BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G32920.1
Length=4877
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg328440 jgi|Araly1|328440|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000667 7005 0.0
Ahg949403 jgi|Araly1|949403|scaffold_801290.1 460 3e-128
> Ahg328440 jgi|Araly1|328440|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000667
Length=4275
Score = 7005 bits (3793), Expect = 0.0
Identities = 4132/4295 (96%), Gaps = 26/4295 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 GATTTCGATTCCAATGGTGAGATTCTGTCTCTGTTTCG-CGTTCGTCATCCTCGTATCTG 67
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||||
Sbjct 3 GATTTCGATTTCAATGGTGAGATTCTGTCTCTGTTTCGTC-TTCTTCATCTTCATATCTG 61
Query 68 CAAATCCGAAATTAATCAATTCGTGGGATGAGACTGCGATTAGATTCGAACCACTGTCAC 127
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 62 CAAATCCGAAATTAATCAATTCGTGGGATGAGACTGCGATTAGATTCGAACCGCCGTCAC 121
Query 128 CTTCTCCGGCGCCGGAGCCTTCCCCGGATGATGATGATTCGTCGGTTTCATGTGTAGATG 187
|||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 122 CTTCACCGGCGCCGGAG------CC------------TTCGTCGGTTTCATGTGTGGATG 163
Query 188 ACCTAGGAGGTGTTGGCTCTTTAGATTCCACGTGTAAGCTCGTCGCTGATTTGAATCTCA 247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 164 ACCTAGGAGGTGTTGGCTCTTTAGATTCCACGTGTAAGCTCGTCGCTGATTTGAATCTCA 223
Query 248 CACGTGACCTAAACATCACCGGTAAAGGTAATCTCCACGTTTTGCCTGGTGTTAGATTGG 307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 224 CACGTGACCTAAACATCACCGGTAAAGGTAATCTCCACGTTTTGCCTGGTGTTCGATTGG 283
Query 308 TTTGCCAGTTTCCGGGATGTTCGATTAGTGTCAATATCTCCGGCAATTTCTCATTGGCTG 367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 284 TTTGCCAGTTTCCGGGATGTTCGATTAGTGTCAATATCTCCGGGAATTTTTCATTGGCTG 343
Query 368 AGAATTCTTCGGTTATCGCCGGGACTTTCCGTCTCGCGGCGGAAAACGCTGAATTTGGGC 427
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 344 AGAATTCTTCGGTTCTCGCCGGAACTTTCCGTCTCGCGGCGGATAACGCTGAATTTGGGG 403
Query 428 TAAGCTCGGCCGTTGATACCACTGGATTGGCTGGAGAACCTCCGCCGGATACTAGCGGTA 487
||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 404 TAAATTCGGCCGTGGACACCACTGGATTGGCTGGGGAACCGCCGCCGGAGACTAGCGGTA 463
Query 488 CGCCGGAGGGAGTGGAAGGTGCCGGTGGTGGATACGGTGGAAGAGGTGCATGTTGTTTGT 547
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 464 CGCCGGAGGGAGTGGAAGGTGCCGGTGGAGGATACGGTGGAAGAGGTGCGTGTTGTTTGT 523
Query 548 CGGATACTACTACGAAGATTCCGGAAGATGTGTTCGGTGGTGATGTTTATGGTTGGTCGT 607
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 524 CGGATACTACCACGAAGATTCCGGAAGATGTGTTCGGTGGTGATGTTTACGGTTGGTCGT 583
Query 608 CTTTGGAGAAGCCGGAGATTTATGGCAGTAGAGGTGGTTCGACGAGTAATGAGGTTGATT 667
| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 584 CACTGGAGAAGCCGGAGATTTATGGTAGTAGAGGTGGTTCGACGAGTAATGAGGTTGATT 643
