BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33080.1
Length=2158
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944626 jgi|Araly1|944626|scaffold_700855.1 2689 0.0
> Ahg944626 jgi|Araly1|944626|scaffold_700855.1
Length=1601
Score = 2689 bits (1456), Expect = 0.0
Identities = 1545/1589 (97%), Gaps = 1/1589 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 173 agagagagagagaTGGAGGATATACAGGAGGAAGAGAACGGTACGGACGAGGAGGTTCTG 232
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 9 AGAGAGATAGATATGGAGGATATACAGGAGGAAGAGAGCGGTACGGACGAGGAGGTTCTG 68
Query 233 GGATCGAGCTTGACCATGGAGAAAGTGGCCGCAGCGAAGCAGTACATCGAGAATCACTAC 292
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 69 GGATCGAGCTTGACCATGGAGAAAGTGGCCGCAGCGAAGCAGTACATCGAGAATCACTAC 128
Query 293 AAAGCTCAGAACAAGAACATTCAAGAGAGGAAAGAGAGACGGTGGATCTTAGAAAGAAAG 352
| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 129 AGAGCTCAGAACAAGAACATTCAGGAGAGGAAAGAGAGACGGTGGATCTTAGAAAGAAAG 188
Query 353 TTGGCGTCTTCTGGAGTGCCAAAAGAGGAGCAAATCAACATGATTAAAGACCTGGAGAGA 412
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 189 TTAGCTTCTTCTGGAGTGCCAAAAGAGGAGCAAATCAGCATGATTAAAGATCTGGAGAGA 248
Query 413 AAAGAGACAGAGTTTATGAGGCTTAAAAGGAACAAGATTAGTGTCGATGACTTTGAGCTT 472
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 249 AAAGAGACAGAGTTTATGAGGCTTAAAAGGAACAAGATTAGTGTTGATGACTTTGAGCTT 308
Query 473 TTGACTATCATTGGAAGAGGTGCTTTTGGTGAGGTTCGCTTATGTCGGGAGAGAAAGTCT 532
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 309 TTGACTATCATTGGAAGAGGTGCTTTTGGTGAGGTTCGCTTATGTCGGGAGAAAAAGTCT 368
Query 533 GGAAATATTTATGCCATGAAGAAGTTAAAGAAATCTGAAATGGTCATGAGAGGACAGGTT 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 GGAAATATTTATGCCATGAAGAAGTTAAAGAAATCTGAAATGGTCATGAGAGGACAGGTT 428
Query 593 GAGCATGTCAGAGCAGAGAGGAACCTGCTGGCTGAGGTTGAAAGCCATTATATTGTGAAG 652
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 429 GAGCATGTCAGAGCAGAGAGAAACCTGCTGGCTGAGGTTGCAAGCCATTATATTGTGAAA 488
Query 653 CTTTACTATTCATTTCAGGATCCCGAGTATCTGTATCTGATTATGGAATATCTCCCCGGT 712
|| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 CTCTACTATTCATTTCAGGATGCCGAGTATCTATATCTGATTATGGAATATCTCCCCGGT 548
Query 713 GGTGATATGATGACCTTGCTCATGAGGGAGGACACATTACGGGAAGATGTTGCCAGATTT 772
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 549 GGTGATATGATGACCTTGCTCATGAGGGAGGACACATTACGGGAAGATGTTGCCCGATTT 608
Query 773 TATATTGCTCAAAGTGTCCTGGCCATTGAATCCATACACAGATACAACTATATTCATAGG 832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 TATATTGCTCAAAGTGTCCTGGCCATTGAATCCATACACAGATACAACTATATTCATAGG 668
Query 833 GATATCAAACCTGATAACCTACTTTTGGACAAAGATGGGCACATGAAACTCTCGGACTTT 892
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 669 GATATCAAACCTGATAACCTACTTTTGGACAAAGATGGGCACATGAAACTCTCGGATTTT 728
Query 893 GGGCTCTGTAAGCCTCTTGATTGTAGAAATTTACCTTCAATTCAGGAGAATAGGGCCACG 952
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 729 GGGCTTTGTAAGCCTCTTGATTGTAGAAATTTACCTTCAATCCAGGAGAATAGGGCCACC 788
