BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33170.1
Length=2973
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491368 jgi|Araly1|491368|fgenesh2_kg.7__801__AT4G33170.1 4658 0.0
> Ahg491368 jgi|Araly1|491368|fgenesh2_kg.7__801__AT4G33170.1
Length=2994
Score = 4658 bits (2522), Expect = 0.0
Identities = 2786/2916 (96%), Gaps = 7/2916 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 61 CTCCGTCCTCTGCGTTTTACTTCTGCTGCTTCGCCGTCTTCATCTTCCTCGTCTTCGTCA 120
|||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 83 CTCC-TCCTCTACGTCTTACTTCTGCTGCTTCACCGTTTTCATCTTCTTCGACTTCGTCA 141
Query 121 CAATGGTTCGGCTTTCTTCGGAATGCAATCACCTCGTCGGACTTGATGCTCGGAAAATGT 180
||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 142 CAATGTTTCGGCTTTCTTCGGGATGCAATCTCCACGTCGGACTTGATGCTCGGCAAATGT 201
Query 181 ACACACGCACGTATCCTAACCTTCGAGGAAAACCCAGAACGATTCC-TGATTAACAATCT 239
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||||
Sbjct 202 ACACACGCACGTATCCTAGCCTTAGAGGAAAACCCAGAACGATTCCTTG-TCAACAATCT 260
Query 240 CATCTCCATGTACTCCAAGTGTGGATCACTCACTTATGCTCGCCGAGTGTTCGATAAAAT 299
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 261 CATCTCCATGTACTCAAAGTGTGGATCACTCACTTATGCCCGCCGAGTGTTCGATAAAAT 320
Query 300 GCCTGACAGAGATCTTGTTTCCTGGAACTCGATTTTAGCTGCCTATGCTCAGTCTTCCGA 359
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 GCCTGAAAGAGATCTTGTTTCCTGGAACTCGATTTTAGCTGCCTATGCTCAGTCTTCCGA 380
Query 360 ATGCGTTGTCGAGAACATTCAACAAGCTTTTCTTCTTTTCAGGATATTACGCCAGGACGT 419
| | |||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 381 AGGTGTTGTCGAGAACGTTAAAGAAGCTTTTCTTCTTTTCCGGATTTTACGCCAGGACGT 440
Query 420 TGTGTATACCAGTCGAATGACTCTGTCTCCAATGTTGAAACTTTGTTTGCATTCTGGGTA 479
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 441 TGTGTATACCAGTCGAATGACTCTGTCTCCGATGTTGAAACTGTGTTTGCATTCTGGGTA 500
Query 480 TGTGTGGGCTTCAGAGTCATTTCATGGGTATGCTTGCAAGATTGGTTTGGACGGTGATGA 539
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 501 TGTATGCGCTTCAGAGTCATTTCATGGGTATGCTTGCAAGATCGGTTTGGACGGCGATGA 560
Query 540 ATTTGTTGCCGGAGCTCTTGTTAACATATATTTGAAGTTTGGTAAGGTTAAGGAAGGTAA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 ATTTGTTGCCGGAGCTCTTGTTAACATATATTTGAAGTTTGGTAAGGTTAAGGAAGGTAA 620
Query 600 GGTTTTGTTTGAGGAGATGCCTTATAGAGATGTGGTGTTATGGAACTTGATGTTGAAGGC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 GGTTTTGTTTGAGGAGATGCCTTATAGAGATGTGGTGTTATGGAACTTGATGTTGAAGGC 680
Query 660 TTATCTGGAAATGGGTTTTAAGGAAGAAGCAATAGACCTCTCTTCTGCATTTCATTCAAG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 681 TTATCTGGAAATGGGTTTTAAGGAAGAAGCAATTGACCTCTCTTCTGCATTTCATACAAG 740
Query 720 TGGTTTAAATCCCAATGAAATCACTCTGCGTTTACT-TGCTAGAATTTCAGGTGATGATT 778