Query 668 ACGGTGGAGGTGGCGGCGGAACGGTGGCGATAGAGATATTAGGGTATATTAGTTTAAACG 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 644 ACGGTGGAGGTGGCGGCGGAACGGTGGCGATAGAGATATTAGGGTATATAAGTTTAAACG 703
Query 728 GCAGCGTTTTAGCTGATGGGGCCAGTGGTGGTGTTAAAGGTGGTGGTGGGTCCGGCGGCA 787
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 GCAGCGTTTTAGCTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTAAAGGTGGTGGTGGGTCCGGCGGCA 763
Query 788 GCATCTTCGTAATGGCTCATAAAATGGCAGGAAATGGTCGTTTAAGTGCATCTGGAGGTG 847
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 GCATCTTCGTTATGGCTCATAAAATGGCAGGAAATGGTCGTTTAAGTGCATCTGGAGGTG 823
Query 848 ATGGGTATGCTGGTGGAGGTGGTGGACGGGTATCCGTCGATATATACAGCCGCCATTCTG 907
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 ATGGGTATGCTGGTGGAGGTGGTGGACGGGTATCGGTCGATATATACAGCCGCCATTCTG 883
Query 908 ATCCAAAAATCTTTTTCAATGGAGGTCGTAGTTTTGGTTGTCCAGAAAATGCTGGAGCTG 967
| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 884 ACCCAAAAATCTTTTTCCATGGAGGTAGTAGTTTTGGTTGTCCAGAAAATGCTGGGGCTG 943
Query 968 CTGGGACTCTGTATGATGTTATTTCAGAGAGCTTAACCATTGACAACCACAATAAGACAA 1027
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 944 CTGGGACTATGTATGATGTTATTTCAGAGAGCTTAACCATCGACAACCACAATAAGACAA 1003
Query 1028 CA-TATACAGACACTCTTCTCCTGGAGTTCCCTAACCACCGCCTTTTCACTAATTTGTAT 1086
|| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 CAGT-TACGGACACTCTTCTCCTGGAGTTCCCTAACCATCGCCTTTTCACTAATTTGTAT 1062
Query 1087 ATCCGGAATATGGCAAAGGTTGCTGTTCCCTTGCGTTGGAGCCGTGTTCAGGTTCAAGGA 1146
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1063 ATCCGAAATATGGCAAAGGTTGCTGTTCCCCTGCGTTGGAGCCGTGTCCAGGTTCAAGGA 1122
Query 1147 TTGATAAGTTTGTCAAATGGTGGAGAGTTGAACTTTGGTCTTCCACGTTATGCTTCCTCT 1206
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 TTGATAAGTTTGTCGAATGGTGGAGAGTTGAACTTTGGTCTTCCACGTTATGCTTCCTCA 1182
Query 1207 GAATTTGAATTATTTGCTGAGGAACTCTTGATGAGTAATTCTGCAATCAAGGTTTACGGG 1266
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1183 GAATTTGAATTATTTGCTGAGGAACTCTTGATGAGTAATTCTGCTATCAAGGTTTACGGG 1242
Query 1267 GCTTTACGTATGACAGTCAAGGTGTTCTTGATGTTGAAGTCAAGAATGTTTATAGATGGC 1326
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 GCTTTACGTATGACAGTCAAAGTGTTCTTGATGTTGAAGTCAAGAATGTTTATAGATGGA 1302
Query 1327 GGTGGTGTGACAATATTGGGAACTTCAATGCTTGAAATTAGTAATCTGTTGGTGCTCAAG 1386
||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 GGTGGTGTGGCAATATTAGGAACTTCAATGCTCGAAATTAGTAATCTGTTGGTGCTCAAG 1362
Query 1387 GAGTCATCTGTGATACAATCCAATGGAAACCTCGGAGTACATGGGCAGGGCCTGTTGAAT 1446
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1363 GAGTCATCTGTGATACAATCCAATGGGAATCTCGGAGTACATGGGCAGGGTCTGTTGAAT 1422
Query 1447 CTAACAGGCACAGGAGATACAATTGAAGCACAGCGTCTGATTTTGTCTCTATTTTATAGC 1506
