BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33090.1
Length=2852
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491378 jgi|Araly1|491378|fgenesh2_kg.7__811__AT4G33090.1 4458 0.0
> Ahg491378 jgi|Araly1|491378|fgenesh2_kg.7__811__AT4G33090.1
Length=2753
Score = 4458 bits (2414), Expect = 0.0
Identities = 2578/2659 (97%), Gaps = 4/2659 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 TCTGCAAGTAATAGAAAATGGATCAGTTCAAAGGTGAGCCTCGTCTACCCAAGTTCGCCG 81
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTGCAAGTTATAGAAAATGGATCAGTTCAAAGGTCAGCCTCGTCTACCCAAGTTCGCCG 60
Query 82 TCCCCAAGCGCTACGATCTCCGCCTCAATCCCGATCTCATCGCCTGCACCTTCACTGGAA 141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 61 TCCCCAAGCGCTACGATCTCCGCCTCAATCCCGATCTCATCGCCTGCACCTTCGCCGGAA 120
Query 142 CTGTAGCCATCGATCTCGACATAGTCGCCGATACTCGTTTCATCGTTCTCAACGCAGCTG 201
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTGTTGCCATCGACCTCGACATAGTCGCCGATACTCGTTTCATCGTTCTCAACGCAGCTG 180
Query 202 ATCTCTCCGTCAACGATGCCTCCGTTTCCTTCACTCCTCC-TTCCTCCTCTAAGGCGCTT 260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATCTCTCCGTCAACGATGCCTCCGTTTCCTTCACTCC-CCGTTCCTCCTCTAAGGCGCTT 239
Query 261 GCAGCTCCAAAAGTTGTCTTGTTTGAGGAGGATGAGATTCTCGTGCTTGAGTTTGGTGAG 320
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 240 GCACCTCCAAAAGTTGTCATGTTTGAGGAGGATGAGATTCTAGTGCTTGACTTTGGTGAG 299
Query 321 ATTCTTCCCCATGGAGTGGGAGTTCTGAAACTTGGTTTCAATGGAGTACTAAATGACAAA 380
||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ATTCTTCCCCATGGAGTGGGAATTCTGGAACTGGGGTTCAATGGAGTACTAAATGACAAA 359
Query 381 ATGAAGGGATTCTACAGAAGTACTTATGAACATAACGGTGAGAAGAAGAATATGGCAGTT 440
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 ATGAAGGGATTCTACAGAAGTACCTATGAACATAACGGTGAGAAGAAGAATATGGCAGTT 419
Query 441 ACCCAGTTTGAACCAGCTGATGCTAGGAGATGCTTTCCATGTTGGGATGAACCTGCTTGC 500
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 420 ACCCAGTTTGAGCCAGCTGATGCAAGGAGATGCTTTCCGTGCTGGGATGAACCTGCTTGC 479
Query 501 AAGGCTACCTTCAAGATTACATTAGAGGTGCCAACTGATTTGGTGGCTCTCTCCAATATG 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AAGGCTACCTTCAAGATTACATTAGAGGTGCCAACTGATTTGGTGGCTCTCTCCAATATG 539
Query 561 CCAATAATGGAGGAGAAAGTCAATGGGAATCTGAAGATTGTCTCCTATCAAGAGTCACCA 620
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CCAGTCATGGAGGAGAAAGTCAATGGGAATCTGAAGATTGTCTCCTATCAAGAGTCACCA 599
Query 621 ATCATGTCTACATATTTGGTAGCAATTGTTGTTGGTTTGTTTGACTACGTGGAAGATCAT 680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ATCATGTCTACATATTTGGTAGCAATTGTTGTTGGTTTGTTTGACTACGTGGAAGATCAT 659
Query 681 ACATCCGATGGGATTAAAGTCAGAGTATACTGTCAAGTGGGCAAAGCCGACCAAGGGAAA 740
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ACATCTGATGGGGTTAAAGTCAGAGTATACTGTCAAGTGGGCAAAGCCGACCAAGGGAAA 719
Query 741 TTTGCATTGCATGTTGGTGCCAAGACATTGGATCTGTTCAAAGAGTACTTTGCTGTGCCA 800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTTGCATTGCATGTTGGTGCCAAGACATTGGATCTGTTCAAAGAGTACTTTGCTGTGCCA 779
Query 801 TATCCCCTTCCCAAAATGGATATGATTGCAATACCAGATTTTGCTGCCGGAGCTATGGAG 860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TATCCCCTTCCCAAAATGGATATGATTGCAATACCAGATTTTGCTGCCGGAGCTATGGAG 839
