGT 1746
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 TCCCCCATGGGAAGCTCAGCTCCAAGACT-TCAGTCCCTCTGCGGAGTCAGGAAGTCCGT 1607
Query 1747 TTTCTCCTGGAATGCATCCAACTCAGACTGCCTTCACACATGCTCAACCAGTTAACAACA 1806
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 TTTCTCCTGGAATGCATCCAACACAGACCCCCTTCACACATGCTCAACCAGTTAACAACA 1667
Query 1807 ACAATCCATATCCTCAAATTCCCCAAACCGGGCCACCAGTCAACAATAACAGTCCATATG 1866
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1668 ACAATCCATATCCTCAAATTCCCCAAACCGGGCCACCAGTCAACAACAACAGTCCATATG 1727
Query 1867 CTCAAATGCCCCAAACAGGTCAAGCAGTTGCCAACATCAGTCCATATCCTCAAATTCCAC 1926
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1728 CTCAAATGCCCCAAACAGATCAAGCAGTTAACAACAACAGTCCATATCCTCAAATGCCAC 1787
Query 1927 AAAACGGCGTGTACATGCCAAACCAACCAAATCAGGCTCTTGGGTCAGGCTATCAACCAC 1986
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1788 AAAACGGTATGTACATGCCAAACCAACCAAATCAGGTTCTTGGGTCAGGCTATCCACCTC 1847
Query 1987 AGCAACAACAGCAGCAGCAGATGATGATGGCTCAGTACTATGCCcaacagcaacagctac 2046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1848 AGCAACAACAGCAGCAGCAGATGATGATGGCTCAGTACTATGCCCAACAGCAACAGC-A- 1905
Query 2047 agcaacaacaacagcaacagGCGTATGGAAACCAGATGGGAGGATACGGATATGGCTATA 2106
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 A-CA---------GCAACAGGCGTATGGAAACCAGATGGGAGGATACGGATATGGCTATA 1955
Query 2107 ATCAACAGCAACAAGGAAGCAGCCCATATCTGGACCAGCAAATGTACGGTTTATCCATGA 2166
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956 ATCAACAGCAACAAGGAAGCAGCCCATATCTGGACCAGCAAATGTACGGTTTATCCATGA 2015
Query 2167 GAGACCAGACATCGCATCAGGTAGCATCATCATCATCTACCACATCTTATCTGCCTCCAA 2226
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2016 GAGACCAGACATCGCATCAGGTACCATCATCATCATCTACCACATCTTATCTGCCTCCAA 2075
Query 2227 TGAAACCTAAGAATAAACCAGAGGACAAGCTATTTGGGGATCTTGTGGACATCTCCAAAT 2286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2076 TGAAACCTAAGAATAAACCAGAGGACAAGCTATTTGGGGATCTTGTGGACATCTCCAAAT 2135
Query 2287 TCAAGCCTACAAAACCGACTTCCGGAAGAGCTGGTACCATGTGAAAATTCCTCCATCCAT 2346
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2136 TCAAGCCTACAAAACCGACTTCCGGAAGAGCTGGAACCATGTGAAAAATCCTCCATCCAT 2195
Query 2347 TCATCATTTACCAGTATTCATCTCCTCTATCCTCCTCAGCTAACTCTCTTTCTTCTCTTT 2406
||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2196 CCATCATTTATCAGTATTCATCTCCTCTGTCTTTCTCAGCTAACTCTCTTTCTTCTCTTC 2255
Query 2407 GTTAAGCTTTTTTCATCATTGATTTTATTACCCTCTTGGGAGATAACATAGATATACATA 2466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2256 GTTAAGCTTTTTTCATCATTGATTTTATTACCCTCTTGGGAGATA-CATAGATATACATA 2314
Query 2467 TGTGTTATGTTCTTCCTTATAATTTACCGTTGGTTATGGGTTTGTATATTTCTTGTAGAG 2526
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 2315 TATGTTATGTTCTTCCTTATAATTTACCGTTGGTTATGGATTTGTATATTTGTTGTAGAG 2374
Query 2527 AAAAGAAAACTGGAAAATCTTTTGTTGAGAACTCAGCGATTTGGGGTTTGTCTCGAGATT 2586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2375 AAAAGAAAACTGGAAAATCTTTTGTTGAGAACTCAGCGAGTTGGGGTTTGTCTCGAGATT 2434
Query 2587 CTATTTTAGGACATTTTAATCTCTCATTTGTATTTTCAGACCTTTTATTTGTTATAT--C 2644
|||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2435 CTATTTTAGGACCTTTTAATCTC--ATTTGTGTATTCAGACCTTTTATTTGGTATATGAC 2492
Query 2645 CATTGGCAATAAAGTTTGATATCAATT 2671
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2493 CATTGGCAATAAAGTTTGATATCAATT 2519
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100748698025
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5