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1423 CTAACAGGCACAGGAGATACAATTGAAGCACAGCGTCTGATTTTGTCTCTGTTTTATAGC 1482
Query 1507 ATCCAGGTTGGAGCCGGAGCGGTTTTGCGTGGTCCTTTGCAGAATGCATCAACTGGTGGC 1566
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 ATCCAGGTTGGAGCCGGAGCGGTTCTGCGTGGTCCTTTGCAGAATGCATCAACTGGTGGC 1542
Query 1567 CTTACTCCAAAGCTTTACTGTCAACGCCAAGATTGCCCTGTTGAACTACTCCACCCACCG 1626
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1543 CTTACTCCAAAGCTTTACTGTCAACGCCAAGATTGCCCTGTTGAACTACTCCACCCGCCG 1602
Query 1627 GAGGATTGCAATGTCAATTCATCCCTTCCATTCACTCTTCAGATCTGCCGAGTTGAGGAT 1686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 GAGGATTGCAATGTCAATTCATCCCTTCCATTCACTCTTCAGATCTGCCGAGTTGAGGAT 1662
Query 1687 ATTACTGTTGAAGGTCTCATTAAAGGATCTGTAATCCAATTCCATCTGGCAAGAACGGTA 1746
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 ATTACTGTTGAAGGTCTCATCAAAGGATCTGTCATCCAGTTCCATCTGGCAAGAACGGTA 1722
Query 1747 CTTGTCCGCTCTTCTGGAACAATATCCGCGGACGGGATGGGCTGCAAAGGTGGAGTTGGG 1806
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 GTTGTCCGCTCTTCTGGAACAATATCCGCAGACGGGATGGGCTGCAAAGGTGGAGTTGGG 1782
Query 1807 ACAGGTAGGTTTCTGAGAAGCGGTATTGGGAGTGGTGGTGGACATGGTGGTAAAGGCGGA 1866
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1783 ACTGGTAGATTTCTGAGAAGCGGTATTGGGAGTGGTGGTGGACATGGTGGTAAAGGCGGA 1842
Query 1867 AGCGGATGTTACAATCATACTTGCATTGAGGGTGGCGAGTCTTATGGAAATGCAGACCTA 1926
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1843 AGCGGGTGTTACAATCATACTTGCATCGAGGGTGGCGAGTCTTATGGAAATGCAGACCTA 1902
Query 1927 CCATGTGAACTTGGCAGCGGAAGTGGAAATGAAGAGTCAACGGATTCAGTTGCTGGGGGA 1986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1903 CCATGTGAACTTGGCAGCGGAAGTGGAAATGAAGAGTCAACAGATTCAGTTGCTGGTGGA 1962
Query 1987 GGAATCATTGTGCTTGGTTCACTTGAGCACCCACTTTCAAGCTTGTCACTGGAAGGCTCA 2046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 GGAATCATTGTGCTTGGTTCACTTGAGCACCCACTTTCAAGCTTGTCACTGGAAGGCTCA 2022
Query 2047 ATAACAACTGATGGCGAAAGTCCCAGGAAGACGCTGAAAGGCCTAAGTAATTCAAGTCTA 2106
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 ATAACAACTGATGGTGAAAGTCCCAGGAAGACGCTGAAAGGCCTAAGTAATTCAAGTCTA 2082
Query 2107 GGACCTGGTGGTGGTTCAGGTGGAACCGTACTTTTATTCTTGCGCACACTTGAGATAGGG 2166
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 GGACCTGGTGGTGGTTCAGGTGGAACCGTACTTTTATTCTTGCGCACACTTGAGATAGGG 2142
Query 2167 AGGTCTGCGATTCTCTCTAGTATTGGAGGAAATGGTAGCCTGAAGGGAGGTGGAGGAGGA 2226
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 2143 AGGTCTGCGATCCTCTCTAGTATTGGAGGAAATGGTAGCCTAAAGGGAGGTGGTGGAGGG 2202
Query 2227 AGTGGTGGAAGGATTCATTTTCATTGGTCAGACATTCCCACTGGTGATGTCTATCATCCC 2286
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 AGTGGTGGAAGGATTCATTTTCATTGGTCAGACATTCCCACTGGTGATGTCTATCATCCT 2262