Query 861 AATTATGGTTTAGTTACATACCGTGAAACAGCTCTTCTCTATGATGAACAACATTCAGCT 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 AATTATGGTTTAGTTACATACCGTGAAACAGCTCTTCTCTATGATGAGCAACATTCAGCA 899
Query 921 GCTTCTAACAAACAGAGGGTTGCCACTGTAGTTGCTCATGAACTGGCCCACCAGTGGTTT 980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GCTTCTAACAAACAGAGGGTTGCCACTGTAGTTGCTCATGAACTGGCCCACCAGTGGTTT 959
Query 981 GGCAATCTTGTTACTATGGAGTGGTGGACTCATCTATGGCTGAATGAGGGTTTTGCTACT 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GGCAATCTTGTTACTATGGAGTGGTGGACTCATCTATGGCTGAATGAGGGTTTTGCTACT 1019
Query 1041 TGGGTCAGCTACTTGGCTACTGATAGTTTGTTCCCTGAATGGAAAATCTGGACCCAGTTT 1100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TGGGTCAGCTACTTGGCTACTGATAGTTTGTTCCCTGAATGGAAAATCTGGACCCAGTTT 1079
Query 1101 TTAGATGAATCTACTGAGGGTCTAAGGCTAGATGGGCTTGAGGAGTCTCACCCGATAGAG 1160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TTAGATGAATCTACTGAGGGTCTAAGGCTAGATGGGCTTGAGGAGTCTCACCCGATAGAG 1139
Query 1161 GTGGAGGTTAATCATGCTGCTGAAATTGATGAAATATTTGATGCAATAAGCTACAGAAAG 1220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1140 GTGGAGGTTAATCATGCTGCTGAAATTGATGAAATATTTGATGCAATAAGCTATAGGAAG 1199
Query 1221 GGTGCATCTGTCATCCGCATGCTACAAAGCTATCTTGGTGCTGAGGTTTTTCAGAAGTCT 1280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1200 GGTGCATCTGTCATCCGCATGCTACAAAGCTATCTTGGTGCTGAAATTTTTCAGAAGTCT 1259
Query 1281 CTTGCTGCATACATTAAAAATCACGCTTATTCAAACGCGAAGACAGAAGATTTATGGGCT 1340
||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1260 CTTGCTGCATATATTAAAAATCACGCTTACTCGAACGCGAAGACAGAAGATTTATGGACT 1319
Query 1341 GCTTTGGAAGCGGGATCCGGAGAACCTGTGAACAAGCTTATGAGTTCTTGGACAAAGCAA 1400
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GCTTTGGAAGCTGGATCAGGAGAACCTGTGAACAAGCTTATGAGTTCTTGGACAAAGCAA 1379
Query 1401 AAAGGATATCCTGTCGTCTCAGCCAAAATAAAAGATGGAAAATTGGAACTCGAGCAGTCT 1460
|||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1380 AAAGGATATCCTGTTGTCTCAGCCAAGATTAAAGATGGAAAATTGGAACTTGAACAGTCT 1439
Query 1461 CGATTCTTGTCAAGTGGTTCTCCTGGGGAAGGACAATGGATTGTACCAGTGACCTTGTGT 1520
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 1440 CGTTTCCTGTCAAGTGGTTCTCCTGGGGAAGGACAATGGATTGTGCCAGTAACTTTGTGC 1499
Query 1521 TGTGGTTCATATGAAAAGCGCAAAAACTTCTTATTAGAATCCAAATCTGGAGCGTATGAT 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TGTGGTTCATATGAAAAGCGCAAAAACTTCTTATTGGAATCCAAATCTGGAGCGTATGAT 1559
Query 1581 TTAAAGGAATTATTGGGCTGCTCCATTGCCGATGGTAGCGACAAAATTAATGGGACATGT 1640
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1560 TTAAAGGAATTATTAGGCTGCTCCATTGCCGAGGGTAGCGACAAAAACAATGGGACATGT 1619
Query 1641 TCTTGGATAAAAATCAATGTTGATCAGGCTGGATTCTATAGGGTGAAATATGATGACAGC 1700
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCGTGGATAAAAATCAATGTTGATCAGGCTGGTTTCTATAGGGTGAAATATGATGACAGC 1679
Query 1701 CTTGCGGCTGGACTCAGAAATGCAACAGAGAGCCAAAGCTTGACTTCTATCGATAGATAT 1760
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1680 CTTGCGGCTGGACTCAGAAATGCAACAGAGAGTAAAAGCTTGACGTCTATCGATAGATAT 1739
Query 1761 GGTATTTTGGATGATTCGTTTGCACTTACTATGGCTCGTCAGCAATCACTGGCCTCATTG 1820
