BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33210.1
Length=3346
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg888770 jgi|Araly1|888770|Al_scaffold_0007_756 4964 0.0
> Ahg888770 jgi|Araly1|888770|Al_scaffold_0007_756
Length=2973
Score = 4964 bits (2688), Expect = 0.0
Identities = 2882/2977 (97%), Gaps = 8/2977 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 133 ATGAGGATTTGGTGTTTTTCTTGCTTCACCGACGAAGACGAAGACGAGGAAGACGATAAC 192
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGAGGATTTGGTGTTTTTCTTGCTTCACCGACGAAGACGAAGACGAGGAAGACGAAAAC 60
Query 193 GGCGGCAGAGTGAAGAAACAATCTTTAGCAACGGCCATGGATAACAGTAACGGCGATGGT 252
|||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 61 GGCGGCAGAGTGAAGAAACAGTCTTTAGCAACAGCTATGGAGAACAATAACGGCGATGGT 120
Query 253 GATTTTGTTAATTTCGGTGAAAACGAGAGGGCACCAAGAGTCCCACGTTGGAGGCTGAGG 312
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 GATTTTGTAAATTTCGGTGAAAACGAGAGGGCACCAAGAGTCCCACGTTGGAGGCTCAGG 180
Query 313 CTGTGTGCCGAGGAAAGTGAAGCCGCTTGGGCTGAATTGGATCGCTTT-TGGACCTCTGA 371
|||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||
Sbjct 181 CTGTGTGCGGAGGAAGGTGAAGCAGCTGGGGCTGAATTGGAGCG-TTTATGGACCTCTGA 239
Query 372 GATTCCCTTGAATCAGTTGGTTCAGGGTGAGAGTAGTAGCAATGTGGTTGCAGAAGC--A 429
||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||| ||| |
Sbjct 240 GATTCGCTTGCATCAGTTGGTTCAGGGT--GAG-AGTAGCAATGCCGTGGCAGCAGCTGA 296
Query 430 -GAGGATTGTACGATGGAGGAAGCTGATCATGATTCGTATCACAAGCGTGCCAAAGTCTA 488
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GGAGGATAGTACGATGGAGGAAGCTGATCATGATTCGTATCACAAGCGTGCCAAAGTCTA 356
Query 489 CTCTGGGCTTGCTGAGTGCAGGTCAGTTTCGGGGGTATCTTCAGATGCTGGAAATTCTGT 548
||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 CTCTGGGCTTGCTGAGTGCCGGTCGGTTTCCGGGGTATCTTCAGATGCTGGAAATTCTGT 416
Query 549 TTCGTCGGTGGAGAGAACTGTTAGTTTTGGCATTGCCTCTTCTTCCCGGACGGATACTGA 608
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 417 TTCGTCGGTGGAGAGAAATGTTAGTTTTGGCATTGCTTCTTCTTCCCGGTCGGATACTGA 476
Query 609 TATGTTCTGCCAGAATTTCATCTTGAATTATAATCGGAAAGATGGGAAAAAGGATGATGG 668
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 477 TATGTTTTGCCAGAATTTCATCTTGAATTATAGTCGGAAAGATGGGAAAAAAGATGATGG 536
Query 669 AGATGATAATGGTTCTTCAGACACAGAAGATTTTGAAGTTCATATTGATTTGACTGATGA 728
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 AGATGATAATGGTTCTTCAGACGCAGAAGATTTTGAAGTTCATATTGATTTGACTGATGA 596
Query 729 CCTCTTACATATGGTATTCTCGTTCTTGAATCATGTCGACCTCTGTCGCTCTGCTATGGT 788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 CCTCTTACATATGGTATTCTCGTTCTTGAATCATGTCGACCTCTGTCGCTCTGCTATGGT 656