Query 2287 GTTGCCATAGTTAAGGGAAGAGTTTATGTAAGAGGAGGGATGGGTATCATTGAAGATAAT 2346
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2263 GTTGCCATAGTAAAGGGAAGAGTTTATGTAAGAGGAGGGATGGGTATTATTGAAGATAAC 2322
Query 2347 ATTGGAGGGAATGGAACTTTGACTGGCAAAGCTTGTCCAGAAGGGCTCTATGGTTTATTT 2406
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2323 GTTGGAGGGAATGGAACTTTGACTGGCAAAGCTTGTCCAGAAGGGCTCTATGGTTTATTT 2382
Query 2407 TGCGAGGAATGTCCATCTGGCACTTATAAGAACGTTACTGGATCTGATAAAGCTCTTTGT 2466
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2383 TGCGAGGAATGTCCATCTGGCACTTATAAGAACGTCACTGGATCAGATAAAGCTCTTTGT 2442
Query 2467 CATCTTTGTCCGGCTAATGATATTCCCCATCGTGCTGTATATGTCACTGTTCGAGGTGGT 2526
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2443 CATCTTTGTCCGGCTAATGATCTTCCTCATCGTGCTGTATATGTCACTGTTCGAGGCGGT 2502
Query 2527 GTTGCAGAAACGCCTTGTCCATATAAATGCATTTCGGATAGATACCACATGCCACACTGT 2586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2503 GTTGCAGAAACGCCTTGTCCATATAAATGCATTTCGGATAGATACCACATGCCACACTGT 2562
Query 2587 TATACTACGCTTGAAGAGTTAATATACACATTTGGTGGACCCTGGCTGTTTGGTGTTCTT 2646
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2563 TATACTACACTTGAAGAGTTAATATACACATTTGGTGGACCCTGGTTGTTTGGTGTTCTT 2622
Query 2647 TTAGTAGTTGTGCTCCTCCTACTAGCACTTGTTTTCAGCGTCGCCAGAATGAAATTTGTG 2706
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2623 TTAGTAGTTGTGCTCCTCCTATTAGCACTTGTTTTCAGCGTCGCCAGAATGAAATTTGTT 2682
Query 2707 AGCGGTGACGAATTGCATGGGTCTGCCCCGACCCAGCATGGCTCTCAGATTGATCACTCA 2766
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2683 AGCGGTGACGAATTACATGGGTCTGCCCCGACCCAGCATGGCTCTCAGATTGATCACTCA 2742
Query 2767 TTTCCATTCCTCGAGTCGTTGAATGAGGTGATGGAGACGAGCAGAGTGGAGGAGTCACAG 2826
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2743 TTTCCTTTCCTCGAGTCGTTGAATGAGGTGATGGAGACGAACAGAGTGGAGGAGTCACAG 2802
Query 2827 GGCCACATGCATAGGATCTATTTCTTAGGTCCTAATACTTTCAGTGAACCTTGGCATCTT 2886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2803 GGCCACATGCATAGGATCTATTTCTTAGGTCCTAATACTTTCAGTGAACCTTGGCATCTT 2862
Query 2887 TCTCATACACCCCCAGAGGAAATAAAAGAGATTGTGTACGAGGCTGCGTTTAATGGGTTT 2946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2863 TCTCATACACCCCCAGAGGAAATAAAAGAGATTGTGTACGAGGCTGCGTTTAATGGGTTT 2922
Query 2947 GTTGATGAAGTCAATGTTATAGCTGCATATCAGTGGTGGGAGGGTGCGATTTACATTATG 3006
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2923 GTTGATGAGGTCAATGTTATAGCTGCATACCAGTGGTGGGAGGGTGCGATTTACATTGTG 2982
Query 3007 CTTTCAGTTCTAGTCTATCCTCTTGCATGGTCATGGCAGCAATCACGCCGGAGGCTGAAA 3066
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2983 CTTTCAGTTCTAGTCTATCCTCTTGCATGGTCATGGCAGCAATCCCGCCGGAGGCTGAAA 3042
Query 3067 TTTCAGAAACTCCGTGACTTTGTTAGATCAGAATATGACCATTCTTGTCTACGCTCGTGT 3126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3043 TTTCAGAAACTCCGTGACTTTGTTAGATCAGAATATGACCATTCTTGTCTACGCTCGTGT 3102