Query 953 GATGATGAAACTATGTCAGAACCTATGGATGTTGATAGATGCTTTCCTGACACTGATAAC 1012
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 789 GATGATGAAACTATGACAGAACCTATGGATGTTGATAGATGTTTTCCTGACACTGATAAC 848
Query 1013 AAGAGAAGCTGGCGCAGTCCCCAGGAACAACTTCAGCATTGGCAGATGAATCGCAGAAAA 1072
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 AAGAGAAGCTGGCGCAGTCCCCAAGAACAACTTCAGCATTGGCAGATGAATCGCAGAAAA 908
Query 1073 CTAGCATTTTCAACTGTGGGAACACCGGACTATATTGCTCCTGAAGTTTTGCTGAAGAAA 1132
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 CTAGCGTTTTCAACTGTGGGAACACCTGACTATATTGCTCCTGAAGTTTTGCTGAAGAAA 968
Query 1133 GGATATGGCATGGAATGTGATTGGTGGTCATTAGGTGCAATTATGTACGAAATGCTCGTT 1192
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 969 GGATATGGCATGGAATGTGATTGGTGGTCGTTAGGTGCAATTATGTACGAAATGCTCGTT 1028
Query 1193 GGGTATCCTCCTTTTTATGCTGATGACCCTATATCAACTTGCAGAAAGATCGTCCATTGG 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 GGGTATCCTCCTTTTTATGCTGATGACCCTATATCAACTTGCAGAAAGATCGTCCATTGG 1088
Query 1253 AGAAACCATTTGAAATTTCCTGAGGATGCGAAGTTTTCATCTGAGGCAAAAGATCTTATC 1312
||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1089 AGAAATCATTTGAAATTTCCCGAGGATGCGAAGTTGTCATCCGAGGCAAAAGATCTTATC 1148
Query 1313 TGCAGGTTGCTGTGCAACGTTGACCATAGGCTTGGTACTGGAGGAGGAGCCCAGCAAATC 1372
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 TGCAGGTTGCTGTGCAACGTTGACCATAGGCTTGGCACTGGAGGAGGAGCCCAGCAAATC 1208
Query 1373 AAGGATCATCCTTGGTTCAAGGATGTTGTGTGGGAAAAGCTCTATGAAATGGAGGCTGCG 1432
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1209 AAGGATCATTCTTGGTTCAAGGATGTTGTGTGGGAAAAGCTCTATGAAATGGAAGCTGCG 1268
Query 1433 TACAAACCAGAAGTGAACGACGAGCTAGATACACAAAATTTTATGAAGTTTGATGAAGTG 1492
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 TTCAAACCAGAAGTGAACGGCGAGCTAGATACACAAAATTTTATGAAGTTTGATGAAGTG 1328
Query 1493 AATTCTCCTGCACCTGAAAGAACTAGATCAGGACTCTCCAGGAAGATGCTTCTTGCTCCC 1552
||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 AATTCTCCTGCACCTGAAAGAACTAGATCGGGCCCCTCCAGGAAGATGCTTCTTGCTCCC 1388
Query 1553 AAGGATTTAAGTTTTGTTGGCTACACATACAAGAACTTTGACGCTGTAAAAGGATTGCGT 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 AAGGATTTAAGTTTTGTTGGCTACACATACAAGAACTTTGACGCTGTAAAAGGATTGCGT 1448
Query 1613 CATTCACTTGAGATGGCAAGAACTATGTCTCTAGATCGATCACCAGCTGAGGCGATGCCT 1672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 CATTCACTTGAGATGGCAAGAACTATGTCTCTAGATCGATCACCAGCTGAGGCGATGCCT 1508
Query 1673 GTGGAGCTGATAAGCGGGGAAGCAGCAGAGGCACAGATGGTATCATCGATGGATGATCCA 1732
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1509 GTGGAGCTGATAAGCGGGGAAGCAGCAGAGGCACAGATGGTATCATCGATGGATGATCCG 1568
Query 1733 ATGATAATTTGAAAGAACCGATCAAAGAT 1761
|||||||||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 1569 ATGATAATTTGAAATAACCGAACAA-GAT 1596
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81208402340
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5