Query 789 ATGTCGGCAGTGGAGAGTAGCTAGTGCTCATGAGGATTTCTGGAGGGTCTTGAACTTTGA 848
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 657 ATGTCGGCAGTGGAGAGTAGCTAGTGCTCATGAGGATTTCTGGAAGGTCTTGAACTTTGA 716
Query 849 AAATATAAGGATTTCTATGGAACAATTTGAAAACATGTGTAGTCGCTATCCAAATGCTAC 908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 AAATATAAGGATTTCTATGGAACAATTTGAAAACATGTGTAGTCGCTATCCAAATGCTAC 776
Query 909 TGAAGTTAATGTTTATGGCGCTCCTGCTGTTAATGCTCTGGCTATGAAAGCCGCTACCAC 968
|||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TGAAGTGAATGTTTATGGCACTCCTGCTGTTAACGCTCTGGCTATGAAAGCCGCTACCAC 836
Query 969 TTTGAGGAATCTTGAGGTCTTAACAATAGGAAAGGGTCATATCAGTGAAAGCTTTTTCCA 1028
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TTTGAGGAATCTTGAGGTCTTAACTATAGGAAAGGCTCATATCAGTGAAAGCTTTTTCCA 896
Query 1029 GGCATTGGGGGAGTGTAATATGTTAAGGAGTGTGACTGTAAGTGATGCTATTCTGGGAAA 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 897 GGCATTGGGGGAGTGTAATATGTTAAGGAGTGTGACTGTAAGTGACGCTATTCTGGGAAC 956
Query 1089 TGGAGCGCAGGAAATACACCTGAGTCATGATAGGCTACGCGAACTTAAAATTACAAAATG 1148
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TGGTGCTCAGGAAATACACCTGAGTCATGATAGGCTACGCGAACTTAAAATTACAAAATG 1016
Query 1149 TCGCGTTATGCGTTTGTCTATCAGGTGTCCGCAGCTCAGGTCTCTATCATTAAAAAGAAG 1208
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TCGTGTTATGCGTTTGTCTATCAGGTGTCCGCAGCTCAGGTCTCTATCATTAAAAAGAAG 1076
Query 1209 CAACATGTCACAGGCGATGCTGAACTGTCCACTCCTCCAACTTCTTGATATAGCCTCGTG 1268
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CAACATGTCACAGGCGATGCTTAACTGTCCACTCCTCCAACTTCTTGATATAGCCTCGTG 1136
Query 1269 CCATAAGCTCTTGGATGCTGCTATCCGTTCAGCAGCCATTTCGTGTCCTCAATTAGAGTC 1328
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CCATAAGCTCTTGGATGCTGCTATCCGTTCAGCAGCCACTTCGTGTCCTCAATTAGAGTC 1196
Query 1329 GCTAGACGTTTCTAACTGTTCCTGTGTCAGTGATGAAACTTTGCGTGAAATAGCCCAGGC 1388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GCTAGACGTTTCTAACTGTTCCTGTGTCAGTGATGAAACTTTGCGTGAAATAGCCCAGGC 1256
Query 1389 TTGTGCTAATCTCCATATTCTTAATGCTTCATACTGCCCCAATATATCTCTTGAGTCAGT 1448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TTGTGCTAATCTCCATATTCTTAATGCTTCATACTGCCCCAATATATCTCTTGAGTCAGT 1316
Query 1449 ACACCTTCCCATGTTGACAGTTCTCAAACTTCATAGCTGTGAGGGTATAACATCCGCGTC 1508
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 ACATCTTCCCATGTTGACAGTTCTCAAGCTTCATAGCTGTGAGGGTATAACATCCGCGTC 1376
Query 1509 TATGACTTGGATTGCCAATAGCCCTGCACTAGAGGTTTTGGAGCTTGATAATTGCAATCT 1568
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1377 TATGACTTGGATTGCTAATAGCCCTGCACTAGAGGTTTTAGAGCTTGATAATTGCAACCT 1436
Query 1569 GTTGACAACTGTATCTTTGCATCTCTCGCGTTTGCAGAGTATAAGCCTAGTCCATTGTCG 1628