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1740 GGTATTTTGGATGATTCTTTTGCACTTTCTATGGCTCGTCAGCAATCTCTGGCCTCTTTG 1799
Query 1821 CTCACTTTG-TGTAGTGCTTACAAGAAGGAACTTGACTATACTGTGCTGTCAAATCTTAT 1879
||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1800 CTCACTTTGAT-TAGTGCTTACAAGGAGGAACTTGACTATACCGTGCTGTCAAATCTTAT 1858
Query 1880 TGCTATAAGCTACAAAGTTGTGAAGATTGGAGCAGATGCAAATCAAGAACTGATGTCTGG 1939
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1859 TGCTATAAGCTACAAAGTTGTGAAGATTGGAGCAGATGCAGATCAAGCACTGATGTCTGG 1918
Query 1940 GATTAAACATTTCTTCATTGGCGTTTTCCAGTTTGCTGCTGGGAAACTTGGTTGGGATCC 1999
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1919 GATTAAACATTTCTTCATTGGCGTTTTCCAATTTGCTGCTGGGAAACTTGGTTGGGACCC 1978
Query 2000 TAAGCAAGGCGAGAGCCATCTAGATGCTATGCTGAGAGGGGAAGTCTTAACTGCACTTGC 2059
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TAAACAAGGCGAGAGCCATCTAGATGCTATGCTGAGAGGGGAAGTCTTAACTGCACTTGC 2038
Query 2060 TGTGTTTGGGCATGATGAGACACTAAAGGAAGCAGTTCGAAGATTTGATGCATTTTTGGC 2119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TGTGTTTGGGCATGATGAGACACTAAAGGAAGCAGTTCGAAGATTTGATGCATTTTTGGC 2098
Query 2120 TGATAGGAACACTCCGCTTCTGCCTCCTGACATTAGAAGGGCTGCTTATGTTGCTGTAAT 2179
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TGATAGGAACACTTTGCTTCTGCCTCCTGACATTAGAAGGGCTGCTTATGTTGCTGTAAT 2158
Query 2180 GCAGAGAGCTAACAAATCAGACAAATCTGGTTATGAGTCTCTTCTGAGAGTTTATAGGGA 2239
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 GCAGAGAGCTAACAAGTCAGACAAATCTGGTTATGAGTCTCTTCTGAGAGTTTATAGGGA 2218
Query 2240 AACCGACCTGAGCCAAGAGAAAACACGAATCTTAGGTTCTTTAGCATCTTGCCCAGACCC 2299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 AACCGACCTGAGCCAAGAGAAAACACGAATCTTAGGTTCTTTAGCATCTTGCCCAGACCC 2278
Query 2300 CACTATAGTTCAAGATGTTCTTAACTTCGTATTGTCTGATGAGGTCCGTAATCAAGATGC 2359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CACTATAGTTCAAGATGTTCTTAACTTCGTATTGTCTGATGAGGTCCGTAATCAAGATGC 2338
Query 2360 ACTTTATGGACTTTCCGGTGTAAGTTGGGAAGGACGTGAAGTAGCTTGGAAATGGCTACA 2419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 ACTTTATGGACTTTCCGGTGTAAGTTGGGAAGGACGTGAAGTAGCTTGGAAATGGCTACA 2398
Query 2420 GGAAAAGTGGGAGTATATAGGAAACACATGGGGCTCCGGATTTCTCATAACACGCTTCAT 2479
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2399 AGAGAAGTGGGAGTATATAGGAAACACATGGGGCTCCGGATTTCTCATAACGCGCTTCAT 2458
Query 2480 AAGTGCAGTTGTATCGCCGTTTGCGTCGTTTGAGAAAGCCAAAGAAGTGGAGGAGTTTTT 2539
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2459 AAGTGCAGTTGTATCACCGTTTGCGTCGTTTGAGAAAGCCAAGGAAGTGGAGGAGTTTTT 2518
Query 2540 TGCAACAAGATCAAAGCCTTCGATGGCAAGAACCTTGAAGCAGAGCATTGAAAGGGTACA 2599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TGCAACAAGATCAAAGCCTTCGATGGCAAGAACCTTGAAGCAGAGCATTGAAAGGGTACA 2578
Query 2600 TATCAATGCCAATTGGGTGGAGAGTATCAAGAAGGAAGATAATCTCACGCAGCTCGTTGC 2659
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TATAAACGCCAATTGGGTGGAGAGTATCAAGAAGGAAGATAATCTCACGCAGCTCGTTGC 2638
Query 2660 TCAGCTCTCTTCAAACTAA 2678
|||||||||||||||||||
Sbjct 2639 TCAGCTCTCTTCAAACTAA 2657
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107643032370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5