||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||||||
Sbjct 741 TGGCTTACATCCCAATGAGATCACTTTGCGTTTACTCT-CTAGAATTTCTGGTGATGATT 799
Query 779 CTGATGCAGGACAAGTGAAATCCTTTGCAAATGGTAATGATGCTTCTTCTGTTTCAGAAA 838
|||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 800 CTGAAGCAGGACAAGTGAAATCCTTTGAAAATGGAAATGATGCGTCTGCTGTTTCAGAAA 859
Query 839 TAATATTCAGGAACAAAGGATTGAGTGAATATCTCCATTCAGGCCAGTATTCAGCTCTTC 898
|||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 860 TAATATCCAGGAACAAAAGATTGAGTGGATATCTCCATGCAGGCCAGTATTCAGCTCTTC 919
Query 899 TCAAATGTTTTGCGGATATGGTAGAGTCCGACGTGGAATGTGATCAAGTCACATTTATTT 958
||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 TCAAATGTTTTATGGATATGGTTGAGTCCGACTTGGAATGTGATCAAGTCACATTTATTT 979
Query 959 TAATGTTAGCTACAGCTGTTAAAGTAGATAGTTTAGCATTAGGGCAGCAAGTTCATTGTA 1018
|| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 TAGTGTTAGCTACAGCTGTTAGATTAGATAGTTTAGCATTAGGGCAGCAAGTTCATTGTA 1039
Query 1019 TGGCATTGAAGTTAGGACTTGATTTGATGCTTACTGTTTCGAATAGTCTAATAAACATGT 1078
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1040 TGGCATTGAAGTTAGGACTTGATTTGATGCTCACTGTTTCGAACAGTCTAATAAACATGT 1099
Query 1079 ACTGTAAACTGAGAAAATTCGGTTTCGCTAGGACAGTATTTGACAATATGAGTGAACGAG 1138
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1100 ACTGTAAACTGAGAAAAATCGGTTTAGCTAGGACAGTATTTAACAATATGAGTGAACGAG 1159
Query 1139 ATTTGATTTCGTGGAATTCAGTTATTGCCGGAATAGCTCAAAATGGCTTAGAAGTAGAAG 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||
Sbjct 1160 ATTTGATTTCGTGGAATTCAGTTATTGCCGGAATAGCTCAAAGTGACCTAGAAGTAGAAG 1219
Query 1199 CAGTGTGTCTGTTTATGCAGCTGTTACGTTGCGGCCTCAAACCAGACCAGTATACTATGA 1258
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1220 CAGTGTGTCTGTTTATGCAGTTGTTACGTTGCGGCCTCAAACCAGACCATTATACTATGA 1279
Query 1259 CGAGTGTTCTAAAGGCTGCTTCTTCTCTTCCTGAAGGCTTGTCGTTGAGTAAACAAGTAC 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1280 CGAGTGTTCTAAAGGCTGCTTCTTCTCTTCCTGAAGGCTTGTCGTTGAGTAAACAAATTC 1339
Query 1319 ATGTTCATGCAATTAAAATCAATAATGTTTCTGATAGTTTTGTCTCTACTGCTCTGATTG 1378
|||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 ATGTTCATGCAATTAAAACCAATAATGTTGCTGACAGTTTTGTCTCTACTGCTCTGATTG 1399
Query 1379 ATGCCTACTCTCGGAACAGATGTATGAAAGAGGCAGAGATTTTGTTTGAGAGGCATAATT 1438
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1400 ATGCCTACTCTCGGAACAGATGTATGAAAGAGGCAGAGGTTTTGTTTGGGAGGAATAATT 1459
Query 1439 TTGATCTCGTCGCTTGGAATGCCATGATGGCTGGTTATACCCAAAGTCATGACGGTCATA 1498
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 TTGATCTCGTCGCTTGGAATGCCATGATGTCTGGTTATACCCAAAGTCATGACGGTCATA 1519
Query 1499 AGACTCTGAAGCTTTTTGCTTTGATGCATAAACAGGGAGAGAGATCTGATGATTTCACGC 1558