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GTTGACATCTGTATCTCTGCATCTCTCGCGTTTGCAGAGTATAAGCCTAGTCCATTGTCG 1496
Query 1629 CAAATTTACAGATCTGAACTTGCAAAGCATCATGCTTTCGTCGATCACTGTTTCAAACTG 1688
|||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CAAATTCACAGAACTGAACTTGCAAAGCACCATGCTTTCGTCGATCACTGTTTCAAACTG 1556
Query 1689 TCCAGCGCTTCGCCGTATCACAATCACTTCCAACGCCCTTCGAAGATTAGCCCTGCAGAA 1748
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 1557 TCCAGCGCTTCGCCGTATCACAATCACTTCCAACTCCCTTCGACGATTAGCTCTGCAGAA 1616
Query 1749 ACAGGAGAATTTGACGACATTAGTTCTACAATGCCATTCCTTGCAAGAAGTGGATCTCTC 1808
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 ACAGGAGAATTTGACCACATTAGTTCTACAATGCCATTCCTTGCAAGAAGTGGATCTCTC 1676
Query 1809 TGATTGTGAATCATTGTCTAACAGTGTTTGCAAAATATTTAGTGATGATGGTGGATGCCC 1868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TGATTGTGAATCATTGTCTAACAGTGTTTGCAAAATATTTAGTGATGATGGTGGATGCCC 1736
Query 1869 AATGCTGAAGTCATTGATTCTTGACAACTGTGAGAGTTTAACAGCAGTGCGGTTCTGCAA 1928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 AATGCTGAAGTCATTGATTCTTGACAACTGTGAGAGTTTAACAGCAGTGCGGTTCTGCAA 1796
Query 1929 TTCATCGCTAGCAAGTCTTTCCCTTGTTGGCTGTCGTGCTGTTACTTCTCTTGAGTTGAA 1988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TTCATCGCTAGCAAGTCTTTCCCTTGTTGGCTGTCGTGCTGTTACTTCTCTTGAGTTGAA 1856
Query 1989 GTGCCCTCGCATAGAGCAGATCTGTTTGGATGGATGTGATCATCTTGAAACTGCATTCTT 2048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GTGCCCTCGCATAGAGCAGATCTGTTTGGATGGATGTGATCATCTTGAAACTGCATTCTT 1916
Query 2049 CCAACCTGTCGCTCTGCGGTCTCTAAATTTAGGAATATGCCCAAAATTGAGTGTGCTCAA 2108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1917 CCAACCTGTCGCTCTGCGGTCTCTAAATTTAGGAATATGCCCAAAATTGAGTGTGCTAAA 1976
Query 2109 TATCGAAGCACCTTATATGGTGTCCCTTGAATTGAAAGGTTGTGGTGTACTGTCTGAAGC 2168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TATCGAAGCACCTTATATGGTGTCCCTTGAATTGAAAGGTTGTGGTGTACTGTCTGAAGC 2036
Query 2169 ATCCATTATGTGTCCTTTATTAACATCTTTAGATGCGTCTTTCTGCAGTCAACTGAGGGA 2228
||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 ATCCATTTTTTGTCCTCTATTAACATCTTTAGATGCGTCTTTCTGCAGTCAACTGAGGGA 2096
Query 2229 TGACTGTCTGTCTGCAACCACTGCTTCTTGCCCACTCATTGAGTCATTGGTGCTAATGTC 2288
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2097 TGACTGTCTGTCTGCAACCACTGCTTCTTGCCCACTCATTGAGTCACTGGTGCTAATGTC 2156
Query 2289 ATGCCCGTCTATTGGCTCTGATGGCTTGTCTTCCTTGAACGGGCTCCCAAATTTGACTGT 2348
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 ATGCCCTTCTATTGGCTCCGATGGCTTGTCTTCCTTGAACGGGCTCCCAAATTTGACTGT 2216
Query 2349 TCTTGATTTATCGTACACTTTCTTGATGAATTTGGAACCCGTCTTCAAGTCCTGTATTCA 2408