Query 3127 CGTTCAAGGGCATTATATGAAGGGCTAAAGGTAGCTGCTACTCCTGATTTGATGTTAGCT 3186
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3103 CGTTCAAGGGCATTATATGAAGGTCTAAAGGTAGCTGCTACTCCTGATTTAATGTTAGCT 3162
Query 3187 CATCTAGATTTCTTCCTTGGTGGCGATGAAAAGAGAAGCGATCTTCCTCCTCAGGTTCAT 3246
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||
Sbjct 3163 CATCTAGATTTCTTCCTTGGTGGCGATGAAAAGAGAAGTGACCTTCCTCCTCCGGTTCAT 3222
Query 3247 CAAAGACTTCCAATGCCTTTAATATTTGGAGGCGACGGAAGTTACATGGCCTATTACTCA 3306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3223 CAAAGACTTCCAATGCCTTTAATATTTGGAGGCGACGGAAGTTACATGGCCTATTACTCA 3282
Query 3307 CTCCAAAGTGACGATATTCTGACCAGTCTTCTGAGCCAGTTGGTCCCACCAACCACTTGG 3366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3283 CTCCAAAGTGACGATATTCTGACCAGTCTTCTGAGCCAGTTGGTCCCACCAACCACTTGG 3342
Query 3367 TACCGCTTTGTCGCTGGTCTGAACGCTCAGCTACGTCTGGTTCAGCAAGGGAAACTGAGG 3426
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3343 TACCGCTTTGTGGCTGGTCTGAACGCTCAGCTGCGTCTGGTTCAGCAAGGGAAACTGAGG 3402
Query 3427 TCCACGTTTCGCTCTGTTATGAGATGGATTGAAACTCATGGAAACCCTGCTTTGAAAAGA 3486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3403 TCCACGTTTCGCTCTGTTATGAGATGGATTGAAACTCATGGAAACCCAGCTTTGAAAAGA 3462
Query 3487 CATGGTGTACGTGTTGACCTAGCTAGGTTTCAGGCATTGTCTTCGTCGTCTTGCCAGTAT 3546
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3463 CATGGTGTACGTGTCGACCTAGCTAGATTTCAGGCATTGTCTTCGTCGTCTTGCCAGTAT 3522
Query 3547 GGAATCCTTGTTCACACCATTGCAGATGAAG-TCGCATCAACAAGAAGTGATGATGAAAC 3605
|||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3523 GGAATCCTTGTTCACACCATTGTAGATGAAGAT-GCGTCAACAAGAACTGATGATGAAAC 3581
Query 3606 AGAACAGCAGCATCCATGGGGGACACAAATTGAAAA-TCACTCTGGTGATTTCAGGGAGA 3664
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 3582 AGAACAGCAGCACCCATGGGGGACACAAATTGAAAACTC-CTCTGGTGATTTCAGGGAGA 3640
Query 3665 ATTTTCAACCTCTAAGAAGCGAAATCAACCACGTGAGGCATCAAGAGTGTGGAGAAATCA 3724
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3641 ATTTTCAACCTCTAAGAAGCGAAATCAACCACGTAAGGCATCGAGAGTGTGGAGAAATCA 3700
Query 3725 TAGACATTGGAAGCTTACAATTTCTTAAAGAAGAAAAAGATGTCCTTTCCCTCATCTCCT 3784
||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3701 TAGACATTGGAAGCTTACAATATCTCAAAGAAGATAAAGATGTTCTTTCCCTCATCTCCT 3760
Query 3785 TCTTGATTCATAACACAAAACCTGTTGGTCATCAGGATCTGGTCGGTTTGGTTATCTCGG 3844
||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3761 TCTTGATTCATAATACAAAACCTGTTGGCCACCAGGATCTGGTCGGTTTGGTTATCTCGG 3820
Query 3845 TGCTACTCCTAGGAGATTTAACTCTAACGTTACTCACACTACTCCAACTCTACTCGATAT 3904
||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 3821 TGCTACTCCTAGGAGATCTAACTTTAATGTTACTCACGCTGCTCCAACTCTACTCGATAT 3880