|||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1520 AGACTCTGGAGCTCTTCGCTTTGATGCATAAACAGGGAGAGAGATCTGATGATTTCACAC 1579
Query 1559 TCGCAACAGTGTTTAAGACATGTGGTTTCTTGTTTGCCATAAATCAAGGAAAGCAAGTCC 1618
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1580 TCGCAACAGTGCTTAAGACATGTGGTTTCTTGTTTGCAATTAATCAAGGAAAGCAAGTCC 1639
Query 1619 ATGCTTATGCAATCAAATCTGGATATGACTTAGATCTATGGGTCAGCAGTGGGATTTTGG 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 ATGCTTATGCAATCAAATCTGGATATGACTTAGATCTATGGGTCAGCAGTGGGATTTTGG 1699
Query 1679 ATATGTATGTAAAATGTGGCGATATGAGTGCAGCACAATTTGCCTTTGATAGTATTCCCG 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1700 ATATGTATGTAAAATGTGGCGATATGAGTGCAGCACAGTTTGCCTTCGATAGTATTCCCG 1759
Query 1739 TACCTGACGATGTTGCTTGGACGACTATGATATCAGGATGCATAGAAAATGGAGAAGAAG 1798
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 TGCCTGACGATGTTGCTTGGACGACTTTGATATCAGGATGCATAGAAAATGGAGAAGAAG 1819
Query 1799 AAAGAGCGT-TTCATGTTTTTAGCCAGATGAGGCTCATGGGAGTGTTGCCTGATGAATTT 1857
|| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 AACGAGC-TCTTCATGTTTTTAGCCAGATGAGGCTCATGGGAGTGTTGCCTGATGAATTT 1878
Query 1858 ACAATAGCCACACTTGCGAAAGCAAGCTCTTGTTTGACGGCATTAGAACAGGGGCGCCAA 1917
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 ACAATAGCCACACTTGCGAAAGCAAGCTCTTGTTTGACAGCATTAGAACAGGGGCGCCAA 1938
Query 1918 ATTCATGCAAATGCCCTCAAGTTGAATTGTACGAATGACCCTTTCGTTGGAACTTCACTT 1977
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1939 ATTCATGCAAATGCCCTCAAGTTGAATTGTACGAGTGACCCATTCGTTGGAACTTCACTT 1998
Query 1978 GTGGACATGTATGCTAAGTGTGGAAGCATAGACGATGCATATTGTTTGTTTAAAAGAATA 2037
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1999 GTGGACATGTATGCTAAGTGTGGAAGCATAGACGATGCATATTGTTTGTTTAAAAGGATA 2058
Query 2038 GAGATGATGAACATCACTGCCTGGAATGCCATGTTAGTGGGATTAGCTCAACATGGGGAA 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2059 GAGATGATGAACATCACTGCCTGGAATGCCATGTTAGTGGGATTAGCTCAACACGGGGAA 2118
Query 2098 GGGAAAGAAACGCTCCAGCTTTTCAAACAGATGAAATCTCTGGGTATAAAACCTGATAAG 2157
||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 GGGAAAGAAGCACTCCAGCTTTTCAAACAGATGGAATCACTGGGTATAAAACCTGATAAG 2178
Query 2158 GTCACATTTATCGGCGTTCTTTCTGCTTGCAGTCACTCAGGCTTGGTATCAGAGGCATAC 2217
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2179 GTCACATTTATTGGCGTTCTGTCTGCTTGCAGTCACTCAGGCTTGGTATCAGAGGCATAC 2238
Query 2218 AAGCATATGCGATCAATGCATGGAGACTATGGCATTAAACCTGAAATAGAACACTACTCT 2277
||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2239 AAGTATATTCGATCAATGCATCGAGACTATGGCATTAAACCAGAAATAGAACACTACTCT 2298
Query 2278 TGTTTGGCTGATGCGCTTGGCCGTGCTGGACTTGTTAAACAGGCTGAAAATTTGATCGAG 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 2299 TGTTTGGCTGATGCGCTTGGCCGTGCTGGACTTGTTAAAGAGGCTGAAAATTTGATTGAC 2358