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2217 TCTTGATTTATCATACACTTTCTTGATGAATTTGGAGCCCGTCTTCAAGTCTTGTATTCA 2276
Query 2409 ACTTAAGGTACTCAAATTACAAGCCTGTAAGTATCTTACTGACTCATCATTGGAGCCTCT 2468
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 ACTGAAGGTACTCAAATTACAAGCCTGTAAATATCTTACTGACTCATCATTGGAGCCTCT 2336
Query 2469 ATACAAAGAAGGTGCTTTACCGGCACTTGAGGAGTTGGACCTGTCATATGGAACTCTCTG 2528
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 ATACAAAGAAGGTGCTTTACCGGCACTTGAGGAATTGGACCTGTCATATGGAACTCTCTG 2396
Query 2529 TCAGACTGCGATAGATGATCTACTTGCGTGCTGCACACACTTGACCCATTTGAGCTTGAA 2588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 TCAGACTGCGATAGATGATCTACTTGCGTGCTGCACACACTTGACCCATTTGAGCTTGAA 2456
Query 2589 CGGATGTGTAAACATGCATGACCTGGATTGGGGTTCAACCAGTGTACATCTTTTTGATTA 2648
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2457 CGGTTGTGTAAACATGCATGACCTCGATTGGGGTTCAACCAGTGTACATCTATTTGATTA 2516
Query 2649 CTTTGGGGTCTACAGTTCTAGTGACAATACCCAGGAACCAGCTGAAACAGCCAATCGGTT 2708
|||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CTTTGGGGTCTATAGTTCTAGTGAGACTACCCAGGAACCAGCTGAAACAGCCAATCGGTT 2576
Query 2709 ACTGCAAAACCTAAACTGTGTGGGTTGCCCCAATATTAGAAAAGTGCTGATACCACCTGC 2768
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2577 ACTGCAAAACCTAAACTGTGTGGGTTGCCCCAATATTAGAAAAGTGTTGATACCACCTGC 2636
Query 2769 AGCTCGCTTTTACCATTTATCAACACTGAACCTTTCGTTATCGGTCAATCTGAAGGAGGT 2828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 AGCTCGCTTTTACCATTTATCAACACTGAACCTTTCGTTATCGGTCAATCTGAAGGAGGT 2696
Query 2829 TGATCTCACCTGTTCCAACCTGGTTTTACTTAATTTAAGCAACTGTTGCTCTCTGGAAGT 2888
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 TGATCTCTCCTGTTCCAACCTGGTTTTACTTAATTTAAGCAACTGTTGCTCTCTGGAAGT 2756
Query 2889 ATTGAAGCTCGGCTGTCCAAGATTAGCTAGTCTCTTTCTTCAGTCTTGTAACATGGACGA 2948
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 ATTGAAGCTTGGCTGTCCAAGATTGGCTAGTCTCTTTCTTCAGTCTTGTAACATGGACGA 2816
Query 2949 AGCAGGAGTTGAAGCGGCTATATCAGGATGCAGCTCACTCGAGACATTGGATCTTCGTTT 3008
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2817 AGCAGGAGTTGAAGCGGCTATATCAGGATGCAGTTCACTCGAGACATTGGATCTCCGTTT 2876
Query 3009 CTGTCCAAAGATATCCTCGGTGAGCATGTCAAAGTTCCGAACAGTGTGCCCTAGTTTGAA 3068
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2877 CTGTCCAAAGATATCCTCGGTGAGCATGACAAAGTTTCGAACAGTGTGTCCTAGTTTGAA 2936
Query 3069 ACGCGTTTTCAGCAGTCCAAATCTCTTGCAAGATTAG 3105
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2937 ACGCGTCTTCAGCAGTCCGAATCTCTTGCAAGATTAG 2973
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126313084787
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5