Query 3905 CATTGCTGGAAGTCTTTCTCGCTATGTTTATTTTACCTCTCAGCATCATTTTTCCATTCC 3964
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 3881 CTTTGCTGGAAGTTTTTCTCGCTATGTTTATTTTACCTCTCAGCATCATTTTCCCATTTC 3940
Query 3965 CTGCTGGGGTCAGCGCTTTGTTTAGCCACGGACCAAGGCGCTCTGCTAGTCGCACACGCG 4024
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3941 CTGCCGGGGTCAGCGCTTTGTTTAGCCACGGACCAAGGCGCTCTGCTGGTCGCACACGCG 4000
Query 4025 TTTATGCATTGTGGAATGTCACATCCTTGGTCAATGTCGTTGTGGCATTTGTGTGTGGAT 4084
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 4001 TTTATGCATTGTGGAACGTCACATCCTTGGTCAATGTCGTTGTTGCGTTTGTGTGTGGAT 4060
Query 4085 ATGTTCACTATCATGGCTCATCATCTGGGAAAAAGATCCCGTATCTCCAGCCATGGAACA 4144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4061 ATGTTCACTATCATGGCTCATCATCTGGGAAAAAGATCCCGTATCTCCAGCCATGGAACA 4120
Query 4145 TTAGCATGGACGAGAACGAATGGTGGATATTCCCAGTCGCTTTGTTTCTATGCAAAGTCT 4204
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4121 TAAGCATGGACGAGAACGAATGGTGGATATTCCCAGTCGCTTTGTTTCTATGCAAAGTCT 4180
Query 4205 TGCAATCCCAACTCGTAAACTGGCACGTTGCAAACCTCGAGATACAAGATTACTCCTTGT 4264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4181 TGCAATCCCAACTCGTAAACTGGCACGTTGCAAACCTCGAGATACAAGATTACTCCTTGT 4240
Query 4265 ACAGCGATGATTCCGAGCTGTTCTGGCAGTCGTGA 4299
|||| ||||| || ||| |||||||||||||||||
Sbjct 4241 ACAGTGATGACTCAGAGGTGTTCTGGCAGTCGTGA 4275
> Ahg949403 jgi|Araly1|949403|scaffold_801290.1
Length=343
Score = 460 bits (249), Expect = 3e-128
Identities = 286/302 (95%), Gaps = 9/302 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 75 GAAATTAATCAATTCGTGGGATGAGACTGCGATTAGATTCGAACCACTGTCACCTTCTCC 134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1 GAAATTAATCAATTCGTGGGATGAGACTGCGATTAGATTCGAACCGCCGTCACCTTCTCC 60
Query 135 GGCGCCGGAGCCTTCCCCGGATGATGATGATTCGTCGGTTTCATGTGTAGATGACCTAGG 194
||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| || | | |||||||
Sbjct 61 GGCGCCGGACCCTTCACCGGATGATGATGAATCGTCGGTTTCA--TG-CG-T-ACCTAGG 115
Query 195 AGGTGTTGGCTCTTTAGATTCCACGTGTAAGCTCGTCGCTGATTTGAATCTCACACGTGA 254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 116 AGGTGTTGGCTCTTTAGATTCCACGTGTAAGCTCGTCGCTGATTTGAATCTCACACGTGA 175
Query 255 CCTAAACATCACCGGTAAAGGTAATCTCCACGTTTTGCCTGGTGTTAGATTGGTTTGCCA 314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 176 CCTAAACATCACCGGTAAAGGTAATCTCCACGTTTTGCCTGGTGTTAGATTGGTTTGCCA 235
Query 315 GTT-TCCGGGATGTTCGATTAGTGTCAATATCTCCG-GCAATTTCTCATTGGCTGAGAAT 372
||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||
Sbjct 236 GTTCTC-GGGATGTTCGATTAGTGTCAATATCTCCGAG-AATTTCTCGTTGGCTGAGAAT 293
Query 373 TC 374
||
Sbjct 294 TC 295
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 184579229050
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5