Query 2338 TCAATGTCCATGGAAGCTTCAGCATCGATGTACAGAACTTTGCTTGCAGCTTGCCGAGTT 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2359 TCAATGTCCATGGAAGCTTCAGCATCGATGTACAGAACTTTGCTTGCAGCTTGCCGAGTT 2418
Query 2398 CAAGGGGACACAGAAACAGGGAAGAGAGTGGCAACTAAGCTTTTGGAGCTAGAGCCACTG 2457
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2419 CAAGGGGACACAGAAACAGGGAAGAGAGTGGCAACTAAGCTTTTGGAGCTAGAGCCGTTG 2478
Query 2458 GACTCATCAGCTTATGTTCTTTTATCCAATATGTATGCTGCTGCTTCCAAATGGGATGAG 2517
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2479 GACTCATCAGCTTATGTGCTTTTATCCAACATGTATGCTGCTGCTTCCAAATGGGATGAG 2538
Query 2518 ATGAAACTTGCCCGGACGATGATGAAAGGGCACAAAGTGAAAAAAGACCCGGGTTTCAGT 2577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2539 ATGAAACTTGCCCGGACGATGATGAAAGGGCACAAAGTGAAAAAAGACCCAGGTTTCAGT 2598
Query 2578 TGGATCGAGGTGAAAAACAAGATACATATATTTGTCGTGGATGATAGGTCAAACCGGCAA 2637
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 2599 TGGATCGAGGTGAAAAACAAGATCCATCTATTTGTCGTGGACGATAGGTCAAACCCGCAA 2658
Query 2638 ACCGAGTTGATATACAGGAAAGTAAAAGACATGATAAGAGACATCAAACAAGAAGGGTAT 2697
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2659 ACCGAGTTGATATACAAGAAAGTAAAAGATATGATAAGAGACATCAAACAAGAAGGGTAT 2718
Query 2698 GTTCCTGAGACAGATTTCACACTTGTAGATGTGGAAGAAGAAGAGAAAGAGCGTGCCCTG 2757
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2719 GTTCCTGAGACAGATTTCACACTTGTGGATGTGGAAGAAGAAGAGAAAGAGCGCGCCCTG 2778
Query 2758 TACTACCACAGTGAGAAGCTAGCAGTTGCTTTCGGACTTTTGAGCACTCCTCCATCCACA 2817
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2779 TACTACCACAGCGAGAAGCTGGCAGTTGCTTTCGGACTTTTGAGCTCTCCTCCATCCACA 2838
Query 2818 CCAATCCGTGTGATTAAGAATCTACGCGTCTGTGGAGATTGTCACAACGCGATGAAATAT 2877
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2839 CCGATCCGTGTGATTAAGAATCTACGCGTCTGTGGAGATTGTCACAATGCGATGAAATAT 2898
Query 2878 ATAGCAAAGGTGTATAATAGAGAGATTGTACTTAGAGATGCAAACCGGTTTCACCGGTTC 2937
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2899 ATAGCAAAGGTGTATGATAGAGAGATTGTACTTAGAGATGCAAACCGGTTTCACCGGTTC 2958
Query 2938 AAGGATGGTATTTGCTCATGTGGTGATTATTGGTAG 2973
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2959 AAAGACGGTATTTGCTCATGTGGTGATTATTGGTAG 2994
Score = 84.2 bits (45), Expect = 5e-15
Identities = 57/63 (90%), Gaps = 0/63 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGATCAACCTCCAAGGCCATCCCTTTCTCCTTTCACACATCTCTCATTGTTCAATGT 60
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||
Sbjct 1 ATGCGAGCAACCTCCAAGGCCATCCCTTTCTCCTTTCACAGAGCTCCCAAAGTTCAATGT 60
Query 61 CTC 63
|||
Sbjct 61 CTC 63
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112251952015
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5